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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
Data corrente: |
26/02/2016 |
Data da última atualização: |
21/01/2020 |
Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
Autoria: |
IANELLA, P.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, F. S. de; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. |
Afiliação: |
PATRICIA IANELLA, CENARGEN; EDUARDO SOUSA VARELA, CNPASA; ANDERSON LUIS ALVES, CNPASA; LUCIANA CRISTINE VASQUES VILLELA, CNPASA; NAIARA MILAGRES AUGUSTO DA SILVA, CENARGEN; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; FERNANDA STRINGASSI DE OLIVEIRA, CNPTIA; SAMUEL REZENDE PAIVA, SRI; ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, CENARGEN. |
Título: |
SNP discovery in the South American freshwater fish tambaqui (Colossoma macropomum) by deep sequencing of reduced representation libraries. |
Ano de publicação: |
2016 |
Fonte/Imprenta: |
In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2016. |
Páginas: |
Não paginado. |
Idioma: |
Inglês |
Notas: |
PAG 2016. Pôster P0484. |
Conteúdo: |
Tambaqui is the most important native fresh water fish species cultured in Brazil, with current yearly production levels exceeding 200.000mt. Efforts to structure genetic improvement programs for increasing productivity are recent and will greatly benefit from the use of genomic tools for broodstock management and assisted genetic evaluations and breeding. Recent efforts have produced a draft genome sequence for this species. Reduced representation libraries of varying fragment sizes were produced with bulked DNA samples and sequenced with 2x160bp Illumina protocols to produce >720million reads. Generated reads were aligned with the draft reference genome sequence using BWA and SNP discovery was performed using Freebayes. An estimated 12% of the tambaqui genome was sequenced with a depth of >100 reads. A total of 993.935 SNPs were observed with read depths >60 (median: 438) and minor allele frequencies >0.05 (MAF 0.05-0.15: 94.102 SNPs; 0.15-0.25: 326.575; 0.25-0.35: 255.967; 0.35-0.45: 215.054; 0.45-0.50: 102.237).This represents the first report of an extensive effort to identify SNP markers for this species and will be a valuable source of information for designing marker panels with varying applications. |
Palavras-Chave: |
Genômica; Polimorfismo de nucleotídeo único. |
Thesagro: |
Colossoma Macropomum. |
Thesaurus Nal: |
Genomics; Single nucleotide polymorphism. |
Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/140249/1/PAG-p0484.pdf
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Marc: |
LEADER 02219nam a2200289 a 4500 001 2038891 005 2020-01-21 008 2016 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aIANELLA, P. 245 $aSNP discovery in the South American freshwater fish tambaqui (Colossoma macropomum) by deep sequencing of reduced representation libraries.$h[electronic resource] 260 $aIn: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.]$c2016 300 $aNão paginado. 500 $aPAG 2016. Pôster P0484. 520 $aTambaqui is the most important native fresh water fish species cultured in Brazil, with current yearly production levels exceeding 200.000mt. Efforts to structure genetic improvement programs for increasing productivity are recent and will greatly benefit from the use of genomic tools for broodstock management and assisted genetic evaluations and breeding. Recent efforts have produced a draft genome sequence for this species. Reduced representation libraries of varying fragment sizes were produced with bulked DNA samples and sequenced with 2x160bp Illumina protocols to produce >720million reads. Generated reads were aligned with the draft reference genome sequence using BWA and SNP discovery was performed using Freebayes. An estimated 12% of the tambaqui genome was sequenced with a depth of >100 reads. A total of 993.935 SNPs were observed with read depths >60 (median: 438) and minor allele frequencies >0.05 (MAF 0.05-0.15: 94.102 SNPs; 0.15-0.25: 326.575; 0.25-0.35: 255.967; 0.35-0.45: 215.054; 0.45-0.50: 102.237).This represents the first report of an extensive effort to identify SNP markers for this species and will be a valuable source of information for designing marker panels with varying applications. 650 $aGenomics 650 $aSingle nucleotide polymorphism 650 $aColossoma Macropomum 653 $aGenômica 653 $aPolimorfismo de nucleotídeo único 700 1 $aVARELA, E. S. 700 1 $aALVES, A. L. 700 1 $aVILLELA, L. C. V. 700 1 $aSILVA, N. M. A. da 700 1 $aYAMAGISHI, M. E. B. 700 1 $aOLIVEIRA, F. S. de 700 1 $aPAIVA, S. R. 700 1 $aCAETANO, A. R.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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61. | | OLIVEIRA, N. F. A.; TORATI, L. S.; BORIN-CARVALHO, L. A.; LIMA, L. K. F. de; PUVANENDRAN, V.; DEMICIANO, T. H.; SILVA, J. J. T. da; BARROSO, A. da S.; VARELA, E. S. Fish size correlates to size and morphology of intermuscular bones in tambaqui Colossoma macropomum as shown by dissection and X-ray imaging methods. Fishes, v. 8, n. 4, 180, Mar. 2023.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
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62. | | SHIOTSUKI, L.; VILLELA, L. C. V.; KIRSCHNIK, L. N. G.; FREITAS, L. E. L. de; REZENDE, F. P.; VARELA, E. S.; TORATI, L. S.; IANELLA, P.; CAETANO, A. R. Fundação das bases genéticas para um futuro Programa de Melhoramento de Tambaqui (Colossoma macropomum). Aquaculture Brasil, n. 17, p. 11-14, mar./abr. 2019.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: C - 0 |
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63. | | CAETANO, A. R.; ALVES, A. L.; VARELA, E. S.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; HIGA, R. H.; PAIVA, S. R. Desenvolvimento de ferramentas genômicas para manejo e melhoramento genético de peixes nativos do Brasil. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 3., 2014, Santos. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2014.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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64. | | CAETANO, A. R.; ALVES, A. L.; VARELA, E. S.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; HIGA, R. H.; PAIVA, S. R. Desenvolvimento de ferramentas genômicas para manejo e melhoramento genético de peixes nativos do Brasil. In. CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 3., 2014, Santos. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2014. Resumo. 367. 1 CD-ROM.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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65. | | SOUSA, G. G. C. de; REZENDE, F. P.; KIRSCHNIK, L. N. G.; VILLELA, L. C. V.; FREITAS, L. E. L. de; LIMA, S. S. R.; TORATI, L. S.; VARELA, E. S.; SOUSA, A. P. S. de; SHIOTSUKI, L. Dimorfismo sexual no desempenho do tambaqui Colossoma macropomum (Teleostei: Serrasalmidae). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 7., 2022. Multifuncionalidade e Qualidade de Vida: [anais...]. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2022.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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66. | | ATAÍDES, K. da S.; ALVES, R. R.; FREITAS, L. E. L. de; KIRSCHNIK, L. N. G.; VILLELA, L. C. V.; VARELA, E. S.; COSTA, T. V. da; SHIOTSUKI, L. Desempenho zootécnico de reprodutores e matrizes de tambaqui (Colossoma macropomum) oriundos de diferentes famílias. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 27., 2017, Santos. Anais [eletrônicos]... Brasília, DF: Associação Brasileira de Zootecnistas, 2017. Zootec 2017.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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67. | | VILLELA, L. C. V.; ALVES, A. L.; VARELA, E. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, N. M. A. da; PONZETTO, J. M.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. Complete mitochondrial genome from South American catfish Pseudoplatystoma reticulatum (Eigenmann & Eigenmann) and its impact in Siluriformes phylogenetic tree. Genetica, v. 145, n. 1, p. 51-66, Feb. 2017.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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68. | | VILLELA, L. C. V.; KIRSCHNIK, L. N. G.; ALVES, A. L.; VARELA, E. S.; REZENDE, F. P.; TORATI, L. S.; SHIOTSUKI, L.; FREITAS, L. E. L. de; MATAVELI, M.; SCHUCH, A. C. Estratégias para conservação de recursos genéticos de peixes nativos de interesse econômico. Palmas: Embrapa Pesca e Aquicultura, 2020. 32 p. (Embrapa Pesca e Aquicultura. Documentos, 40).Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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69. | | VARELA, E. S.; BEKAERT, M.; KIRSCHNIK, L. N. G.; TORATI, L. S.; SHIOTSUKI, L.; O'SULLIVAN, F. L. A.; VILLELA, L. C. V.; REZENDE, F. P.; BARROSO, A. da S.; FREITAS, L. E. L. de; TAGGART, J. B.; MIGAUD, H. A high-density linkage map and sex-linked markers for the Amazon tambaqui Colossoma macropomum. BMC Genomics, v. 22, n. 709, 2021.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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70. | | CARRIERO, M. M.; HENRIQUE SILVA, F.; MEIRA, C. M.; GATO, I. M. Q.; CAETANO, A. R.; LOBO, F. P.; ALVES, A. L.; VARELA, E. S.; MAIA, A. A. M. Molecular characterization and gene expression analysis of the pro-inflammatory cytokines IL-1beta and IL-8 in the South American fish Piaractus mesopotamicus challenged with Aeromonas dhakensis. Genetics and Molecular Biology, v. 43, n. 4, e20200006, 2020.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pesca e Aquicultura; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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71. | | O'SULLIVAN, F. L. A.; VARELA, E. S.; TORATI, L. S.; GANECO-KIRSCHNIK, L. N.; REZENDE, F. P.; VILELLA, L. C. V.; ALMEIDA, C. K. L.; SENE, M. P. de. Microinjeção em ovos de tambaqui Colossoma macropomum como pré-requisito à edição genômica da espécie. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AQUICULTURA E BIOLOGIA AQUÁTICA, 10., 2023, Florianópolis. Conservar, produzir e inovar: anais eletrônicos. Florianópolis: Aquabio, 2023. Aquaciência 2023.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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72. | | O'SULLIVAN, F. L. A.; VARELA, E. S.; TORATI, L. S.; KIRSCHNIK, L. N. G.; REZENDE, F. P.; VILLELA, L. C. V.; ALMEIDA, C. K. L.; SENE, M. P. de. Microinjeção em ovos de tambaqui Colossoma macropomum como pré-requisito à edição genômica da espécie. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AQUICULTURA E BIOLOGIA AQUÁTICA, 10., 2023, Florianópolis. Conservar, produzir e inovar: anais eletrônicos. Florianópolis: Aquabio, 2023. Aquaciência 2023.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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73. | | SILVA, G. F. da; SHIOTSUKI, L.; TEIXEIRA, R. de A.; DIAS, L. T.; VILLELA, L. C. V.; FREITAS, L. E. L. de; KIRSCHNIK, L. N. G.; VARELA, E. S. Programas de melhoramento genético na piscicultura. Palmas: Embrapa Pesca e Aquicultura, 2018. 59 p. (Embrapa Pesca e Aquicultura. Documentos, 37).Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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74. | | LEGAT, A. P.; LEGAT, J. F. A.; FUNO, I. C. da S. A.; ANTONIO, I. G.; SAMPAIO, D. de S.; CORDEIRO, C. A. M.; VARELA, E. S.; SQUELLA, F. J. L.; LAGREZE, S. S. Recomendações para o uso de coletores artificiais, para a captação, o manejo e o transporte de sementes de ostras nativas do gênero crassostrea em ambientes estuarinos da Costa Brasileira. Aracaju: Embrapa Tabuleiros costeiros, 2022. (Embrapa Tabuleiros Costeiros. Circular Técnica, 95). ODS 2, ODS 14.Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura; Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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75. | | IANELLA, P.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, F. S. de; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. SNP discovery in the South American Frehwater fish tambaqui (Colossoma macroponum) by deep sequenciang of reduced representation libraries. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s. n.], 2016. P0484.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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76. | | IANELLA, P.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, F. S. de; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. SNP discovery in the South American Frehwater fish tambaqui (Colossoma macroponum) by deep sequenciang of reduced representation libraries. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s. n.], 2016. P0484.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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77. | | IANELLA, P.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, F. S. de; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. SNP discovery in the South American freshwater fish tambaqui (Colossoma macropomum) by deep sequencing of reduced representation libraries. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s. n.], 2016. Não paginado. PAG 2016. Pôster P0484.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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78. | | IANELLA, P.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, F. S. de; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. SNP discovery in the South American freshwater fish tambaqui (Colossoma macropomum) by deep sequencing of reduced representation libraries. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2016. Não paginado. PAG 2016. Pôster P0484.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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79. | | TORATI, L. S.; O'SULLIVAN, F. L. A.; VARELA, E. S.; PUVENANDRAN, V.; BATLOUNI, S. R.; LIMA, A. F.; VILLELA, L. C. V.; LOPES, J. T.; ALVES, J. P.; PEREIRA, A. S.; BARROSO, A. S.; SILVA, L.; SILVA, D. S.; KIRSCHNIK, L. N. G. Aquavitae project (H2020) CS10 - freshwater finfish: tackling issues on the captive reproduction of the amazon tambaqui (Colossoma macropomum) and pirarucu (Arapaima gigas). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AQUICULTURA E BIOLOGIA AQUÁTICA, 9., 2021. Aquaciência digital 2021. São Paulo: Aquabio, 2021.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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80. | | TORATI, L. S.; O'SULLIVAN, F. L. A.; VARELA, E. S.; PUVENANDRAN, V.; BATLOUNI, S. R.; LIMA, A. F.; VILLELA, L. C. V.; LOPES, J. T.; ALVES, J. P.; PEREIRA, A. S.; BARROSO, A. S.; SILVA, L.; SILVA, D. S.; KIRSCHNIK, L. N. G. Aquavitae project (H2020) CS10 - freshwater finfish: tackling issues on the captive reproduction of the amazon tambaqui (Colossoma macropomum) and pirarucu (Arapaima gigas). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AQUICULTURA E BIOLOGIA AQUÁTICA, 9., 2021. AQUACIÊNCIA DIGITAL 2021. [S.l.]: Aquabio, 2021.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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