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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Unidades Centrais. |
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Data corrente: |
09/06/2008 |
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Data da última atualização: |
29/06/2018 |
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Autoria: |
MOLLINARI, M.; MARGARIDO, G. R. A.; GARCIA, A. A. F. |
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Afiliação: |
Marcelo Mollinari, Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz/Departamento de Genética; Gabriel Rodrigues Alves Margarido, Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz/Departamento de Genética; Antonio Augusto Franco Garcia, Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz/Departamento de Genética. |
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Título: |
Comparação dos algoritmos delineação rápida em cadeia e seriação, para a construção de mapas genéticos. |
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Ano de publicação: |
2008 |
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Fonte/Imprenta: |
Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 43, n. 4, p. 505-512, abr. 2008 |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Título em inglês: Comparison of algorithms rapid chain delineation and seriation, for the construction of genetic linkage maps. |
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Conteúdo: |
O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência, na construção de mapas genéticos, dos algoritmos seriação e delineação rápida em cadeia, além dos critérios para avaliação de ordens: produto mínimo das frações de recombinação adjacentes, soma mínima das frações de recombinação adjacentes e soma máxima dos LOD Scores adjacentes, quando usados com o algoritmo de verificação de erros "ripple". Foi simulado um mapa com 24 marcadores, posicionados aleatoriamente a distâncias variadas, com média 10 cM. Por meio do método Monte Carlo, foram obtidas 1.000 populações de retrocruzamento e 1.000 populações F2, com 200 indivíduos cada, e diferentes combinações de marcadores dominantes e co-dominantes (100% co-dominantes, 100% dominantes e mistura com 50% co-dominantes e 50% dominantes). Foi, também, simulada a perda de 25, 50 e 75% dos dados. Observou-se que os dois algoritmos avaliados tiveram desempenho semelhante e foram sensíveis à presença de dados perdidos e à presença de marcadores dominantes; esta última dificultou a obtenção de estimativas com boa acurácia, tanto da ordem quanto da distância. Além disso, observou-se que o algoritmo "ripple" geralmente aumenta o número de ordens corretas e pode ser combinado com os critérios soma mínima das frações de recombinação adjacentes e produto mínimo das frações de recombinação adjacentes. |
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Palavras-Chave: |
algoritmo ripple; dados perdidos; dominant and codominant markers; marcadores dominantes e co-dominantes; método Monte Carlo; missing data; QTL. |
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Thesaurus NAL: |
Monte Carlo method. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/38806/1/43n04a09.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Unidades Centrais (AI-SEDE) |
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