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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Corte; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
07/12/2021 |
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Data da última atualização: |
20/12/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
MARTINS, F. B.; MORAES, A. C. L.; AONO, A. H.; FERREIRA, R. C. U.; CHIARI, L.; SIMEÃO, R. M.; BARRIOS, S. C. L.; SANTOS, M. F.; JANK, L.; VALLE, C. B. do; VIGNA, B. B. Z.; SOUZA, A. P. DE. |
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Afiliação: |
FELIPE BITENCOURT MARTINS, Center for Molecular Biology and Genetic Engineering; ALINE COSTA LIMA MORAES, Center for Molecular Biology and Genetic Engineering; ALEXANDRE HILD AONO, Center for Molecular Biology and Genetic Engineering; REBECCA CAROLINE ULBRICHT FERREIRA, Center for Molecular Biology and Genetic Engineering; LUCIMARA CHIARI, CNPGC; ROSANGELA MARIA SIMEAO, CNPGC; SANZIO CARVALHO LIMA BARRIOS, CNPGC; MATEUS FIGUEIREDO SANTOS, CNPGC; LIANA JANK, CNPGC; CACILDA BORGES DO VALLE, CNPGC; BIANCA BACCILI ZANOTTO VIGNA, CPPSE; ANETE PEREIRA DE SOUZA, Center for Molecular Biology and Genetic Engineering; UNICAMP. |
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Título: |
A semi-automated SNP-based approach for contaminant identification in biparental Polyploid Populations of tropical forage grasses. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Frontiers in Plant Science, v.12, article 737919, 2021. |
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Páginas: |
19 p. |
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DOI: |
https://doi.org/10.3389/fpls.2021.737919 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Artificial hybridization plays a fundamental role in plant breeding programs since it generates new genotypic combinations that can result in desirable phenotypes. Depending on the species and mode of reproduction, controlled crosses may be challenging, and contaminating individuals can be introduced accidentally. In this context, the identification of such contaminants is important to avoid compromising further selection cycles, as well as genetic and genomic studies. The main objective of this work was to propose an automated multivariate methodology for the detection and classification of putative contaminants, including apomictic clones (ACs), self-fertilized individuals, half-siblings (HSs), and full contaminants (FCs), in biparental polyploid progenies of tropical forage grasses. We established a pipeline to identify contaminants in genotyping-by-sequencing (GBS) data encoded as allele dosages of single nucleotide polymorphism (SNP) markers by integrating principal component analysis (PCA), genotypic analysis (GA) measures based on Mendelian segregation, and clustering analysis (CA). The combination of these methods allowed for the correct identification of all contaminants in all simulated progenies and the detection of putative contaminants in three real progenies of tropical forage grasses, providing an easy and promising methodology for the identification of contaminants in biparental progenies of tetraploid and hexaploid species. The proposed pipeline was made available through the polyCID Shiny app and can be easily coupled with traditional genetic approaches, such as linkage map construction, thereby increasing the efficiency of breeding programs. MenosArtificial hybridization plays a fundamental role in plant breeding programs since it generates new genotypic combinations that can result in desirable phenotypes. Depending on the species and mode of reproduction, controlled crosses may be challenging, and contaminating individuals can be introduced accidentally. In this context, the identification of such contaminants is important to avoid compromising further selection cycles, as well as genetic and genomic studies. The main objective of this work was to propose an automated multivariate methodology for the detection and classification of putative contaminants, including apomictic clones (ACs), self-fertilized individuals, half-siblings (HSs), and full contaminants (FCs), in biparental polyploid progenies of tropical forage grasses. We established a pipeline to identify contaminants in genotyping-by-sequencing (GBS) data encoded as allele dosages of single nucleotide polymorphism (SNP) markers by integrating principal component analysis (PCA), genotypic analysis (GA) measures based on Mendelian segregation, and clustering analysis (CA). The combination of these methods allowed for the correct identification of all contaminants in all simulated progenies and the detection of putative contaminants in three real progenies of tropical forage grasses, providing an easy and promising methodology for the identification of contaminants in biparental progenies of tetraploid and hexaploid species. The proposed pipeline was made ava... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Allele dosage; Apomictic clones; Clustering analysis; GBS; Half sibling; Self fertilization; Shiny. |
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Thesaurus Nal: |
Principal component analysis. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/228605/1/SemiAutomatedSNP.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Corte (CNPGC) |
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| 601. |  | LIRA, M. T. R.; VIEIRA, R. R. T.; CARVALHO, A. A. A. A.; FERREIRA, M. A.; DUSI, D. M. A.; CARNEIRO, V. T. C.; VALLE, C. B. do; JUNGMMAN, L.; MORETZSOHN, M. C.; AMARAL, Z. P. S.; BUSO, G. S. C. Development of EST-SSR markers for apomixis in Brachiaria humidicola and genetic mapping. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS, 2., 2009, Búzios. Programa e resumos. [s.l.]: Sociedade Brasileira de Genética, 2009. p. 150| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 602. | | CARNEIRO, V. T. de C.; DUSI, D. M. de A.; ARAUJO, A. C. G. de; CABRAL, G. B.; VALLE, C. B. do; RODRIGUES, J. C. M.; POZZOBON, M. T.; BUSO, G. S. C.; ALVES, E. R.; SILVEIRA, E. D.; LACERDA, A. L. M.; GUIMARÃES, L. A. Forage biotechnology: progress in a tropical forage grass - Brachiaria. In: SIMPÓSIO INTERNACIONAL SOBRE MELHORAMENTO DE FORRAGEIRAS, 2007, Campo Grande, MS. Palestras e resumos... Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2007.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 603. | | CARNEIRO, V. T. de C.; DUSI, D. M. de A.; ARAÚJO, A. C. G. de; CABRAL, G. B.; VALLE, C. B. do; RODRIGUES, J. C. M.; POZZOBON, M. T.; BUSO, G. S. C.; ALVES, E. R.; SILVEIRA, E. D.; LACERDA, A. L. M.; GUIMARÃES, L. A. Forage biotechnology: progress in a tropical forage grass - Brachiaria. In: SIMPÓSIO INTERNACIONAL SOBRE MELHORAMENTO DE FORRAGEIRAS, 2007, Campo Grande, MS. Palestras_resumos [do]... Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2007. 6 p. 1 CD-ROM. CNPGC.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 604. | | MACHADO, L. A. Z.; LEMPP, B.; VALLE, C. B. do; JANK, L.; BATISTA, L. A. R.; POSTIGLIONI, S. R.; RESENDE, R. M. S.; FERNANDES, C. D.; VERZIGNASSI, J. R.; VALENTIM, J. F.; ASSIS, G. M. L. de; ANDRADE, C. M. S. de. Principais espécies forrageiras utilizadas em pastagens para gado de corte. In: PIRES, A. V. (Ed.). Bovinocultura de corte. Piracicaba: FEALQ, 2010. v. 1 p. 375-417| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste; Embrapa Gado de Corte; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 605. | | MONTEIRO, L. C.; VERZIGNASSI, J. R.; BARRIOS, S. C. L.; VALLE, C. B. do; SILVA, J. I.; FERNANDES, C. D.; JESUS, L. de; CORADO, H. S.; AJALA, N.; GOMES, C. F.; SILVA, M. R.; LIBÓRIO, C. B.; BENTEO, G. L.; CALIXTO, S.; BRITES, E. L. R. Potencial de produção de sementes de híbridos intraespecíficos de Brachiaria decumbens. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 9., 2013, Campo Grande, MS. [Anais da..]. Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2013. (Embrapa Gado de Corte. Documentos, 204). Comissão organizadora: Denise Baptaglin Montagner, Grácia Maria Soares Rosinha, Rodrigo Carvalho Alva| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 606. | | BEZERRA, F. C.; VERZIGNASSI, J. R.; FERNANDES, C. D.; BARRIOS, S. C. L.; VALLE, C. B. do; SILVA, M. A. da; JESUS, L.; CORADO, H. S.; OLIVEIRA, M. A. S.; LIMA, N. D.; LIBÓRIO, C. B.; VICENTINI, R. P.; SILVA, F. A. S. Potencial de produção de sementes por híbridos de Brachiaria spp., em áreas de segundo ano, em Campo Grande, MS. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 14., 2018, Campo Grande - MS. [Resumos dos trabalhos]. Brasília, DF, Embrapa, 2018 115 p. (Embrapa Gado de Corte. Documentos, 258). p. 46-47| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 607. | | ROCHA, F. R. M.; VERZIGNASSI, J. R.; BARRIOS, S. C. L.; FERNANDES, C. D.; VALLE, C. B. do; LIBÓRIO, C. B.; LIMA, N. D.; CORADO, H. S.; JESUS, L. de; SILVA, M. A. da; OLIVEIRA, M. A. S.; CASTRO, G. G.; MARTINS, W. L.; ANDRADE, D. F. M. Multiplicação e avaliação do potencial de produção de sementes por híbridos de Brachiaria spp. em Campo Grande, MS. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 13., 2017, Campo Grande, MS. [Anais...] Brasília, DF: Embrapa, 2017. p. 36. (Embrapa Gado de Corte, Documentos, 242)| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 608. | | VICENTINI, R. P.; VERZIGNASSI, J. R.; FERNANDES, C. D.; BARRIOS, S. C. L.; VALLE, C. B. do; SILVA, M. A. da; JESUS, L.; CORADO, H. S.; OLIVEIRA, M. A. S.; LIMA, N. D.; LIBÓRIO, C. B.; BEZERRA, F. C.; SILVA, F. A. S. Multiplicação e avaliação do potencial de produção de sementes por híbridos de Brachiaria spp. em Campo Grande, MS. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 14., 2018, Campo Grande - MS. [Resumos dos trabalhos]. Brasília, DF, Embrapa, 2018 115 p. (Embrapa Gado de Corte. Documentos, 258). p. 100-101| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 609. | | CARNEIRO, V. T. de C.; ARAUJO, A. C. G. de; CABRAL, G. B.; DUSI, D. M. de A.; RODRIGUES, J. C. M.; SILVA, F. R. da; ALVES-FERREIRA, M.; MARTINELLI, A. P.; VALLE, C. B. do; ALVES, E. R.; GUIMARÃES, L. A.; KOEHLER, A. D.; LACERDA, A. L. M.; SILVEIRA, E. D. Molecular analysis of Brachiaria reproductive systems. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS, 2., 2009, Búzios. Programa e resumos. [S.l.]: SBG, 2009. 1 p.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 610. | | CARNEIRO, V. T. de C.; ARAUJO, A. C. G. de; CABRAL, G. B.; DUSI, D. M. de A.; RODRIGUES, J. C. M.; SILVA, F. R. da; ALVES-FERREIRA, M.; MARTINELLI, A. P.; VALLE, C. B. do; ALVES, E. R.; GUIMARÃES, L. A.; KOEHLER, A. D.; LACERDA, A. L. M.; SILVEIRA, E. D. Molecular analysis of Brachiaria reproductive systems. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS, 2., 2009, Búzios. Programa e resumos. [s.l.]: Sociedade Brasileira de Genética, 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 611. | | GARCIA, M.; VIGNA, B. B. Z.; SOUSA, A. C. B.; JUNGMANN, L.; CIDADE, F. W.; TOLEDO-SILVA, G.; FRANCISCO, P. M.; CHIARI, L.; CARVALHO, M. A.; KARIA, C. T.; FALEIRO, F. G.; GODOY, R.; DALL'AGNOL, M.; PAGLIARINI, S. S.; SOUZA, F. H. D. de; SOUZA-CHIES, T. T.; JANK, L.; RESENDE, R. M. S.; VALLE, C. B. do; ZUCCHI, M. I.; SOUZA, A. P. Molecular genetic variability, population structure and mating system in tropical forages. Tropical Grasslands. v. 1, p. 25-30, 2013. 6p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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| 612. | | BARRIOS, S. C. L.; CARROMEU, C.; SILVA, M. A. I. da; MATSUBARA, E. T.; VALLE, C. B. do; JANK, L.; SANTOS, M. F.; ASSIS, G. M. L. de; CRIVELLARO, L. L.; GONÇALVES, T. D. T.; QUEIROZ JÚNIOR, J. M.; CANDIDO, A. R.; MACHADO, W. K. R.; GOUVEIA, B. T.; NOBRE, A. A. A.; ZANELLA, A. L. Pasto Certo® version 2.0 - An application about Brazilian tropical forage cultivars for mobile and desktop devices. Tropical Grasslands-Forrajes Tropicales, v. 8, n. 2, p. 162?166, 2020.| Tipo: Nota Técnica/Nota Científica |
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| 613. | | RESENDE, R. M. S.; VALLE, C. B. do; ALVES, G. F.; MOREIRA, D. A. L.; SILVA, D. R. da; ARAÚJO, D. de F.; FERREIRA, R. C. U.; BARRIOS, S. C. L.; JANK, L.; CARAMALAC, G. R.; NAKA, I. M.; CALIXTO, S.; CARVALHO, J. de. Melhoramento de Brachiaria ruziziensis tetraploide sexual na Embrapa: métodos e avanços. Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2012. 28 p. (Embrapa Gado de Corte. Documentos, 194).| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 614. | | LIRA, M. T. R.; VIEIRA, R. R. T.; CARVALHO, A. A. A. A. de; FERREIRA, M. A.; DUSI, D. M. de A.; CARNEIRO, V. T. de C.; VALLE, C. B. do; CANÇADO, L. J.; MORETZSOHN, M. de C.; AMARAL, Z. P. de S.; BUSO, G. S. C. Otimização e utilização de marcadores EST-SSR em uma população de Brachiaria humidicola. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 5., 2009, Guarapari. O melhoramento e os novos cenários da agricultura: anais. Vitória: SBMP: Incaper, 2009. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 615. | | LIRA, M. T. R.; VIEIRA, R. R. T.; CARVALHO, A. A. A. A. de; FERREIRA, M. A.; DUSI, D. M. de A.; CARNEIRO, V. T. de C.; VALLE, C. B. do; CANÇADO, L. J.; MORETZSOHN, M. de C.; AMARAL, Z. P. de S.; BUSO, G. S. C. Otimização e utilização de marcadores EST-SSR em uma população de Brachiaria humidicola. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 5., 2009, Guarapari. O melhoramento e os novos cenários da agricultura: anais. Vitória: Incaper, 2009. 1 CD-ROM. (Incaper. Documentos, 11). CBMP 2009. Organizado por Romário Gava Ferrão, Frederico de Pina Matta, Maria Amélia Gava Ferrão, João Cândido de Souza, Adelaide de F. S. da Costa, Liliâm Maria Ventorim Ferrão. 3 p. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 616. | | MATIAS, F. I.; CANDIDO, A. R.; MACHADO, W. K. R.; AMARAL, P. N. C. do; DIAS, A. M.; VALLE, C. B. do; BARRIOS, S. C. L.; VALERIO, J. R.; TORRES, F. Z. V.; VERZIGNASSI, J. R.; ARRUDA, C. O. C. B. de; GOUVEIA, B. T.; NOBRE, A. A. A. Urochloa spp. multivariate performance: Similarities and divergences among intra- and interspecific populations. Crop Breeding e Genetics, p. 1-13, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: C - 0 |
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| 617. | | GARCIA, M.; VIGNA, B. B. Z.; SOUSA, A. C. B.; JUNGMANN, L.; CIDADE, F. W.; TOLEDO-SILVA, G.; FRANCISCO, P. M.; CHIARI, L.; CARVALHO, M. A.; KARIA, C. T.; FALEIRO, F. G.; GODOY, R.; AGNOLL, M. D.; PAGLIARINI, S. S.; SOUZA, F. H. D. de; SOUZA-CHIES, T. T.; JANK, L.; RESENDE, R. M. S.; VALLE, C. B. do; ZUCCHI, M. I.; SOUZA, A. P. Molecular genetic variability, population structure and mating system in tropical forages. Tropical Grasslands - Forrajes Tropicales - . v. 1, p. 25-30, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: C - 0 |
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