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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Suínos e Aves. |
Data corrente: |
31/03/2015 |
Data da última atualização: |
29/06/2015 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
PACCHION, R. G.; CARVALHO, F. M.; THOMPSON, C. E.; FAUSTINO, A. L. F.; NICOLINI, F.; PEREIRA, T. S.; SILVA, R. C. B.; CANTAO, M. E.; GERBER, A.; VASCONCELOS, A. T. R.; AGNEZ-LIMA, L. F. |
Afiliação: |
RALFO G. PACCHION, UFRN/Departamento de Genética e Biologia Celular; FABÍOLA M. CARVALHO, Laboratório Nacional de Computação Científica; CLAUDIA E. THOMPSON, UFRGS; ANDRE, L. F. FAUSTINO, UFRN/Departamento de Genética e Biologia Celular; FERNANDA NICOLINI, UFRN/Departamento de Genética e Biologia Celular; TATIANA S. PEREIRA, UFRN/Departamento de Genética e Biologia Celular; RITA C. B. SILVA, UFRN/Departamento de Genética e Biologia Celular; MAURICIO EGIDIO CANTAO, CNPSA; ALEXANDRA GERBER, Laboratório Nacional de Computação Científica; ANA T. R. VASCONCELOS, Laboratório Nacional de Computação Científica; LUCYMARA F. AGNEZ-LIMA, UFRN/Departamento de Genética e Biologia Celular. |
Título: |
Taxonomic and functional profiles of soil samples from Atlantic Forest and caatinga biomes in northeastern Brazil |
Ano de publicação: |
2014 |
Fonte/Imprenta: |
MicrobiologyOpen, Brussels, v. 3, n. 3, p. 299-315, 2014. DOI: 10.1002/mbo3.169. |
DOI: |
10.1002/mbo3.169 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Although microorganisms play crucial roles in ecosystems, metagenomic analyses of soil samples are quite scarce, especially in the Southern Hemisphere. In this work, the microbial diversity of soil samples from an Atlantic Forest and Caatinga was analyzed using a metagenomic approach. Proteobacteria and Actinobacteria were the dominant phyla in both samples. Among which, a significant proportion of stress-resistant bacteria associated to organic matter degradation was found. Sequences related to metabolism of amino acids, nitrogen, and DNA and stress resistance were more frequent in Caatinga soil, while the forest sample showed the highest occurrence of hits annotated in phosphorous metabolism, defense mechanisms, and aromatic compound degradation subsystems. The principal component analysis (PCA) showed that our samples are close to the desert metagenomes in relation to taxonomy, but are more similar to rhizosphere microbiota in relation to the functional profiles. The data indicate that soil characteristics affect the taxonomic and functional distribution; these characteristics include low nutrient content, high drainage (both are sandy soils), vegetation, and exposure to stress. In both samples, a rapid turnover of organic matter with low greenhouse gas emission was suggested by the functional profiles obtained, reinforcing the importance of preserving natural areas. |
Palavras-Chave: |
Bioinformática. |
Thesagro: |
Microbiologia do solo. |
Thesaurus Nal: |
Metagenomics; Soil biology. |
Categoria do assunto: |
-- |
Marc: |
LEADER 02320naa a2200301 a 4500 001 2012489 005 2015-06-29 008 2014 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $a10.1002/mbo3.169$2DOI 100 1 $aPACCHION, R. G. 245 $aTaxonomic and functional profiles of soil samples from Atlantic Forest and caatinga biomes in northeastern Brazil$h[electronic resource] 260 $c2014 520 $aAlthough microorganisms play crucial roles in ecosystems, metagenomic analyses of soil samples are quite scarce, especially in the Southern Hemisphere. In this work, the microbial diversity of soil samples from an Atlantic Forest and Caatinga was analyzed using a metagenomic approach. Proteobacteria and Actinobacteria were the dominant phyla in both samples. Among which, a significant proportion of stress-resistant bacteria associated to organic matter degradation was found. Sequences related to metabolism of amino acids, nitrogen, and DNA and stress resistance were more frequent in Caatinga soil, while the forest sample showed the highest occurrence of hits annotated in phosphorous metabolism, defense mechanisms, and aromatic compound degradation subsystems. The principal component analysis (PCA) showed that our samples are close to the desert metagenomes in relation to taxonomy, but are more similar to rhizosphere microbiota in relation to the functional profiles. The data indicate that soil characteristics affect the taxonomic and functional distribution; these characteristics include low nutrient content, high drainage (both are sandy soils), vegetation, and exposure to stress. In both samples, a rapid turnover of organic matter with low greenhouse gas emission was suggested by the functional profiles obtained, reinforcing the importance of preserving natural areas. 650 $aMetagenomics 650 $aSoil biology 650 $aMicrobiologia do solo 653 $aBioinformática 700 1 $aCARVALHO, F. M. 700 1 $aTHOMPSON, C. E. 700 1 $aFAUSTINO, A. L. F. 700 1 $aNICOLINI, F. 700 1 $aPEREIRA, T. S. 700 1 $aSILVA, R. C. B. 700 1 $aCANTAO, M. E. 700 1 $aGERBER, A. 700 1 $aVASCONCELOS, A. T. R. 700 1 $aAGNEZ-LIMA, L. F. 773 $tMicrobiologyOpen, Brussels$gv. 3, n. 3, p. 299-315, 2014. DOI: 10.1002/mbo3.169.
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Registro original: |
Embrapa Suínos e Aves (CNPSA) |
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Registros recuperados : 67 | |
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Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria Tropical. |
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Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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Biblioteca(s): Embrapa Café; Embrapa Semiárido. |
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Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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