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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Unidades Centrais. |
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Data corrente: |
10/05/2002 |
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Data da última atualização: |
22/12/2004 |
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Autoria: |
VIEIRA, H. J.; ANGELOCCI, L. R.; LIBARDI, P. L.; BERGAMASCHI, H. |
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Título: |
Comportamento de Duas Variedades de Feijoeiro sob Dois Regimes de Disponibilidade Hídrica no Solo. III. Variação do Potencial Total da Água na Folha e de Seus Componentes na Variedade Aroana-80. |
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Ano de publicação: |
1989 |
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Fonte/Imprenta: |
Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, v.24, n.9, p. 1055-1063, set. 1989. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
0 experimento foi instalado na ESALQ/USP, a uma latitude de 22,70OS e longitude 47,6300 e a uma altitude de 586 metros. Utilizou-se a variedade Aroana 80 (Phaaseolus vulgaris L.), semeada com intervalos de 15 dias entre si. Quando a primeira época encontrava-se na fase de formação de vagens e a segunda época na fase de início de florescimento, suspendeu-se a irrigação e acompanhou-se por um período de quinze dias a variação do potencial total da água na folha (*t); potencial matricial (*m); potencial osm6tico (*o) e o potencial de pressão (*p) durante o período diurno e parte do período noturno. Os potenciais *t, *o e *m + *o foram determinados com o auxílio de higrometria de par termoelétrico e o *p e *m foram determinados algebricamente. Houve diferenças dos valores médios de 1fp; *o e *m, sendo que a fase de formação de vagens manteve uma maior turgescência das folhas com menor déficit hídrico. De maneira geral os valores de todos os componentes estudados seguiram a tendência normal ou seja, foram influenciados pela variação dos componentes atmosféricos tais como, insolação, déficit de saturação e temperaturas e pelas condições de água na planta e no solo.
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Palavras-Chave: |
déficit hídrico; potencial de água na planta; potencial de pressão; potencial matricial; potencial osmótico. |
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Thesagro: |
Feijão. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Unidades Centrais (AI-SEDE) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Agricultura Digital. Para informações adicionais entre em contato com cnptia.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
04/11/2022 |
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Data da última atualização: |
07/11/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 1 |
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Autoria: |
BRUSCADIN, J. J.; CARDOSO, T. F.; DINIZ, W. J. da S.; AFONSO, J.; SOUZA, M. M. de; PETRINI, J.; ANDRADE, B. G. N.; SILVA, V. H. da; FERRAZ, J. B. S.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
JENNIFER JESSICA BRUSCADIN, UNIVERSIDADE FEDERAL DE SÃO CARLOS; TAINÃ FIGUEIREDO CARDOSO; WELLISON JARLES DA SILVA DINIZ, AUBURN UNIVERSITY; JULIANA AFONSO; MARCELA MARIA DE SOUZA, IOWA STATE UNIVERSITY; JULIANA PETRINI, AUBURN UNIVERSITY; BRUNO GABRIEL NASCIMENTO ANDRADE, MUNSTER TECHNOLOGICAL UNIVERSITY; VINICIUS HENRIQUE DA SILVA, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; JOSÉ BENTO STERMAN FERRAZ, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; GERSON BARRETO MOURÃO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUIZ LEHMANN COUTINHO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
Allele-specific expression reveals functional SNPs affecting muscle-related genes in bovine. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
Biochimica et Biophysica Acta. Gene Regulatory Mechanisms, v. 1865, n. 8, 194886, Nov. 2022. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2022.194886 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Single nucleotide polymorphisms showing allele-specific expression (ASE SNPs) are useful for cis-regulatory variants discovery. Despite this potential, there are expensive costs involved in genome-level ASE analysis for large sample sizes. If different data resolutions are available, genotype imputation can be used to mitigate this limitation. Aiming to increase the power to detect regulatory variants, we used a large dataset (>4 million) of imputed SNP genotypes and RNA-Seq data from 190 Nelore steers. Differences between major and minor allele expressions in muscle were tested with a Binomial Test. We identified 38,177 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05) within 7304 linkage disequilibrium blocks. After that, we searched for aseQTLs (i.e., neighboring SNPs potentially regulating the ASE SNPs' allelic expression) by comparing the ASE of heterozygous to homozygous sample groups under a Wilcoxon Rank Sum test. We identified 21,543 aseQTLs potentially regulating 430 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05). A total of 3333 cis-eQTLs (being 2098 ASE SNPs and 1075 aseQTLs) were associated with the expression of 758 transcripts (FDR ≤ 0.05), demonstrating the cis-regulatory effect of these ASE SNPs and aseQTLs. Data integration showed reproducibility with previous studies in bovine ASE and genomic imprinting. Furthermore, we identified 36,756 novel ASE regions due to the imputation approach. Comparisons with epigenetics data from Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG) suggest a regulatory potential of the ASE-related SNPs. The affected genes were enriched in metabolic pathways essential for muscle homeostasis. These findings reinforce the potential of using ASE for discovering cis-regulatory SNPs that may affect muscle-related traits. MenosSingle nucleotide polymorphisms showing allele-specific expression (ASE SNPs) are useful for cis-regulatory variants discovery. Despite this potential, there are expensive costs involved in genome-level ASE analysis for large sample sizes. If different data resolutions are available, genotype imputation can be used to mitigate this limitation. Aiming to increase the power to detect regulatory variants, we used a large dataset (>4 million) of imputed SNP genotypes and RNA-Seq data from 190 Nelore steers. Differences between major and minor allele expressions in muscle were tested with a Binomial Test. We identified 38,177 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05) within 7304 linkage disequilibrium blocks. After that, we searched for aseQTLs (i.e., neighboring SNPs potentially regulating the ASE SNPs' allelic expression) by comparing the ASE of heterozygous to homozygous sample groups under a Wilcoxon Rank Sum test. We identified 21,543 aseQTLs potentially regulating 430 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05). A total of 3333 cis-eQTLs (being 2098 ASE SNPs and 1075 aseQTLs) were associated with the expression of 758 transcripts (FDR ≤ 0.05), demonstrating the cis-regulatory effect of these ASE SNPs and aseQTLs. Data integration showed reproducibility with previous studies in bovine ASE and genomic imprinting. Furthermore, we identified 36,756 novel ASE regions due to the imputation approach. Comparisons with epigenetics data from Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG) suggest a regulato... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Cis-regulação; Cis-regulation; Data integration; Epigenética; Expressão gênica; Genômica; Integração de dados; Polimorfismos de nucleotídeo único. |
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Thesagro: |
Gado. |
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Thesaurus NAL: |
Cattle; Epigenetics; Genomics; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
LEADER 03063naa a2200433 a 4500
001 2148053
005 2022-11-07
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100 1 $aBRUSCADIN, J. J.
245 $aAllele-specific expression reveals functional SNPs affecting muscle-related genes in bovine.$h[electronic resource]
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520 $aSingle nucleotide polymorphisms showing allele-specific expression (ASE SNPs) are useful for cis-regulatory variants discovery. Despite this potential, there are expensive costs involved in genome-level ASE analysis for large sample sizes. If different data resolutions are available, genotype imputation can be used to mitigate this limitation. Aiming to increase the power to detect regulatory variants, we used a large dataset (>4 million) of imputed SNP genotypes and RNA-Seq data from 190 Nelore steers. Differences between major and minor allele expressions in muscle were tested with a Binomial Test. We identified 38,177 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05) within 7304 linkage disequilibrium blocks. After that, we searched for aseQTLs (i.e., neighboring SNPs potentially regulating the ASE SNPs' allelic expression) by comparing the ASE of heterozygous to homozygous sample groups under a Wilcoxon Rank Sum test. We identified 21,543 aseQTLs potentially regulating 430 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05). A total of 3333 cis-eQTLs (being 2098 ASE SNPs and 1075 aseQTLs) were associated with the expression of 758 transcripts (FDR ≤ 0.05), demonstrating the cis-regulatory effect of these ASE SNPs and aseQTLs. Data integration showed reproducibility with previous studies in bovine ASE and genomic imprinting. Furthermore, we identified 36,756 novel ASE regions due to the imputation approach. Comparisons with epigenetics data from Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG) suggest a regulatory potential of the ASE-related SNPs. The affected genes were enriched in metabolic pathways essential for muscle homeostasis. These findings reinforce the potential of using ASE for discovering cis-regulatory SNPs that may affect muscle-related traits.
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700 1 $aFERRAZ, J. B. S.
700 1 $aZERLOTINI NETO, A.
700 1 $aMOURÃO, G. B.
700 1 $aCOUTINHO, L. L.
700 1 $aREGITANO, L. C. de A.
773 $tBiochimica et Biophysica Acta. Gene Regulatory Mechanisms$gv. 1865, n. 8, 194886, Nov. 2022.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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