| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
|
Data corrente: |
06/03/2009 |
|
Data da última atualização: |
14/05/2024 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
|
Autoria: |
LIU, G. E.; LI, R. W.; SONSTEGARD, T. S.; MATUKUMALLI, L. K.; SILVA, M. V. G. B.; VAN TASSELL, C. P. |
|
Afiliação: |
G. E. Liu, USDA-ARS; R.W. LI, USDA-ARS; Tad S. Sonstegard USDA USA; Lakshmi Matukumalli George Mason University USA; Marcos Vinicius Gualberto Barbosa da Silva Embrapa Gado de Leite / USDA USA; Curtis Van Tassell USDA USA. |
|
Título: |
Characterization of a novel microdeletion polymorphism on BTA5 in cattle. |
|
Ano de publicação: |
2008 |
|
Fonte/Imprenta: |
Animal Genetics, v. 39, n. 6, p. 655-658, 2008. |
|
DOI: |
https://doi.org/10.1111/j.1365-2052.2008.01769.x |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Conteúdo: |
We present a detailed breakpoint mapping and population frequency analysis of a 214-kb microdeletion that removes multiple olfactory receptor genes. Using progressive rounds of PCR assays, we mapped the upstream and downstream breakpoints of this microdeletion event to 1 and 12 kb genomic regions, respectively. We developed PCR-based genotyping assays, characterized a dairy cattle panel of 96 samples and found that the frequency of the deletion allele was over 51%. Our results indicated that this microdeletion is an ancient event occurring in one of the earlier founders, and that it has been stably inherited across generations in the North American dairy cattle population. |
|
Palavras-Chave: |
Breakpoint; Cattle genome; Deletion; Population frequency; Structural variants. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/596819/1/Characterization-of-a-novel-microdeletion-polymorphism-on-BTA5-in-cattle.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 01435naa a2200253 a 4500
001 1596819
005 2024-05-14
008 2008 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $ahttps://doi.org/10.1111/j.1365-2052.2008.01769.x$2DOI
100 1 $aLIU, G. E.
245 $aCharacterization of a novel microdeletion polymorphism on BTA5 in cattle.$h[electronic resource]
260 $c2008
520 $aWe present a detailed breakpoint mapping and population frequency analysis of a 214-kb microdeletion that removes multiple olfactory receptor genes. Using progressive rounds of PCR assays, we mapped the upstream and downstream breakpoints of this microdeletion event to 1 and 12 kb genomic regions, respectively. We developed PCR-based genotyping assays, characterized a dairy cattle panel of 96 samples and found that the frequency of the deletion allele was over 51%. Our results indicated that this microdeletion is an ancient event occurring in one of the earlier founders, and that it has been stably inherited across generations in the North American dairy cattle population.
653 $aBreakpoint
653 $aCattle genome
653 $aDeletion
653 $aPopulation frequency
653 $aStructural variants
700 1 $aLI, R. W.
700 1 $aSONSTEGARD, T. S.
700 1 $aMATUKUMALLI, L. K.
700 1 $aSILVA, M. V. G. B.
700 1 $aVAN TASSELL, C. P.
773 $tAnimal Genetics$gv. 39, n. 6, p. 655-658, 2008.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 12 | |
| 4. |  | LIU, G. E.; LI, R. W.; SONSTEGARD, T. S.; MATUKUMALLI, L. K.; SILVA, M. V. G. B.; VAN TASSELL, C. P. Characterization of a novel microdeletion polymorphism on BTA5 in cattle. Animal Genetics, v. 39, n. 6, p. 655-658, 2008.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
|    |
| 5. | | BENAVIDES, M. V.; SONSTEGARD, T. S.; KEMP, S.; MUGAMBI, J. M.; GIBSON, J. P.; BAKER, R. L.; HANOTTE, O.; MARSHALL, K.; VAN TASSELL, C. Identification of novel loci associated with gastrointestinal parasite resistance in a Red Maasai x Dorper backcross population. Plos One, v. 10, n. 4, e0122797, Apr. 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul; Embrapa Pesca e Aquicultura. |
| |
| 6. | | PORTO NETO, L. R.; SONSTEGARD, T. S.; LIU, G.; BICKHART, D.; GONDRO, C.; SILVA, M. V. G. B.; UTSUNOMIYA, Y. T.; GARCIA, J. F.; VAN TASSELL, C. P. Genomic divergence of indicine and taurine cattle identified through high-density SNP gebotyping. In: ADSA-ASAS ANNUAL MEETINGS, 2013, Indianápolis, Indiana. Abstracts... Indianápolis: [s.n.], 2013.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
|  |
| 7. | | SILVA, M. V. G. B.; VERNEQUE, R. da S.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; GUIMARAES, M. F. M.; ARBEX, W. A.; GUEDES, E.; VAN TASSELL, C. P.; SONSTEGARD, T. S. Genome-wide association analysis to identify loci for milk yield in Gyr breed. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON ANIMAL GENETICS, 32., 2010, Edinburgh. Proceedings... Edinburgh: International Society for Animal Genetics, 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
| |
| 8. | | PORTO-NETO, L. R.; SONSTEGARD, T. S.; LIU, G. E.; BICKHART, D. M.; SILVA, M. V. G. B.; MACHADO, M. A.; UTSUNOMIYA, Y. T.; GARCIA, J. F.; GONDRO, C.; VAN TASSELL, C. P. Genomic divergence of zebu and taurine cattle identified through high-density SNP genotyping. BMC Genomics, v. 14, article 876, 2013. Disponível em: http://www.biomedcentral.com/1471-2164/14/876| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
| |
| 9. | | NEVES, H. H.; CARVALHEIRO, R.; O'BRIEN, A. M.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S. do; SCHENKEL, F. S.; SÖLKNER, J.; MCEWAN, J. C.; VAN TASSELL, C. P.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; QUEIROZ, S. A.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F. Accuracy of genomic predictions in Bos indicus (Nellore) cattle. Genetics Selection Evolution, v. 46, article 17, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
| |
| 10. | | UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S.; NEVES, H. H. R.; CARVALHEIRO, R.; MATOS, M. C.; ZAVAREZ, L. B.; ITO, P. K. R. K.; O'BRIEN, A. M. P.; SOLKNER, J.; PORTO-NETO, L. R.; SCHENKEL, F. S.; McEWAN, J.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; VAN TASSELL, C. P.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F. Genome-wide mapping of loci explaining variance in scrotal circumference in Nellore Cattle. Plos One v. 9, n. 2, p. 1-9, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
| |
| 11. | | LIU G. E.; HOU, Y. L.; ZHU, B.; CARDONE, M. F.; JIANG, L.; CELLAMARE, A.; MITRA, A.; ALEXANDER, L. J.; COUTINHO. L. L.; DELL'AQUILA, M. E.; GASBARRE, L. C.; LACALANDRA, G.; LI, R. W.; MATUKUMALLI, L. K.; NONNEMAN, D.; REGITANO, L. C. de A.; SMITH, T. P; SONG, J. Z.; SONSTEGARD, T. S.; Van TASSELL, C. P.; VENTURA, M.; EICHLER, E. E.; McDANELD, T. G.; KEELE, J. W. Analysis of copy number variations among diverse cattle breeds. Genome Research, v. 20, n. 5, p. 693-703, 2010| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 12. | | GIBBS, R. A.; TAYLOR, J. F.; VAN TASSELL, C. P.; BARENDSE, W.; EVERSOLE, K. A.; GILL, C. A.; GREEN, R. D.; HAMERNIK, D. L.; KAPPES, S. M.; LIEN, S.; MATUKUMALLI, L. K.; MCEWAN, J. C.; NAZARETH, L. V.; SCHNABEL, R. D.; WEINSTOCK, G. M.; WHEELER, D. A.; AJMONE-MARSAN, P.; BOETTCHER, P. J.; CAETANO, A. R.; GARCIA, J. F.; HANOTTE, O.; MARIANI, P.; SKOW, L. C.; SONSTEGARD, T. S.; WILLIAMS, J. L.; DIALLO, B.; HAILEMARIAM, L.; MARTINEZ, M. L.; MORRIS, C. A.; SILVA, L. O. C. da; SPELMAN, R. J.; MULATU, W.; ZHAO, K.; ABBEY, C. A.; AGABA, M.; ARAUJO, F. R.; BUNCH, R. J.; BURTON, J.; GORNI, C.; OLIVIER, H.; HARRISON, B. E.; LUFF, B.; MACHADO, M. A.; MWAKAYA, J.; PLASTOW, G.; SIM, W.; SMITH, T.; THOMAZ, M. B.; VALENTINI, A.; WILLIAMS, P.; WOMACK, J.; WOOLLIAMS, J. A.; LIU, Y.; QIN, X.; WORLEY, K. C.; GAO, C.; JIANG, H.; MOORE, S. S.; REN, Y.; SONG, X.-Z.; BUSTAMANTE, C. D.; HERNANDEZ, R. D.; MUZNY, D. M.; PATIL, S.; SAN LUCAS, A.; FU, Q.; KENT, M. P.; VEGA, R.; MATUKUMALLI, A.; MCWILLIAM, S.; SCLEP, G.; BRYC, K.; CHOI, J.; GAO, H.; GREFENSTETTE, J. J.; MURDOCH, B.; STELLA, A.; VILLA-ANGULO, R.; WRIGHT, M.; AERTS, J.; JANN, O.; NEGRINI, R.; GODDARD, M. E.; HAYES, B. J.; BRADLEY, D. G.; SILVA, M. V. G. B.; LAU, L. P. L.; LIU, G. E.; LYNN, D. J.; PANZITTA, F.; DODDS, K. G. Genome-wide survey of SNP variation uncovers the genetic structure of cattle breeds. Science, v. 324, n. 5926, p. 528-532, 2009.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
| |
| Registros recuperados : 12 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
