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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Arroz e Feijão. |
Data corrente: |
10/09/2021 |
Data da última atualização: |
24/02/2022 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
VALDISSER, P. A. M. R.; MÜLLER, B. S. F.; ALMEIDA FILHO, J. E. de; MORAIS JÚNIOR, O. P.; GUIMARÃES, C. M.; BORBA, T. C. O.; SOUZA, I. P. de; ZUCCHI, M. I.; NEVES, L. G.; COELHO, A. S. G.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P. |
Afiliação: |
PAULA ARIELLE M RIBEIRO VALDISSER, CNPAF; BÁRBARA S. F. MÜLLER, UNIVERSITY OF FLORIDA, Gainesville-FL; JANEO EUSTÁQUIO DE ALMEIDA FILHO, BAYER BRAZIL; ODILON PEIXOTO MORAIS JÚNIOR, UFG; CLEBER MORAIS GUIMARAES, CNPAF; TEREZA CRISTINA DE OLIVEIRA BORBA, CNPAF; ISABELA PAVANELLI DE SOUZA; MARIA IMACULADA ZUCCHI, AGRIBUSINESS TECHNOLOGY AGENCY, São Paulo; LEANDRO G. NEVES, RAPID GENOMICS, Gainesville-FL; ALEXANDRE S. G. COELHO, UFG; CLAUDIO BRONDANI, CNPAF; ROSANA PEREIRA VIANELLO, CNPAF. |
Título: |
Genome-wide association studies detect multiple QTLs for productivity in mesoamerican diversity panel of common bean under drought stress. |
Ano de publicação: |
2020 |
Fonte/Imprenta: |
Frontiers in Plant Science, v. 11, 574674, Nov. 2020. |
ISSN: |
1664-462X |
DOI: |
https://doi.org/10.3389/fpls.2020.574674 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Drought stress is an important abiotic factor limiting common bean yield, with great impact on the production worldwide. Understanding the genetic basis regulating beans? yield and seed weight (SW) is a fundamental prerequisite for the development of superior cultivars. The main objectives of this work were to conduct genome-wide marker discovery by genotyping a Mesoamerican panel of common bean germplasm, containing cultivated and landrace accessions of broad origin, followed by the identification of genomic regions associated with productivity under two water regimes using different genome-wide association study (GWAS) approaches. A total of 11,870 markers were genotyped for the 339 genotypes, of which 3,213 were SilicoDArT and 8,657 SNPs derived from DArT and CaptureSeq. The estimated linkage disequilibrium extension, corrected for structure and relatedness (r2sv), was 98.63 and 124.18 kb for landraces and breeding lines, respectively. Germplasm was structured into landraces and lines/cultivars. We carried out GWASs for 100-SW and yield in field environments with and without water stress for 3 consecutive years, using single-, segment-, and gene-based models. Higher number of associations at high stringency was identified for the SW trait under irrigation, totaling ~185 QTLs for both single- and segment-based, whereas gene-based GWASs showed ~220 genomic regions containing ~650 genes. For SW under drought, 18 QTLs were identified for single- and segment-based and 35 genes by gene-based GWASs. For yield, under irrigation, 25 associations were identified, whereas under drought the total was 10 using both approaches. In addition to the consistent associations detected across experiments, these GWAS approaches provided important complementary QTL information (~221 QTLs; 650 genes; r2 from 0.01% to 32%). Several QTLs were mined within or near candidate genes playing significant role in productivity, providing better understanding of the genetic mechanisms underlying these traits and making available molecular tools to be used in marker-assisted breeding. The findings also allowed the identification of genetic material (germplasm) with better yield performance under drought, promising to a common bean breeding program. Finally, the availability of this highly diverse Mesoamerican panel is of great scientific value for the analysis of any relevant traits in common bean. MenosDrought stress is an important abiotic factor limiting common bean yield, with great impact on the production worldwide. Understanding the genetic basis regulating beans? yield and seed weight (SW) is a fundamental prerequisite for the development of superior cultivars. The main objectives of this work were to conduct genome-wide marker discovery by genotyping a Mesoamerican panel of common bean germplasm, containing cultivated and landrace accessions of broad origin, followed by the identification of genomic regions associated with productivity under two water regimes using different genome-wide association study (GWAS) approaches. A total of 11,870 markers were genotyped for the 339 genotypes, of which 3,213 were SilicoDArT and 8,657 SNPs derived from DArT and CaptureSeq. The estimated linkage disequilibrium extension, corrected for structure and relatedness (r2sv), was 98.63 and 124.18 kb for landraces and breeding lines, respectively. Germplasm was structured into landraces and lines/cultivars. We carried out GWASs for 100-SW and yield in field environments with and without water stress for 3 consecutive years, using single-, segment-, and gene-based models. Higher number of associations at high stringency was identified for the SW trait under irrigation, totaling ~185 QTLs for both single- and segment-based, whereas gene-based GWASs showed ~220 genomic regions containing ~650 genes. For SW under drought, 18 QTLs were identified for single- and segment-based and 35 genes... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Candidate markers; CaptureSeq; DArTseq markers; Genetic diversity; GWAS; Seed-weight. |
Thesagro: |
Feijão; Marcador Molecular; Phaseolus Vulgaris; Resistência a Seca. |
Thesaurus Nal: |
Beans; Genetic markers; Seed yield. |
Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/225833/1/fps.pdf
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Marc: |
LEADER 03693naa a2200433 a 4500 001 2134196 005 2022-02-24 008 2020 bl uuuu u00u1 u #d 022 $a1664-462X 024 7 $ahttps://doi.org/10.3389/fpls.2020.574674$2DOI 100 1 $aVALDISSER, P. A. M. R. 245 $aGenome-wide association studies detect multiple QTLs for productivity in mesoamerican diversity panel of common bean under drought stress.$h[electronic resource] 260 $c2020 520 $aDrought stress is an important abiotic factor limiting common bean yield, with great impact on the production worldwide. Understanding the genetic basis regulating beans? yield and seed weight (SW) is a fundamental prerequisite for the development of superior cultivars. The main objectives of this work were to conduct genome-wide marker discovery by genotyping a Mesoamerican panel of common bean germplasm, containing cultivated and landrace accessions of broad origin, followed by the identification of genomic regions associated with productivity under two water regimes using different genome-wide association study (GWAS) approaches. A total of 11,870 markers were genotyped for the 339 genotypes, of which 3,213 were SilicoDArT and 8,657 SNPs derived from DArT and CaptureSeq. The estimated linkage disequilibrium extension, corrected for structure and relatedness (r2sv), was 98.63 and 124.18 kb for landraces and breeding lines, respectively. Germplasm was structured into landraces and lines/cultivars. We carried out GWASs for 100-SW and yield in field environments with and without water stress for 3 consecutive years, using single-, segment-, and gene-based models. Higher number of associations at high stringency was identified for the SW trait under irrigation, totaling ~185 QTLs for both single- and segment-based, whereas gene-based GWASs showed ~220 genomic regions containing ~650 genes. For SW under drought, 18 QTLs were identified for single- and segment-based and 35 genes by gene-based GWASs. For yield, under irrigation, 25 associations were identified, whereas under drought the total was 10 using both approaches. In addition to the consistent associations detected across experiments, these GWAS approaches provided important complementary QTL information (~221 QTLs; 650 genes; r2 from 0.01% to 32%). Several QTLs were mined within or near candidate genes playing significant role in productivity, providing better understanding of the genetic mechanisms underlying these traits and making available molecular tools to be used in marker-assisted breeding. The findings also allowed the identification of genetic material (germplasm) with better yield performance under drought, promising to a common bean breeding program. Finally, the availability of this highly diverse Mesoamerican panel is of great scientific value for the analysis of any relevant traits in common bean. 650 $aBeans 650 $aGenetic markers 650 $aSeed yield 650 $aFeijão 650 $aMarcador Molecular 650 $aPhaseolus Vulgaris 650 $aResistência a Seca 653 $aCandidate markers 653 $aCaptureSeq 653 $aDArTseq markers 653 $aGenetic diversity 653 $aGWAS 653 $aSeed-weight 700 1 $aMÜLLER, B. S. F. 700 1 $aALMEIDA FILHO, J. E. de 700 1 $aMORAIS JÚNIOR, O. P. 700 1 $aGUIMARÃES, C. M. 700 1 $aBORBA, T. C. O. 700 1 $aSOUZA, I. P. de 700 1 $aZUCCHI, M. I. 700 1 $aNEVES, L. G. 700 1 $aCOELHO, A. S. G. 700 1 $aBRONDANI, C. 700 1 $aVIANELLO, R. P. 773 $tFrontiers in Plant Science$gv. 11, 574674, Nov. 2020.
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Registro original: |
Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF) |
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161. | | LANNA, A. C.; COELHO, G. R. C.; MOREIRA, A. S.; TERRA, T. G. R.; BRONDANI, C.; SARAIVA, G. R.; LEMOS, F. da S.; GUIMARÃES, P. H. R.; MORAIS JÚNIOR, O. P.; VIANELLO, R. P. Upland rice: phenotypic diversity for drought tolerance. Scientia Agricola, v. 78, n. 5, e20190338, 2021.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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162. | | PANTALIÃO, G. F.; VIANELLO, R. P.; BUENO, L. G.; MENDONÇA, J. A.; COELHO, A. S. G.; CORDEIRO, A. C. C.; VALDISSER, P. A. M. R.; VIEIRA, A. F.; BRONDANI, C. Development of SNP markers for grain yield screening of Brazilian rice cultivars. Pesquisa Agropecuária Brasileira, v. 55, e01643, 2020.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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163. | | CARDOSO, P. C. B.; VEIGA, M. M.; MENEZES, I. P. P. de; VALDISSER, P. A. M. R.; BORBA, T. C. O.; MELO, L. C.; DEL PELOSO, M. J.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P. Molecular characterization of high performance inbred lines of Brazilian common beans. Genetics and Molecular Research, v. 12, n. 4, p. 5467-5484, Feb. 2013.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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164. | | GOMES-MESSIAS, L. M.; VIANELLO, R. P.; MONTEIRO-JÚNIOR, J. P.; RODRIGUES, L. A.; MOTA, A. P. S.; PEREIRA, H. S.; MELO, L. C.; RAATZ, B.; SOUZA, T. L. P. O. de. Molecular characterization of parental lines and validation of SNP markers for anthracnose and angular leaf spot in common bean. Euphytica, v. 218, n. 5, May 2022.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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165. | | COÊLHO, L. M.; SANTOS, A. R. de S.; TORGA, P. P.; FERREIRA, M. E.; VIANELLO, R. P.; PEREIRA, H. S.; MELO, L. C.; SOUZA, T. L. P. O. de. Melhoramento genético preventivo para resistência ao crestamento-bacteriano-aureolado em feijoeiro-comum. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 15., 2021, Santo Antônio de Goiás. Resumos... Brasília, DF: Embrapa; Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2021. p. 53. Evento online.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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166. | | MÜLLER, B. S. F.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; VALDISSER, P. A. M. R.; COELHO, G. R. C.; MENEZES, I. P. P. de; ABREU, A. G.; BORBA, T. C. O.; SAKAMOTO, T.; BRONDANI, C.; BARROS, E. G.; VIANELLO, R. P. An operational SNP panel integrated to SSR marker for the assessment of genetic diversity and population structure of the common bean. Plant Molecular Biology Reporter, v. 33, n. 6, p. 1697-1711, Dec. 2015.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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167. | | LANNA, A. C.; SILVA, R. A.; FERRARESI, T. M.; MENDONÇA, J. A.; COELHO, G. R. C.; MOREIRA, A. S.; VALDISSER, P. A. M. R.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P. Physiological characterization of common bean (Phaseolus vulgaris L.) under abiotic stresses for breeding purposes. Environmental Science and Pollution Research International, v. 25, n. 31, p. 31149-31164, Nov. 2018.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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168. | | SOUZA, I. P. de; AZEVEDO, B. R. de; COELHO, A. S. G.; SOUZA, T. L. P. O. de; VALDISSER, P. A. M. R.; GOMES-MESSIAS, L. M.; FUNICHELI, B. W.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P. Whole-genome resequencing of common bean elite breeding lines. Scientific Reports, v. 13, 12721, 2023.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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170. | | SOUZA, T. L. P. O. de; SILVA, L. C. da; BARROS, E. G. de; MOREIRA, M. A.; CARNEIRO, J. E. de S.; MOTA, A. P. S.; VIANELLO, R. P. Reação a patógenos e diversidade genética dos genitores da população de RILs rudá x AND 277, uma opção como população de mapeamento consenso para o feijoeiro comum. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 7., 2013, Uberlândia. Variedade melhorada: a força da nossa agricultura: anais. Viçosa, MG: SBMP, 2013. p. 123-126.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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171. | | SANGLARD, D. A.; MAFRA, V. S.; RIBEIRO, C. A. G.; SILVA, L. C. da; BARROS, E. G. de; MOREIRA, M. A.; CARNEIRO, J. E. de S.; MOTA, A. P. S.; VIANELLO, R. P.; SOUZA, T. L. P. O. Rudá x AND 277 RILS: a potential new core mapping population for common bean. Annual Report of the Bean Improvement Cooperative, Prosser, v. 56, p. 23-24, Mar. 2013.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
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176. | | PEREIRA, W. J.; MELO, A. T. de O.; COELHO, A. S. G.; RODRIGUES, F. A.; MAMIDI, S.; ALENCAR, S. A. de; LANNA, A. C.; VALDISSER, P. A. M. R.; BRONDANI, C.; NASCIMENTO JUNIOR, I. R. do; BORBA, T. C. de O.; VIANELLO, R. P. Genome-wide analysis of the transcriptional response to drought stress in root and leaf of common bean. Genetics and Molecular Biology, v. 43, n. 1, e20180259, 2020.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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177. | | VALDISSER, P. A. M. R.; MÜLLER, B. S. F.; ALMEIDA FILHO, J. E. de; MORAIS JÚNIOR, O. P.; GUIMARÃES, C. M.; BORBA, T. C. O.; SOUZA, I. P. de; ZUCCHI, M. I.; NEVES, L. G.; COELHO, A. S. G.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P. Genome-wide association studies detect multiple QTLs for productivity in mesoamerican diversity panel of common bean under drought stress. Frontiers in Plant Science, v. 11, 574674, Nov. 2020.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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179. | | PEREIRA, W. J.; ABREU, F. R. M.; MELO, A. T. de O.; COELHO, A. S. G.; RODRIGUES, F. A.; MAMIDI, S.; ALENCAR, S. A. de; LANNA, A. C.; VALDISSER, P. A. M. R.; BRONDANI, C.; NASCIMENTO JUNIOR, I. R. do; BORBA, T. C. de O.; VIANELLO, R. P. Transcriptoma para seca revela novos genes para o germoplasma do feijão comum mesoamericano. In: CONGRESSO NACIONAL DE PESQUISA DE FEIJÃO, 12., 2017, Piracicaba. Produtividade e sustentabilidade da cultura do feijão: do campo para a mesa: resumos. Piracicaba: CENA: IAC, 2017. p. 32. CONAFETipo: Resumo em Anais de Congresso |
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