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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
03/08/2005 |
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Data da última atualização: |
17/01/2020 |
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Autoria: |
NESHICH, G.; ROCCHIA, W.; MANCINI, A. L.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER, P. R.; FILETO, R.; BAUDET, C.; PINTO, I. P.; MONTAGNER, A. J.; PALANDRANI, J. F.; KRAUCHENCO, J. N.; TORRES, R. C.; SOUZA, S.; TOGAWA, R. C.; HIGA, R. H. |
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Afiliação: |
GORAN NESHICH, CNPTIA; WALTER ROCCHIA, NEST-INFM; ADAUTO LUIZ MANCINI, CNPTIA; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; PAULA REGINA KUSER FALCAO, CNPTIA; RENATO FILETO; CHRISTIAN BAUDET; IVAN P. PINTO; ARNALDO J. MONTAGNER; JULIANA F. PALANDRANI; JOÃO N. KRAUCHENCO; RENATO C. TORRES; SAVIO SOUZA; ROBERTO COITI TOGAWA, CENARGEN; ROBERTO HIROSHI HIGA, CNPTIA. |
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Título: |
Java Protein Dossier: a novel web-based data visualization tool for comprehensive analysis of protein structure. |
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Ano de publicação: |
2004 |
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Fonte/Imprenta: |
Nucleic Acids Research, v. 32, W595-W601, 2004. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Java Protein Dossier (JPD) is a new concept, database and visualization tool providing one of the largest collections of the physicochemical parameters describing proteins´structure, stability, function and interaction with other macromolecules. By collecting as many descriptors/parameters as possible within a single database, we can achieve a better use of the available data and information. Furthermore, data grouping allows us to generate different parameters with the potential to provide new insights into the sequence-structure-function relationship. In JPD, residue selection can be performed according to multiple criteria. JPD can simultaneously display and analyze all the physicochemical parameters of any pair of structures, using precalculated structural alignments, allowing direct parameter comparison at corresponding amino acid positions among homologous structures. In order to focus on the physicochemical (and consequently pharmacological) profile of proteins, visualization tools (showing the structure and structural parameters) also had to be optimized. Our response to this challenge was the use of Java technology with its exceptional level of interactivity. |
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Palavras-Chave: |
Banco de dados; Estrutura proteica; Java. |
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Thesagro: |
Proteina. |
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Thesaurus Nal: |
Databases; Protein structure. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Registros recuperados : 242 | |
| 201. |  | HIGA, R. H.; TOGAWA, R. C.; MONTAGNER, A. J.; PALANDRANI, J. C. F.; OKIMOTO, I. K. S.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. Sting Millennium Suite: integrated software for extensive analyses of 3d structures of proteins and their complexes. BMC Bioinformatics, v. 5, p. 1-9, 2004. Na publicação: Paula R Kuser.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 202. | | HIGA, R. H.; TOGAWA, R. C.; MONTAGNER, A. J.; PALANDRANI, J. C. F.; OKIMOTO, I. K. S.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. Sting millennium suite: integrated software for extensive analyses of 3d structures of proteins and their complexes. BMC Bioinformatics, v. 5, n. 107, 2006.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: -- - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 203. | | OLIVEIRA, S. R. de M.; ALMEIDA, G. V.; SOUZA, K. R. R.; RODRIGUES, D. N.; KUSER-FALCÃO, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Sting_RDB: a relational database of structural parameters for protein analysis with support for data warehousing and data mining. Genetics and Molecular Research, v. 6, n. 4, p. 911-922, 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 204. | | NESHICH, G.; MANCINI, A. L.; YAMAGISHI, M. E. B.; FALCAO, P. R. K.; FILETO, R.; PINTO, I. P.; PALANDRANI, J. F.; KRAUCHENCO, J. N.; BAUDET, C.; MONTAGNER, A. J.; HIGA, R. H. STING Report: convenient web-based application for graphic and tabular presentations of protein sequence, structure and function descriptors from the STING database. Nucleic Acids Research, v. 33, p. D269-D274, 2005. Na publicação: Paula R. Kuser.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 205. | | PAPINE, J. M.; VIEIRA, M. S.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MAZONI, I.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H. dos. Structural analysis of proplasmepsin from the human malarial pathogen plasmodium vivax. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-34. Na publicação: Paula R. Kuser-Falcão, Stanley R. M. Oliveira, Edgar H. Santos.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 206. | | OLIVEIRA, S. R. de M.; YAMAGISHI, M. E. B.; BORRO, L. C.; FALCAO, P. R. K.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Uma metodologia para seleção de parâmetros em modelos de classificação de proteínas. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2006. 18 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Boletim de pesquisa e desenvolvimento, 14).| Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 207. | | NESHICH, G.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; CRUZ, S. A. B. da; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; HIGA, R. H. What makes the active site amino acids so different from the others: defining the structural descriptors specific for activity. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 149. Na publicação: Paula Kuser, Michel Yamagishi, Stanley Oliveira, Edgard Santos, Fabio Vieira, Sergio Cruz, Adauto Mancini, Roberto Higa. X-meeting 2005. Presented Posters.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 208. | | PAIM, T. P.; PAIVA, S. R.; TOLEDO, N. M. de; YAMAGISHI, M. E. B.; CARNEIRO, P. L. S.; FACO, O.; ARAUJO, A. M. de; AZEVEDO, H. C.; CAETANO, A. R.; BRAGA, R. M.; McMANUS, C. Origin and population structure of Brazilian hair sheep breeds. Animal Genetics, v. 52, n. 4, p. 492-504, Aug. 2021. Na publicação: M. B. Yamaghishi.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 209. | | YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, S. R. M.; BORRO, L. C.; SANTOS, E. H.; JARDINE, J. G.; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; NARCISO, M. G.; KUSER-FALCÃO, P. R.; NESHICH, G. Predicting enzyme class from protein structural parameters and bagging predictors. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-13.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 210. | | BORRO, L. C.; OLIVEIRA, S. R. M.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; NESHICH, G. Predicting enzyme class from protein structure using Bayesian classification. Genetics and Molecular Research, v. 5, n. 1, p. 193-202, 2006.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 211. | | GOUVEIA, G. V.; MEIRELLES, S. L.; GROSSI, D. A.; SANTIAGO, A. C.; SONSTEGARD, T. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; MATUKUMALLI, L. K.; COUTINHO, L. L.; ALENCAR, M. M. de; OLIVEIRA, H. N.; REGITANO, L. C. de A. Whole-genome analysis for backfat thickness in a tropically adapted, composite cattle breed from Brazil. Animal Genetics, v. 43, n. 5, p. 518-524, oct. 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 212. | | VENERONI-GOUVEIA, G.; MEIRELLES, S. L.; GROSSI, D. A.; SANTIAGO, A. C.; SONSTEGARD, T. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; MATUKUMALLI, L. K.; COUTINHO, L. L.; ALENCAR, M. M. de; OLIVEIRA, H. N.; REGITANO, L. C. A. Whole-genome analysis for backfat thickness in a tropically adapted, composite cattle breed from Brazil. Animal Genetics, v. 43, n. 5, p. 518?524, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 213. | | VENERONI-GOUVEIA, G.; MEIRELLES, S. L.; GROSSI, D. A.; SANTIAGO, A. C.; SONSTEGARD, T. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; MATUKUMALLI, L. K.; COUTINHO, L. L.; ALENCAR, M. M. de; OLIVEIRA, H. N.; REGITANO, L. C. de A. Whole-genome analysis for backfat thickness in a tropically adapted, composite cattle breed from Brazil. Animal Genetics, v. 43, n. 5, p. 518-524, nov. 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 214. | | NESHICH, G.; ROCCHIA, W.; MANCINI, A. L.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER, P. R.; FILETO, R.; BAUDET, C.; PINTO, I. P.; MONTAGNER, A. J.; PALANDRANI, J. F.; KRAUCHENCO, J. N.; TORRES, R. C.; SOUZA, S.; TOGAWA, R. C.; HIGA, R. H. Java Protein Dossier: a novel web-based data visualization tool for comprehensive analysis of protein structure. Nucleic Acids Research, v. 32, W595-W601, 2004.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 215. | | YAMAGISHI, M. E. B.; BEZERRA, G. B. P.; QUINALIA, T.; KUSER, P. R.; HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; CRUZ, S. A. B.; OLIVEIRA, S. R. M.; NESHICH, G.; RAY, N.; MAIGRET, B. An interative protein interface surface Java Viewer. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 17. X-meeting 2005. Presented posters.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 216. | | GOUVEIA, J. J. de S.; PAIVA, S. R.; MCMANUS, C. M.; CAETANO, A. R.; KIJAS, J. W.; FACO, O.; AZEVEDO, H. C.; ARAUJO, A. M. de; SOUZA, C. J. H. de; YAMAGISHI, M. E. B.; CARNEIRO, P. L. S.; LOBO, R. N. B.; OLIVEIRA, S. M. P. de; SILVA, M. V. G. B. Genome-wide search for signatures of selection in three major Brazilian locally adapted sheep breeds. Livestock Science, n. 197, p. 36-45, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Caprinos e Ovinos; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Meio-Norte; Embrapa Pecuária Sul; Embrapa Pesca e Aquicultura; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Tabuleiros Costeiros; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 217. | | STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; BUZANSKAS, M. E.; CHUD, T. C.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R. S.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. Genetic variants with potencial loss of function in Gyr, Girolando, and Guzerat cattle breeds by resequencing. Journal of Animal Science, v. 95, n. 4, p. 81, 2017. Edição dos abstracts do of Breeding and Genetics Symposium, Baltimore, 2017.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 218. | | STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; BUZANSKAS, M. E.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. Genetic variants with potential loss of function in Gyr, Girolando, and Guzerat cattle breeds by resequencing. Journal of Animal Science, v. 95, p. 81, 2017. Suplemento 4, Resumo 165. Edição de Abstracts do ASAS-CSAS Annual Meeting and Trade Show, Baltimore, 2017. Na publicação: A. Zerlotini, M. V. G. B. da Silva.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 219. | | STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; BUZANSKAS, M. E.; CHUD, T. C.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R. S.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. Genetiv variants with potencial loss of function in Gyr, Girolando, and Guzerat cattle breeds by resequencing. Journal of Animal Science, v. 95, n. suppl. 4, p. 81, 2017. Abstract of Breeding and Genetics Symposium, Baltimore, 2017.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 220. | | STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. Single nucleotide variants and InDels identified from whole-genome re-sequencing of Guzerat, Gyr, Girolando and Holstein cattle breeds. Plos One, v. 12, n. 3, p. 1-15, 2017. Artigo e0173954. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Marcos Vinicius Gualberto Barbosa da Silva.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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