|
|
Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Pesca e Aquicultura. |
Data corrente: |
18/04/2016 |
Data da última atualização: |
18/04/2016 |
Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
Autoria: |
IANELLA, P.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, F. S. de; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. |
Afiliação: |
PATRICIA IANELLA, CENARGEN; EDUARDO SOUSA VARELA, CNPASA; ANDERSON LUIS ALVES, CNPASA; LUCIANA CRISTINE VASQUES VILLELA, CNPASA; NAIARA MILAGRES AUGUSTO DA SILVA, CENARGEN; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; FERNANDA STRINGASSI DE OLIVEIRA, CNPTIA; SAMUEL REZENDE PAIVA, SRI; ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, CENARGEN. |
Título: |
SNP discovery in the South American freshwater fish tambaqui (Colossoma macropomum) by deep sequencing of reduced representation libraries. |
Ano de publicação: |
2016 |
Fonte/Imprenta: |
In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s. n.], 2016. |
Páginas: |
Não paginado. |
Idioma: |
Inglês |
Notas: |
PAG 2016. Pôster P0484. |
Conteúdo: |
Tambaqui is the most important native fresh water fish species cultured in Brazil, with current yearly production levels exceeding 200.000mt. Efforts to structure genetic improvement programs for increasing productivity are recent and will greatly benefit from the use of genomic tools for broodstock management and assisted genetic evaluations and breeding. Recent efforts have produced a draft genome sequence for this species. Reduced representation libraries of varying fragment sizes were produced with bulked DNA samples and sequenced with 2x160bp Illumina protocols to produce >720million reads. Generated reads were aligned with the draft reference genome sequence using BWA and SNP discovery was performed using Freebayes. An estimated 12% of the tambaqui genome was sequenced with a depth of >100 reads. A total of 993.935 SNPs were observed with read depths >60 (median: 438) and minor allele frequencies >0.05 (MAF 0.05-0.15: 94.102 SNPs; 0.15-0.25: 326.575; 0.25-0.35: 255.967; 0.35-0.45: 215.054; 0.45-0.50: 102.237).This represents the first report of an extensive effort to identify SNP markers for this species and will be a valuable source of information for designing marker panels with varying applications. |
Palavras-Chave: |
Genômica; Polimorfismo de nucleotídeo único. |
Thesagro: |
Colossoma Macropomum; Peixe de água doce; Tambaqui. |
Thesaurus Nal: |
Genomics; Single nucleotide polymorphism. |
Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/140249/1/PAG-p0484.pdf
|
Marc: |
LEADER 02304naa a2200325 a 4500 001 2043572 005 2016-04-18 008 2016 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aIANELLA, P. 245 $aSNP discovery in the South American freshwater fish tambaqui (Colossoma macropomum) by deep sequencing of reduced representation libraries.$h[electronic resource] 260 $c2016 300 $aNão paginado. 500 $aPAG 2016. Pôster P0484. 520 $aTambaqui is the most important native fresh water fish species cultured in Brazil, with current yearly production levels exceeding 200.000mt. Efforts to structure genetic improvement programs for increasing productivity are recent and will greatly benefit from the use of genomic tools for broodstock management and assisted genetic evaluations and breeding. Recent efforts have produced a draft genome sequence for this species. Reduced representation libraries of varying fragment sizes were produced with bulked DNA samples and sequenced with 2x160bp Illumina protocols to produce >720million reads. Generated reads were aligned with the draft reference genome sequence using BWA and SNP discovery was performed using Freebayes. An estimated 12% of the tambaqui genome was sequenced with a depth of >100 reads. A total of 993.935 SNPs were observed with read depths >60 (median: 438) and minor allele frequencies >0.05 (MAF 0.05-0.15: 94.102 SNPs; 0.15-0.25: 326.575; 0.25-0.35: 255.967; 0.35-0.45: 215.054; 0.45-0.50: 102.237).This represents the first report of an extensive effort to identify SNP markers for this species and will be a valuable source of information for designing marker panels with varying applications. 650 $aGenomics 650 $aSingle nucleotide polymorphism 650 $aColossoma Macropomum 650 $aPeixe de água doce 650 $aTambaqui 653 $aGenômica 653 $aPolimorfismo de nucleotídeo único 700 1 $aVARELA, E. S. 700 1 $aALVES, A. L. 700 1 $aVILLELA, L. C. V. 700 1 $aSILVA, N. M. A. da 700 1 $aYAMAGISHI, M. E. B. 700 1 $aOLIVEIRA, F. S. de 700 1 $aPAIVA, S. R. 700 1 $aCAETANO, A. R. 773 $tIn: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.$gn.], 2016.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
Registro original: |
Embrapa Pesca e Aquicultura (CNPASA) |
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
Registros recuperados : 96 | |
81. | | SOUSA, G. G. C. de; REZENDE, F. P.; KIRSCHNIK, L. N. G.; VILLELA, L. C. V.; FREITAS, L. E. L. de; LIMA, S. S. R.; TORATI, L. S.; VARELA, E. S.; SOUSA, A. P. S. de; SHIOTSUKI, L. Dimorfismo sexual no desempenho do tambaqui Colossoma macropomum (Teleostei: Serrasalmidae). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 7., 2022. Multifuncionalidade e Qualidade de Vida: [anais...]. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2022.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
| |
82. | | O'SULLIVAN, F. L. A.; VARELA, E. S.; TORATI, L. S.; KIRSCHNIK, L. N. G.; REZENDE, F. P.; VILLELA, L. C. V.; ALMEIDA, C. K. L.; SENE, M. P. de. Microinjeção em ovos de tambaqui Colossoma macropomum como pré-requisito à edição genômica da espécie. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AQUICULTURA E BIOLOGIA AQUÁTICA, 10., 2023, Florianópolis. Conservar, produzir e inovar: anais eletrônicos. Florianópolis: Aquabio, 2023. Aquaciência 2023.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
| |
83. | | SILVA, G. F. da; SHIOTSUKI, L.; TEIXEIRA, R. de A.; DIAS, L. T.; VILLELA, L. C. V.; FREITAS, L. E. L. de; KIRSCHNIK, L. N. G.; VARELA, E. S. Programas de melhoramento genético na piscicultura. Palmas: Embrapa Pesca e Aquicultura, 2018. 59 p. (Embrapa Pesca e Aquicultura. Documentos, 37).Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
| |
84. | | VARELA, E. S.; BEKAERT, M.; KIRSCHNIK, L. N. G.; TORATI, L. S.; SHIOTSUKI, L.; O'SULLIVAN, F. L. A.; VILLELA, L. C. V.; REZENDE, F. P.; BARROSO, A. da S.; FREITAS, L. E. L. de; TAGGART, J. B.; MIGAUD, H. A high-density linkage map and sex-linked markers for the Amazon tambaqui Colossoma macropomum. BMC Genomics, v. 22, n. 709, 2021.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Pesca e Aquicultura. |
| |
85. | | IANELLA, P.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, F. S. de; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. SNP discovery in the South American Frehwater fish tambaqui (Colossoma macroponum) by deep sequenciang of reduced representation libraries. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s. n.], 2016. P0484.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
| |
86. | | IANELLA, P.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, F. S. de; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. SNP discovery in the South American Frehwater fish tambaqui (Colossoma macroponum) by deep sequenciang of reduced representation libraries. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s. n.], 2016. P0484.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
87. | | IANELLA, P.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, F. S. de; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. SNP discovery in the South American freshwater fish tambaqui (Colossoma macropomum) by deep sequencing of reduced representation libraries. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s. n.], 2016. Não paginado. PAG 2016. Pôster P0484.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
| |
88. | | IANELLA, P.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, F. S. de; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. SNP discovery in the South American freshwater fish tambaqui (Colossoma macropomum) by deep sequencing of reduced representation libraries. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2016. Não paginado. PAG 2016. Pôster P0484.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
89. | | TORATI, L. S.; O'SULLIVAN, F. L. A.; VARELA, E. S.; PUVENANDRAN, V.; BATLOUNI, S. R.; LIMA, A. F.; VILLELA, L. C. V.; LOPES, J. T.; ALVES, J. P.; PEREIRA, A. S.; BARROSO, A. S.; SILVA, L.; SILVA, D. S.; KIRSCHNIK, L. N. G. Aquavitae project (H2020) CS10 - freshwater finfish: tackling issues on the captive reproduction of the amazon tambaqui (Colossoma macropomum) and pirarucu (Arapaima gigas). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AQUICULTURA E BIOLOGIA AQUÁTICA, 9., 2021. Aquaciência digital 2021. São Paulo: Aquabio, 2021.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
| |
90. | | TORATI, L. S.; O'SULLIVAN, F. L. A.; VARELA, E. S.; PUVENANDRAN, V.; BATLOUNI, S. R.; LIMA, A. F.; VILLELA, L. C. V.; LOPES, J. T.; ALVES, J. P.; PEREIRA, A. S.; BARROSO, A. S.; SILVA, L.; SILVA, D. S.; KIRSCHNIK, L. N. G. Aquavitae project (H2020) CS10 - freshwater finfish: tackling issues on the captive reproduction of the amazon tambaqui (Colossoma macropomum) and pirarucu (Arapaima gigas). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AQUICULTURA E BIOLOGIA AQUÁTICA, 9., 2021. AQUACIÊNCIA DIGITAL 2021. [S.l.]: Aquabio, 2021.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
| |
91. | | ALBUQUERQUE, M. S. M.; RAMOS, A. F.; PAIVA, S. R.; MARQUES, J. R. F.; FACO, O.; CARNEIRO, P. C. F.; EGITO, A. A. do; VILLELA, L. C. V.; CASTRO, S. T. R.; MOREIRA, J. R. A.; COSTA, H.; COSTA, M. R. T.; JULIANO, R. S.; SANTOS, S. A.; ARAUJO, A. M.; CARVALHO, G. M. C.; PEREIRA, F. M.; ALMEIDA, M. J. O.; LEAL, T. M.; SOUZA, C. J. H.; SERENO, J. R. B.; MATOS, P. S. R.; LEDUR, M. C.; MARIANTE, A. S. Red Brasileña de Recursos Genéticos Animales. In: SIMPOSIO INTERNACIONAL DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA Y EL CARIBE, 8., 2011, Quito. [Proceedings...] Quito: INIAP, 2011. SIRGEALCTipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
| |
92. | | SIDER, L. H.; VIEIRA, L. da S.; REGITANO, L. C. de A.; ZAROS, L. G.; NEVES, M. R. M. das; BENVENUTI, C. L.; NAVARRO, A. M. do C.; VILLELA, L. C. V.; CAVALCANTE, A. C. R.; LOBO, R. N. B.; FACO, O.; NICIURA, S. C. M.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; BENAVIDES, M. V.; COUTINHO, L. L.; GARCIA, L. F.; CUNHA, R. M. S da; PINHEIRO, R. R. Identificação de genes candidatos associados a resistência genética à verminose gastrintestinal em caprinos por meio de ferramentas moleculares e genômicas. In: SIMPÓSIO EMBRAPA LABEX DE SANIDADE ANIMAL, 1., 2009, Campo Grande, MS. [Resumos...]. Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2009. 1 CD-ROM.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
| |
93. | | ALBUQUERQUE, M. do S. M.; RAMOS, A. F.; PAIVA, S. R.; MARQUES, J. R. F.; FACO, O.; CARNEIRO, P. C. F.; EGITO, A. A. do; VILLELA, L. C. V.; CASTRO, S. T. R.; MOREIRA, J. R. de A.; AZEVEDO, H. C.; COSTA, M. R. T. da R.; JULIANO, R. S.; SANTOS, S. A.; ARAUJO, A. M. de; CARVALHO, G. M. C.; PEREIRA, F. de M.; ALMEIDA, M. J. de O.; LEAL, T. M.; SOUZA, C. J. H. de; SERENO, J. R. B.; MATOS, P. S. R.; MARIANTE, A. da S. Red Brasileña de recursos genéticos animales. In: SIMPOSIO INTERNACIONAL DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA Y EL CARIBE, 8., 2011, Quito. [Proceedings...] Quito: INIAP, 2011. 1-2 SIRGEALCBiblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
| |
94. | | ALBUQUERQUE, M. do S. M.; RAMOS, A. F.; PAIVA, S. R.; MARQUES, J. R. F.; FACO, O.; CARNEIRO, P. C. F.; EGITO, A. A. do; VILLELA, L. C. V.; CASTRO, S. T. R.; MOREIRA, J. R. de A.; AZEVEDO, H. C.; COSTA, M. R. T. da R.; JULIANO, R. S.; SANTOS, S. A.; ARAUJO, A. M. de; CARVALHO, G. M. C.; PEREIRA, F. de M.; ALMEIDA, M. J. de O.; LEAL, T. M.; SOUZA, C. J. H. de; SERENO, J. R. B.; MATOS, P. S. R.; MARIANTE, A. da S. Red Brasileña de recursos genéticos animales. In: SIMPOSIO INTERNACIONAL DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA Y EL CARIBE, 8., 2011, Quito. [Proceedings...] Quito: INIAP, 2011. 1-2 SIRGEALCTipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte; Embrapa Meio-Norte. |
| |
95. | | ALBUQUERQUE, M. do S. M.; RAMOS, A. F.; PAIVA, S. R.; MARQUES, J. R. F.; FACO, O.; CARNEIRO, P. C. F.; EGITO, A. A. do; VILLELA, L. C. V.; CASTRO, S. T. R.; MOREIRA, J. R. de A.; COSTA, H.; COSTA, M. R. T. da R.; JULIANO, R. S.; SANTOS, S. A.; ARAUJO, A. M. de; CARVALHO, G. M. C.; PEREIRA, F. de M.; ALMEIDA, M. J. de O.; LEAL, T. M.; SOUZA, C. J. H. de; SERENO, J. R. B.; MATOS, P. S. R.; LEDUR, M. C.; MARIANTE, A. da S. Red Brasileña de recursos genéticos animales. In: SIMPOSIO INTERNACIONAL DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA Y EL CARIBE, 8., 2011, Quito. [Proceedings...] Quito: INIAP, 2011. SIRGEALCTipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
96. | | ALBUQUERQUE, M. do S. M.; RAMOS, A. F.; PAIVA, S. R.; MARQUES, J. R. F.; FACO, O.; CARNEIRO, P. C. F.; EGITO, A. A. do; VILLELA, L. C. V.; CASTRO, S. T. R.; MOREIRA, J. R. A.; COSTA, H.; COSTA, M. R. T. da R.; JULIANO, R. S.; SANTOS, S. A.; ARAUJO, A. M. de; CARVALHO, G. M. C.; PEREIRA, F. de M.; ALMEIDA, M. J. de O.; LEAL, T. M.; SOUZA, C. J. H. de; SERENO, J. R. B.; MATTOS, P. S. R. de; LEDUR, M. C.; MARIANTE, A. da S. Red Brasileña de Recursos Genéticos Animales. In: SIMPOSIO INTERNACIONAL DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA Y EL CARIBE, 8., 2011, Quito. [Proceedings...] Quito: INIAP, 2011. SIRGEALC.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
Registros recuperados : 96 | |
|
Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|