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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
17/11/2006 |
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Data da última atualização: |
28/02/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento |
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Autoria: |
OLIVEIRA, S. R. de M.; YAMAGISHI, M. E. B.; BORRO, L. C.; FALCAO, P. R. K.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. |
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Afiliação: |
STANLEY ROBSON DE MEDEIROS OLIVEIRA, CNPTIA; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; LUIZ CÉSAR BORRO; PAULA REGINA KUSER FALCAO, CNPTIA; EDGARD HENRIQUE DOS SANTOS, CNPTIA; FABIO DANILO VIEIRA, CNPTIA; IVAN MAZONI, CNPTIA; JOSE GILBERTO JARDINE, CNPTIA; GORAN NESIC, CNPTIA. |
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Título: |
Uma metodologia para seleção de parâmetros em modelos de classificação de proteínas. |
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Ano de publicação: |
2006 |
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Fonte/Imprenta: |
Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2006. |
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Páginas: |
18 p. |
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Série: |
(Embrapa Informática Agropecuária. Boletim de pesquisa e desenvolvimento, 14). |
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ISSN: |
1677-9266 |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Os principais desafios relacionados ao problema de classificação de enzimas em banco de dados de estruturas de proteínas são: 1) o ruído presente nos dados; 2) o grande número de variáveis; 3) o número não-balanceado de membros por classe. Para abordar esses desafios, apresenta-se uma metodologia para seleção de parâmetros, que combina recursos de matemática (ex: Transformada Discreta do Cosseno) e da estatística (ex:.g., correlação de variáveis e amostragem com reposição). A metodologia foi validada considerando-se os três principais métodos de classificação da literatura, a saber; árvore de decisão, classificação Bayesiana e redes neurais. Os experimentos demonstram que essa metodologia é simples, eficiente e alcança resultados semelhantes àqueles obtidos pelas principais técnicas para seleção de parâmetros na literatura.Termos para indexação classificação de enzimas,predição de função de proteínas, estruturas de proteínas, banco de dados de proteínas, seleção de parâmetros, métodos para classsificação de dados. |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Classificação de proteínas; Mineração de dados. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/CNPTIA/11314/1/bp14.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 241 | |
| 181. |  | IBELLI, A. M. G.; GIACHETTO, P. F.; CARDOSO, F. F.; HIGA, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, M. C. de S.; RIBEIRO, A. R. B.; TIZIOTO, P. C.; REGITANO, L. C. de A. Identification of new genes in cattle of different genetic groups activated in response to tick Rhipicephalus (Boophilus) microplus. In: REUNIÓN DE LA ASOCIACIÓN LATINOAMERICANA DE PRODUCCIÓN ANIMAL, 22., 2011, Montevideo, Uruguay. Memorias... Montevideo: Asociación Uruguaya de Producción Animal, 2011. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 182. | | IBELLI, A. M. G.; GIACHETTO, P. F.; CARDOSO, F. F.; HIGA, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, M. C. de S.; RIBEIRO, A. R. B.; TIZIOTO, P. C.; REGITANO, L. C. de A. Identification of new genes in cattle of different genetic groups activated in response to tick Rhipicephalus (Boophilus) microplus. Archivos Latinoamericano de Producion Animal, v. 19, (supl. 1), p. 221, 2011| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 183. | | VILLELA, L. C. V.; ALVES, A. L.; VARELA, E. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, N. M. A. da; PONZETTO, J. M.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. Complete mitochondrial genome from South American catfish Pseudoplatystoma reticulatum (Eigenmann & Eigenmann) and its impact in Siluriformes phylogenetic tree. Genetica, v. 145, n. 1, p. 51-66, Feb. 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pesca e Aquicultura; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 184. | | CAETANO, A. R.; ALVES, A. L.; VARELA, E. S.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; HIGA, R. H.; PAIVA, S. R. Desenvolvimento de ferramentas genômicas para manejo e melhoramento genético de peixes nativos do Brasil. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 3., 2014, Santos. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 185. | | CAETANO, A. R.; ALVES, A. L.; VARELA, E. S.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; HIGA, R. H.; PAIVA, S. R. Desenvolvimento de ferramentas genômicas para manejo e melhoramento genético de peixes nativos do Brasil. In. CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 3., 2014, Santos. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2014. Resumo. 367. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 186. | | HIGA, R. H.; OLIVEIRA, A. G.; HORITA, L. G.; MIURA, R. T.; INOUE, M. K.; FALCAO, P. R. K.; MANCINI, A. L.; YAMAGISHI, M. E. B.; TOGAWA, R. C.; NESHICH, G. Defining 3D residue environment in protein structures using SCORPION and FORMIGA. Bioinformatics, v. 20, n. 12, p. 1989-1991, 2004. Na publicação: P. R. Kuser.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 188. | | ZERLOTINI NETO, A.; STAFUZZA, N. B.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; SILVA, M. V. G. B. Detection of potential genetic variants affecting gene function in Guzerat cattle. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 12., 2016, Belo Horizonte. Proceedings... [S.l.]: AB3C, 2016. p. 47. X-meeting 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 189. | | LIMA, R. S.; LOBO, F. P.; CARAZZOLLE, M. F.; COSTA, G. G. L.; RODRIGUES, E. L. C.; ALVES, A. A.; YAMAGISHI, M. E. B.; SOUZA JUNIOR, M. T.; FORMIGHIERI, E. F. Elaeis oleifera genome draft: genomics of american oil palm. In: X-MEETING, 2012, Campinas, SP. [Anais?]. Brasilia, DF: CAPES: CNPq, 2012.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 190. | | LIMA, R. S.; LOBO, F. P.; CARAZZOLLE, M. F.; COSTA, G. G. L.; RODRIGUES, E. L. de C.; ALVES, A. A.; YAMAGISHI, M. E. B.; SOUZA JUNIOR, M. T.; FORMIGHIERI, E. F. Elaeis oleifera genome draft - genomics of american oil palm. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 8., 2012, Campinas. Abstract book... Ribeirão Preto: AB3C, 2012. Não paginado. X-MEETING 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 191. | | PAIM, T. P.; PAIVA, S. R.; TOLEDO, N. M. de; YAMAGISHI, M. E. B.; CARNEIRO, P. L. S.; FACO, O.; ARAUJO, A. M. de; AZEVEDO, H. C.; CAETANO, A. R.; BRAGA, R. M.; McMANUS, C. Origin and population structure of Brazilian hair sheep breeds. Animal Genetics, v. 52, n. 4, p. 492-504, Aug. 2021. Na publicação: M. B. Yamaghishi.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 192. | | SILVA, G. F. da; FERNANDES, J. dos S.; MACHADO, A. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; KING, R.; URBAN, M.; Hanada, R. E.; PERREIRA, J. O.; PFENNING, L. H.; O'DONNELL, K.; HAMMOND-KOSACK, K. Fungos da Amazônia: genoma completo e edição de genoma via CRISPR-CAS9. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MICOLOGIA, 9., 2019, Manaus. Anais... Manaus: Inpa, 2019. p. 569.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 193. | | SILVA, G. F. da; FERNANDES, J. dos S.; MACHADO, A. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; KING, R.; URBAN, M.; Hanada, R. E.; PERREIRA, J. O.; PFENNING, L. H.; O'DONNELL, K.; HAMMOND-KOSACK, K. Fungos da Amazônia: genoma completo e edição de genoma via CRISPR-CAS9. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MICOLOGIA, 9., 2019, Manaus. Anais... Manaus: Inpa, 2019. p. 569.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 194. | | YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, S. R. M.; BORRO, L. C.; SANTOS, E. H.; JARDINE, J. G.; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; NARCISO, M. G.; KUSER-FALCÃO, P. R.; NESHICH, G. Predicting enzyme class from protein structural parameters and bagging predictors. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-13.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 195. | | BORRO, L. C.; OLIVEIRA, S. R. M.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; NESHICH, G. Predicting enzyme class from protein structure using Bayesian classification. Genetics and Molecular Research, v. 5, n. 1, p. 193-202, 2006.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 196. | | OLIVEIRA, S. R. de M.; YAMAGISHI, M. E. B.; BORRO, L. C.; FALCAO, P. R. K.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Uma metodologia para seleção de parâmetros em modelos de classificação de proteínas. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2006. 18 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Boletim de pesquisa e desenvolvimento, 14).| Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 197. | | IANELLA, P.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, F. S. de; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. SNP discovery in the South American Frehwater fish tambaqui (Colossoma macroponum) by deep sequenciang of reduced representation libraries. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s. n.], 2016. P0484.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 198. | | IANELLA, P.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, F. S. de; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. SNP discovery in the South American Frehwater fish tambaqui (Colossoma macroponum) by deep sequenciang of reduced representation libraries. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s. n.], 2016. P0484.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 199. | | IANELLA, P.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, F. S. de; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. SNP discovery in the South American freshwater fish tambaqui (Colossoma macropomum) by deep sequencing of reduced representation libraries. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s. n.], 2016. Não paginado. PAG 2016. Pôster P0484.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 200. | | IANELLA, P.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, F. S. de; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. SNP discovery in the South American freshwater fish tambaqui (Colossoma macropomum) by deep sequencing of reduced representation libraries. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2016. Não paginado. PAG 2016. Pôster P0484.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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