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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Café. Para informações adicionais entre em contato com biblioteca@embrapa.br. |
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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
14/03/2017 |
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Data da última atualização: |
27/11/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Orientação de Tese de Pós-Graduação |
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Autoria: |
VIEIRA, N. G. |
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Afiliação: |
NATALIA GOMES VIEIRA. |
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Título: |
Identificação e caracterização de genes órfãos ('NO HITS') de café (Coffea spp.). |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
2013. |
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Páginas: |
130 p. |
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Descrição Física: |
il. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Dissertação (mestrado em Biotecnologia Vegetal) - Universidade Federal de Lavras, Lavras, MG. Orientador: Alan Carvalho de Andrade, Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Coorientador: Pierre Marraccini. |
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Conteúdo: |
Coffee is one of the most important agricultural commodities worldwide. Breeding programs aimed at introducing new characters to produce novel varieties with superior agronomic traits, such as, uniform flowering, yield, grain size, beverage quality, lower caffeine content, as well as, disease and drought resistance have been ongoing for several decades. However, with a large number of gene sequences available in Coffea spp. databases, the identification and characterization of novel genes with unknown function (no hits) are feasible and necessary. The aim of this study was to identify and functionally characterize no hits found in coffee databases, using in silico analysis and qPCR gene expression. For in silico analyses, no hits were identified by similarity search in NCBI databases. Coffea arabica and Coffea canephora libraries from different tissues were generated by sequencing data using the Sanger and 454 methods. We performed an electronic Northern search of the no hits in the coffee libraries. Plant material, for qPCR assays, was obtained from different tissues (leaves, roots, fruits and meristems) of the species C. arabica and C. canephora subjected to different biological conditions (biotic and abiotic stresses) and fruits at early, intermediate and late development stages. As a result, in silico analyzes identified and characterized 1.568 orphan genes in accordance with the libraries in which they were expressed. Therefore, we selected and performed qPCR of 17 orphan genes potentially involved in tolerance to biotic and abiotic stresses, as well as, orphan genes involved in coffee fruit development. These genes responded differentially in tissues and with biological conditions, confirming in silico analyzes previously obtained and providing evidences for their probable involvement in specific biological processes in coffee plants. MenosCoffee is one of the most important agricultural commodities worldwide. Breeding programs aimed at introducing new characters to produce novel varieties with superior agronomic traits, such as, uniform flowering, yield, grain size, beverage quality, lower caffeine content, as well as, disease and drought resistance have been ongoing for several decades. However, with a large number of gene sequences available in Coffea spp. databases, the identification and characterization of novel genes with unknown function (no hits) are feasible and necessary. The aim of this study was to identify and functionally characterize no hits found in coffee databases, using in silico analysis and qPCR gene expression. For in silico analyses, no hits were identified by similarity search in NCBI databases. Coffea arabica and Coffea canephora libraries from different tissues were generated by sequencing data using the Sanger and 454 methods. We performed an electronic Northern search of the no hits in the coffee libraries. Plant material, for qPCR assays, was obtained from different tissues (leaves, roots, fruits and meristems) of the species C. arabica and C. canephora subjected to different biological conditions (biotic and abiotic stresses) and fruits at early, intermediate and late development stages. As a result, in silico analyzes identified and characterized 1.568 orphan genes in accordance with the libraries in which they were expressed. Therefore, we selected and performed qPCR of 17 orph... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Estresse; Expressão gênica. |
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Thesagro: |
Base de dados; Cafe. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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500 $aDissertação (mestrado em Biotecnologia Vegetal) - Universidade Federal de Lavras, Lavras, MG. Orientador: Alan Carvalho de Andrade, Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Coorientador: Pierre Marraccini.
520 $aCoffee is one of the most important agricultural commodities worldwide. Breeding programs aimed at introducing new characters to produce novel varieties with superior agronomic traits, such as, uniform flowering, yield, grain size, beverage quality, lower caffeine content, as well as, disease and drought resistance have been ongoing for several decades. However, with a large number of gene sequences available in Coffea spp. databases, the identification and characterization of novel genes with unknown function (no hits) are feasible and necessary. The aim of this study was to identify and functionally characterize no hits found in coffee databases, using in silico analysis and qPCR gene expression. For in silico analyses, no hits were identified by similarity search in NCBI databases. Coffea arabica and Coffea canephora libraries from different tissues were generated by sequencing data using the Sanger and 454 methods. We performed an electronic Northern search of the no hits in the coffee libraries. Plant material, for qPCR assays, was obtained from different tissues (leaves, roots, fruits and meristems) of the species C. arabica and C. canephora subjected to different biological conditions (biotic and abiotic stresses) and fruits at early, intermediate and late development stages. As a result, in silico analyzes identified and characterized 1.568 orphan genes in accordance with the libraries in which they were expressed. Therefore, we selected and performed qPCR of 17 orphan genes potentially involved in tolerance to biotic and abiotic stresses, as well as, orphan genes involved in coffee fruit development. These genes responded differentially in tissues and with biological conditions, confirming in silico analyzes previously obtained and providing evidences for their probable involvement in specific biological processes in coffee plants.
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653 $aExpressão gênica
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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Biblioteca |
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Origem |
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Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Registros recuperados : 35 | |
| 3. |  | VINECKY, F.; ALVES, G. S. C.; FREIRE, L. P.; VIEIRA, N. G.; MARRACCINI, P.; ANDRADE, A. C. Identificação e caracterização de genes candidatos para a tolerância à seca em clones de café Conilon (Coffea canephora). In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Inovação científica, competitividade e mudanças climáticas: anais. Vitória: Consórcio Pesquisa Café, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 4. | | VINECKY, F.; FREIRE, L. P.; VIEIRA, N. G.; ALVARENGA, M. O.; MARQUES, T.; MARRACCINI, P.; ANDRADE, A. C. Molecular characterization of candidate genes involved in drought tolerance in coffee plants. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 22., 2008, Campinas, Brazil. Programme abstracts. Montpellier, France: Association for Science and Information on Coffee, 2008. PB640.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 5. | | FREIRE, L. P.; VIEIRA, N. G.; VINECKY, F.; ALVES, G. S. C.; HEIMBECK, I. G. R.; RODRIGUES, G. C.; MARRACCINI, P.; ANDRADE, A. C. Análise de expressão e polimorfismo nucléicos de genes candidatos para a tolerância à seca em cafeeiro. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 7., 2011, Araxá. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 6. | | VINECKY, F.; ALVES, G. S. C.; FREIRE, L. P.; VIEIRA, N. G.; ALVARENGA, M. O.; DA SILVA, F. R.; MARRACCINI, P.; ANDRADE, A. C. Identificação de genes candidatos para a tolerância à seca em cafeeiro, por meio de análises da expressão gênica com macroarranjos de cDNA e PCR quantitativo. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 13., 2008, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2008. Resumo 037. p. 77.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 7. | | ALVES, G. S. C.; FREIRE, L. P.; HEIMBECK, I. G. R.; VIEIRA, N. G.; VINECKY, F.; MARRACCINI, P.; PAIVA, L. V.; ANDRADE, A. C. Identificação e análise de polimorfismos na região promotora do gene DREB2A em vários genótipos do gênero Coffea. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 7., 2011, Araxá. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 8. | | VIEIRA, N. G.; FREIRE, L. P.; FERREIRA, D. L. A.; ALVARENGA, M. O.; SOARES, C. M.; MARRACCINI, P.; ANDRADE, A. C. Identificação e caracterização de genes envolvidos na tolerância à seca em Coffea canephora var. conillon. In : ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 12., 2007, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2007. p. 72.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 9. | | DUARTE, K. E.; VIEIRA, N. G.; MARTINS, P. K.; RIBEIRO, A. P.; DIAS, B. B. A.; MOLINARI, H. B. C.; KOBAYASHI, A. K.; MARRACCINI, P.; ANDRADE, A. C. Identificação e caracterização de genes órfãos ("no hits") de café (Coffea Canephora), envolvidos na resposta à seca. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 8., 2013, Salvador, BA. Anais...Brasília: Consórcio Pesquisa Café, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 10. | | ALVES, G. S. C.; FREIRE, L. P.; HEIMBECK, I. G. R.; VIEIRA, N. G.; VINECKY, F.; MARRACCINI, P.; PAIVA, L. V.; ANDRADE, A. C. Caracterização da região promotora do gene DREB2A de genótipos de Coffea canephora contrastantes para a tolerância à seca. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 7., 2011, Araxá. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 11. | | VINECKY, F.; VIEIRA, N. G.; FERREIRA, D. L. A.; FREIRE, L. P.; MARRACCINNI, P.; SILVA, F. R. da; ANDRADE, A. C. Construção de macroarranjos de cDNA de café, para a identificação de genes de interesse agronômico. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 5., 2007, Águas de Lindóia, SP. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2007. Biotecnologia aplicada à cadeia agroindustrial do café.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 12. | | VINECKY, F.; BRITO, K. M.; VIEIRA, N. G.; FERREIRA, D. L. A.; SALES, R. M. O. B.; SILVA, F. R.; ANDRADE, A. C. Construção de macroarranjos de DNA, a partir do unigene café, para a identificação de genes de interesse agronômico. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 11., 2006, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2006. p. 73.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 13. | | FREIRE, L. P.; VIEIRA, N. G.; VINECKY, F.; ALVES, G. S. C.; LEROY, T.; POT, D.; ELBELT, S.; MARQUES, T.; RODRIGUES, G. C.; MARRACCINI, P.; ANDRADE, A. C. Expression analysis and nucleic polymorphism of candidate genes for drought tolerance in coffee. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 2010, Bali. Preceedings... [S.l]: Association for Science and Information on Coee (ASIC), 2010. p. 382-388| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 14. | | COSTA, T. S.; MELO, J. A. T.; CARNEIRO, F. A.; VIEIRA, N. G.; RÊGO, E. C. S.; LIMA, E. A.; COTTA, M. G.; MARRACCINI, P.; ANDRADE, A. C. Expression of candidates genes for drought tolerance related to ABA signaling in roots of C. Canephora. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOTECNOLOGIA, 6., 2015, Brasília. [Resumos]. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Biotecnologia, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 15. | | DUARTE, K. E.; VIEIRA, N. G.; MARTINS, P. K.; RIBEIRO, A. P.; DIAS, B. B. A.; MOLINARI, H. B. C.; KOBAYASHI, A. K.; MARRACCINI, P.; ANDRADE, A. C. Genetic transformation of setaria viridis with CcUNK8 for enhanced drought tolerance. In: INTERNATIONAL SERTARIA GENETICS CONFERENCE, 1., 2014, Beijing, China. [Beijing]: China Agricultural Research Systems, 2014. p. 10.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 16. | | COSTA, T. S.; MELO, J. A. T.; CARNEIRO, F. A.; VIEIRA, N. G.; RÊGO, E. C. S.; BLOCK JUNIOR, C.; MARRACCINI, P.; ANDRADE, A. C. Drought effects on expression of genes involved in ABA signaling paythway in roots of susceptible and tolerant clones of C. canephora. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 25., 2014, Armenia, Colombia. [Proceedings...]. [Armenia]: ASIC, 2015. p. 42-45.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 17. | | CARNEIRO, F. A.; MENDONÇA, L. M. C.; ALEKCEVETCH, J. C.; VIEIRA, N. G.; COSTA, T. S.; FERRAO, M. A. G.; SILVA, V. A.; MARRACCINI, P.; ANDRADE, A. C. Rootomics: the first high-throughtput sequencing of cDNA extracted from roots of different clones of Coffea Canephora var. Conilon submitted to drought. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 2012, San José. Proceedings... [S.l]: Association for Science and Information on Coffee (ASIC), 2012. p. 223.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 18. | | VINECKY, F.; ALVES, G. S. C.; VIEIRA, N. G.; FREIRE, L. P.; HEIMBECK, I. G. R.; FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da; FERRAO, M. A. G.; SILVA, V. A.; MARRACCINI, P.; ANDRADE, A. C. Análises da expressão gênica por PCR quantitativo em tempo real (QPCR) de genes candidatos para a tolerância à seca em cafeeiro. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 7., 2011, Araxá. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 19. | | VINECKY, F.; ALVES, G. S. C.; VIEIRA, N. G.; FREIRE, L. P.; HEIMBECK, I. G. R.; FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da; FERRAO, M. A. G.; SILVA, V. A.; MARRACCINI, P.; ANDRADE, A. C. Análises da expressão gênica por PCR quantitativo em tempo real (QPCR) de genes candidatos para a tolerância à seca em cafeeiro. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 7., 2011, Araxá. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 20. | | COTTA, M. G.; BARROS, L. M. G.; ALMEIDA, J. D. de; LAMOTTE, F. de; BARBOSA, E. A.; VIEIRA, N. G.; ALVES, G. S. C.; VINECKY, F.; ANDRADE, A. C.; MARRACCINI, P. Lipid transfer proteins in coffee: isolation of Coffea orthologs, Coffea arabica homeologs, expression during coffee fruit development and promoter analysis in transgenic tobacco plants. Plant Molecular Biology, v. 85, n. 1, p.11-31, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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