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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
09/02/2015 |
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Data da última atualização: |
22/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. C. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B. |
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Afiliação: |
JOAQUIM MANOEL DA SILVA, Unemat, IB/Unicamp, CNPTIA; POLIANA FERNANDA GIACHETTO, CNPTIA; LUIZ OTAVIO CAMPOS DA SILVA, CNPGC; SAMUEL REZENDE PAIVA, SRI; ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, CENARGEN; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA. |
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Título: |
Detection of copy number variations in nelore beef cattle with high-density SNP genotyping data. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 22., 2014, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2014. |
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Páginas: |
Não paginado. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
P553. |
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Conteúdo: |
Genome-wide single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping platforms have been widely used in studies in diverse areas, ranging from population genetics to applied genetic improvement and breeding. SNP genotyping data generated with these platforms can also be used for detecting and genotyping copy number variations (CNVs). CNVs are defined as a variable copy numbers of DNA segments ranging from 50bp to several megabases (Mbp), in comparison with a reference genome. Several studies have identified an abundance of CNVs in human and domestic animal genomes, where it has been shown that they are involved in phenotypic variability. This initial study reports a high resolution map of CNVs in Nelore beef cattle generated with the PennCNV software. CNVs were called in a dataset from 1709 animals of the Nelore breed genotyped with Illumina BovineHD BeadChip for a total of 735,242 markers. After non-restrictive quality filtering, a total of 246,290 CNVs were identified on autosomal chromosomes, representing 219,997 and 26,293 gain and loss events, respectively. CNVs lengths ranged from 20.02 Kb to 8.37 Mb with an average of 352 Kb and a median of 204.5 Kb. The number of SNPs in each detected CNV varied from 20 to 2,116 with an average of 104 and a median of 63. A total of 138,066 CNVs were present in regions with annotated genes. |
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Palavras-Chave: |
Polimorfismo de nucleotídeo único. |
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Thesagro: |
Gado de corte. |
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Thesaurus Nal: |
Beef cattle; Nellore; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/117503/1/Joaquim-Manoel-Silva-PAG-XXII-2014-ARC-CNVR.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| 121. |  | ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VARELA, E. S.; PAIVA, S. R.; IANELLA, P.; CAETANO, A. R. Genome sequencing and de novo assembly of the South American tiger catfish (Pseudoplatystoma Punctifer) using 10X sequencing data. In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 27., 2019, San Diego. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2019. Na publicação: Adhemar Zerlotini. PAG 2019. PO0249.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 122. | | CAETANO, A. R.; IANELLA, P.; VARELA, E. S.; PAIVA, S. R.; LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; ZERLOTINI NETO, A.; YAMAGISHI, M. E. B. Genome sequencing and de novo assembly of tambaqui (Colossoma macropomum). In: AQUACULTURE, 2019, New Orleans. Aquaculture: the big choice! abstracts. [S.l.: s.n.], 2019. p. 182.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 123. | | CAETANO, A. R.; IANELLA, P.; VARELA, E. S.; PAIVA, S. R.; LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; ZERLOTINI NETO, A.; YAMAGISHI, M. E. B. Genome sequencing and de novo assembly of tambaqui (Colossoma macropomum). In: AQUACULTURE, 2019, New Orleans. Abstracts. [S.l.]: Word Aquaculture Society, 2019.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 124. | | SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. da; CINTRA, L. C.; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R. Genome-wide copy number variation (CNV) detection in Nelore cattle reveals highly frequent variants in genome regions harboring QTLs affecting production traits. BMC Genomics, London, v. 17, p. 1-14, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 125. | | GIACHETTO, P. F.; SILVA, J. M. da; SILVA, L. O. C. da; CINTRA, L. C.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B. Genomic variant hotspots in nelore cattle revealed by missing genotypes. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 23., 2015, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2015. Não paginado. PAG 2015. Pôster P0289.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 126. | | SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. C. da; CINTRA, L. C.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B. Genomic Variants Revealed by Invariably Missing Genotypes in Nelore Cattle. PLoS ONE, v. 10, n. 8, p. 1-18, 2015| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Corte; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 127. | | VENERONI, G. B.; MEIRELLES, S. L.; SANTIAGO, A. C.; SONSTEGARD, T. S.; OLIVEIRA, H. N.; YAMAGISHI, M. E. B.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A. Identification of genomic regions associated with backfat thickness in synthetic cattle. In: WORKSHOP DA REDE GENÔMICA ANIMAL, 1., 2009, Fortaleza. Anais... Fortaleza, Rede Genômica Animal, 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 130. | | DITA, M.; HERAI, R.; YAMAGISHI, M. E. B.; SILVA, G. F. da; SOUZA JUNIOR, M. T.; GIACHETTO, P. F.; WAALWIJK, C.; KEMA, G. Comparative transcriptome analyses of Fusarium oysporum f. sp. cubense. Phytopathology, v. 101, n. 6, Supplement, p. S43, 2011. Trabalhos apresentados no: APS-IPPC 2011 Joint Meeting in Honolulu, Hawaii, August 6–10, 2011.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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