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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
Data corrente: |
10/08/2021 |
Data da última atualização: |
10/08/2021 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
SILVA, H. T.; LOPES, P. S.; COSTA, C. N.; SILVA, A. A.; SILVA, D. A.; SILVA, F. F.; VERONEZE, R.; THOMPSON, G.; CARVALHEIRA, J. |
Afiliação: |
HUGO TEIXEIRA SILVA, Universidade Federal de Viçosa; PAULO SÁVIO LOPES, Universidade Federal de Viçosa; CLAUDIO NAPOLIS COSTA, CNPGL; ALESSANDRA ALVES SILVA, Universidade Federal de Viçosa; DELVAN ALVES SILVA, Universidade Federal de Viçosa; FABYANO FONSECA SILVA, Universidade Federal de Viçosa; RENATA VERONEZE, Universidade Federal de Viçosa; GERTRUDE THOMPSON, Universidade do Porto; JÚLIO CARVALHEIRA, Universidade do Porto. |
Título: |
Autoregressive single-step model for genomic evaluation of longitudinal reproductive traits in portuguese holstein cattle. |
Ano de publicação: |
2021 |
Fonte/Imprenta: |
Journal of Animal Breeding and Genetics, v. 138, n. 3, p. 349-359, 2021. |
DOI: |
https://doi.org/10.1111/jbg.12515 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
We investigated the applicability of ssGBLUP methodology under the autoregressive model (H-AR) for genomic evaluation of longitudinal reproductive traits in Portuguese Holstein cattle. The genotype data of 1,230 bulls and 1,645 cows were considered in our study. The reproductive traits evaluated were interval from calving to first service (ICF), calving interval (CI) and daughter pregnancy rate (DPR) measured during the first four parities. Reliability and rank correlation were used to compare the H-AR with the traditional pedigree-based autoregressive models (A-AR). In addition, a validation study was performed considering different scenarios. Higher genomic estimated breeding values (GEBV) reliabilities were obtained for genotyped bulls when evaluated under the H-AR model, with emphasis on bulls with less than 9 daughters. For this group, the averages of GEBV reliabilities corresponded to 0.62, 0.69 and 0.62 for ICF, CI and DPR, respectively, while the averages obtained by the A-AR model were 0.27, 0.15 and 0.16. The validation study was favourable to H-AR. The best results were observed in the scenario where genotyped cows were combined with contributing bulls (genotyped bulls with daughter or relationship information in the population). Overall, the results suggest that ssGBLUP methodology under the autoregressive model is a feasible and applicable approach to be used in genomic analyses of longitudinal reproductive traits in Portuguese Holstein cattle. |
Palavras-Chave: |
Autorregressão; Avaliação genômica; Previsão genômica; SsGBLUP. |
Thesagro: |
Bovino; Gado Leiteiro. |
Categoria do assunto: |
-- |
Marc: |
LEADER 02394naa a2200301 a 4500 001 2133407 005 2021-08-10 008 2021 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $ahttps://doi.org/10.1111/jbg.12515$2DOI 100 1 $aSILVA, H. T. 245 $aAutoregressive single-step model for genomic evaluation of longitudinal reproductive traits in portuguese holstein cattle.$h[electronic resource] 260 $c2021 520 $aWe investigated the applicability of ssGBLUP methodology under the autoregressive model (H-AR) for genomic evaluation of longitudinal reproductive traits in Portuguese Holstein cattle. The genotype data of 1,230 bulls and 1,645 cows were considered in our study. The reproductive traits evaluated were interval from calving to first service (ICF), calving interval (CI) and daughter pregnancy rate (DPR) measured during the first four parities. Reliability and rank correlation were used to compare the H-AR with the traditional pedigree-based autoregressive models (A-AR). In addition, a validation study was performed considering different scenarios. Higher genomic estimated breeding values (GEBV) reliabilities were obtained for genotyped bulls when evaluated under the H-AR model, with emphasis on bulls with less than 9 daughters. For this group, the averages of GEBV reliabilities corresponded to 0.62, 0.69 and 0.62 for ICF, CI and DPR, respectively, while the averages obtained by the A-AR model were 0.27, 0.15 and 0.16. The validation study was favourable to H-AR. The best results were observed in the scenario where genotyped cows were combined with contributing bulls (genotyped bulls with daughter or relationship information in the population). Overall, the results suggest that ssGBLUP methodology under the autoregressive model is a feasible and applicable approach to be used in genomic analyses of longitudinal reproductive traits in Portuguese Holstein cattle. 650 $aBovino 650 $aGado Leiteiro 653 $aAutorregressão 653 $aAvaliação genômica 653 $aPrevisão genômica 653 $aSsGBLUP 700 1 $aLOPES, P. S. 700 1 $aCOSTA, C. N. 700 1 $aSILVA, A. A. 700 1 $aSILVA, D. A. 700 1 $aSILVA, F. F. 700 1 $aVERONEZE, R. 700 1 $aTHOMPSON, G. 700 1 $aCARVALHEIRA, J. 773 $tJournal of Animal Breeding and Genetics$gv. 138, n. 3, p. 349-359, 2021.
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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7. | | FONSECA, I.; ANTUNES, G. R.; PAIVA, D. de S.; JUNQUEIRA, M. M.; THOMPSON, G. A. B.; GUIMARAES, M. F. M. Expressão relativa dos genes IFN-gama e IL-12 em células do leite de vacas mestiças saudáveis e com mastite clínica. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 46., 2009, Maringá. Inovação científica e tecnológica em zootecnia: anais dos resumos. Maringa: SBZ: UEM, 2009.Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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8. | | SILVA, H. T.; LOPES, P. S.; CARVALHEIRA, J.; SILVA, D. A.; SILVA, A. A.; SILVA, F. F.; VERONEZE, R.; THOMPSON, G.; COSTA, C. N. Autoregressive model for genetic evaluation of longitudinal reproductive traits in Brazilian Holstein cattle. Reproduction in Domestic Animals, v. 56, n. 3, p. 391-399, 2021.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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9. | | SILVA, D. A.; COSTA, C. N.; SILVA, A. A.; SILVA, H. T.; LOPES, P. S.; SILVA, F. F.; VERONEZE, R.; THOMPSON, G.; AGUILAR, I.; CARVALHEIRA, J. Autoregressive and random regression test-day models for multiple lactations in genetic evaluation of Brazilian Holstein cattle. Journal of Animal Breeding and Genetics, v. 137, n. 3, p. 305-315, 2020.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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10. | | SILVA, H. T.; LOPES, P. S.; COSTA, C. N.; SILVA, F. F.; SILVA, D. A.; SILVA, A. A.; THOMPSON, G.; CARVALHEIRA, J. Autoregressive repeatability model for genetic evaluation of longitudinal reproductive traits in dairy cattle. Journal of Dairy Research, v. 87, p. 37-44, 2021.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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11. | | SILVA, H. T.; LOPES, P. S.; COSTA, C. N.; SILVA, A. A.; SILVA, D. A.; SILVA, F. F.; VERONEZE, R.; THOMPSON, G.; CARVALHEIRA, J. Autoregressive single-step model for genomic evaluation of longitudinal reproductive traits in portuguese holstein cattle. Journal of Animal Breeding and Genetics, v. 138, n. 3, p. 349-359, 2021.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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12. | | SILVA, A. A.; SILVA, D. A.; SILVA, F. F.; COSTA, C. N.; LOPES, P. S.; CAETANO, A. R.; THOMPSON, G.; CARVALHEIRA, J. Autoregressive single-step test-day model for genomic evaluations of Portuguese Holstein cattle. Journal of Dairy Science, v. 102, n. 7, p. 6330-6339, 2019.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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13. | | SILVA, A. A.; SILVA, D. A.; LOPES, P. S.; SILVA, H. T.; VERONEZE, R.; THOMPSON, G.; CARVALHEIRA, J.; COSTA, C. N. Genomic predictions including unknown parent groups for milk traits in Portuguese Holstein cattle. In: ANNUAL MEETING OF THE EUROPEAN FEDERATION OF ANIMAL SCIENCE, 73., 2022, Porto. Book of abstracts... Rome: European Federation of Animal Science, 2022. p. 135.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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14. | | SILVA, D. A.; LOPES, P. S.; COSTA, C. N.; SILVA, A. A.; SILVA, H. T.; SILVA, F. F.; VERONEZE, R.; THOMPSON, G.; CARVALHEIRA, J. Genotype by environment interaction for Holstein cattle populations using autoregressive and within- and across-countrymulti-trait reaction norms test-day models. Animal, v. 15, 100084, 2021.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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15. | | SILVA, A. A.; SILVA, F. F.; SILVA, D. A.; SILVA, H. T.; COSTA, C. N.; LOPES, P. S.; VERONEZE, R.; THOMPSON, G.; CARVALHEIRA, J. Genotype imputation strategies for Portuguese Holstein cattle using different SNP panels. Czech Journal of Animal Science, v. 64, n. 9, p. 377-386, 2019.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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16. | | SILVA, A. A.; SILVA, D. A.; SILVA, F. F.; COSTA, C. N.; SILVA, H. T.; LOPES, P. S.; VERONEZE, R.; THOMPSON, G.; CARVALHEIRA, J. GWAS and gene networks for milk-related traits from test-day multiple lactations in Portuguese Holstein cattle. Journal of Applied Genetics, v. 61, p. 465-476, 2020.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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17. | | SILVA, D. A.; SILVA, A. A.; COSTA, C. N.; SILVA, F. F.; LOPES, P. S.; GUIMARÃES, S. E. F; SANTOS, G. G. dos; THOMPSON, G.; CARVALHEIRA, J. Random vs fixed contemporary group effects on genetic evaluations of the Brazilian Holstein cattle using an autoregressive animal model. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 11., 2018, Auckland, New Zealand. Proceedings... Massey University, 2018.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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18. | | SILVA, A. A.; SILVA, D. A.; GUIMARÃES, S. E. F.; LOPES. P. S.; SILVA, F. F.; THOMPSON, G.; COSTA, C. N.; CARVALHEIRA, J. Single-step genomic evaluation using an autoregressive multiple lactation model for Portuguese Holstein cattle. In: In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 11., 2018, Auckland, New Zealand. Proceedings... Massey University, 2018.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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19. | | SILVA, A. A.; SILVA, D. A.; LOPES, P. S.; SILVA, H. T.; VERONEZE, R.; THOMPSON, G.; COSTA, C. N.; CARVALHEIRA, J. SNP substitution effects for SCS changes across environmental gradients in Portuguese dairy cattle. In: ANNUAL MEETING OF THE EUROPEAN FEDERATION OF ANIMAL SCIENCE, 73., 2022, Porto. Book of abstracts... Rome: European Federation of Animal Science, 2022. p. 136.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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