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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
15/12/2009 |
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Data da última atualização: |
13/10/2016 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
HERAI, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B. |
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Afiliação: |
ROBERTO HIROCHI HERAI, CNPTIA; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA. |
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Título: |
Detection of human interchromosomal trans-splicing in sequence databanks. |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
Briefings in Bioinformatics, London, v. 2, n. 2, p. 198-209, 2010. |
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DOI: |
10.1093/bib/bbp041 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Trans-splicing is a common phenomenon in nematodes and kinetoplastids, and it has also been reported in other organisms, including humans. Up to now, all in silico strategies to find evidence of trans-splicing in humans have required that the candidate sequences follow the consensus splicing site rules (spliceosome-mediated mechanism). However, this criterion is not supported by the best human experimental evidence, which, except in a single case, do not follow canonical splicing sites. Moreover, recent findings describe a novel alternative tRNA mediated trans-splicing mechanism, which prescinds the spliceosome machinery. In order to answer the question, ?Are there hybrid mRNAs in sequence databanks, whose characteristics resemble those of the best human experimental evidence??, we have developed a methodology that successfully identified 16 hybrid mRNAs which might be instances of interchromosomal trans-splicing. Each hybrid mRNA is formed by a trans-spliced region (TSR), which was successfully mapped either onto known genes or onto a human endogenous retrovirus (HERV-K) transcript which supports their transcription. The existence of these hybrid mRNAs indicates that trans-splicing may be more widespread than believed. Furthermore, non-canonical splice site patterns suggest that infrequent splicing sites may occur under special conditions, or that an alternative trans-splicing mechanism is involved. Finally, our candidates are supposedly from normal tissue, and a recent study has reported that trans-splicing may occur not only in malignant tissues, but in normal tissues as well. Our methodology can be applied to 5'-UTR, coding sequences and 3'-UTR in order to find new candidates for a posteriori experimental confirmation. MenosTrans-splicing is a common phenomenon in nematodes and kinetoplastids, and it has also been reported in other organisms, including humans. Up to now, all in silico strategies to find evidence of trans-splicing in humans have required that the candidate sequences follow the consensus splicing site rules (spliceosome-mediated mechanism). However, this criterion is not supported by the best human experimental evidence, which, except in a single case, do not follow canonical splicing sites. Moreover, recent findings describe a novel alternative tRNA mediated trans-splicing mechanism, which prescinds the spliceosome machinery. In order to answer the question, ?Are there hybrid mRNAs in sequence databanks, whose characteristics resemble those of the best human experimental evidence??, we have developed a methodology that successfully identified 16 hybrid mRNAs which might be instances of interchromosomal trans-splicing. Each hybrid mRNA is formed by a trans-spliced region (TSR), which was successfully mapped either onto known genes or onto a human endogenous retrovirus (HERV-K) transcript which supports their transcription. The existence of these hybrid mRNAs indicates that trans-splicing may be more widespread than believed. Furthermore, non-canonical splice site patterns suggest that infrequent splicing sites may occur under special conditions, or that an alternative trans-splicing mechanism is involved. Finally, our candidates are supposedly from normal tissue, and a recent stu... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Banco de dados; Bioinformática; Inter-chromosomal trans-splicing; Non-canonical splicing sites; TRNA-mediatedtrans-splicing. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/148693/1/AP-Brief-Bioinform-2010-Herai-198-209.pdf
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Marc: |
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005 2016-10-13
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520 $aTrans-splicing is a common phenomenon in nematodes and kinetoplastids, and it has also been reported in other organisms, including humans. Up to now, all in silico strategies to find evidence of trans-splicing in humans have required that the candidate sequences follow the consensus splicing site rules (spliceosome-mediated mechanism). However, this criterion is not supported by the best human experimental evidence, which, except in a single case, do not follow canonical splicing sites. Moreover, recent findings describe a novel alternative tRNA mediated trans-splicing mechanism, which prescinds the spliceosome machinery. In order to answer the question, ?Are there hybrid mRNAs in sequence databanks, whose characteristics resemble those of the best human experimental evidence??, we have developed a methodology that successfully identified 16 hybrid mRNAs which might be instances of interchromosomal trans-splicing. Each hybrid mRNA is formed by a trans-spliced region (TSR), which was successfully mapped either onto known genes or onto a human endogenous retrovirus (HERV-K) transcript which supports their transcription. The existence of these hybrid mRNAs indicates that trans-splicing may be more widespread than believed. Furthermore, non-canonical splice site patterns suggest that infrequent splicing sites may occur under special conditions, or that an alternative trans-splicing mechanism is involved. Finally, our candidates are supposedly from normal tissue, and a recent study has reported that trans-splicing may occur not only in malignant tissues, but in normal tissues as well. Our methodology can be applied to 5'-UTR, coding sequences and 3'-UTR in order to find new candidates for a posteriori experimental confirmation.
650 $aBioinformatics
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653 $aNon-canonical splicing sites
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773 $tBriefings in Bioinformatics, London$gv. 2, n. 2, p. 198-209, 2010.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| 161. |  | SILVA, N. M. L.; IANELLA, P.; YAMAGISHI, M. E. B.; ROCHA, J. L.; FARIAS, F. A.; GUERRELHAS, A. C.; CAETANO, A. R. Validation of a low-density SNP panel for genetic structure and diversity analysis of Pacific white shrimp (Litopenaeus vannamei). In: BRAZILIAN CONGRESS OF GENETICS, 66.; SIMPÓSIO DE CITOGENÉTICA E GENÉTICAS DE PEIXES, 19.; REUNIÃO DE GENÉTICA DE MICRORGANISMOS, 32.; CONGRESSO LATINO-AMERICANO DE GENÉTICA PARA CONSERVAÇÃO, 2., 2021. [Abstracts]. Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2021. p. 281. Evento online.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 162. | | BELLI, A. M. G; GIACHETTO, P. F.; OLIVEIRA, M. C. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; VENERONI, G. B.; TIZIOTO, P. C.; REGITANO, L. C. A. Vias regulatórias envolvidas na resistência e susceptibilidade de bovinos infestados com carrapato Rhipicephalus (Boophilus) microplus. In: WORKSHOP EM GENÔMICA ANIMAL, 1., 2009, Ceará. Resumos... Ceará: UECE, 2009. Não paginado. WSRGA 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 163. | | IBELLI, A. M. G.; GIACHETTO, P. F.; OLIVEIRA, M. C. de S.; YAMAGISHI, M. E. B.; VENERONI, G. B.; TIZIOTO, P. C.; REGITANO, L. C. de A. Vias regulatórias envolvidas na resistência e susceptibilidade de bovinos infestados com carrapato Rhipicephalus (Boophilus) microplus. In: WORKSHOP DA REDE GENÔMICA ANIMAL, 1., 2009, Fortaleza. Anais... Fortaleza, Rede Genômica Animal, 2009| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 164. | | IDE, F. H.; VISOLI, M. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VACARI, I.; SANTOS, A. D. dos; QUEIROS, L. R.; COSTAS, I. R. S.; JOSÉ, S. C. B. R.; PÁDUA, J. G. Alelo - Gestor Integrado de Recursos Genéticos - Processo de Atendimento de Solicitação de Germoplasma Semente da coleção Colbase. Versão 0.32. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 165. | | IDE, F. H.; VISOLI, M. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VACARI, I.; SANTOS, A. D. dos; QUEIROS, L. R.; COSTA, I. R. S.; JOSE, S. C. B. R.; PÁDUA, J. G. Alelo - Gestor Integrado de Recursos Genéticos - Processo de Incorporação de Germoplasma Semente à coleção Colbase. Versão 0.32. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 166. | | IDE, F. H.; VISOLI, M. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VACARI, I.; SANTOS, A. D. dos; QUEIROS, L. R.; COSTAS, I. R. S.; JOSÉ, S. C. B. R.; PÁDUA, J. G. Alelo - Gestor Integrado de Recursos Genéticos - Processo de Monitoração da viabilidade das sementes armazenadas na coleção Colbase. Versão 0.32. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 167. | | IDE, F. H.; VISOLI, M. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VACARI, I.; SANTOS, A. D. dos; QUEIROS, L. R.; COSTAS, I. R. S.; JOSÉ, S. C. B. R.; PÁDUA, J. G. Alelo - Gestor Integrado de Recursos Genéticos - Serviços de apoio à Gestão da Conservação de Longo Prazo à -20o C. Versão 0.32. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 168. | | YAMAGISHI, M. E. B.; FALCAO, P. R. K.; BORRO, L. C.; OLIVEIRA, S. R. de M.; SANTOS, E. H. dos; JARDINE, J. G.; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; NARCISO, M. G.; NESHICH, G. Analysing protein-protein interface using JPIV. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-14. Na publicação: Paula R. Kuser-Falcão, Stanley R. M. Oliveira, Edgard H. Santos.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 169. | | CAETANO, A. R.; ALVES, A. L.; VARELA, E. S.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; HIGA, R. H.; PAIVA, S. R. Desenvolvimento de ferramentas genômicas para manejo e melhoramento genético de peixes nativos do Brasil. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 3., 2014, Santos. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pesca e Aquicultura; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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