| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
|
Data corrente: |
24/08/2015 |
|
Data da última atualização: |
25/02/2016 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; VIANA, J. M. S.; VALENTE, M. S. F.; RESENDE JUNIOR, M. F. R.; MUÑOZ, P. |
|
Afiliação: |
Camila Ferreira Azevedo, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; Fabyano Fonseca e Silva, UFV; José Marcelo Soriano Viana, UFV; Magno Sávio Ferreira Valente, UFV; Márcio Fernando Ribeiro Resende Jr, Florida Innovation Hub; Patricio Muñoz, University of Florida. |
|
Título: |
Ridge, Lasso and Bayesian additive dominance genomic models. |
|
Ano de publicação: |
2015 |
|
Fonte/Imprenta: |
BMC Genetics, v. 16, art. 105, Aug. 2015. 13 p. |
|
DOI: |
10.1186/s12863-015-0264-2 |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Conteúdo: |
Background: A complete approach for genome-wide selection (GWS) involves reliable statistical genetics models and methods. Reports on this topic are common for additive genetic models but not for additive-dominance models. The objective of this paper was (i) to compare the performance of 10 additive-dominance predictive models (including current models and proposed modifications), fitted using Bayesian, Lasso and Ridge regression approaches; and (ii) to decompose genomic heritability and accuracy in terms of three quantitative genetic information sources, namely, linkage disequilibrium (LD), co-segregation (CS) and pedigree relationships or family structure (PR). The simulation study considered two broad sense heritability levels (0.30 and 0.50, associated with narrow sense heritabilities of 0.20 and 0.35, respectively) and two genetic architectures for traits (the first consisting of small gene effects and the second consisting of a mixed inheritance model with five major genes). Results: G-REML/G-BLUP and a modified Bayesian/Lasso (called BayesA*B* or t-BLASSO) method performed best in the prediction of genomic breeding as well as the total genotypic values of individuals in all four scenarios (two heritabilities x two genetic architectures). The BayesA*B*-type method showed a better ability to recover the dominance variance/additive variance ratio. Decomposition of genomic heritability and accuracy revealed the following descending importance order of information: LD, CS and PR not captured by markers, the last two being very close. Conclusions: Amongst the 10 models/methods evaluated, the G-BLUP, BAYESA*B* (−2,8) and BAYESA*B* (4,6) methods presented the best results and were found to be adequate for accurately predicting genomic breeding and total genotypic values as well as for estimating additive and dominance in additive-dominance genomic models. MenosBackground: A complete approach for genome-wide selection (GWS) involves reliable statistical genetics models and methods. Reports on this topic are common for additive genetic models but not for additive-dominance models. The objective of this paper was (i) to compare the performance of 10 additive-dominance predictive models (including current models and proposed modifications), fitted using Bayesian, Lasso and Ridge regression approaches; and (ii) to decompose genomic heritability and accuracy in terms of three quantitative genetic information sources, namely, linkage disequilibrium (LD), co-segregation (CS) and pedigree relationships or family structure (PR). The simulation study considered two broad sense heritability levels (0.30 and 0.50, associated with narrow sense heritabilities of 0.20 and 0.35, respectively) and two genetic architectures for traits (the first consisting of small gene effects and the second consisting of a mixed inheritance model with five major genes). Results: G-REML/G-BLUP and a modified Bayesian/Lasso (called BayesA*B* or t-BLASSO) method performed best in the prediction of genomic breeding as well as the total genotypic values of individuals in all four scenarios (two heritabilities x two genetic architectures). The BayesA*B*-type method showed a better ability to recover the dominance variance/additive variance ratio. Decomposition of genomic heritability and accuracy revealed the following descending importance order of information: LD, CS ... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
Bayesian methods; Dominance genomic models; Genética quantitativa; Lasso methods; Melhoramento genético; Modelo Bayesiano; Selection accuracy. |
|
Thesagro: |
Parâmetro Genético. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/128510/1/2015-API-Deon-Ridge.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 02783naa a2200301 a 4500
001 2022575
005 2016-02-25
008 2015 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $a10.1186/s12863-015-0264-2$2DOI
100 1 $aAZEVEDO, C. F.
245 $aRidge, Lasso and Bayesian additive dominance genomic models.$h[electronic resource]
260 $c2015
520 $aBackground: A complete approach for genome-wide selection (GWS) involves reliable statistical genetics models and methods. Reports on this topic are common for additive genetic models but not for additive-dominance models. The objective of this paper was (i) to compare the performance of 10 additive-dominance predictive models (including current models and proposed modifications), fitted using Bayesian, Lasso and Ridge regression approaches; and (ii) to decompose genomic heritability and accuracy in terms of three quantitative genetic information sources, namely, linkage disequilibrium (LD), co-segregation (CS) and pedigree relationships or family structure (PR). The simulation study considered two broad sense heritability levels (0.30 and 0.50, associated with narrow sense heritabilities of 0.20 and 0.35, respectively) and two genetic architectures for traits (the first consisting of small gene effects and the second consisting of a mixed inheritance model with five major genes). Results: G-REML/G-BLUP and a modified Bayesian/Lasso (called BayesA*B* or t-BLASSO) method performed best in the prediction of genomic breeding as well as the total genotypic values of individuals in all four scenarios (two heritabilities x two genetic architectures). The BayesA*B*-type method showed a better ability to recover the dominance variance/additive variance ratio. Decomposition of genomic heritability and accuracy revealed the following descending importance order of information: LD, CS and PR not captured by markers, the last two being very close. Conclusions: Amongst the 10 models/methods evaluated, the G-BLUP, BAYESA*B* (−2,8) and BAYESA*B* (4,6) methods presented the best results and were found to be adequate for accurately predicting genomic breeding and total genotypic values as well as for estimating additive and dominance in additive-dominance genomic models.
650 $aParâmetro Genético
653 $aBayesian methods
653 $aDominance genomic models
653 $aGenética quantitativa
653 $aLasso methods
653 $aMelhoramento genético
653 $aModelo Bayesiano
653 $aSelection accuracy
700 1 $aRESENDE, M. D. V. de
700 1 $aSILVA, F. F. e
700 1 $aVIANA, J. M. S.
700 1 $aVALENTE, M. S. F.
700 1 $aRESENDE JUNIOR, M. F. R.
700 1 $aMUÑOZ, P.
773 $tBMC Genetics$gv. 16, art. 105, Aug. 2015. 13 p.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 22 | |
| 2. |  | BLIND, A. D.; VALENTE, M. S. F.; LOPES, M. T. G.; RESENDE, M. D. V. de. Estimativa de parâmetros genéticos, análise de trilha e seleção em bucha vegetal para caracteres agronômicos. Revista Brasileira de Ciências Agrárias, Recife, v. 13, n. 2, e5522, 2018. 8 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
|    |
| 4. | | VALENTE, M. S. F.; CHAVES, F. C. M.; LOPES, M. T. G.; OKA, J. M.; RODRIGUES, R. A. F. Crop yield, genetic parameter estimation and selection of sacha inchi in central Amazon. Pesquisa Agropecuária Tropical, Goiânia, v. 47, n. 2, p. 226-236, Apr./Jun. 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
| |
| 6. | | CARDOSO, A. A. de S.; LOPES, M. T. G.; VALENTE, M. S. F.; QUISEN, R. C.; CHAVES, F. C. M. Morfometria de sementes, germinação in vitro e propagação vegetativa de sacha inchi (Plukenetia volubilis L.). Revista Brasileira de Ciências Agrárias, v. 13, n. 3, e5561, 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Florestas. |
| |
| 7. | | RAIZER, M. D. M.; QUISEN, R. C.; VALENTE, M. S. F.; LOPES, R.; LOPES, M. T. G. Morphological and stomatal characterization of Heliconia chartacea var. Sexy pink induced polyploidy. Bioscience Journal, Uberlândia, v. 35, n. 1, p. 222-235, Jan./Feb. 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Florestas. |
|  |
| 10. | | CHAVES, F. C. M.; FONSECA, R. M.; VALENTE, M. S. F.; PIMENTA, H. F.; LOPES, M. T. G. Taxa de pegamento de frutos em cruzamento interespecífico de Capsicum. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 4., 2016, Curitiba. Recursos genéticos no Brasil: a base para o desenvolvimento sustentável: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
| |
| 11. | | PASQUALI, D. R.; PARANATINGA, I. L. D.; LOPES, R.; VALENTE, M. S. F.; RODRIGUES, M. do R. L.; PEREIRA, H. dos S.; LOPES, M. T. G. Caracterização multielementar em cultivares de abacaxizeiro do Amazonas. In: CONGRESSO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 32., 2023, Manaus. Anais... Manaus: UFAM, 2024. p. 1-4. XXXII CONIC.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
| |
| 12. | | AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; VIANA, J. M. S.; VALENTE, M. S. F.; RESENDE JUNIOR, M. F. R.; MUÑOZ, P. Ridge, Lasso and Bayesian additive dominance genomic models. BMC Genetics, v. 16, art. 105, Aug. 2015. 13 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
| |
| 13. | | AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F.; VIANA, J. M. S.; VALENTE, M. S. F.; RESENDE JUNIOR, M. F. R.; OLIVEIRA, E. J. de. New accuracy estimators for genomic selection with application in a cassava (Manihot esculenta) breeding program. Genetics and Molecular Research, v. 15, n. 4, gmr.15048838, Oct. 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas; Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
| |
| 14. | | VALENTE, M. S. F.; LOPES, M. T. G.; CHAVES, F. C. M.; PANTOJA, M. C.; SOUSA, F. M. G.; CHAGAS, E. A. Molecular genetic diversity and mating system in sacha inchi progenies. Pesquisa Agropecuária Tropical, Goiânia, v. 47, n. 4, p. 480-487, Oct./Dec. 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
| |
| 15. | | CHAVES, F. C. M.; SILVA, E. S. da; LOPES, M. T. G.; VALENTE, M. S. F.; RODRIGUES, R. A. F.; RODRIGUES, H. S. Plukenetia volubilis: amendoim-amazônico. In: CORADIN, L.; CAMILLO, J.; VIEIRA, I. C. G. (ed.). Espécies nativas da flora brasileira de valor econômico atual ou potencial: plantas para o futuro: região Norte. Brasília, DF: MMA, 2022. p. 1261-1268. (Série Biodiversidade, 53).| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
| |
| 16. | | RODRIGUES, H. S.; BORÉM, A.; VALENTE, M. S. F.; LOPES, M. T. G.; CRUZ, C. D.; CHAVES, F. C. M.; BEZERRA, C. de S. Genetic diversity among accessions of sacha inchi (Plukenetia volubilis) by phenotypic characteristics analysis. Acta Amazônica, v. 48, n. 2, p. 93-97, 2018.| Tipo: Nota Técnica/Nota Científica |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
| |
| 17. | | LIMA, A. A. P.; LOPES, M. T. G.; VALENTE, M. S. F.; FERREYRA RAMOS, S. L.; CHAGAS, E. A.; SOUZA, J. C. G. de. Genetic diversity between and within Astrocaryum acaule Mart. (Arecaceae) populations. Floresta e Ambiente, v. 27, n. 2, e20180056, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
| |
| 18. | | AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; NASCIMENTO, M.; VIANA, J. M. S.; VALENTE, M. S. F. Population structure correction for genomic selection through eigenvector covariates. Crop Breeding and Applied Biotechnology, Viçosa, v. 17, n. 4, p.350-358, Oct./Dec. 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
| |
| 19. | | OLIVEIRA, A. M.; FERREIRA, M. J.; FERREYRA RAMOS, S. L.; VALENTE, M. S. F.; LOPES, R.; BARBOSA, M. de S.; LOPES, M. T. G. Sistema reprodutivo e parâmetros genéticos de progênies de Parkia multijuga Benth. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 6., 2020. Recursos genéticos e bioeconomia: inovação para um futuro sustentável: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2020. Trabalho 616.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
| |
| 20. | | DELGADO, J. P. M.; CHAVES, F. C. M.; LOPES, R.; MENESES, M.; VALENTE, M. S. F.; RODRIGUES, F. A.; PASQUAL, M.; RAMOS, S. F.; AGUIAR, A. V. de; LOPES, M. T. G. Indirect selection for seed yield in sacha-inchi (Plukenetia volubilis) in Brazil. Horticulturae, v. 8, n. 11, 8110988, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Florestas. |
| |
| Registros recuperados : 22 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
