|
|
![](/consulta/web/img/deny.png) | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Para informações adicionais entre em contato com cenargen.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
Data corrente: |
16/02/2012 |
Data da última atualização: |
27/02/2023 |
Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
Autoria: |
VIEIRA, F. D.; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, S. R. de M.; HIGA, R. |
Afiliação: |
FÁBIO DANILO VIEIRA, CNPTIA; SAMUEL REZENDE PAIVA, CENARGEN; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; STANLEY ROBSON DE MEDEIROS OLIVEIRA, CNPTIA; ROBERTO HIROSHI HIGA, CNPTIA. |
Título: |
Databases & data integration text mining & information extraction. |
Ano de publicação: |
2011 |
Fonte/Imprenta: |
In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 7.; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE IBEROAMERICAN SOCIETY FOR BIOINFORMATICS, 3., 2011, Florianópolis. Proceedings... Florianópolis: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2011. |
Páginas: |
Não paginado. |
Idioma: |
Inglês |
Notas: |
X-MEETING, 2011. |
Conteúdo: |
In recent years, with the joint development of biotechnology and bioinformatics, applications that use DNA analysis in the animal breeding area have spread out. In particular, applications that make use of molecular markers of type SNP are among the most important ones. With the recent advances achieved by the DNA sequencing technology, it is possible to identify hundred of thousands of SNPs variants per animal. In this work, we propose a methodology to identify in a dataset a set of SNPs whose allele frequencies certify each of the sheep breeds (Creole, Santa Ines and Morada Nova). We used a dataset of SNP markers provided by the Sheep Genome Consortium International, obtained through the Network of Animal Genomics Embrapa. We applied data mining techniques, especially attribute selection methods and algorithms for generating association rules. The first step was to make the selection of attributes, due to the high number of SNP markers, with almost 60,000 markers for each animal. Subsequently, we applied the Apriori algorithm in order to generate association rules with the purpose of obtaining SNPs whose allelic values could determine the breed that each animal belongs to. The results showed that, with minimal support of 15% and minimum confidence of 90%, some SNPs have values that appear only in a particular breed. The best rules appear at the top of the list due to high values of support and confidence achieved. It was observed that the top 35 associations rules are related to Creole, with support of 30% and confidence of 100% . The first rule indicates that one of the selected markers with a certain a homozigous allele characterizes the breed is Creole, appearing in 22 records (30% of the total, which has 72 records) and 100% confidence, i.e., in 22 times that the marker came up with this value, the breed was related to Creole. The results need to be better evaluated and validated by experts, but they seem to be of great importance for future work. The methodology proposed in this work could be used to support breeding programs for sheep in progeny tests. References MACQUEEN, J. B. (1967). Some Methods for classification and Analysis of Multivariate Observations. MenosIn recent years, with the joint development of biotechnology and bioinformatics, applications that use DNA analysis in the animal breeding area have spread out. In particular, applications that make use of molecular markers of type SNP are among the most important ones. With the recent advances achieved by the DNA sequencing technology, it is possible to identify hundred of thousands of SNPs variants per animal. In this work, we propose a methodology to identify in a dataset a set of SNPs whose allele frequencies certify each of the sheep breeds (Creole, Santa Ines and Morada Nova). We used a dataset of SNP markers provided by the Sheep Genome Consortium International, obtained through the Network of Animal Genomics Embrapa. We applied data mining techniques, especially attribute selection methods and algorithms for generating association rules. The first step was to make the selection of attributes, due to the high number of SNP markers, with almost 60,000 markers for each animal. Subsequently, we applied the Apriori algorithm in order to generate association rules with the purpose of obtaining SNPs whose allelic values could determine the breed that each animal belongs to. The results showed that, with minimal support of 15% and minimum confidence of 90%, some SNPs have values that appear only in a particular breed. The best rules appear at the top of the list due to high values of support and confidence achieved. It was observed that the top 35 associations rules are rela... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Marcadores moleculares SNP; Mineração de texto; Recuperação da informação; Text mining. |
Thesagro: |
Base de Dados. |
Thesaurus Nal: |
Databases; Information retrieval. |
Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
Marc: |
LEADER 03250nam a2200265 a 4500 001 1915906 005 2023-02-27 008 2011 bl uuuu u01u1 u #d 100 1 $aVIEIRA, F. D. 245 $aDatabases & data integration text mining & information extraction.$h[electronic resource] 260 $aIn: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 7.; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE IBEROAMERICAN SOCIETY FOR BIOINFORMATICS, 3., 2011, Florianópolis. Proceedings... Florianópolis: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional$c2011 300 $aNão paginado. 500 $aX-MEETING, 2011. 520 $aIn recent years, with the joint development of biotechnology and bioinformatics, applications that use DNA analysis in the animal breeding area have spread out. In particular, applications that make use of molecular markers of type SNP are among the most important ones. With the recent advances achieved by the DNA sequencing technology, it is possible to identify hundred of thousands of SNPs variants per animal. In this work, we propose a methodology to identify in a dataset a set of SNPs whose allele frequencies certify each of the sheep breeds (Creole, Santa Ines and Morada Nova). We used a dataset of SNP markers provided by the Sheep Genome Consortium International, obtained through the Network of Animal Genomics Embrapa. We applied data mining techniques, especially attribute selection methods and algorithms for generating association rules. The first step was to make the selection of attributes, due to the high number of SNP markers, with almost 60,000 markers for each animal. Subsequently, we applied the Apriori algorithm in order to generate association rules with the purpose of obtaining SNPs whose allelic values could determine the breed that each animal belongs to. The results showed that, with minimal support of 15% and minimum confidence of 90%, some SNPs have values that appear only in a particular breed. The best rules appear at the top of the list due to high values of support and confidence achieved. It was observed that the top 35 associations rules are related to Creole, with support of 30% and confidence of 100% . The first rule indicates that one of the selected markers with a certain a homozigous allele characterizes the breed is Creole, appearing in 22 records (30% of the total, which has 72 records) and 100% confidence, i.e., in 22 times that the marker came up with this value, the breed was related to Creole. The results need to be better evaluated and validated by experts, but they seem to be of great importance for future work. The methodology proposed in this work could be used to support breeding programs for sheep in progeny tests. References MACQUEEN, J. B. (1967). Some Methods for classification and Analysis of Multivariate Observations. 650 $aDatabases 650 $aInformation retrieval 650 $aBase de Dados 653 $aMarcadores moleculares SNP 653 $aMineração de texto 653 $aRecuperação da informação 653 $aText mining 700 1 $aPAIVA, S. R. 700 1 $aYAMAGISHI, M. E. B. 700 1 $aOLIVEIRA, S. R. de M. 700 1 $aHIGA, R.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Unidades Centrais. |
Data corrente: |
03/11/2014 |
Data da última atualização: |
02/06/2017 |
Autoria: |
SCHWAB, N. T.; STRECK, N. A.; LANGNER, J. A.; RIBEIRO, B. S. M. R.; UHLMANN, L. O.; BECKER, C. C. |
Afiliação: |
NATALIA TEIXEIRA SCHWAB; NEREU AUGUSTO STRECK; JOSANA ANDREIA LANGNER; BRUNA SAN MARTIN ROLIM RIBEIRO; LILIAN OSMARI UHLMANN; CAMILA COELHO BECKER. |
Título: |
Aplicabilidade do termo antocrono para representar a velocidade de abertura de flores em inflorescência. |
Ano de publicação: |
2014 |
Fonte/Imprenta: |
Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 49, n. 9, p. 657-664, set. 2014. |
Idioma: |
Português |
Notas: |
Título em inglês: Biology and fertility life table of grapevine aphid on grape cultivars. |
Conteúdo: |
O objetivo deste trabalho foi propor um termo para representar o intervalo de tempo de abertura entre flores sucessivas em inflorescências, e verificar a aplicabilidade deste termo a gladíolo de corte. O termo foi construído pela junção dos radicais gregos anto‑ (antos = flor) e crono‑ (cronos = tempo), para corresponder ao tempo necessário para a abertura de flores sucessivas em ramos florais (inflorescências), tendo-se como unidade o tempo por flor. Para testar o conceito e a aplicabilidade do termo, dados do número acumulado de floretes abertos em espigas de gladíolo foram coletados em dois experimentos de campo, em Santa Maria, RS, de agosto de 2011 a novembro de 2013. Para cada parcela de seis plantas, realizou-se uma regressão linear simples entre o número acumulado de floretes abertos na haste floral e os dias após a emergência das plantas. O termo foi denominado ?antocrono? e, em gladíolo, foi estimado como sendo o inverso do coeficiente angular da regressão linear, com a unidade dias por florete. O antocrono em gladíolo depende da cultivar e decresce com o aumento da temperatura do ar, durante o período de florescimento da espiga. |
Palavras-Chave: |
Antese; Filocrono. |
Thesagro: |
Fenologia; Gladiolo; Gladiolus grandiflorus; Inflorescência. |
Categoria do assunto: |
-- |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/110879/1/Aplicabilidade-do-termo-antocrono.pdf
|
Marc: |
LEADER 02038naa a2200265 a 4500 001 1998995 005 2017-06-02 008 2014 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aSCHWAB, N. T. 245 $aAplicabilidade do termo antocrono para representar a velocidade de abertura de flores em inflorescência. 260 $c2014 500 $aTítulo em inglês: Biology and fertility life table of grapevine aphid on grape cultivars. 520 $aO objetivo deste trabalho foi propor um termo para representar o intervalo de tempo de abertura entre flores sucessivas em inflorescências, e verificar a aplicabilidade deste termo a gladíolo de corte. O termo foi construído pela junção dos radicais gregos anto‑ (antos = flor) e crono‑ (cronos = tempo), para corresponder ao tempo necessário para a abertura de flores sucessivas em ramos florais (inflorescências), tendo-se como unidade o tempo por flor. Para testar o conceito e a aplicabilidade do termo, dados do número acumulado de floretes abertos em espigas de gladíolo foram coletados em dois experimentos de campo, em Santa Maria, RS, de agosto de 2011 a novembro de 2013. Para cada parcela de seis plantas, realizou-se uma regressão linear simples entre o número acumulado de floretes abertos na haste floral e os dias após a emergência das plantas. O termo foi denominado ?antocrono? e, em gladíolo, foi estimado como sendo o inverso do coeficiente angular da regressão linear, com a unidade dias por florete. O antocrono em gladíolo depende da cultivar e decresce com o aumento da temperatura do ar, durante o período de florescimento da espiga. 650 $aFenologia 650 $aGladiolo 650 $aGladiolus grandiflorus 650 $aInflorescência 653 $aAntese 653 $aFilocrono 700 1 $aSTRECK, N. A. 700 1 $aLANGNER, J. A. 700 1 $aRIBEIRO, B. S. M. R. 700 1 $aUHLMANN, L. O. 700 1 $aBECKER, C. C. 773 $tPesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF$gv. 49, n. 9, p. 657-664, set. 2014.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
Registro original: |
Embrapa Unidades Centrais (AI-SEDE) |
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
Fechar
|
Expressão de busca inválida. Verifique!!! |
|
|