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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sul. |
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Data corrente: |
08/10/2020 |
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Data da última atualização: |
08/10/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
CAMPOS, G. S.; SOLLERO, B. P.; REIMANN, F. A.; JUNQUEIRA, V. S.; CARDOSO, L. L.; YOKOO, M. J. I.; BOLIGON, A. A.; BRACCINI, J.; CARDOSO, F. F. |
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Afiliação: |
Gabriel Soares Campos, UFPEL; BRUNA PENA SOLLERO, CPPSUL; Fernando Antonio Reimann, UFPEL; Vinicius Silva Junqueira, UFV; Leandro Lunardini Cardoso, UFPEL; MARCOS JUN ITI YOKOO, CPPSUL; Arione Augusti Boligon, UFPEL; José Braccini, UFRGS; FERNANDO FLORES CARDOSO, CPPSUL. |
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Título: |
Tag-SNP selection using Bayesian genomewide association study for growth traits in Hereford and Braford cattle. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
Journal of Animal Breeding and Genetics, v. 137, n. 5, p. 449-467, Sept. 2020. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1111/jbg.12458 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The aim of this study was to perform a Bayesian genomewide association study (GWAS) to identify genomic regions associated with growth traits in Hereford and Braford cattle, and to select Tag‐SNPs to represent these regions in low‐density panels useful for genomic predictions. In addition, we propose candidate genes through functional enrichment analysis associated with growth traits using Medical Subject Headings (MeSH). Phenotypic data from 126,290 animals and genotypes for 131 sires and 3,545 animals were used. The Tag‐SNPs were selected with BayesB (π = 0.995) method to compose low‐density panels. The number of Tag‐single nucleotide polymorphism (SNP) ranged between 79 and 103 SNP for the growth traits at weaning and between 78 and 100 SNP for the yearling growth traits. The average proportion of variance explained by Tag‐SNP with BayesA was 0.29, 0.23, 0.32 and 0.19 for birthweight (BW), weaning weight (WW205), yearling weight (YW550) and postweaning gain (PWG345), respectively. For Tag‐SNP with BayesA method accuracy values ranged from 0.13 to 0.30 for k‐means and from 0.30 to 0.65 for random clustering of animals to compose reference and validation groups. Although genomic prediction accuracies were higher with the full marker panel, predictions with low‐density panels retained on average 76% of the accuracy obtained with BayesB with full markers for growth traits. The MeSH analysis was able to translate genomic information providing biological meanings of more specific gene products related to the growth traits. The proposed Tag‐SNP panels may be useful for future fine mapping studies and for lower‐cost commercial genomic prediction applications. MenosThe aim of this study was to perform a Bayesian genomewide association study (GWAS) to identify genomic regions associated with growth traits in Hereford and Braford cattle, and to select Tag‐SNPs to represent these regions in low‐density panels useful for genomic predictions. In addition, we propose candidate genes through functional enrichment analysis associated with growth traits using Medical Subject Headings (MeSH). Phenotypic data from 126,290 animals and genotypes for 131 sires and 3,545 animals were used. The Tag‐SNPs were selected with BayesB (π = 0.995) method to compose low‐density panels. The number of Tag‐single nucleotide polymorphism (SNP) ranged between 79 and 103 SNP for the growth traits at weaning and between 78 and 100 SNP for the yearling growth traits. The average proportion of variance explained by Tag‐SNP with BayesA was 0.29, 0.23, 0.32 and 0.19 for birthweight (BW), weaning weight (WW205), yearling weight (YW550) and postweaning gain (PWG345), respectively. For Tag‐SNP with BayesA method accuracy values ranged from 0.13 to 0.30 for k‐means and from 0.30 to 0.65 for random clustering of animals to compose reference and validation groups. Although genomic prediction accuracies were higher with the full marker panel, predictions with low‐density panels retained on average 76% of the accuracy obtained with BayesB with full markers for growth traits. The MeSH analysis was able to translate genom... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Gado Braford. |
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Thesagro: |
Gado de Corte; Gado Hereford; Seleção. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sul (CPPSUL) |
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| Registros recuperados : 122 | |
| 81. |  | COSTA, R. F. da; TEIXEIRA, B. B. M.; REIS, A. P.; AZAMBUJA, R. C. de C.; LAMPERT, V. do N.; YOKOO, M. J. I.; CARDOSO, F. F. Derivação de valores econômicos estimados para critérios de seleção em sistemas de produção de ciclo completo no Sul do Brasil. In: JORNADA DE PÓS-GRADUAÇÃO E PESQUISA, 11.; MOSTRA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 11.; MOSTRA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA JÚNIOR, 9., 2013, Sant'Ana do Livramento. Anais... Bagé: Ediurcamp, 2013. CONGREGA.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 82. | | YOKOO, M. J. I.; OLIVEIRA, L. C.; COSTA, P. U. N. da; SILVA, G. M. da; SUÑÉ, R. W.; LAMPERT, V. do N.; CARDOSO, F. F. Economic analysis of two systems of family dairy cattle in the Rio Grande do Sul State. In: ANNUAL MEETING BRAZILIAN SOCIETY OF ANIMAL SCIENCE, 50., 2013, Campinas. The integration of knowledge in animal production: abstracts. Campinas: SBZ, 2013. Não paginado. 1 CD-ROM. Resumo 6HFZ.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 83. | | YOKOO, M. J. I.; SENO, L. de O.; OLIVEIRA, L. C.; COSTA, P. U. N. da; SILVA, G. M. da; SUÑÉ, R. W.; CARDOSO, F. F. Economic selection index in small rural dairy farms. Journal of Dairy Research, v. 86, n. 1, p. 25-33, Feb. 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 84. | | YOKOO, M. J. I.; SIMÕES, M. da R. S.; JUNQUEIRA, V. S.; MINHO, A. P.; GULIAS GOMES, C. C.; MACNEIL, M. D.; CARDOSO, F. F. Economic value for the trait tick count in Brangus cattle. In: INTERNATIONAL MEETING OF ADVANCES IN ANIMAL SCIENCE, 2016, Jaboticabal. Papers... Jaboticabal: Unesp, 2016. IMAS. Pôster 45209.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 85. | | YOKOO, M. J. I.; OLIVEIRA, L. C.; COSTA, P. U. N. da; SILVA, G. M. da; SUÑÉ, R. W.; LAMPERT, V. do N.; CARDOSO, F. F. Economic value of two systems of family dairy cattle in Rio Grande do Sul State. In: ANNUAL MEETING BRAZILIAN SOCIETY OF ANIMAL SCIENCE, 50., 2013, Campinas. The integration of knowledge in animal production: abstracts. Campinas: SBZ, 2013. Não paginado. 1 CD-ROM. Resumo 6HFN.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 86. | | YOKOO, M. J. I.; ROSA, G. J. de M.; MAGNABOSCO, C. de U.; SAINZ, R. D.; LOBO, R. B.; ALBUQUERQUE, L. G. de. Efeitos genéticos que afetam as características de carcaça medidas por ultrassom, em duas diferentes idades, e suas correlações com outras características de importância econômica em rebanhos da raça nelore. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 46., 2009, Maringá. Inovação científica e tecnológica em zootecnia: anais dos resumos. Maringá: SBZ: UEM, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 87. | | COSTA, R. F.; REIS, A. P.; TEIXEIRA, B. B. M.; AZAMBUJA, R. C. C.; YOKOO, M. J. I.; CARDOSO, F. F. Valores econômicos para características de desempenho em sistema de produção de cria de bovinos de corte no sul do Brasil. In: JORNADA [DO] NÚCLEO DE ESTUDOS EM SISTEMAS DE PRODUÇÃO DE BOVINOS DE CORTE E CADEIA PRODUTIVA, 8.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL SOBRE SISTEMAS DE PRODUÇÃO DE BOVINOS DE CORTE E CADEIA PRODUTIVA, 1., 2013, Porto Alegre. A vez da inovação na pecuária de corte: livro de resumos. Porto Alegre: NESPRO-UFRGS: SENAR, 2013. p. 25. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 88. | | AZAMBUJA, R. C. de C. de; CARDOSO, F. F.; YOKOO, M. J. I.; DIONELLO, N. J. L.; ALVES, R. M.; LOBO, R. N. B. Valores econômicos para características produtivas de ovinos: desenvolvimento de objetivos e critérios de seleção em sistemas de produção baseados em pastagem nativa no bioma Pampa do Brasil. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 9., 2012, João Pessoa. Anais... João Pessoa: SBMA, 2012. 1 CD-ROM. Posteriormente também publicado no Caderno Técnico e Científico, v. 39, p. 5-7 na Revista Cabra e Ovelha, ano 7, n. 77, fev./mar. 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos; Embrapa Pecuária Sul. |
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| 89. | | COSTA, R. F. da; TEIXEIRA, B. B. M.; OLIVEIRA, L. da C. C.; LAMPERT, V. do N.; YOKOO, M. J. I.; CARDOSO, F. F. Valores econômicos para critérios de seleção em rebanhos Hereford e Braford criados no Sul do Brasil. In: CONGRESSO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 22.; ENCONTRO DE PÓS-GRADUAÇÃO, 15., 2013, Pelotas. Anais... Pelotas: UFPel, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 90. | | COSTA, R. F.; TEIXEIRA, B. B. M.; OLIVEIRA, L. da C. C.; AZAMBUJA, R. C. de C.; LAMPERT, V. do N.; YOKOO, M. J. I.; CARDOSO, F. F. Valores econômicos estimados para objetivos de seleção em sistemas de produção de ciclo completo no Sul do Brasil. In: SEMINÁRIO INTERINSTITUCIONAL DE ENSINO, PESQUISA E EXTENSÃO, 18.; MOSTRA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 16,; MOSTRA DE EXTENSÃO, 11., 2013, Cruz Alta. Ciência, conhecimento e sociedade de risco: anais. Cruz Alta: Unicruz, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 91. | | SENO, L. de O.; YOKOO, M. J. I.; OLIVEIRA, L. C.; SILVA, G. M. da; SUÑÉ, R. W.; CARDOSO, F. F. Valores econômicos em sistemas de produção de bovinos de leite utilizados em pequenas propriedades no Rio Grande do Sul. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 11., 2015, Santa Maria, RS. Melhoramento animal da academia ao campo: uma parceria em construção: anais. Santa Maria, RS: SBMA: UFSM, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 92. | | CAMPOS, G. S.; REIMANN, F. A.; SCHIMDT, P. I.; CARDOSO, L. L.; SOLLERO, B. P.; BRACCINI, J.; YOKOO, M. J. I.; BOLIGON, A. A.; CARDOSO, F. F. Threshold and linear models for genetic evaluation of visual scores in Hereford and Braford cattle. Animal Production Science, v. 59, n. 4, p. 619-627, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 93. | | CAMPOS, G. S.; SOLLERO, B. P.; REIMANN, F. A.; JUNQUEIRA, V. S.; CARDOSO, L. L.; YOKOO, M. J. I.; BOLIGON, A. A.; BRACCINI, J.; CARDOSO, F. F. Tag-SNP selection using Bayesian genomewide association study for growth traits in Hereford and Braford cattle. Journal of Animal Breeding and Genetics, v. 137, n. 5, p. 449-467, Sept. 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 94. | | YOKOO, M. J. I.; CAMPOS, G. de los; ROSA, G. J. M.; CARDOSO, F. F.; SOLLERO, B. P.; CARDOSO, L. L.; LOBO, R. B.; ALBUQUERQUE, L. G. Using factor analysis modeling multiple traits in genetic improvement of Nelore beef cattle. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver, British Columbia, Canada. Proceedings... Champaign: ASAS, 2014. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 95. | | COSTA, R. F.; AZAMBUJA, R. C. de C.; TEIXEIRA, B. B. M.; MOREIRA MADRUGA, S. la R.; CARDOSO, L. L.; YOKOO, M. J. I.; CARDOSO, F. F. O ômega-3 e a carne bovina: uma revisão. In: SEMINÁRIO INTERINSTITUCIONAL DE ENSINO, PESQUISA E EXTENSÃO, 18.; MOSTRA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 16,; MOSTRA DE EXTENSÃO, 11., 2013, Cruz Alta. Ciência, conhecimento e sociedade de risco: anais. Cruz Alta: Unicruz, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 96. | | ALVES, R. M.; TEIXEIRA, B. B. M.; COSTA, R. F. da; AZAMBUJA, R. C. de C. de; SILVA, F. L. da; YOKOO, M. J. I.; CARDOSO, F. F. Pampaplusnet: sistema web para coleta, armazenamento e tratamento de informações para avaliação genética de bovinos. In: SALÃO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA PECUÁRIA SUL, 3., 2013, Bagé. Resumos... Bagé: Embrapa Pecuária Sul, 2013. p. 23. Título da capa: Anais: resumos dos trabalhos.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 97. | | SOLARI, F. L.; SILVEIRA, M. C. T. da; YOKOO, M. J. I.; COLLARES, R. S.; LEAL, J. J. B.; CORRÊA, E. B.; SOUZA, A. L. F. de. A importância do manejo de pastagens no desempenho de animais mantidos em Prova de Avaliação a Campo. In: SIMPÓSIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA PECUÁRIA SUL, 5., 2015, Bagé. Resumos dos trabalhos... Bagé: Embrapa Pecuária Sul, 2015. p. 36. Editora técnica Claudia Cristina Gulias Gomes.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 98. | | JUNQUEIRA, V. S.; LOPES, P. S.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; LOURENÇO, D. A. L.; YOKOO, M. J. I.; CARDOSO, F. F. Impact of embryo transfer phenotypic records on large-scale beef cattle genetic evaluations. Revista Brasileira de Zootecnia, Viçosa, MG, v. 47, e20170033, 2018. 4 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas; Embrapa Pecuária Sul. |
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| 99. | | YOKOO, M. J. I.; MAGNABOSCO, C. de U.; GONZALEZ, R. D. S.; FARIA, C. U. de; ARAUJO, F. R. da C.; ROSA, G. J. e M.; CARDOSO, F. F.; ALBUQUERQUE, L. G. de. Avaliação genética de características de carcaça utilizando a técnica do ultrassom em bovinos de corte. Bagé: Embrapa Pecuária Sul, 2011. 33 p. il. (Embrapa Pecuária Sul. Documentos, 115).| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 100. | | CARDOSO, F. F.; REIMANN, F. A.; YOKOO, M. J. I.; GULIAS GOMES, C. C.; SOLLERO, B. P.; CARDOSO, L. L.; ROSO, V. M.; BRITO, F. V.; CAETANO, A. R. Avaliação genômica para características de adaptação e caracterização racial de touros Hereford e Braford: edição 2016. Bagé: Embrapa Pecuária Sul, 2016. 92 p. (Embrapa Pecuária Sul. Documentos, 151).| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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