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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Corte. |
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Data corrente: |
03/03/2017 |
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Data da última atualização: |
03/03/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SANTANA, M. H. de A.; OLIVEIRA JUNIOR, G. A.; CESAR, A. S. M.; FREUA, M. C.; GOMES, R. da C.; SILVA, S. da L.; LEME, P. R.; FUKUMASU, H.; CARVALHO, M. E.; VENTURA, R. V.; COUTINHO, L. L.; KADARMIDEEN, H. N.; FERRAZ, J. B. S. |
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Afiliação: |
MIGUEL HENRIQUE DE ALMEIDA SANTANA; GERSON ANTÔNIO OLIVEIRA JUNIOR; ALINE SILVA MELLO CESAR; MATEUS CASTELANI FREUA; RODRIGO DA COSTA GOMES, CNPGC; SAULO DA LUZ E SILVA; PAULO ROBERTO LEME; HEIDGE FUKUMASU; MINOS ESPERÂNDIO CARVALHO; RICARDO VIEIRA VENTURA; LUIZ LEHMANN COUTINHO; HAJA N. KADARMIDEEN; JOSÉ BENTO STERMAN FERRAZ. |
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Título: |
Copy number variations and genome-wide associations reveal putative genes and metabolic pathways involved with the feed conversion ratio in beef cattle. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
Journal of Applied Gentics, v. 57, n. 4, p. 495-504, 2016 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The use of genome-wide association results combined with other genomic approaches may uncover genes and metabolic pathways related to complex traits. In this study, the phenotypic and genotypic data of 1475 Nellore (Bos indicus) cattle and 941,033 single nucleotide polymorphisms (SNPs) were used for genome-wide association study (GWAS) and copy number variations (CNVs) analysis in order to identify candidate genes and putative pathways involved with the feed conversion ratio (FCR). The GWAS was based on the Bayes B approach analyzing genomic windows with multiple regression models to estimate the proportion of genetic variance explained by each window. The CNVs were detected with PennCNV software using the log R ratio and B allele frequency data. CNV regions (CNVRs) were identified with CNVRuler and a linear regression was used to associate CNVRs and the FCR. Functional annotation of associated genomic regions was performed with the Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery (DAVID) and the metabolic pathways were obtained from the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG). We showed five genomic windows distributed over chromosomes 4, 6, 7, 8, and 24 that explain 12 % of the total genetic variance for FCR, and detected 12 CNVRs (chromosomes 1, 5, 7, 10, and 12) significantly associated [false discovery rate (FDR) < 0.05] with the FCR. Significant genomic regions (GWAS and CNV) harbor candidate genes involved in pathways related to energetic, lipid, and protein metabolism. The metabolic pathways found in this study are related to processes directly connected to feed efficiency in beef cattle. It was observed that, even though different genomic regions and genes were found between the two approaches (GWAS and CNV), the metabolic processes covered were related to each other. Therefore, a combination of the approaches complement each other and lead to a better understanding of the FCR. MenosThe use of genome-wide association results combined with other genomic approaches may uncover genes and metabolic pathways related to complex traits. In this study, the phenotypic and genotypic data of 1475 Nellore (Bos indicus) cattle and 941,033 single nucleotide polymorphisms (SNPs) were used for genome-wide association study (GWAS) and copy number variations (CNVs) analysis in order to identify candidate genes and putative pathways involved with the feed conversion ratio (FCR). The GWAS was based on the Bayes B approach analyzing genomic windows with multiple regression models to estimate the proportion of genetic variance explained by each window. The CNVs were detected with PennCNV software using the log R ratio and B allele frequency data. CNV regions (CNVRs) were identified with CNVRuler and a linear regression was used to associate CNVRs and the FCR. Functional annotation of associated genomic regions was performed with the Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery (DAVID) and the metabolic pathways were obtained from the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG). We showed five genomic windows distributed over chromosomes 4, 6, 7, 8, and 24 that explain 12 % of the total genetic variance for FCR, and detected 12 CNVRs (chromosomes 1, 5, 7, 10, and 12) significantly associated [false discovery rate (FDR) < 0.05] with the FCR. Significant genomic regions (GWAS and CNV) harbor candidate genes involved in pathways related to energetic, lipid,... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
GWAS; Nellore cattle. |
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Thesaurus Nal: |
Cattle; Cucumber necrosis virus; Feed conversion; Genomics; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/157039/1/Copy-number-variations-and-genome-wide.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Corte (CNPGC) |
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| Registros recuperados : 35 | |
| 3. |  | NASCIMENTO, G. B.; VENTURA, R. V.; LEDUR, M. C.; SAVEGNAGO, R. P.; SENO, L. de O.; MUNARI, D. P. Inbreeding effect and genotyping strategies for genomic selection in simulated data. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON ANIMAL FUNCTIONAL GENOMICS, 5., 2013, Guarujá. Programme and abstract book... [S.l.: s.n.], 2013. p. 41. ISAFG 2013. AB 34.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 5. | | CARRARA, E. R.; LOPES, P. S.; PEREZ, B. C.; VENTURA, R. V.; JOSAHKIAN, L. A.; PEIXOTO, M. G. C. D. Inbreeding and its effects on milk, growth, and reproductive traits in Guzerá cattle clustered by genetic similarity. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 56., 2021, Florianópolis. Animal science: challenges in production and sustainability: proceedings... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2021. p. 336. Evento virtual.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 6. | | CHUD, T. C. S.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL. F. S.; URBINATI, I.; CARVALHEIRO, R.; REGITANO, L. C. de A.; MARCONDES, C. R.; MINARI, D. P. Accuracy of genotype imputation in Canchim cattle using FImpute and Beagle software., In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON ANIMAL FUNCTIONAL GENOMICS, 5., 2013, Guarujá. Abstract... Guarujá:[ s.n.], 2013. AB.20.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 8. | | FRIDRICH, A. B.; SILVA, M. A.; VALENTE, B. D.; SOUSA, J. E. R.; CORRÊA, G. S. S.; FERREIRA, I. C.; VENTURA, R. V.; SILVA, L. O. C. Interação genótipo x ambiente e estimativas de parâmetros genéticos dos pesos aos 205 e 365 dias de idade de bovinos Nelore. Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia, Belo Horizonte, v. 60, n. 4, p. 917-925, ago. 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 9. | | FREITAS, L. S.; SILVA, M. A.; VERNEQUE, R. S.; SANTOS, G. G.; CORRÊA, G. S.; VALENTE, B. D.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VENTURA, R. V. Comparação de modelos de regressão aleatória, para avaliação genética da produção de leite no dia do controle de vacas Guzerá. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 7., 2008, São Carlos. Anais... São Carlos: SBMA, 2008. 1 CD.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 10. | | BUZANSKAS, M. E.; VENTURA, R. V.; REGITANO, L. C. de A.; SCHENKEL, F. S.; ALENCAR, M. M. de; MUNARI, D. P. Estudo de associações genômicas para idade ao primeiro e segundo parto em bovinos da raça Canchim. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 10., 2013, Uberaba. Anais... Belo Horizonte: SBMA, 2013. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 11. | | VIZONA, R. G.; PEREZ, B. da C.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VIANA, J. H. M.; VENTURA, R. V.; VERCESI FILHO, A. E.; BALIEIRO, J. C. de C. Genetic analysis of in-vitro embryo production traits in Dairy Gir cattle. Theriogenology, v. 148, p. 149-161, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 12. | | SIMONELLI, S. M.; SILVA, M. A.; SILVA, L. O. C. da; PEREIRA, J. C. C.; SOUZA, J. E. R.; VENTURA, R. V.; VALENTE, B. D. Critérios de seleção para características de crescimento em bovinos da raça Nelore. Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia, Belo Horizonte, v. 56, n. 3, p. 374-384, jun. 2004. Título em inglês: Selection criteria for growth traits in Nellore cattle.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado |
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| 13. | | PERIPOLLI, E.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; LIMA, A. L. F.; IRGANG, R.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; VENTURA, R. V.; BALDI, F.; SILVA, M. V. G. B. Assessment of runs of homozygosity islands and estimates of genomic inbreeding in Gyr (Bos indicus) dairy cattle. BMC Genomics, v. 19, n. 34, 2018. 13 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 14. | | PERIPOLLI, E.; OLIVIERI. B. F.; FEITOSA, F. L. B.; LEMOS, M. V. A. de; TONUSSI, R. L.; MUNARI, D. P.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; VENTURA, R. V.; BALDI, F.; SILVA, M. V. G. B. Avaliação dos coeficientes de endogamia em bovinos da raça Gir (Bos primigenius indicus) In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 12., 2017, Ribeirão Preto. Anais... Ribeirão Preto: SBMA, 2017. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 15. | | PERIPOLLI, E.; CHIAIA, H. L. J.; BERTON, M. P.; KLUSKA, S.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; VENTURA, R. V.; BALDI, F.; SILVA, M. V. G. B. Ilhas de homozigose para identificação de genes relacionados com características de importância econômica na pecuária leiteira em bovinos da raça Gir (Bos primigenius indicus) In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 12., 2017, Ribeirão Preto. Anais... Ribeirão Preto: SBMA, 2017. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 16. | | SANTOS, F. C. dos; PEIXOTO, M. G. C. D.; FONSECA, P. A. de S.; PIRES, M. de F. A.; VENTURA, R. V.; ROSSE, I. da C.; BRUNELI, F. A. T.; MACHADO, M. A.; CARVALHO, M. R. S. Identification of candidate genes for reactivity in Guzerat (Bos indicus) cattle: a genome-wide association study. PLoS ONE, v. 12, n. 1, 2017. 15 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 17. | | FRIDRICH, A. B.; SILVA, M. de A. e; FERREIRA, I. C.; CORRÊA, G. da S. S.; SOUZA, J. E. R. de; VENTURA, R. V.; PEREIRA, J. C. C.; SILVA, L. O. C. da. Estimativas de parâmetros genéticos dos pesos à desmama e a um ano de idade de bovinos da raça Tabapuã nas regiões brasileiras Sul, Sudeste, Centro-Oeste e Nordeste. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 41., 2004, Campo Grande, MS. A produção animal e a segurança alimentar: anais dos simpósios e dos resumos. Campo Grande, MS: Sociedade Brasileira de Zootecnia: Embrapa Gado de Corte, 2004. 5 p. MELH 011. 1 CD-ROM. CNPGC.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 18. | | OLIVEIRA JÚNIOR, G. A.; CHUD, T. C. S.; VENTURA, R. V.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; MUNARI, D. P.; FERRAZ, J. B. S.; MULLART, E.; DeNISE, S.; SMITH, S.; SILVA, M. V. G. B. Genotype imputation in a tropical crossbred dairy cattle population. Journal of Dairy Science, v. 100, n. 12, p. 9623-9634, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 19. | | MORALES, D. DA S.; SILVA, D. O.; AYRES, D. R.; SANTANA JÚNIOR, M. L.; BIGNARDI, A. B.; VENTURA, R. V.; MENEZES, G. R. de O.; CARVALHEIRO, R.; PICCOLI, M. L.; ROSO, V. M.; PEREIRA, R. J. Genetic associations between stayability to consecutive calvings and traits of economic interest in taurine and zebu breeds. Journal of Animal Breeding and Genetics, v. 140, 2023. 13 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 20. | | BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. A.; VENTURA, R. V.; CHUD, T. C. S.; URBINATI, I.; MEIRELLES, S. L. C.; MOKRY, F. B.; SCHENKEL, F. S.; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P. Genome-wide association study on long-yearling scrotal circumference in Canchim cattle. In:WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver. Proceedings...Vancouver: WCGALP: Amarican Society of Animal Science, 2014.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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