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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
04/08/2005 |
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Data da última atualização: |
17/01/2020 |
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Autoria: |
MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; OLIVEIRA, A.; DOMINIQUINI, F.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; TOGAWA, R. C.; NESHICH, G. |
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Afiliação: |
ADAUTO LUIZ MANCINI, CNPTIA; ROBERTO HIROSHI HIGA, CNPTIA; Cenargen; CNPTIA; PAULA REGINA KUSER FALCAO, CNPTIA; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; ROBERTO COITI TOGAWA, Cenargen; GORAN NESIC, CNPTIA. |
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Título: |
Sting contacts: a web-based application for identification and analysis of amino acid contacts within protein structure and across protein interfaces. |
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Ano de publicação: |
2004 |
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Fonte/Imprenta: |
Bioinformatics, v. 20, n. 13, p. 2145-2147, 2004. |
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DOI: |
10.1093/bioinformatics/bth203 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Na publicação: P. R. Kuser. |
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Conteúdo: |
Amino acid contacts in terms of atomic interactions are essential factors to be considered in the analysis of the structure of a protein and its complexes. Consequently, molecular biologists do require specific tools for the identification and visualization of all such contacts. Graphical contacts (GC) and interface forming residue graphical contacts (IFRgc) presented here, calculate atomic contacts among amino acids based on a table of predefined pairs of the atom types and their distances, and then display them using number of different forms. The inventory of currently listed contact types by GC and IFRgc include hydrogen bonds (in nine different flavors), hydrophobic interactions, charge?charge interactions, aromatic stacking and disulfide bonds. Such extensive catalog of the interactions, representing the forces that govern protein folding, stability and binding, is the key feature of these two applications. GC and IFRgc are part of STING Millennium Suite. |
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Palavras-Chave: |
Sting Millennium Suite. |
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Thesagro: |
Aminoácido; Proteina. |
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Thesaurus Nal: |
Amino acids; Proteins. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
LEADER 01880naa a2200289 a 4500
001 1009086
005 2020-01-17
008 2004 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $a10.1093/bioinformatics/bth203$2DOI
100 1 $aMANCINI, A. L.
245 $aSting contacts$ba web-based application for identification and analysis of amino acid contacts within protein structure and across protein interfaces.$h[electronic resource]
260 $c2004
500 $aNa publicação: P. R. Kuser.
520 $aAmino acid contacts in terms of atomic interactions are essential factors to be considered in the analysis of the structure of a protein and its complexes. Consequently, molecular biologists do require specific tools for the identification and visualization of all such contacts. Graphical contacts (GC) and interface forming residue graphical contacts (IFRgc) presented here, calculate atomic contacts among amino acids based on a table of predefined pairs of the atom types and their distances, and then display them using number of different forms. The inventory of currently listed contact types by GC and IFRgc include hydrogen bonds (in nine different flavors), hydrophobic interactions, charge?charge interactions, aromatic stacking and disulfide bonds. Such extensive catalog of the interactions, representing the forces that govern protein folding, stability and binding, is the key feature of these two applications. GC and IFRgc are part of STING Millennium Suite.
650 $aAmino acids
650 $aProteins
650 $aAminoácido
650 $aProteina
653 $aSting Millennium Suite
700 1 $aHIGA, R. H.
700 1 $aOLIVEIRA, A.
700 1 $aDOMINIQUINI, F.
700 1 $aFALCAO, P. R. K.
700 1 $aYAMAGISHI, M. E. B.
700 1 $aTOGAWA, R. C.
700 1 $aNESHICH, G.
773 $tBioinformatics$gv. 20, n. 13, p. 2145-2147, 2004.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
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Status |
URL |
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| Registros recuperados : 241 | |
| 141. |  | KUSER-FALCÃO, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, F. R.; LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; HIGA, R.; VIEIRA, F. Embrapa Bioinformatics Multi-Users Laboratory - LMB. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 8., 2012, Campinas. Abstract book... Ribeirão Preto: AB3C, 2012. Não paginado. X-MEETING 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 142. | | FALCÃO, P. R. K.; MAZONI, I.; YAMAGISHI, M. E. B.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; SANTOS, E. H. dos; OLIVEIRA, S. R. de M.; NESHICH, G. Protein ligand contacts analyzed in an integrated environment with the other sequence and structure related parameters. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. Na publicação: Paula Kuser, Stanley R. M. Oliveira. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-49.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 143. | | NEVES, K. de O. G.; SILVA, J. C. I. da; QUEIROZ, C. A.; YAMAGISHI, M. E. B.; KOOLEN, H. H.; SILVA, G. F. da. Prospecção de produtos naturais de interesse biotecnológico com base na análise genômica de Streptomyces sp. MAD 27. In: CONGRESSO SOBRE DIVERSIDADE MICROBIANA DA AMAZÔNIA, 8., 2023, Manaus. Diversidade microbiana: desafios e oportunidades: anais. Manaus: UFAM: EMBRAPA: UFRR, 2023. p. 78. CDMICRO 2023.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 144. | | NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINAGLIA, T.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G. Projeções de superfície 3D no plano para análise de interfaces proteicas através do Sting. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2006. 5 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Comunicado técnico, 78). Na publicação: Goran Neshich.| Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 145. | | GERHARDT, I. R.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; LOBO, F.; PENCHEL, R. M.; MISSIAGGIA, A. A.; ZERLOTINI, A.; SILVA, F. R. da. RNA-seq analysis of Eucalyptus genotypes that differ in carbon allocation. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY; STRUCTURAL BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOPHYSICS CONFERENCE MEETING, 8., 2012, Long Beach, California. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2012. Não paginado. 1 Poster. ISMB 2012. Poster G19. Também publicado em: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 21.; EUROPEAN CONFERENCE ON COMPUTATIONAL BIOLOGY, 12., 2013, Berlin. Posters... Berlin: ISCB, 2013. Não paginado....| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 146. | | GERHARDT, I. R.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; LOBO, F. P.; PENCHEL, R. M.; MISSIAGGIA, A. A.; ZERLOTINI, A.; SILVA, F. R. da. RNA-seq analysis of Eucalyptus genotypes that differ in carbon allocation. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY; STRUCTURAL BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOPHYSICS CONFERENCE MEETING, 8., 2012, Long Beach, California. Abstracts. 1 Pôster. Poster G19.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 147. | | GERHARDT, I. R.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; LOBO, F. P.; PENCHEL, R. M.; MISSIAGGIA, A. A.; ZERTOLINI, A.; SILVA, F. R. da. RNA-Seq Analysis of Eucalyptus Genotypes that Differ in Carbon Allocation. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 8., 2012, Campinas. Abstract book. [S.l.: s.n.], 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 148. | | JARDINE, J. G.; NESHICH, G.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MARANGONI, S.; MARTINS, D.; WINCK, F. V.; NOVELLO, J. C. Molecular modeling of the protein twitching motility of Xylella fastidiosa. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 99. Na publicação: Stanley R. M. Oliveira. X-meeting 2005. Presented Posters.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 151. | | SILVA, J. C. I. da; NEVES, K. de O. G.; QUEIROZ, C. A.; YAMAGISHI, M. E. B.; KOOLEN, H. H. F.; SILVA, G. F. da. Mineração genômica de Penicillium labradorum INPA-AP10: prospecção de produtos naturais em linhagem isolada de sedimentos do rio Amazonas. In: CONGRESSO SOBRE DIVERSIDADE MICROBIANA DA AMAZÔNIA, 8., 2023, Manaus. Diversidade microbiana: desafios e oportunidades: anais. Manaus: UFAM: EMBRAPA: UFRR, 2023. p. 70.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 152. | | FALCAO, P. R. K.; TADA, S. F. de S.; SOUZA, A. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; FILETO, R.; HIGA, R. H.; NESHICH, G. Modelagem molecular da proteína small heat shock de Xylella fastidiosa. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2004. 5 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Comunicado técnico, 64). Na publicação: Michel Eduardo Beleza Yamaghishi.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 154. | | IBELLI, A. M. G.; GIACHETTO, P. F.; OLIVEIRA, M. C. de S.; YAMAGISHI, M. E. B.; VENERONI, G. B.; TIZIOTO, P. C.; REGITANO, L. C. de A. Vias regulatórias envolvidas na resistência e susceptibilidade de bovinos infestados com carrapato Rhipicephalus (Boophilus) microplus. In: WORKSHOP DA REDE GENÔMICA ANIMAL, 1., 2009, Fortaleza. Anais... Fortaleza, Rede Genômica Animal, 2009| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 155. | | SILVA, N. M. L.; IANELLA, P.; YAMAGISHI, M. E. B.; ROCHA, J. L.; FARIAS, F. A.; GUERRELHAS, A. C.; CAETANO, A. R. Validation of a low-density SNP panel for genetic structure and diversity analysis of Pacific white shrimp (Litopenaeus vannamei). In: BRAZILIAN CONGRESS OF GENETICS, 66.; SIMPÓSIO DE CITOGENÉTICA E GENÉTICAS DE PEIXES, 19.; REUNIÃO DE GENÉTICA DE MICRORGANISMOS, 32.; CONGRESSO LATINO-AMERICANO DE GENÉTICA PARA CONSERVAÇÃO, 2., 2021. [Abstracts]. Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2021. p. 281. Evento online.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 156. | | VILLELA, L. C. V.; ALVES, A.; VARELA, E. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. Sequenciamento, montagem de novo e anotação do mitogenoma de Pseudoplatystoma reticulatum (Eigenmman & Eigenmman). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 4., 2016, Curitiba. Recursos genéticos no Brasil: a base para o desenvolvimento sustentável: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2016. p. 104.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 157. | | VILLELA, L. C. V.; ALVES, A.; VARELA, E. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. Sequenciamento, montagem de novo e anotação do mitogenoma de Pseudoplatystoma reticulatum (Eigenmman & Eigenmman). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 4., 2016, Curitiba. Recursos genéticos no Brasil: a base para o desenvolvimento sustentável: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2016. p. 104.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 158. | | IANELLA, P.; VARELA, E. S.; VILLELA, L. C. V.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, F. S. de; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. SNP discovery in three South American freshwater characiformes species by deep sequencing of Reduced Representation Libraries (RRL). In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 27., 2019, San Diego. Plant and animal genome abstracts. Livingston, NJ: Scherago, 2019. PE0268. PAG 2019.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 159. | | IANELLA, P.; VARELA, E. S.; VILLELA, L. C. V.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, F. S. de; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. SNP discovery in three South American freshwater characiformes species by deep sequencing of Reduced Representation Libraries (RRL). In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 27., 2019, San Diego. Plant and animal genome abstracts. Livingston, NJ: Scherago, 2019. PE0268| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 160. | | GIACHETTO, P. F.; HERAI, R. H.; NICIURA, S. C. M.; DODE, M. A. N.; REGITANO, L. C. de A.; YAMAGISHI, M. E. B. Transcritos quiméricos em bovinos. In: SIMPÓSIO SOBRE INOVAÇÃO E CRIATIVIDADE CIENTÍFICA NA EMBRAPA, 2., 2010, Brasília. Anais... Brasília: Embrapa, 2010. Não paginado. Pôster 77.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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