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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Caprinos e Ovinos; Embrapa Meio-Norte; Embrapa Pecuária Sul; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Tabuleiros Costeiros; Embrapa Unidades Centrais. |
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Data corrente: |
08/05/2019 |
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Data da última atualização: |
02/10/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
PAIM, T. do P.; McMANUS, C.; VIEIRA, F. D.; OLIVEIRA, S. R. de M.; FACÓ, O.; AZEVEDO, H. C.; ARAÚJO, A. M. de; MORAES, J. C. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; CARNEIRO, P. L. S.; CAETANO, A. R.; PAIVA, S. R. |
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Afiliação: |
TIAGO DO PRADO PAIM, Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia Goiano (IFEgoiano); CONCEPTA MCMANUS, Instituto de Biologia/UnB; FABIO DANILO VIEIRA, CNPTIA; STANLEY ROBSON DE MEDEIROS OLIVEIRA, CNPTIA; OLIVARDO FACÓ, CNPC; HYMERSON COSTA AZEVEDO, CPATC; ADRIANA MELLO DE ARAÚJO, CPAMN; JOSE CARLOS FERRUGEM MORAES, CPPSUL; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; PAULO LUIZ SOUZA CARNEIRO, Departamento de Ciências Biológicas/Universidade Estadual do Sudoeste da Bahia; ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, Cenargen; SAMUEL REZENDE PAIVA, Cenargen. |
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Título: |
Validation of a customized subset of SNPs for sheep breed assignment in Brazil. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 54, p. 1-5, 2019. |
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DOI: |
10.1590/S1678-3921.pab2019.v54.00506 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Article number: e00506. Título em português: Validação de um subconjunto de SNPs específicos para certificação racial de ovinos no Brasil. |
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Conteúdo: |
The objective of this work was to evaluate the usefulness of a subset of 18 single nucleotide polymorphisms (SNPs) for breed identification of Brazilian Crioula, Morada Nova (MN), and Santa Inês (SI) sheep. Data of 588 animals were analyzed with the Structure software. Assignments higher than 90% confidence were observed in 82% of the studied samples. Most of the low-value assignments were observed in MN and SI breeds. Therefore, although there is a high reliability in this subset of 18 SNPs, it is not enough for an unequivocal assignment of the studied breeds, mainly of hair breeds. A more precise panel still needs to be developed for the widespread use in breed assignment. |
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Palavras-Chave: |
Certificação de origem; Ertification of origin; Genômica; Polimorfismo de nucleotídeo único; Rastreabilidade; Recurso genéticos animal. |
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Thesagro: |
Ovis Aries. |
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Thesaurus Nal: |
Animal genetic resources; Genomics; Single nucleotide polymorphism; Traceability. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/197140/1/Validation-of-a-customized-subset-of-SNPs.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| Registros recuperados : 241 | |
| 221. |  | CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; SILVA, F. R. da; GIACHETTO, P. F.; KUSER-FALCÃO, P. R. K.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R. De novo assembly of a Nelore (Bos indicus) bull genome based on short read sequences. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 22., 2014, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2014. Não paginado. P554.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 222. | | NESHICH, G.; ROCCHIA, W.; MANCINI, A. L.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER, P. R.; FILETO, R.; BAUDET, C.; PINTO, I. P.; MONTAGNER, A. J.; PALANDRANI, J. F.; KRAUCHENCO, J. N.; TORRES, R. C.; SOUZA, S.; TOGAWA, R. C.; HIGA, R. H. Java Protein Dossier: a novel web-based data visualization tool for comprehensive analysis of protein structure. Nucleic Acids Research, v. 32, W595-W601, 2004.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 223. | | YAMAGISHI, M. E. B.; BEZERRA, G. B. P.; QUINALIA, T.; KUSER, P. R.; HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; CRUZ, S. A. B.; OLIVEIRA, S. R. M.; NESHICH, G.; RAY, N.; MAIGRET, B. An interative protein interface surface Java Viewer. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 17. X-meeting 2005. Presented posters.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 224. | | STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; BUZANSKAS, M. E.; CHUD, T. C.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R. S.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. Genetiv variants with potencial loss of function in Gyr, Girolando, and Guzerat cattle breeds by resequencing. Journal of Animal Science, v. 95, n. suppl. 4, p. 81, 2017. Abstract of Breeding and Genetics Symposium, Baltimore, 2017.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 225. | | GOUVEIA, J. J. de S.; PAIVA, S. R.; MCMANUS, C. M.; CAETANO, A. R.; KIJAS, J. W.; FACO, O.; AZEVEDO, H. C.; ARAUJO, A. M. de; SOUZA, C. J. H. de; YAMAGISHI, M. E. B.; CARNEIRO, P. L. S.; LOBO, R. N. B.; OLIVEIRA, S. M. P. de; SILVA, M. V. G. B. Genome-wide search for signatures of selection in three major Brazilian locally adapted sheep breeds. Livestock Science, n. 197, p. 36-45, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 228. | | NESHICH, G.; YAMAGISHI, M. E. B.; ROCCHIA, W.; MANCINI, A. L.; FALCAO, P. R. K.; FILETO, R.; BAUDET, C.; PINTO, I. P.; MONTAGNER, A. J.; PALANDRANI, J. F.; KRAUCHENCO, J. N.; TORRES, R. C.; BEZERRA, G. B. P.; SOUZA, S.; TOGAWA, R. C.; HIGA, R. H. Protein structure analysis and visualization using Java Protein Dossier. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON CHEMOMETRICS AND BIOINFORMATICS IN ASIA, 2004, Shanghai. Proceedings... Shanghai: [s.n.], 2004. 1 p. CCBA 2004. Na publicação: Paula R. Kuser.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 230. | | STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; SILVA, M. V. G. B. Single nucleotide variants and indels identified from whole-genome resequencing of Gyr, Girolando, and Holstein cattle breeds. Journal of Animal Science, v. 95, n. 4, p. 80-81, 2017. Edição dos abstracts do Breeding and Genetics Symposium, Baltimore, 2017.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 232. | | CINTRA, L. C.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; SILVA, F. R. da; GIACHETTO, P. F.; FALCAO, P. R. K.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R. Sequencing and de novo genome assembley of a Nelore (Bos indicus) bull. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 21., 2013, San Diego. Abstracts... Jersey City: Scherago International, 2013. P0522.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 233. | | CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; SILVA, F. R. da; GIACHETTO, P. F.; KUSER-FALCÃO, P. R.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R. Sequencing and de novo genome assembly of a nelore (Bos indicus) bull. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 21., 2013, San Diego. [Abstracts...]. [S.l.: s.n.], 2013. Não paginado. Pôster 0522.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Corte. |
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| 234. | | NESHICH, G.; MAZONI, I.; OLIVEIRA, S. R. M.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R.; BORRO, L. C.; MORITA, D. U.; SOUZA, K. R. R.; ALMEIDA, G. V.; RODRIGUES, D. N.; JARDINE, J. G.; TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; CRUZ, S. A. B.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H.; MELO, R. C.; SANTORO, M. M. The Star STING server: a multiplatform environment for protein structure analysis. Genetics and Molecular Research, v. 5, n. 4, p. 717-722, 2006.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 235. | | JARDINE, J. G.; NESHICH, G.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; MARANGONI, S.; MARTINS, D.; WINCK, F. V.; NOVELLO, J. C.; PAPINE, J. M.; VIEIRA, M. S. Structural analysis of the protein twitching motility. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-35. Na publicação: Paula R. Kuser-Falcão, Stanley R. M. Oliveira, Edgard H. Santos.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 236. | | SOUSA, T. F.; REÇA, B. N. P. V.; CASTRO, G. S.; SILVA, I. J. S. da; CANIATO, F. F.; JÚNIOR, M. B. de A.; YAMAGISHI, M. E. B.; KOOLEN, H. H. F.; BATAGLION, G. A.; HANADA, R. E.; SILVA, G. F. da. Trichoderma agriamazonicum sp. nov. (Hypocreaceae), a new ally in the control of phytopathogens. Microbiological Research, v. 275, 127469, Oct. 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 237. | | PAIM, T. do P.; McMANUS, C.; VIEIRA, F. D.; OLIVEIRA, S. R. de M.; FACÓ, O.; AZEVEDO, H. C.; ARAÚJO, A. M. de; MORAES, J. C. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; CARNEIRO, P. L. S.; CAETANO, A. R.; PAIVA, S. R. Validation of a customized subset of SNPs for sheep breed assignment in Brazil. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 54, p. 1-5, 2019. Article number: e00506. Título em português: Validação de um subconjunto de SNPs específicos para certificação racial de ovinos no Brasil.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Caprinos e Ovinos; Embrapa Meio-Norte; Embrapa Pecuária Sul; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Tabuleiros Costeiros; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 238. | | PAIVA, S. R.; VIEIRA, F. D.; YAMAGISHI, M. E. B.; LACERDA, T. S.; VASCONCELOS, C.; TANNO, P.; HIGA, R. H.; McMANUS, C. M.; CARNEIRO, P. L.; AZEVEDO, H. C.; FACO, O.; SOUZA, C. J. H.; ARAUJO, A. M.; MARTINS, V. M. V.; CAETANO, A. Validation of a low density SNP panel for breed certification testing in Brazilian sheep (Ovis aries) breeds as a tool for flock genetic management. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 20., 2012, San Diego. Abstract... Jersey City: Scherago International, 2012. p. 1. Pôster.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 239. | | PAIVA, S. R.; VIEIRA, F. D.; YAMAGISHI, M. E. B.; LACERDA, T. S.; VASCONCELOS, C.; TANNO, P.; HIGA, R. H.; McMANUS, C. M.; CARNEIRO, P. L.; AZEVEDO, H. C.; FACO, O.; SOUZA, C. J. H.; ARAUJO, A. M.; MARTINS, V. M. V.; CAETANO, A. Validation of a low density SNP panel for breed certification testing in Brazilian sheep (Ovis aries) breeds as a tool for flock genetic management. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 20., 2012, San Diego. Abstracts... Jersey City: Scherago International, 2012. p. 1. Pôster.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 240. | | PAIVA, S. R.; VIEIRA, F. D.; YAMAGISHI, M. E. B.; LACERDA, T. S.; VASCONCELOS, C.; TANNO, P.; HIGA, R. H.; MCMANUS, C. M.; CARNEIRO, P. L.; AZEVEDO, H. C.; FACO, O.; SOUZA, C. J. H. de; ARAUJO, A. M. de; MARTINS, V. M. V.; CAETANO, A. R. Validation of a Low Density SNP Panel for Breed Certification Testing in Brazilian Sheep (Ovis aries) Breeds as a Tool for Flock Genetic Management. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 20., 2012, San Diego. Abstract... Jersey City: Scherago International, 2012. Não paginado. 1 pôster. P581.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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