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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
25/01/2010 |
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Data da última atualização: |
01/03/2010 |
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Tipo da produção científica: |
Software |
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Autoria: |
YAMAGISHI, M. E. B.; HERAI, R. H. |
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Afiliação: |
MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; ROBERTO HIROCHI HERAI, UNICAMP. |
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Título: |
RepGraph. Versão 1.0. |
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Ano de publicação: |
2009 |
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Fonte/Imprenta: |
Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2009. |
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Descrição Física: |
1 |
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Série: |
CD-ROM. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Ferramenta para busca e geração de uma representação gráfica entre os pares de sequências repetitivas presentes em dois transcritos distintos. Funcional no estudo de sequências repetitivas, e sua relação com fenômenos como trans-splicing. Instalação do Software RepGraph. -configurar os arquivo software/Bioinf/src/AddressBundle.properties, especificando os seguintes itens: -localização das bases de dados: genomas; -localização das ferramentas externas: mapeamento; -construir, com uso da ferramenta NetBeans, arquivo de distribuição em formato WAR, e hospedar em algum diretório de um servidor de aplicações com suporte a sistemas Java para WEB, como Apache Tomcat 6.0. -para executá-lo, acessar o endereço: http://www.ip_servidor:porta/Bioinf/gui/content/tools/alu/insertOneSequence.jsp |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Pares de sequências; Representação gráfica; Software. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
LEADER 01331nam a2200205 a 4500
001 1631050
005 2010-03-01
008 2009 bl uuuu u0uu1 u #d
100 1 $aYAMAGISHI, M. E. B.
245 $aRepGraph. Versão 1.0.
260 $aCampinas: Embrapa Informática Agropecuária$c2009
300 $c1
490 $aCD-ROM.
520 $aFerramenta para busca e geração de uma representação gráfica entre os pares de sequências repetitivas presentes em dois transcritos distintos. Funcional no estudo de sequências repetitivas, e sua relação com fenômenos como trans-splicing. Instalação do Software RepGraph. -configurar os arquivo software/Bioinf/src/AddressBundle.properties, especificando os seguintes itens: -localização das bases de dados: genomas; -localização das ferramentas externas: mapeamento; -construir, com uso da ferramenta NetBeans, arquivo de distribuição em formato WAR, e hospedar em algum diretório de um servidor de aplicações com suporte a sistemas Java para WEB, como Apache Tomcat 6.0. -para executá-lo, acessar o endereço: http://www.ip_servidor:porta/Bioinf/gui/content/tools/alu/insertOneSequence.jsp
650 $aBioinformatics
653 $aBioinformática
653 $aPares de sequências
653 $aRepresentação gráfica
653 $aSoftware
700 1 $aHERAI, R. H.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Registros recuperados : 241 | |
| 161. |  | SILVA, N. M. L.; IANELLA, P.; YAMAGISHI, M. E. B.; ROCHA, J. L.; FARIAS, F. A.; GUERRELHAS, A. C.; CAETANO, A. R. Validation of a low-density SNP panel for genetic structure and diversity analysis of Pacific white shrimp (Litopenaeus vannamei). In: BRAZILIAN CONGRESS OF GENETICS, 66.; SIMPÓSIO DE CITOGENÉTICA E GENÉTICAS DE PEIXES, 19.; REUNIÃO DE GENÉTICA DE MICRORGANISMOS, 32.; CONGRESSO LATINO-AMERICANO DE GENÉTICA PARA CONSERVAÇÃO, 2., 2021. [Abstracts]. Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2021. p. 281. Evento online.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 162. | | BELLI, A. M. G; GIACHETTO, P. F.; OLIVEIRA, M. C. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; VENERONI, G. B.; TIZIOTO, P. C.; REGITANO, L. C. A. Vias regulatórias envolvidas na resistência e susceptibilidade de bovinos infestados com carrapato Rhipicephalus (Boophilus) microplus. In: WORKSHOP EM GENÔMICA ANIMAL, 1., 2009, Ceará. Resumos... Ceará: UECE, 2009. Não paginado. WSRGA 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 163. | | IBELLI, A. M. G.; GIACHETTO, P. F.; OLIVEIRA, M. C. de S.; YAMAGISHI, M. E. B.; VENERONI, G. B.; TIZIOTO, P. C.; REGITANO, L. C. de A. Vias regulatórias envolvidas na resistência e susceptibilidade de bovinos infestados com carrapato Rhipicephalus (Boophilus) microplus. In: WORKSHOP DA REDE GENÔMICA ANIMAL, 1., 2009, Fortaleza. Anais... Fortaleza, Rede Genômica Animal, 2009| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 164. | | IDE, F. H.; VISOLI, M. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VACARI, I.; SANTOS, A. D. dos; QUEIROS, L. R.; COSTAS, I. R. S.; JOSÉ, S. C. B. R.; PÁDUA, J. G. Alelo - Gestor Integrado de Recursos Genéticos - Processo de Atendimento de Solicitação de Germoplasma Semente da coleção Colbase. Versão 0.32. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 165. | | IDE, F. H.; VISOLI, M. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VACARI, I.; SANTOS, A. D. dos; QUEIROS, L. R.; COSTA, I. R. S.; JOSE, S. C. B. R.; PÁDUA, J. G. Alelo - Gestor Integrado de Recursos Genéticos - Processo de Incorporação de Germoplasma Semente à coleção Colbase. Versão 0.32. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 166. | | IDE, F. H.; VISOLI, M. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VACARI, I.; SANTOS, A. D. dos; QUEIROS, L. R.; COSTAS, I. R. S.; JOSÉ, S. C. B. R.; PÁDUA, J. G. Alelo - Gestor Integrado de Recursos Genéticos - Processo de Monitoração da viabilidade das sementes armazenadas na coleção Colbase. Versão 0.32. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 167. | | IDE, F. H.; VISOLI, M. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VACARI, I.; SANTOS, A. D. dos; QUEIROS, L. R.; COSTAS, I. R. S.; JOSÉ, S. C. B. R.; PÁDUA, J. G. Alelo - Gestor Integrado de Recursos Genéticos - Serviços de apoio à Gestão da Conservação de Longo Prazo à -20o C. Versão 0.32. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 168. | | YAMAGISHI, M. E. B.; FALCAO, P. R. K.; BORRO, L. C.; OLIVEIRA, S. R. de M.; SANTOS, E. H. dos; JARDINE, J. G.; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; NARCISO, M. G.; NESHICH, G. Analysing protein-protein interface using JPIV. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-14. Na publicação: Paula R. Kuser-Falcão, Stanley R. M. Oliveira, Edgard H. Santos.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 169. | | CAETANO, A. R.; ALVES, A. L.; VARELA, E. S.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; HIGA, R. H.; PAIVA, S. R. Desenvolvimento de ferramentas genômicas para manejo e melhoramento genético de peixes nativos do Brasil. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 3., 2014, Santos. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 170. | | CAETANO, A. R.; ALVES, A. L.; VARELA, E. S.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; HIGA, R. H.; PAIVA, S. R. Desenvolvimento de ferramentas genômicas para manejo e melhoramento genético de peixes nativos do Brasil. In. CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 3., 2014, Santos. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2014. Resumo. 367. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 171. | | HIGA, R. H.; OLIVEIRA, A. G.; HORITA, L. G.; MIURA, R. T.; INOUE, M. K.; FALCAO, P. R. K.; MANCINI, A. L.; YAMAGISHI, M. E. B.; TOGAWA, R. C.; NESHICH, G. Defining 3D residue environment in protein structures using SCORPION and FORMIGA. Bioinformatics, v. 20, n. 12, p. 1989-1991, 2004. Na publicação: P. R. Kuser.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 172. | | ANGELO, P. C. da S.; YAMAGISHI, M. E. B.; SILVA, A. G.; PONCE, T. P.; ARIYOSHI, C.; SHIGUEOKA, L. H.; ARANTES, T.; GASPARINI, A. K.; SERA, G. H.; PEREIRA, L. F. P.; CAIXETA, E. T. Could genes allocated to SH3 loci contribute to other resistance factors? In: ASIC CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 29., 2023, Hanoi, Vietnam. Books of abstracts... Montpellier: ASIC, 2023. p. 167. ASIC 2023.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Café. |
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| 173. | | ZERLOTINI NETO, A.; STAFUZZA, N. B.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; SILVA, M. V. G. B. Detection of potential genetic variants affecting gene function in Guzerat cattle. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 12., 2016, Belo Horizonte. Proceedings... [S.l.]: AB3C, 2016. p. 47. X-meeting 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 174. | | ZERLOTINI NETO, A.; STAFUZZA, N. B.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; SILVA, M. V. G. B. Detection of potential genetic variants affecting gene function in Guzerat cattle. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 12., 2016, Belo Horizonte. Proceedings... [S.l.]: AB3C, 2016. p. 47. X-meeting 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 175. | | HIGA, R. H.; MONTAGNER, A. J.; TOGAWA, R. C.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; PAPPAS JUNIOR, G.; MIURA, R. T.; HORITA, L. G.; NESHICH, G. ConSSeq: a web-based application for analysis of amino acid conservation based on HSSP database and within context of structure. Bioinformatics, v. 20, n. 12, p. 1983-1985, 2004. Na publicação: P. R. Kuser.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 176. | | HIGA, R. H.; CRUZ, S. A. B. da; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; FILETO, R.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. Building multiple sequence alignments with a flavor of HSSP alignments. Genetics and Molecular Research, v. 5, n. 1, p. 127-137, 2006.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 177. | | CASTRO, G. S.; SOUZA, T. F.; SILVA, G. F. da; PEDROSO, R. C. N.; MENEZES, K. S.; SOARES, M. A.; DIAS, G. M.; SANTOS, A. O.; YAMAGISHI, M. E. B.; FARIA, J. V.; JANUÁRIO, A. H.; KOOLEN, H. H. F. Characterization of peptaibols produced by a marine strain of the fungus Trichoderma endophyticum via Mass Spectrometry, genome mining and phylogeny-based prediction. Metabolites, v. 13, n. 2, 221, Feb. 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 178. | | VILLELA, L. C. V.; ALVES, A. L.; VARELA, E. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, N. M. A. da; PONZETTO, J. M.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. Complete mitochondrial genome from South American catfish Pseudoplatystoma reticulatum (Eigenmann & Eigenmann) and its impact in Siluriformes phylogenetic tree. Genetica, v. 145, n. 1, p. 51-66, Feb. 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pesca e Aquicultura; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 179. | | CRUZ, S. A. B. da; MAZONI, I.; OLIVEIRA, S. R. de M.; YAMAGISHI, M. E. B.; FALCAO, P. R. K.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. JMOL and STING integration: a STING for multiple patforms. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 86. Na publicação: Stanley R. M. Oliveira, Paula R. Kuser, Edgard H. Santos. X-meeting 2005. Presented Posters.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 180. | | OLIVEIRA, S. R. de M.; ALMEIDA, G. V.; SOUZA, K. R. R.; RODRIGUES, D. N.; NESHICH, G.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G. An integrated database of structural parameters for protein analysis. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster B-44. Na publicação: Stanley R. M. Oliveira, Paula R. Kuser-Falcão, Edgard H. Santos.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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