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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
11/08/2021 |
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Data da última atualização: |
11/08/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
LOPES, J. M. L.; MATOS, E. M. de; ZORZATTO, C.; AZEVEDO, A. L. S.; MACHADO, M. A.; CHESTER, M.; VICCINI, L. F. |
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Afiliação: |
JULIANA MAINENTI LEAL LOPES, Universidade Federal de Juiz de Fora; ELYABE MONTEIRO DE MATOS, Universidade Federal de Juiz de Fora; CRISTIANE ZORZATTO, Universidade Federal de Juiz de Fora; ANA LUISA SOUSA AZEVEDO, CNPGL; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; MICHAEL CHESTER, Royal Botanic Gardens; LYDERSON FACIO VICCINI, Universidade Federal de Juiz de Fora. |
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Título: |
Development of microsatellite markers for Lippia alba and related Lippia species. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
Molecular Biology Reports, v. 47, p. 4911-4915, 2020 |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s11033-020-05445-z |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Microsatellite primers were developed in Lippia alba complex to better understanding the origins and evolution of the species. We sought to increase the numbers of available simple sequence repeat (SSR) markers. We performed low-coverage (~ twofold) genomic DNA sequencing of a diploid accession and generated a de novo assembly comprising 175,572 contigs. Sixteen SSR loci were selected and of these 13 SSR loci were successfully amplified in 20 L. alba tetraploid accessions and in 12 other Lippia species. Only one SSR locus was monomorphic, whereas 12 loci were polymorphic, yielding one to nine alleles. The heterozygosity was similar among markers, with values of 0.274?0.485; the polymorphism information content values varied from 0.237 to 0.367. These markers were successfully amplified in related species with 85% of transferability on average. Thus, we demonstrate the utility of including a de novo assembly step to obtain SSR markers from low-coverage genomic datasets. |
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Palavras-Chave: |
Simple sequence repeat; SSR. |
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Thesagro: |
Genética; Marcador Genético. |
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Thesaurus Nal: |
Phyla (Verbenaceae); Polyploidy. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
LEADER 01797naa a2200277 a 4500
001 2133464
005 2021-08-11
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520 $aMicrosatellite primers were developed in Lippia alba complex to better understanding the origins and evolution of the species. We sought to increase the numbers of available simple sequence repeat (SSR) markers. We performed low-coverage (~ twofold) genomic DNA sequencing of a diploid accession and generated a de novo assembly comprising 175,572 contigs. Sixteen SSR loci were selected and of these 13 SSR loci were successfully amplified in 20 L. alba tetraploid accessions and in 12 other Lippia species. Only one SSR locus was monomorphic, whereas 12 loci were polymorphic, yielding one to nine alleles. The heterozygosity was similar among markers, with values of 0.274?0.485; the polymorphism information content values varied from 0.237 to 0.367. These markers were successfully amplified in related species with 85% of transferability on average. Thus, we demonstrate the utility of including a de novo assembly step to obtain SSR markers from low-coverage genomic datasets.
650 $aPhyla (Verbenaceae)
650 $aPolyploidy
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650 $aMarcador Genético
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653 $aSSR
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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Biblioteca |
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Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Registros recuperados : 31 | |
| 2. |  | ALVES, C. J.; SAMPAIO, F.; YOTOKO, K. C.; MACHADO, M. A.; VICCINI, L. F. Análise filogenética em espécies de lippia spp. (verbenaceae) da Cadeia do Espinhaço - MG com o uso de caracteres moleculares. In: SEMANA DE BIOLOGIA, 31.; MOSTRA DE PRODUÇÃO CIENTÍFICA, 14., 2008, Juiz de Fora. Anais... Juiz de Fora: UFJF, 2008. 1 CD.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 3. | | PIERRE, P. M. O.; SOUSA, S. M.; DAVIDE, L. C.; MACHADO, M. A.; VICCINI, L. F. Karyotype analysis, DNA content and molecular screening in Lippia alba (Verbenaceae). Anais da Academia Brasileira de Ciências, v. 83, n. 3, p. 993-1005, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 4. | | RIBEIRO, P. C. C.; PINHEIRO, L. C.; DOMINGUES, R.; FORZZA, R. C.; MACHADO, M. A.; VICCINI, L. F. Genetic diversity of Vriesea cacuminis (Bromeliaceae): an endangered and endemic brazilian species. Genetics and Molecular Research, v. 12, n. 2, p. 1934-1943, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 6. | | RIBEIRO, P. C. C.; PINHEIRO, L. C.; DOMINGUES, R.; MACHADO, M. A.; FORZZA, R. C.; VICCINI, L. F. Diversidade e estrutura genética de Neoregelia oligantha e Neoregelia ibitipocensis (Bromeliaceae) ameaçadas de extinção. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 55., 2009, Águas de Lindoia. Anais... Águas de Lindóia: SBG, 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 7. | | LOPES, J. M. L.; CAMPOS, V. R.; REIS, A. C.; MATOS, E. M. de; AZEVEDO, A. L. S.; MACHADO, M. A.; GRAZUL, R. M.; VICCINI, L. F. Aneuploids and its increment on diversity of Lippia alba polyploid complex: genetic aspects and origin. Molecular Biology Reports, v. 49, n. 8, p. 7743-7752, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 8. | | COSTA, P. P.; PAULA, C. M. P. de; CAMPOS, J. M. S. de; DAVIDE, L. C.; VICCINI, L. F.; LEDO, F. J. da S.; PEREIRA, A. V. Avaliação de ploidia em Pennisetum sp. In: SEMANA DE BIOLOGIA, 31.; MOSTRA DE PRODUÇÃO CIENTÍFICA, 14., 2008, Juiz de Fora. Anais... Juiz de Fora: UFJF, 2008. 1 CD.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 9. | | FONSECA, I.; PINTO, I. S. B.; MENDONÇA, J. F. M.; BRANDAO, H. de M.; GUIMARAES, A. S.; CARVALHO, W. A.; VICCINI, L. F.; MARTINS, M. F. Análise do perfil de expressão dos genes FOXP3 e A2M em úberes extracorpóreos em resposta à Streptococcus agalactiae. In: CONGRESSO INTERNACIONAL DO LEITE, 13., 2015, Porto Alegre. Anais... Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2015. 4 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 10. | | CAMPOS, J. M. S. de; SALGADO, C. C.; SILVA, P. S.; ALVES, C. C. de S.; DAVIDE, L. C.; PEREIRA, A. V.; VICCINI, L. F. Citometria de fluxo na análise genômica em híbridos entre capim elefante e milheto. In: ENCONTRO REGIONAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE QUÍMICA - MG, 20., 2006, São João Del Rei. 20 anos de Encontro Regional da SBQ-MG: passado e futuro: anais. São João del Rei: UFSJ, 2006.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 11. | | SIQUEIRA, J. T. da C.; REIS, A. C.; LOPES, J. M. L.; LADEIRA, L. O.; VICCINI, L. F.; BRANDAO, H. de M.; MUNK, M.; SOUSA, S. M. de. Chromosomal aberrations and changes in the methylation patterns of Lactuca sativa L. (Asteraceae) exposed to carbon nanotubes. Biologia, v. 78, p. 1991-2002, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 12. | | FRANCO, A. L.; FIGUEREDO, A.; PEREIRA, L. de M.; SOUSA, S. M. de; SOUZA, G.; CARVALHO, M. A.; SIMON, M. F.; VICCINI, L. F. Low cytomolecular diversification in the genus Stylosanthes Sw. (Papilionoideae, Leguminosae). Genetics and Molecular Biology, v. 43, n. 1, article e20180250, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 13. | | HMELJEVSKIA, K. V.; FREITAS, L.; DOMINGUES, R.; PEREIRA, A. R.; CANCIO, A. S.; ANDRADE, A. C. S.; MACHADO, M. A.; VICCINI, L. F.; FORZZA, R. C. Conservation assessment of an extremely restricted bromeliad highlights the need for population-based conservation on granitic inselbergs of the Brazilian Atlantic Forest. Flora, n. 209, n. 5/6, p. 250-259, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 14. | | BATISTA, D. S.; CASTRO, K. M. de; RIBEIRO, D. M.; CAIXETA, E. T.; SANTOS, M. de O.; VICCINI, L. F.; OTONI, W. C. Ethylene Responses and ACC oxidase Gene Expression in Lippia alba (Verbenaceae) Chemotypes with Varying Ploidy Levels. In Vitro Cellular & Developmental Biology - Plant, v. 53, n. 3, p. 278-284, 2017.| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 15. | | POGGIAN, C. F.; VERNEQUE, R. da S.; VICCINI, L. F.; TEODORO, R. L.; FREITAS, L. S.; CARVALHO, M. R. S.; PEIXOTO, M. G. C. D. Endogamia na raça Guzerá (Bos indicus) para produção de leite. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 53., 2007, Águas de Lindóia. Resumos... Ribeirão Preto: SBG, 2007. p. 321.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 16. | | CAMPOS, J. M. S. de; CALDERANO, C. de A.; PEREIRA, A. V.; DAVIDE, L. C.; VICCINI, L. F.; SANTOS, M. de O. Embriogênese somática em híbridos de Pennisetum sp. e avaliação de estabilidade genômica por citometria. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasílila, DF, v. 44, n. 1, p. 38-44, 2009.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 17. | | PAULA, C. M. P.; COSTA, P. P.; CAMPOS, J. M. S.; BARBOSA, S.; DAVIDE, L. C.; VICCINI, L. F.; LEDO, F. J. da S.; PEREIRA, A. V. Eliminação de sequências genômicas em resposta à hibridação e poliploidização em híbridos entre capim-elefante (Pennisetum purpureum) e milheto (P. glaucum). In: SEMANA DE BIOLOGIA, 31., MOSTRA DE PRODUÇÃO CIENTÍFICA, 14., 2008, Juiz de Fora. Anais... Juiz de Fora: UFJF, 2008. 4 p. 1 CD.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 18. | | CAMPOS, J. M. S. de; DAVIDE, L. C.; SALGADO, C. C.; SILVA, P. S.; ALVES, C. C. de S.; PEREIRA, A. V.; VICCINI, L. F. Duplicação cromossômica em híbridos triplóides entre capim elefante e milheto - análise de ploidia por citometria de fluxo. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 4., 2007, São Lourenço. Anais... Lavras: UFLA, 2007.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 19. | | LOPES, J. M. L.; MATOS, E. M. de; ZORZATTO, C.; AZEVEDO, A. L. S.; MACHADO, M. A.; CHESTER, M.; VICCINI, L. F. Development of microsatellite markers for Lippia alba and related Lippia species. Molecular Biology Reports, v. 47, p. 4911-4915, 2020| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 20. | | PANDELO, D.; MELO, T. D.; SINGULANI, J. L.; GUEDES, F. A. F.; MACHADO, M. A.; COELHO, C. M.; VICCINI, L. F.; SANTOS, M. O. Oil production at different stages of leaf development in Lippia alba. Revista Brasileira de Farmacognosia, v. 22, n. 3, p. 497-501, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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