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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
03/12/2007 |
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Data da última atualização: |
27/02/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento |
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Autoria: |
BEZERRA, G. B. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H. dos; NARCISO, M. G.; FALCAO, P. R. K. |
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Afiliação: |
GEORGE BARRETO PEREIRA BEZERRA, UNIVERSIDADE DE NOVO MÉXICO; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; FABIO DANILO VIEIRA, CNPTIA; EDGARD HENRIQUE DOS SANTOS, CNPTIA; MARCELO GONCALVES NARCISO, CNPTIA; PAULA REGINA KUSER FALCAO, CNPTIA. |
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Título: |
Cálculo analítico de parâmetros estruturais de proteínas usando a teoria Alpha Shapes. |
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Ano de publicação: |
2007 |
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Fonte/Imprenta: |
Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2007. |
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Páginas: |
50 p. |
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Série: |
(Embrapa Informática Agropecuária. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 17). |
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ISSN: |
1677-9266 |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
O modelo matemático da estrutura protéica é fundamental não só para a visualização, mas, principalmente, para o cálculo de parâmetros estruturais como área da superfície e volume. É possível usar a geometria computacional para efetuar o cálculo analítico de tais parâmetros. Neste trabalho, usando Alpha-shapes, um algoritmo para o cálculo analítico de área da superfície e volume de estruturas protéicas do Protein Data Bank (PBD) é descrito. Esta implementação supera as demais, pois consegue calcular tais parâmetros para estruturas protéicas onde as demais implementações falham |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Estrutura de proteína; Geometria computacional; Teoria Alpha Shapes; Triangulação de Delaunay. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/CNPTIA/11660/1/bp17.pdf
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Marc: |
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520 $aO modelo matemático da estrutura protéica é fundamental não só para a visualização, mas, principalmente, para o cálculo de parâmetros estruturais como área da superfície e volume. É possível usar a geometria computacional para efetuar o cálculo analítico de tais parâmetros. Neste trabalho, usando Alpha-shapes, um algoritmo para o cálculo analítico de área da superfície e volume de estruturas protéicas do Protein Data Bank (PBD) é descrito. Esta implementação supera as demais, pois consegue calcular tais parâmetros para estruturas protéicas onde as demais implementações falham
653 $aBioinformática
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 255 | |
| 121. |  | ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VARELA, E. S.; PAIVA, S. R.; IANELLA, P.; CAETANO, A. R. Genome sequencing and de novo assembly of the South American tiger catfish (Pseudoplatystoma Punctifer) using 10X sequencing data. In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 27., 2019, San Diego. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2019. Na publicação: Adhemar Zerlotini. PAG 2019. PO0249.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 122. | | CAETANO, A. R.; IANELLA, P.; VARELA, E. S.; PAIVA, S. R.; LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; ZERLOTINI NETO, A.; YAMAGISHI, M. E. B. Genome sequencing and de novo assembly of tambaqui (Colossoma macropomum). In: AQUACULTURE, 2019, New Orleans. Aquaculture: the big choice! abstracts. [S.l.: s.n.], 2019. p. 182.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 123. | | CAETANO, A. R.; IANELLA, P.; VARELA, E. S.; PAIVA, S. R.; LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; ZERLOTINI NETO, A.; YAMAGISHI, M. E. B. Genome sequencing and de novo assembly of tambaqui (Colossoma macropomum). In: AQUACULTURE, 2019, New Orleans. Abstracts. [S.l.]: Word Aquaculture Society, 2019.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 124. | | SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. da; CINTRA, L. C.; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R. Genome-wide copy number variation (CNV) detection in Nelore cattle reveals highly frequent variants in genome regions harboring QTLs affecting production traits. BMC Genomics, London, v. 17, p. 1-14, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 125. | | GIACHETTO, P. F.; SILVA, J. M. da; SILVA, L. O. C. da; CINTRA, L. C.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B. Genomic variant hotspots in nelore cattle revealed by missing genotypes. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 23., 2015, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2015. Não paginado. PAG 2015. Pôster P0289.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 126. | | SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. C. da; CINTRA, L. C.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B. Genomic Variants Revealed by Invariably Missing Genotypes in Nelore Cattle. PLoS ONE, v. 10, n. 8, p. 1-18, 2015| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Corte; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 127. | | VENERONI, G. B.; MEIRELLES, S. L.; SANTIAGO, A. C.; SONSTEGARD, T. S.; OLIVEIRA, H. N.; YAMAGISHI, M. E. B.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A. Identification of genomic regions associated with backfat thickness in synthetic cattle. In: WORKSHOP DA REDE GENÔMICA ANIMAL, 1., 2009, Fortaleza. Anais... Fortaleza, Rede Genômica Animal, 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 128. | | SANTOS, E. H. dos; GIACHETTO, P. F.; IBELLI, A. M. G.; OLIVEIRA, M. C. de S.; REGITANO, L. C. de A.; YAMAGISHI, M. E. B. Implementação de um pipeline de análises aplicado a experimentos de expressão em larga escala, para a identificação de redes de co-expressão gênica. In: WORKSHOP EM GENÔMICA ANIMAL, 1., 2009, Fortaleza. Resumos... Fortaleza: UECE, 2009. Não paginado.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 130. | | DITA, M.; HERAI, R.; YAMAGISHI, M. E. B.; SILVA, G. F. da; SOUZA JUNIOR, M. T.; GIACHETTO, P. F.; WAALWIJK, C.; KEMA, G. Comparative transcriptome analyses of Fusarium oysporum f. sp. cubense. Phytopathology, v. 101, n. 6, Supplement, p. S43, 2011. Trabalhos apresentados no: APS-IPPC 2011 Joint Meeting in Honolulu, Hawaii, August 6–10, 2011.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 132. | | RODRIGUEZ, M. A. D.; HERAI, R.; WAALWIJK, C.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; FERREIRA, G. B.; SOUZA, M.; KEMA, G. H. J. Comparative transcriptome analyses and genome assembly of fusarium oxysporum f. sp. cubense. Acta Horticulturae, n. 986, p. 165-168, 2013. 4p. Trabalho apresentado no ISHS - ProMusa Symposium on Bananas and Plantains: Towards Sustainable Global Production and Improved Uses.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 133. | | RODRIGUEZ, M. A. D.; HERAI, R.; WAALWIJK, C.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; FERREIRA, G.; SOUZA JUNIOR, M. T.; KEMA, G. H. J. Comparative transcriptome analysis and genome assembly of Fusarium oxysporum f. sp. cubense. In: ISHS / PROMUSA SYMPOSIUM, 2011, Salvador, BH. Bananas and plantains: toward sustainable global production and improved uses: program and abstracts. Leuven: ISHS, 2011. p. 58| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 134. | | RODRIGUEZ, M. A. D.; HERAI, R.; WAALWIJK, C.; YAMAGISHI, M.; GIACHETT, P.; FERREIRA, G.; SOUZA, M.; KEMA, D G. H. J. Comparative transcriptome analysis and genome assembly of fusarium oxysporum f. sp. cubense. In: PROMUSA SYMPOSIUM, 2011, Salvador. Bananas and plantains: toward sustainable global production and improved uses: abstracts. [Montepellier.]: [Bioversity International, 2011. p.46.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 135. | | MAZONI, I.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M.; BORRO, L.; JARDINE, J. G.; SANTOS, E. H. dos; OLIVEIRA, S. R. de M.; NESHICH, G.; NARCISO, M. G. Comparisson of the amino acids co-evolution and the correlated structure descriptors. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-51. Na publicação: Paula Kuser, Stanley R. M. Oliveira, Marcelo Narciso.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 136. | | HERAI, R. H.; GIACHETTO, P. F.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H. dos; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R. Detecção de erros de montagens em regiões gênicas. In: SIMPÓSIO SOBRE INOVAÇÃO E CRIATIVIDADE CIENTÍFICA NA EMBRAPA, 2., Brasília, DF, 2010. Resumos... Brasília, DF: Embrapa, 2010. Não paginado.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 137. | | SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. C. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B. Detection of copy number variations in nelore beef cattle with high-density SNP genotyping data. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 22., 2014, San Diego, CA. [Abstracts]. San Diego: [s.n.], 2014. Não paginado. P553.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 138. | | SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. C. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B. Detection of copy number variations in nelore beef cattle with high-density SNP genotyping data. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 22., 2014, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2014. Não paginado. P553.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 139. | | SILVA, N. M. L.; IANELLA, P.; YAMAGISHI, M. E. B.; PAIVA, S. R.; ROCHA, J. L.; TEIXEIRA, A. K.; FARIAS, F. G.; GUERRELHAS, A. C.; CAETANO, A. R. Development and validation of a low-density SNP panel for parentage control and evaluation of genetic diversity of pacific white shrimp (Litopenaeus vannamei). In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 27., 2019, San Diego. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2019. PE0274. PAG 2019.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 140. | | SILVA, N. M. L.; IANELLA, P.; YAMAGISHI, M. E. B.; PAIVA, S. R.; ROCHA, J. L.; TEIXEIRA, A. K.; FARIAS, F. G.; GUERRELHAS, A. C.; CAETANO, A. R. Development and validation of a low-density SNP panel for parentage control and evaluation of genetic diversity of pacific white shrimp (Litopenaeus vannamei). In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 27., 2019, San Diego. Plant and animal genome abstracts. Livingston, NJ: Scherago, 2019. PE0274.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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