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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Agrobiologia. |
Data corrente: |
27/12/2017 |
Data da última atualização: |
03/01/2018 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
POLESE, V.; SOARES, C. de P.; SILVA, P. R. A. da; ARAUJO, J. L. S. de; BALDANI, J. I.; VIDAL, M. S. |
Afiliação: |
VALÉRIA POLESE, UFRRJ; LEITON DE PAULA SOARES, UFRRJ; PAULA RENATA ALVES DA SILVA, UFRRJ; JEAN LUIZ SIMOES DE ARAUJO, CNPAB; JOSE IVO BALDANI, CNPAB; MARCIA SOARES VIDAL, CNPAB. |
Título: |
Selection and validation of reference genes for RT-qPCR indicates that juice of sugarcane varieties modulate the expression of C metabolism genes in the endophytic diazotrophic Herbaspirillum rubrisubalbicans strain HCC103. |
Ano de publicação: |
2017 |
Fonte/Imprenta: |
Antonie van Leeuwenhoekv, 110, n. 12, p. 1555-1568, 2017. |
ISSN: |
1572-9699 |
DOI: |
https://doi.org/10.1007/s10482-017-0906-7 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Quantitative reverse transcription PCR (RT-qPCR) is an important tool for evaluating gene expression. However, this technique requires that specific internal normalizing genes be identified for different experimental conditions. To date, no internal normalizing genes are available for validation of data analyses for Herbaspirillum rubrisubalbicans strain HCC103, an endophyte that is part of the sugarcane consortium inoculant. This work seeks to identify and evaluate suitable reference genes for gene expression studies in HCC103 grown until middle log phase in sugarcane juice obtained from four sugarcane varieties or media with three different carbon sources. The mRNA levels of five candidate genes (rpoA, gyrA, dnaG, recA and gmK) and seven target genes involved in carbon metabolism (acnA, fbp, galE, suhB, wcaA, ORF_0127.0101 and _0127.0123) were quantified by RT-qPCR. Analysis of expression stability of these genes was carried out using geNorm and Normfinder software. The results indicated that the HCC103 dnaG and gyrA genes are the most stable and showed adequate relative expression level changes among the different sugarcane juices. The highest expression level was seen for ORF_0127.0101, which encodes a sugar transporter, in juice from sugarcane variety RB867515 and glucose as the carbon source. The suhB gene, encoding SuhB inositol monophosphatase, had a higher relative expression level on 0.5% glucose, 100% sugarcane juice from variety RB867515 and 0.5% aconitate. Together the results suggest that dnaG and gyrA genes are suitable as reference genes for RT-qPCR analysis of strain HCC103 and that juice from different sugarcane varieties modulates the expression of key genes involved in carbon metabolism. MenosQuantitative reverse transcription PCR (RT-qPCR) is an important tool for evaluating gene expression. However, this technique requires that specific internal normalizing genes be identified for different experimental conditions. To date, no internal normalizing genes are available for validation of data analyses for Herbaspirillum rubrisubalbicans strain HCC103, an endophyte that is part of the sugarcane consortium inoculant. This work seeks to identify and evaluate suitable reference genes for gene expression studies in HCC103 grown until middle log phase in sugarcane juice obtained from four sugarcane varieties or media with three different carbon sources. The mRNA levels of five candidate genes (rpoA, gyrA, dnaG, recA and gmK) and seven target genes involved in carbon metabolism (acnA, fbp, galE, suhB, wcaA, ORF_0127.0101 and _0127.0123) were quantified by RT-qPCR. Analysis of expression stability of these genes was carried out using geNorm and Normfinder software. The results indicated that the HCC103 dnaG and gyrA genes are the most stable and showed adequate relative expression level changes among the different sugarcane juices. The highest expression level was seen for ORF_0127.0101, which encodes a sugar transporter, in juice from sugarcane variety RB867515 and glucose as the carbon source. The suhB gene, encoding SuhB inositol monophosphatase, had a higher relative expression level on 0.5% glucose, 100% sugarcane juice from variety RB867515 and 0.5% aconitate. Toget... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Internal normalizing; Organic acids; Relative expression; Sugar transport. |
Thesaurus Nal: |
nitrogen fixation. |
Categoria do assunto: |
S Ciências Biológicas |
Marc: |
LEADER 02682naa a2200265 a 4500 001 2083708 005 2018-01-03 008 2017 bl uuuu u00u1 u #d 022 $a1572-9699 024 7 $ahttps://doi.org/10.1007/s10482-017-0906-7$2DOI 100 1 $aPOLESE, V. 245 $aSelection and validation of reference genes for RT-qPCR indicates that juice of sugarcane varieties modulate the expression of C metabolism genes in the endophytic diazotrophic Herbaspirillum rubrisubalbicans strain HCC103.$h[electronic resource] 260 $c2017 520 $aQuantitative reverse transcription PCR (RT-qPCR) is an important tool for evaluating gene expression. However, this technique requires that specific internal normalizing genes be identified for different experimental conditions. To date, no internal normalizing genes are available for validation of data analyses for Herbaspirillum rubrisubalbicans strain HCC103, an endophyte that is part of the sugarcane consortium inoculant. This work seeks to identify and evaluate suitable reference genes for gene expression studies in HCC103 grown until middle log phase in sugarcane juice obtained from four sugarcane varieties or media with three different carbon sources. The mRNA levels of five candidate genes (rpoA, gyrA, dnaG, recA and gmK) and seven target genes involved in carbon metabolism (acnA, fbp, galE, suhB, wcaA, ORF_0127.0101 and _0127.0123) were quantified by RT-qPCR. Analysis of expression stability of these genes was carried out using geNorm and Normfinder software. The results indicated that the HCC103 dnaG and gyrA genes are the most stable and showed adequate relative expression level changes among the different sugarcane juices. The highest expression level was seen for ORF_0127.0101, which encodes a sugar transporter, in juice from sugarcane variety RB867515 and glucose as the carbon source. The suhB gene, encoding SuhB inositol monophosphatase, had a higher relative expression level on 0.5% glucose, 100% sugarcane juice from variety RB867515 and 0.5% aconitate. Together the results suggest that dnaG and gyrA genes are suitable as reference genes for RT-qPCR analysis of strain HCC103 and that juice from different sugarcane varieties modulates the expression of key genes involved in carbon metabolism. 650 $anitrogen fixation 653 $aInternal normalizing 653 $aOrganic acids 653 $aRelative expression 653 $aSugar transport 700 1 $aSOARES, C. de P. 700 1 $aSILVA, P. R. A. da 700 1 $aARAUJO, J. L. S. de 700 1 $aBALDANI, J. I. 700 1 $aVIDAL, M. S. 773 $tAntonie van Leeuwenhoekv, 110$gn. 12, p. 1555-1568, 2017.
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Registro original: |
Embrapa Agrobiologia (CNPAB) |
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161. | | PROENÇA, D. N.; SCHWAB, S.; VIDAL, M. S.; BALDANI, J. I.; XAVIER, G. R.; MORAIES, P. V. The nematicide Serratia plymuthica M24T3 colonizes Arabidopsis thaliana, stimulates plant growth, and presents plant beneficial potential. Brazilian Journal of Microbiology, Epub ahead of print, Published online, jun 2019Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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164. | | DRECHESEL, M. M.; MENESES, C. H. S. G.; ROUWS, L. F. M.; VIDAL, M. S.; BALDANI, J. I. ORF GDI 0415 is inviolved in bacterioncin production by gluconacetobacter diazotrophicus In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON BIOLOGICAL NITROGEN WITH NON-LEGUMES, 12.; INTERNATIONAL INCT SYMPOSIUM ON NITROGEN BIOLOGICAL FIXATION, 2., 03 a 8 de outubro, 2010, Búzios, RJ. Book of abstracts... Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2010. Slll. 09Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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166. | | CORDEIRO, T. F.; GALVÃO, P. G.; GUEDES, H.; MENESES, C. H. G.; VIDAL, M. S.; ARAÚJO, J. L. S. de; BALDANI, J. I. Avaliação da expressão gênica em Gluconacetobacter diazotrophicus durante a interação com cana-de-açúcar. In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DOBEREINER, 9., 19 a 23 de outubro de 2009, Seropédica. Ciência no Brasil: desafios, avanços e aplicações. Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2009. 6Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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167. | | CORDEIRO, T. F.; GALVÃO, P. G.; GUEDES, H.; MENESES, C. H. G.; VIDAL, M. S.; ARAÚJO, J. L. S.; BALDANI, J. I. Avaliação da Expressão gênica em Gluconacetobacter diazotropicus durante a interação com cana-de-açúcar In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DOBEREINER, 9., 19 a 23 de outubro de 2009. Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2009 01 01Tipo: Folder/Folheto/Cartilha |
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168. | | GALISA, P. S.; ALVES, G. C.; FERREIRA, V. L.; GONÇALO, T. P.; VIDAL, M. S.; BALDANI, J. I.; ARAUJO, J. L. S. de. Avaliação do efeito do caldo de cana-de-açúcar no perfil de expressão Gênica da bactéria gluconacetobacter diazotrophicus In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA, 25.,2009, Porto de Galinhas, PE. Anais... [São Paulo]: Sociedade Bras. de Microbiologia, 2009. 01 p. 01 de 01Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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169. | | GALVÃO, P. G.; MELO, L. H. V. de; GITAHY, P. M.; VIDAL, M. S.; SILVA, F. R. da; SIMÕES-ARAÚJO, J. L.; BALDANI, J. I. Ajuste metodológico para construção de bibliotecas e seqüenciamento de plasmídeos de Bacillus thuringiensis subsp. kurstaki estirpe S76. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 54., 2008, Salvador. Anais... Salvador: SBG, 2008. p. 78.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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171. | | GALVÃO, P. Q.; RODRIGUES, E. P.; ROUWS, L. F. M.; ARAUJO, J. L. S. de; VIDAL, M. S.; BALDANI, J. I. Analysis of Gluconacetobacter diazotrophicus PAL5 nitB mutant. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON BIOLOGICAL NITROGEN WITH NON-LEGUMES, 12.; INTERNATIONAL INCT SYMPOSIUM ON NITROGEN BIOLOGICAL FIXATION, 2., 03 a 8 de outubro, 2010, Búzios, RJ. Book of abstracts... Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2010. SI 13Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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172. | | NASCIMENTO, W. B. A.; SANTOS, C. M. dos; CESAR, M. J. da S. C.; BALDANI, J. I.; VIDAL, M. S.; SCHWAB, S. Avaliação do potencial de novos isolados de bactérias do gênero Sphingomonas para uso como inoculante na cultura da cana-de-açúcar. In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DÖBEREINER 21., 2021, Seropédica. A transversalidade da ciência, tecnologia e inovações para o planeta: caderno de resumos. Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2021.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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173. | | BALDANI, J. I.; VIDEIRA, S. S.; QUESSADA, D.; BALDANI, V. L. D.; VIDAL, M. S.; SCHWAB, S.; ARAUJO, J. L. S. de; URQUIAGA, S. BNF in the bioenergy Pennisetum purpureum In: SYMPOSIUM ON BIOLOGICAL NITROGEN FIXATION WITH NON-LEGUMES, 15.; SYMPOSIUM OF THE EUROPEAN NITROGEN FIXATION CONFERENCE, 12., 2016, Hungary. Book of abstracts. Hungary: Biological Research Center, 2016.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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174. | | FERREIRA, V. de L.; GALISA, P. de S.; SCHWAB, S.; VIDAL, M. S.; BALDANI, J. I.; ARAUJO, J. L. S. de. Caracterização da função de MatE em Gluconacetobacter diazotrophicus. In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DÖBEREINER, 10., 18 a 24 de outubro de 2010, Seropédica. Ciência para o Desenvolvimento Sustentável: anais... Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2010.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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175. | | CARVALHO, P. A.; MENESES, C. H. S. G.; ROUWS, L. F. M.; ARAÚJO, J. S. A.; VIDAL, M. S.; BALDANI, J. I. caracterização funcional de uma provável B-1,4- endoglucanase de gluconacetobacter dia Diazotrophicus PAL5T In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DOBEREINER, 9., 19 a 23 de outubro de 2009. Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2009 01 01Tipo: Folder/Folheto/Cartilha |
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176. | | CARVALHO, P. de A.; MENESES, C. H. S. G.; ROUWS, L. F. M.; ARAÚJO, J. L. S. de; VIDAL, M. S.; BALDANI, J. I. Caracterização funcional de uma provável B-1,4-endoglucanase de Gluconacetobacter diazotrophicus PAL5T. In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DÖBEREINER, 9., 19 a 23 de outubro de 2009, Seropédica. Ciência no Brasil: desafios, avanços e aplicações: caderno de resumos. Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2009. p.43Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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178. | | GONÇALO, T. P.; SILVA, J. R. da; SILVA, H. A.; P. da; GALISA, P. de S.; VIDAL, M. S.; ARAÚJO, J. L. S. de. Isolamento e caracterização de genes do feijoeiro envolvidos na simbiose com Rhizobium tropici. In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DOBEREINER, 9., 19 a 23 de outubro de 2009, Seropédica. Ciência no Brasil: desafios, avanços e aplicações. Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2009.Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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180. | | GONÇALO, T. P.; SILVA, J. R. da; SILVA, H. A. P. da; GALISA, P. de S.; VIDAL, M. S.; SIMÕES ARAÚJO, J. L. Isolamento e caracterização de genes do feijoeiro envolvidos na simbiose com o Rhizobium tropici. In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DOBEREINER, 9., 19 a 23 de outubro de 2009, Seropédica. Ciência no Brasil: desafios, avanços e aplicações. Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2009.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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