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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
Data corrente: |
09/01/2020 |
Data da última atualização: |
09/01/2020 |
Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
Autoria: |
CAETANO, A. R.; IANELLA, P.; VARELA, E. S.; PAIVA, S. R.; LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; ZERLOTINI NETO, A.; YAMAGISHI, M. E. B. |
Afiliação: |
ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, Cenargen; PATRICIA IANELLA, Cenargen; EDUARDO SOUSA VARELA, CNPASA; SAMUEL REZENDE PAIVA, Cenargen; FRANCISCO PEREIRA LOBO; LEANDRO CARRIJO CINTRA, CNPTIA; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA. |
Título: |
Genome sequencing and de novo assembly of tambaqui (Colossoma macropomum). |
Ano de publicação: |
2019 |
Fonte/Imprenta: |
In: AQUACULTURE, 2019, New Orleans. Aquaculture: the big choice! abstracts. [S.l.: s.n.], 2019. |
Páginas: |
p. 182. |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
The South American freshwater fish Tambaqui (Colossoma macropomum) is the most important native aquaculture species in Brazil. Current production levels are above 150,000 mt per year. Recent efforts to domesticate, breed and raise the species in aquaculture systems has led to significant increases in production (>10-fold) over the last decade, and development of new technologies based on genomic tools and information could help further increase productivity and production growth rates. A Tambaqui genome assembly was generated with data produced from shotgun libraries from two different insert sizes and matepair libraries with four different sizes sequenced (2x150bps) with a HiSeq2000 platform. A total of 124.8Gbp quality-filtered nucleotides were sequenced which amount to 85x mean genome coverage, considering previously published information (C-value = 1.5pg = 1.467Gbp). Initial sequence assembly was performed with SOAPdenovo and generated 8.920 scaffolds spanning 1.54 Gbps (N50 scaffold length: 2,041kb, L50 scaffold count: 162). Gene model predictions with MAKER2 using as extrinsic evidence protein and EST data from phylogenetically related taxa found 23,632 genes, ~20,000 shared with A. mexicanus. CEGMA analysis (prior to gap filling) detected 85% core genes completely assembled and 9% partially assembled. Tambaqui assembly scaffolds ordering and orientation was carried out using ALLMAPS software based on the available linkage map (LM) (Nunes et al. 2017). A total of 1440 scaffolds were placed in the map with 27 linkage groups (n=x=27), totaling 1,508,696,562bp and 94% (6,788) of all mapped markers, with an average of 4.7 markers per megabase. Of the 6,788 mapped markers, ~93% were anchored, 84.9% in concordance with marker orientation, and 7.1% markers were unplaced. Obtained results reveal a high-quality NGS de novo Tambaqui genome assemble, providing a valuable tool for future genomic studies and the use of genomic tools for broodstock management and assisted genetic evaluations and breeding. MenosThe South American freshwater fish Tambaqui (Colossoma macropomum) is the most important native aquaculture species in Brazil. Current production levels are above 150,000 mt per year. Recent efforts to domesticate, breed and raise the species in aquaculture systems has led to significant increases in production (>10-fold) over the last decade, and development of new technologies based on genomic tools and information could help further increase productivity and production growth rates. A Tambaqui genome assembly was generated with data produced from shotgun libraries from two different insert sizes and matepair libraries with four different sizes sequenced (2x150bps) with a HiSeq2000 platform. A total of 124.8Gbp quality-filtered nucleotides were sequenced which amount to 85x mean genome coverage, considering previously published information (C-value = 1.5pg = 1.467Gbp). Initial sequence assembly was performed with SOAPdenovo and generated 8.920 scaffolds spanning 1.54 Gbps (N50 scaffold length: 2,041kb, L50 scaffold count: 162). Gene model predictions with MAKER2 using as extrinsic evidence protein and EST data from phylogenetically related taxa found 23,632 genes, ~20,000 shared with A. mexicanus. CEGMA analysis (prior to gap filling) detected 85% core genes completely assembled and 9% partially assembled. Tambaqui assembly scaffolds ordering and orientation was carried out using ALLMAPS software based on the available linkage map (LM) (Nunes et al. 2017). A total of 1440 ... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Bioinformática. |
Thesagro: |
Colossoma Macropomum; Tambaqui. |
Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Genome assembly. |
Categoria do assunto: |
-- |
Marc: |
LEADER 02826nam a2200265 a 4500 001 2118464 005 2020-01-09 008 2019 bl uuuu u01u1 u #d 100 1 $aCAETANO, A. R. 245 $aGenome sequencing and de novo assembly of tambaqui (Colossoma macropomum).$h[electronic resource] 260 $aIn: AQUACULTURE, 2019, New Orleans. Aquaculture: the big choice! abstracts. [S.l.: s.n.]$c2019 300 $ap. 182. 520 $aThe South American freshwater fish Tambaqui (Colossoma macropomum) is the most important native aquaculture species in Brazil. Current production levels are above 150,000 mt per year. Recent efforts to domesticate, breed and raise the species in aquaculture systems has led to significant increases in production (>10-fold) over the last decade, and development of new technologies based on genomic tools and information could help further increase productivity and production growth rates. A Tambaqui genome assembly was generated with data produced from shotgun libraries from two different insert sizes and matepair libraries with four different sizes sequenced (2x150bps) with a HiSeq2000 platform. A total of 124.8Gbp quality-filtered nucleotides were sequenced which amount to 85x mean genome coverage, considering previously published information (C-value = 1.5pg = 1.467Gbp). Initial sequence assembly was performed with SOAPdenovo and generated 8.920 scaffolds spanning 1.54 Gbps (N50 scaffold length: 2,041kb, L50 scaffold count: 162). Gene model predictions with MAKER2 using as extrinsic evidence protein and EST data from phylogenetically related taxa found 23,632 genes, ~20,000 shared with A. mexicanus. CEGMA analysis (prior to gap filling) detected 85% core genes completely assembled and 9% partially assembled. Tambaqui assembly scaffolds ordering and orientation was carried out using ALLMAPS software based on the available linkage map (LM) (Nunes et al. 2017). A total of 1440 scaffolds were placed in the map with 27 linkage groups (n=x=27), totaling 1,508,696,562bp and 94% (6,788) of all mapped markers, with an average of 4.7 markers per megabase. Of the 6,788 mapped markers, ~93% were anchored, 84.9% in concordance with marker orientation, and 7.1% markers were unplaced. Obtained results reveal a high-quality NGS de novo Tambaqui genome assemble, providing a valuable tool for future genomic studies and the use of genomic tools for broodstock management and assisted genetic evaluations and breeding. 650 $aBioinformatics 650 $aGenome assembly 650 $aColossoma Macropomum 650 $aTambaqui 653 $aBioinformática 700 1 $aIANELLA, P. 700 1 $aVARELA, E. S. 700 1 $aPAIVA, S. R. 700 1 $aLOBO, F. P. 700 1 $aCINTRA, L. C. 700 1 $aZERLOTINI NETO, A. 700 1 $aYAMAGISHI, M. E. B.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Registros recuperados : 241 | |
82. | | COSTA, J. L. C.; OLIVEIRA, E. J. de; OLIVEIRA, G. A. F.; SILVA, A. dos S.; YAMAGISHI, M. E. B. Minissatélites: novas ferramentas moleculares para o mamoeiro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 21., 2010, Natal. Frutas: saúde, inovação e responsabilidade: anais. Natal: Sociedade Brasileira de Fruticultura, 2010. pdf 915Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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83. | | ARBEX, W. A.; CARVALHO, L. A. V. de; SILVA, M. V. G. B.; YAMAGISHI, M. E. B. Modelagem difusa para suporte à decisão na descoberta de SNPs em sequências de cDNA. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROINFORMÁTICA, 7., 2009, Viçosa, MG. Anais... Viçosa, MG: UFV, 2009. Não paginado. SBIAgro 2009. 1 CD-ROM.Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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85. | | GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; SANTOS, E. H. dos; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A. Transcriptional networks reconstruction: identification of genes involved on cattle response to tick Rhipicephalus (Boophilus) microplus infestation. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010. p. 154. Na publicação: Regitano, L.C.A. X-meeting 2010.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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88. | | LOBO, I.; NASCIMENTO, A.; YAMAGISHI, M. E. B.; GUIGUEN, Y.; SILVA, G. F.; O'SULLIVAN, F. L. A. The tambaqui (Colossoma macropomum) transcriptome at sex differentiation stage. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON REPRODUCTIVE PHYSIOLOGY OF FISH, 11., 2018, Manaus. New fromtiers in reproductive diversity in a changing environment: program and abstracts. [S.l.: s.n.], 2018. p. 90. Na publicação: Yamagishi, M., Almeida, F. L. ISRPF 2018.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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91. | | NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINAGLIA, T.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G. Aspectos computacionais da análise da co-evolução de aminoácidos que pertencem a uma proteína qualquer. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2006. 4 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Comunicado técnico, 77). Na publicação: Goran Neshich.Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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92. | | NARCISO, M. G.; NESHICH, G.; YAMAGISHI, M. E. B.; FALCÃO, P.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I. Aspectos computacionais da análise da co-evolução de aminoácidos que pertencem a uma proteína qualquer usando o software Sting. In: CONGRESSO DE COMPUTAÇÃO DO SUL DE MATO GROSSO, 2., 2006, Rondonópolis. Computação e educação: anais. Rondonópolis: UFMT, 2006. p. 166-175. COMPSULMT 2006.Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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93. | | GALVÃO, S. F. A.; LANA, U. G. de P.; GOMES, E. A.; OLIVEIRA-PAIVA, C. A.; YAMAGISHI, M. E. B.; VIANA, M. J. A.; SOUSA, S. M. de. Análise genômica de bactérias promotoras de crescimento de plantas visando a identificação de genes e desenvolvimento de marcadores estirpe-específicos. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 33., 2022, Sete Lagoas. Brasil: 200 anos de independência: sustentabilidade e desafios para a cadeia produtiva de grãos: resumos. Sete Lagoas: Associação Brasileira de Milho e Sorgo, 2022. Evento híbrido.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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94. | | GALVÃO, S. F. A.; LANA, U. G. de P.; GOMES, E. A.; OLIVEIRA-PAIVA, C. A.; YAMAGISHI, M. E. B.; VIANA, M. J. A.; SOUSA, S. M. de. Análise genômica de bactérias promotoras de crescimento de plantas visando a identificação de genes e desenvolvimento de marcadores estirpe-específicos. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 33., 2022, Sete Lagoas. Brasil: 200 anos de independência: sustentabilidade e desafios para a cadeia produtiva de grãos: resumos. Sete Lagoas: Associação Brasileira de Milho e Sorgo, 2022. Evento online.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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95. | | BAIA, F. L.; CANIATO, F. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; ZERLOTINI NETO, A.; QUEIROZ, C. A. de; SILVA, G. F. da. Análise comparativa de genes efetores com base no genoma completo de Pseudopestalotiopsis theae e Pseudopestalotiopsis gilvanii. In: SIMPÓSIO DE BIOTECNOLOGIA DA UNIVERSIDADE FEDERAL DO AMAZONAS, 1., 2022, Manaus. Anais [recurso eletrônico]: resumos expandidos. Manaus: EDUA, 2022. p. 15.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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96. | | BAIA, F. L.; CANIATO, F. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; ZERLOTINI NETO, A.; QUEIROZ, C. A. de; SILVA, G. F. da. Análise comparativa de genes efetores com base no genoma completo de Pseudopestalotiopsis theae e Pseudopestalotiopsis gilvanii. In: SIMPÓSIO DE BIOTECNOLOGIA DA UNIVERSIDADE FEDERAL DO AMAZONAS, 1., 2022, Manaus. Anais [recurso eletrônico]: resumos expandidos. Manaus: EDUA, 2022. p. 15.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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98. | | QUEIROS, L. R.; VISOLI, M. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; IDE, F. H.; VACARI, I.; SANTOS, A. D. dos; COSTA, I. R. S.; BENITO, N. P. Alelo - Gestor Integrado de Recursos Genéticos - Processo Análise Quarentenária de Germoplasma Vegetal (planejamento, acompanhamento e finalização). Versão 0.32. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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