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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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Data corrente: |
13/10/2021 |
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Data da última atualização: |
28/10/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
VARELA, E. S.; BEKAERT, M.; KIRSCHNIK, L. N. G.; TORATI, L. S.; SHIOTSUKI, L.; O'SULLIVAN, F. L. A.; VILLELA, L. C. V.; REZENDE, F. P.; BARROSO, A. da S.; FREITAS, L. E. L. de; TAGGART, J. B.; MIGAUD, H. |
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Afiliação: |
EDUARDO SOUSA VARELA, CNPASA; MICHAËL BEKAERT; LUCIANA NAKAGHI GANECO KIRSCHNIK, CNPASA; LUCAS SIMON TORATI, CNPASA; LUCIANA SHIOTSUKI, CNPASA; FERNANDA LOUREIRO ALMEIDA OSULLIVAN, CPAA; LUCIANA CRISTINE VASQUES VILLELA, CNPASA; FABRICIO PEREIRA REZENDE, CNPASA; AURISAN DA SILVA BARROSO; LUIZ EDUARDO LIMA DE FREITAS, CNPASA; JOHN BERNARD TAGGART; HERVE MIGAUD. |
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Título: |
A high-density linkage map and sex-linked markers for the Amazon tambaqui Colossoma macropomum. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 22, n. 709, 2021. |
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ISSN: |
1471-2164 |
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DOI: |
https://doi.org/10.1186/s12864-021-08037-8 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Tambaqui (Colossoma macropomum, Cuvier, 1818) is the most economically important native freshwater fish species in Brazil. It can reach a total length of over 1 m and a weight of over 40 kg. The species displays a clear sex dimorphism in growth performance, with females reaching larger sizes at harvest. In aquaculture, the production of monosex populations in selective breeding programmes has been therefore identified as a key priority. In the present study, a genetic linkage map was generated by double digest restriction-site associated DNA (ddRAD) sequencing from 248 individuals sampled from two F1 families. The map was constructed using 14,805 informative SNPs and spanned 27 linkage groups. From this, the tambaqui draft genome was improved, by ordering the scaffolds into chromosomes, and sex-linked markers were identified. A total of 235 markers on linkage group 26 showed a significant association with the phenotypic sex, supporting an XX/XY sex determination system in the species. The four most informative sex-linked markers were validated on another 206 sexed individuals, demonstrating an accuracy in predicting sex ranging from 90.0 to 96.7%. |
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Palavras-Chave: |
Linkage map; Monosex; Sex-linked markers. |
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Thesagro: |
Aquicultura; Colossoma Macropomum; Peixe; Tambaqui. |
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Thesaurus Nal: |
Aquaculture; Fish; Genetic markers; Sex determination. |
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Categoria do assunto: |
--
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/227302/1/bmc-2021.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/226902/1/s12864-021-08037-8.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Pesca e Aquicultura (CNPASA) |
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Biblioteca |
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Registro |
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Status |
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| Registros recuperados : 82 | |
| 41. |  | PAIXÃO, R. V.; SILVA, G. F.; LOBO, I.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R.; VARELA, E. S.; ALMEIDA, F. L. Estrogen receptors are sex-differentially expressed in tambaqui (Colossoma macropomum) during sex differentiation. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON REPRODUCTIVE PHYSIOLOGY OF FISH, 11., 2018, Manaus. p. 40.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 42. | | LIMA, A. F.; VARELA, E. S.; MACIEL, P. O.; ALVES, A. L.; RODRIGUES, A. P. O.; TORATI, L. S.; MATAVELI, M.; BEZERRA, T. A. Manejo de plantel de reprodutores de pirarucu. Brasília, DF: Embrapa, 2015. 108 p. il.| Tipo: Autoria/Organização/Edição de Livros |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 43. | | LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. de novo genome assembly of the South American freshwater fish Tambaqui (Colossoma macropomum). In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 23., 2015, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2015. não paginado. Pôster P0231.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 44. | | LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. de novo genome assembly of the South American freshwater fish Tambaqui (Colossoma macropomum). In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 23., 2015, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2015. não paginado. PAG 2015. Pôster P0231.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 45. | | VILLELA, L. C. V.; KIRSCHNIK, L. N. G.; VARELA, E. S.; ROUTLEDGE, E. A. B.; REZENDE, F. P.; TORATI, L. S.; SHIOTSUKI, L.; FREITAS, L. E. L. Programa de conservação de recursos genéticos de peixes nativos de interesse econômico da Embrapa. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 6., 2020. Recursos genéticos e bioeconomia: inovação para um futuro sustentável: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2020.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 46. | | VARELA, E. S.; TORATI, L. S.; SILVA, J. J. T.; MACIEL, R. L.; ALMEIDA, F. L.; MORAIS, I. S.; KIRSCHNIK, L. N. G. Preliminary data on the sex ratio in full-sib families of tambaqui Colossoma macropomum. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON REPRODUCTIVE PHYSIOLOGY OF FISH, 11., 2018, Manaus. p. 93.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 47. | | VARELA, E. S.; TORATI, L. S.; SILVA, J. J. T.; MACIEL, R. L.; ALMEIDA, F. L.; MORAIS, I. S.; KIRSCHNIK, L. N. G. Preliminary data on the sex ratio in full-sib families of tambaqui Colossoma macropomum. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON REPRODUCTIVE PHYSIOLOGY OF FISH, 11., 2018, Manaus. p. 93.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 48. | | VILLELA, L. C. V.; SCHUCH, A. C.; ALVES, A. L.; VARELA, E. S.; KIRSCHNIK, L. N. G.; BELCHIOR, L. S.; FREITAS, L. E. L. de; MATAVELI, M. Implantação do programa de conservação de recursos genéticos de peixes nativos comerciais da Amazônia na Embrapa. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 4., 2016, Curitiba. Recursos genéticos no Brasil: a base para o desenvolvimento sustentável: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2016. p. 85.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 49. | | BARROSO, A. da S.; SILVA, L. R.; BARROS, V. M.; OLIVEIRA, A. da S.; ALVES, M. S. S.; VARELA, E. S.; HASHIMOTO, D. T.; ALVES, A. L. Implantação do banco de DNA de peixes da Bacia Araguaia-Tocantins: aplicações na taxonomia, produção e conservação de recursos genéticos. Revista Integralização Universitária, Palmas, TO, v. 7, n. 9, p. 173-180, mar./set. 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: C - 0 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 50. | | PAIXÃO, R. V.; SILVA, G. F. da; LOBO, I.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R.; VARELA, E. S.; ALMEIDA, F. L. Is aromatase necessary for ovarian differentiation in tambaqui (Colossoma macropomum)? In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON REPRODUCTIVE PHYSIOLOGY OF FISH, 11., 2018, Manaus. New fromtiers in reproductive diversity in a changing environment: program and abstracts. [S.l.: s.n.], 2018. p. 99.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 51. | | PAIXÃO, R. V.; SILVA, G. F.; LOBO, I.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R.; VARELA, E. S.; ALMEIDA, F. L. Is aromatase necessary for ovarian differentiation in tambaqui (Colossoma macropomum)? In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON REPRODUCTIVE PHYSIOLOGY OF FISH, 11., 2018, Manaus. p. 99.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 52. | | PAIXÃO, R. V.; SILVA, G. F. da; LOBO, I.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R.; VARELA, E. S.; O'SULLIVAN, F. L. A. Is aromatase necessary for ovarian differentiation in tambaqui (Colossoma macropomum)? In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON REPRODUCTIVE PHYSIOLOGY OF FISH, 11., 2018, Manaus. New fromtiers in reproductive diversity in a changing environment: program and abstracts. [S.l.: s.n.], 2018. p. 99. Na publicação: Silva, G. F., Almeida, F. L. ISRPF 2018.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 53. | | PAIXÃO, R. V.; SILVA, G. F. da; LOBO, I.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R.; VARELA, E. S.; O'SULLIVAN, F. L. A. Is aromatase necessary for ovarian differentiation in tambaqui (Colossoma macropomum)? In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON REPRODUCTIVE PHYSIOLOGY OF FISH, 11., 2018, Manaus. New fromtiers in reproductive diversity in a changing environment: program and abstracts. [S.l.: s.n.], 2018. p. 99. ISRPF 2018.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 54. | | ATAIDES, K. da S.; SHIOTSUKI, L.; VARELA, E. S.; KIRSCHNIK, L. N. G.; FREITAS, L. E. L. de; VILLELA, L. C. V.; REZENDE, F. P.; TORATI, L. S. Variabilidade fenotípica entre famílias de tambaqui Colossoma macropomum (Teleostei: Serrasalmidae) provenientes de diferentes regiões do Brasil. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 13., 2019, Salvador, BA. Anais. Salvador: SBMA, 2019.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 55. | | VILLELA, L. C. V.; ALVES, A.; VARELA, E. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. Sequenciamento, montagem de novo e anotação do mitogenoma de Pseudoplatystoma reticulatum (Eigenmman & Eigenmman). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 4., 2016, Curitiba. Recursos genéticos no Brasil: a base para o desenvolvimento sustentável: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2016. p. 104.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 56. | | VILLELA, L. C. V.; ALVES, A.; VARELA, E. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. Sequenciamento, montagem de novo e anotação do mitogenoma de Pseudoplatystoma reticulatum (Eigenmman & Eigenmman). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 4., 2016, Curitiba. Recursos genéticos no Brasil: a base para o desenvolvimento sustentável: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2016. p. 104.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 57. | | IANELLA, P.; VARELA, E. S.; VILLELA, L. C. V.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, F. S. de; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. SNP discovery in three South American freshwater characiformes species by deep sequencing of Reduced Representation Libraries (RRL). In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 27., 2019, San Diego. Plant and animal genome abstracts. Livingston, NJ: Scherago, 2019. PE0268. PAG 2019.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 58. | | IANELLA, P.; VARELA, E. S.; VILLELA, L. C. V.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, F. S. de; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. SNP discovery in three South American freshwater characiformes species by deep sequencing of Reduced Representation Libraries (RRL). In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 27., 2019, San Diego. Plant and animal genome abstracts. Livingston, NJ: Scherago, 2019. PE0268| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 59. | | OLIVEIRA, N. F. A.; TORATI, L. S.; CARVALHO, L. A. B. de; LIMA, L. K. F. de; PUVANENDRAN, V.; DEMICIANO, T. H.; SILVA, J. J. T. da; BARROSO, A. da S.; VARELA, E. S. AquaVitae project (H2020) CS10 - Comparison of variation in morphogeometrical features of intramuscular bone of tambaqui Colossoma macropomum using dissection and X-ray imaging methods. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AQUICULTURA E BIOLOGIA AQUÁTICA, 10., 2023, Florianópolis. Conservar, produzir e inovar: anais eletrônicos. Florianópolis: Aquabio, 2023. Aquaciência 2023.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 60. | | CARRIERO, M. M.; HENRIQUE-SILVA, F.; CAETANO, A. R.; LOBO, F. P.; ALVES, A. L.; VARELA, E. S.; COLLADO, M. del; MOREIRA, G. S. A.; MAIA, A. A. M. Characterization and gene expression analysis of pacu (Piaractus mesopotamicus) inducible nitric oxide synthase (iNOS) following Aeromonas dhakensis infection. Fish and Shellfish Immunology, v. 74, p. 94-100, 2018. Short communication.| Tipo: Nota Técnica/Nota Científica | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pesca e Aquicultura; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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