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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
Data corrente: |
20/10/2011 |
Data da última atualização: |
20/10/2011 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
Autoria: |
VIDAL, R.; FERREIRA, L. P.; LANNES, S. D.; VIEIRA, L. G. E.; MONDEGO, J.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A.; POT, D.; PEREIRA, L. F. P. |
Afiliação: |
RAMON VIDAL, UNICAMP; LUCIA PIRES FERREIRA, CBP&D/Café/IAPAR; SERGIO DIAS LANNES, CBP&D/Café/IAPAR; LUIZ G. E. VIEIRA, CIRAD/UMR DAP; JORGE MONDEGO, UNICAMP; MARCELO, F. CARAZZOLE, UNICAMP; GONÇALO A. PEREIRA, UNICAMP; DAVID POT, LBI-AMG IAPAR; LUIZ FILIPE PROTASIO PEREIRA, SAPC. |
Título: |
Analise in silico e in vivo da diversidade nucleotidica em Coffea ssp. |
Ano de publicação: |
2009 |
Fonte/Imprenta: |
In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Resumos expandidos. Brasília, DF: Embrapa Café. |
Idioma: |
Português |
Conteúdo: |
Polimorfismos de modificações nucleotídicas (SNPs ? Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs ? Insertion / Deletions) têm uma alta freqüência nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles vêm se tornando a escolha principal de marcador para trabalhos de melhoramento, genotipagem e diagnóstico. A identificação destes polimorfismos irá fornecer marcadores que poderão ser utilizados para o mapeamento genético, estudos de genética de população e de associação. Portanto, os objetivos deste trabalho foram: 1) identificar in silico SNPs e INDELS existentes em seqüências de ESTs disponíveis; e 2) analisar a diversidade nucleotídica em Coffea spp. Um pipeline para identificação de SNPs e INDELs foi desenvolvido utilizando seqüências de ESTs disponíveis de Coffea spp. Foi utilizado uma estratégia para detecção de SNPs em dentro de 23.019 contigs. Um total 23.062 SNPs e 2.165 INDELS foram encontrados em 5184 contigs que continham pelo menos quatro ESTs. Analises in silico permitiram a identificação de diferentes alelos de C. canephora e C. eugenioides que estão presentes em C. arabica. A maioria dos ESTs de C. arabica vieram de apenas dois alelos, uma evidência molecular sobre a especiação de C. arabica. De acordo com essas análises cerca de 55% das seqüências de C. arabica são derivadas do genoma de C. eugenioides e 45% de C. canephora. Além disso, foi possível observar que o genoma de C. eugenioides contribui principalmente para genes relacionados a metabolismo basal, enquanto que os genes de C. canephora estão envolvidos com sinais de tradução e regulação da expressão gênica. Análises in vivo estão sendo realizadas através do sequenciamento de diversos genes em 24 genótipos de Coffea sendo 12 de C. arabica, 9 de C. canephora e três de outras espécies de Coffea, para uma analise maior da diversidade nucleotídica do gênero. Resultados referentes ao sequenciamento do gene de sacarose fosfato sintase (SPS) apresentaram 21 polimorfismos, sendo a maioria interespecíficos (C. arabica, C. canephora, C. eugenioides e C. racemosa). Para os genótipos de C. canephora foram observados nove polimorfismos intraespecíficos. Já os polimorfismos encontrados entre os genótipos de C. arabica forma os mesmos detectados entre C. canephora e C. eugenioides. MenosPolimorfismos de modificações nucleotídicas (SNPs ? Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs ? Insertion / Deletions) têm uma alta freqüência nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles vêm se tornando a escolha principal de marcador para trabalhos de melhoramento, genotipagem e diagnóstico. A identificação destes polimorfismos irá fornecer marcadores que poderão ser utilizados para o mapeamento genético, estudos de genética de população e de associação. Portanto, os objetivos deste trabalho foram: 1) identificar in silico SNPs e INDELS existentes em seqüências de ESTs disponíveis; e 2) analisar a diversidade nucleotídica em Coffea spp. Um pipeline para identificação de SNPs e INDELs foi desenvolvido utilizando seqüências de ESTs disponíveis de Coffea spp. Foi utilizado uma estratégia para detecção de SNPs em dentro de 23.019 contigs. Um total 23.062 SNPs e 2.165 INDELS foram encontrados em 5184 contigs que continham pelo menos quatro ESTs. Analises in silico permitiram a identificação de diferentes alelos de C. canephora e C. eugenioides que estão presentes em C. arabica. A maioria dos ESTs de C. arabica vieram de apenas dois alelos, uma evidência molecular sobre a especiação de C. arabica. De acordo com essas análises cerca de 55% das seqüências de C. arabica são derivadas do genoma de C. eugenioides e 45% de C. canephora. Além disso, foi possível observar que o genoma de C. eugenioides contribui principalmente para genes relacionados a metabolismo basal,... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
INDEL; Mapeamento; SNP. |
Thesagro: |
Genoma. |
Categoria do assunto: |
-- |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/43989/1/Analise-in-silico-e-in-vivo.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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81. | | MARRACINI, P.; RAMOS, H. J. O.; VIEIRA, L. G. E.; FERRAO, M. A. G.; SILVA, F. R. da; MELO, J. A. T.; BLOCH JUNIOR, C.; ANDRADE, A. C. Study of drought-tolerance mechanisms in coffee plants by an integrated analysis. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 22., 2008, Campinas.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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82. | | GEROMEL, C.; FERREIRA, L. P.; BOTTCHER, A.; POT, D.; PEREIRA, L. F. P.; LEROY, T.; VIEIRA, L. G. E.; MAZZAFERA, P.; MARRACCINI, P. Sucrose metabolism during fruit development in coffea racemosa. Annals of Applied Biology, v. 152, n. 2, p.179-187, 2008.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
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83. | | GEROMEL, C.; FERREIRA, L. P.; CAVALARI, A. A.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E.; LEROY, T.; MAZZAFERA, P.; MARRACCINI, P. Sugar metabolism during coffee fruit development. In:INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 20., 2004, Bangalore, India. Anais... Montpellier, France: Association for Science and Information on Coffee, 2005. 1 CD-ROM.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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84. | | PEREIRA, L. F. P.; CAÇÃO, S. M. B.; SILVA, N. V.; ALVES, G. S. C.; VINECKY, F.; CAIXETA, E. T.; ANDRADE, A. C.; VIEIRA, L. G. E. Using a coffea arabica bacterial artificial chromosome library for gene cloning and integrative mapping approaches. In: THE INTERNATIONAL CONFERENCE ON THE STATUS OF PLANT & ANIMAL GENOME RESEARCH, 16., 2008, San Diego. Final abstracts guide. San Diego, 2008, p. 276.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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85. | | CAÇÃO, S. M. B.; SILVA, N. V.; ALVES, G. S. C.; VINECKY, F.; DINIZ, L. E. C.; ANDRADE, A. C.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E. Using coffea arabica bacterial artificial chromosome library for gene cloning and integrative mapping aproaches. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 22., 2008, Campinas, Brazil. Programme abstracts. Montpellier, France: Association for Science and Information on Coffee, 2008. PB633.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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86. | | CAÇÃO, S. M. B.; SILVA, N. V.; ALVES, G. S. C.; VINIECK, F.; DINIZ, L. E. C.; ANDRADE, A. C.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E. Using a Coffea arabica bacterial artificial chromosome library for gene cloning and integrative mapping aproaches. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 22., 2008, Campinas, Brazil.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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87. | | FERREIRA, L. P.; DIAS, R. C.; DURAND, N.; GUYOT, B.; RAMOS, J.; PERTHUIS, B.; SANDRIN, G. P.; BENASSI, M. T.; MARRACCINI, P.; PEREIRA, L. F. P.; LEROY, T.; VIEIRA, L. G.; DAVID, P. Determinismo genético e molecular do metabolismo de diterpenos em Coffea spp. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Inovação científica, competitividade e mudanças climáticas: anais. Vitória: Consórcio Pesquisa Café, 2009.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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88. | | IVAMOTO, S. T.; SAKURAY, L. M.; FERREIRA, L. P.; KITZBERGER, C. S. G.; SCHOLZ, MARIA B. S.; POT, D.; LEROY, T.; VIEIRA, L. G. E.; DOMINGUES, D. S.; PEREIRA, L. F. P. Diterpenes biochemical profile and transcriptional analysis of cytochrome P450s genes in leaves, roots, flowers, and during Coffea arabica L. fruit development. Plant Physiology and Biochemistry, v. 111, p. 340-347, Dec. 2016.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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89. | | IVOMOTO, S. T.; SAKURAY, L. M.; FERREIRA, L. P.; KITZBERGER, C. S. G.; SCHOLZ, M. B. S.; POT, D.; LEROY, T.; VIEIRA, L. G. E.; DOMINGUES, D. S.; PEREIRA, L. F. P. Diterpenes biochemical profile and transcriptional analysis of cytochrome P450s genes in leaves, roots, flowers, and during Coffea arabica L. fruit development. Plant Physiology and Biochemistry, v. 111, p. 340-347, February, 2017.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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90. | | ALVES, G. S. C.; SARAIVA, M. A. P.; PEREIRA, L. F. P.; CAÇÃO, S. M. B.; SILVA, N. V.; DINIZ, L. E. C.; VIEIRA, L. G. E.; ANDRADE, A. C. Construção de filtros de alta densidade a partir de uma biblioteca genômica de cromossomo artificial de bactéria de Coffea arábica L. In : ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 12., 2007, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2007. p. 61.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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91. | | CACAO, S. M. B.; SILVA, N. V.; DOMINGUES, D. S.; VIEIRA, L. G. E.; DINIZ, L. E. C.; VINECKY, F.; ALVES, G. S. C.; ANDRADE, A. C.; CARPENTIERI PIPOLO, V.; PEREIRA, L. F. P. Construction and characterization of a BAC library from the Coffea arabica genotype Timor Hybrid CIFC 832/2. Genetica, v. 141, n. 1-3, p. 217-226, 2013.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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92. | | CACAO, S. M. B.; SILVA, N. V.; DOMINGUES, D. S.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P.; DINIZ, L. E. C.; VINECKY, F.; ALVES, G. S. C.; ANDRADE, A. C.; CARPENTIERI PIPOLO, V. Construction and characterization of a BAC library from the Coffea arabica genotype Timor Hybrid CIFC 832/2. Genetica, v. 141, n. 1-3, 2013.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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93. | | COLOMBO, C. A.; YAMAMOTO, P. Y.; RAMOS, L. C. S.; MAZZAFERA, P.; GALLO, P. B.; VILELLA, O. T.; LANNES, S. D.; POT, D.; FERREIRA, L. P.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P. Novos marcadores para fins de mapeamento e localização de QTLs a partir de PCR-RFLP de genes de genoma café brasileiro. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Inovação científica, competitividade e mudanças climáticas : anais. Vitória: Consórcio Pesquisa Café, 2009.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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94. | | POT, D.; BOUCHET, S.; MARRACCINI, P.; DE BELLIS, F.; CUBRY, P.; JOURDAN, I.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E.; FERREIRA, L. P.; MUSOLI, P.; LEGNATE, H.; LEROY, T. Nucleotide diversity of genes involved in sucrose metabolism. Towards the identification of candidates genes controlling sucrosse variability in Coffea sp. In:INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 21., 2006, Montpellier, France. Table of contents... Montpellier, France: Association for Science and Information on Coffee, 2007. 1 CD-ROM.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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95. | | SANTOS, T. B. dos; MEDA, A. R.; SITTA, R. B.; VESPERO, E. B.; PAVAN, M. A.; CHARMETANT, P.; PIPOLO, V. C.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E.; DOMINGUES, D. S. Caracterização nutricional de acessos provenientes da Etiópia de Café Arábica. Coffee Science, Lavras, v. 10, n. 1, p.10-19, jan./mar. 2015.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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96. | | SANTOS, T. B. dos; MEDA, A. R.; SITTA, R. B.; VESPERO, E. B.; PAVAN, M. A.; CHARMETANT, P.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E.; DOMINGUES, D. S. Concentração de nutrientes minerais em acessos da Etiópia de Coffea arabica. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 7., 2011, Araxá. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2011.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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97. | | GAUDENCIO, C. de A.; PHILIPOVSKY, J. F.; SILVA, A. C. da; RIEDE, C. R.; VIEIRA, L. G. E.; ALCOVER, M.; BALBINOT, I.; GIBLER, J. W.; BASSOI, M. C.; MAROSTICA, N.; PAN, W. Ensaios de cultivares de trigo para recomendações Paraná zonas Norte e Oeste 1978. [S.l.]: EMBRAPA / IAPAR / OCEPAR, [1979]. 55 p.Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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98. | | SILVA, A. C. da; GAUDENCIO, C. de A; BRUNETTA, D.; RIEDE, C. R.; EMPINOTTI, C.; CAMPOS, L. A. C.; VIEIRA, L. G. E.; ALCOVER, M.; PETRUCCI, G. L.; DAROS, E.; GIBLER, J.; BAIRRAO, J.; BASSOI, M. C.; PAN, W. Ensaios para recomendacoes. In: REUNIAO ANUAL CONJUNTA DE PESQUISA DE TRIGO, 10, 1978, Porto Alegre. Pesquisa de cultivares de trigo, triticale e cevada no Parana: EMBRAPA/IAPAR/OCEPAR 1977. [S.l.: s.n., 1978?]. p.28-43.Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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99. | | SANTOS, T. B. dos; LIMA, R. B. de; NAGASHIMA, G. T.; PETKOWICZ, C. L. de O.; CARPENTIERI-PÍPOLO, V.; PEREIRA, L. F. P.; DOMINGUES, D. S.; VIEIRA, L. G. E. Galactinol synthase transcriptional profile in two genotypes of Coffea canephora with contrasting tolerance to drought. Genetics and Molecular Biology, v. 38, n. 2, p. 182-190, 2015Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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100. | | CAÇÃO, S. M. B.; LEITE, T. F.; BUDZINSKI, I. G. F.; SANTOS, T. B.; SCHOLZ, M. B. S.; CARPENTIERI-PIPOLO, V.; DOMINGUES, D. S.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P. Gene expression and enzymatic activity of pectin methylesterase during fruit development and ripening in Coffea arabica L. Genetics and Molecular Research, v. 11, n. 3, p. 3186-3197, 2012.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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