| |
|
|
 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Mandioca e Fruticultura. Para informações adicionais entre em contato com cnpmf.biblioteca@embrapa.br. |
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
|
Data corrente: |
12/02/2008 |
|
Data da última atualização: |
24/07/2023 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
BERGER, I. J.; FREITAS-ÁSTUA, J.; REIS, M. S.; TARGON, M. L. P. N.; MACHADO, M. A. |
|
Afiliação: |
Irving J. Berger, APTA; Juliana Freitas-Astúa, CNPMF; Marcelo S. Reis, APTA; Maria Luísa P.N. Targon, APTA; Marcos A. Machado, APTA. |
|
Título: |
In silico prediction of gene expression patterns in Citrus flavedo. |
|
Ano de publicação: |
2007 |
|
Fonte/Imprenta: |
Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 30, n. 3, p. 752-760, 2007. |
|
ISSN: |
1415-4757 |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Conteúdo: |
Out of the 18,942 flavedo expressed sequences (clusters plus singletons) in Citrus sinensis from the Citrus EST Project (CitEST), 25 were statistically supported to be differentially expressed in this tissue after a double in silico hybridization strategy against leaf-, flower-, and bark-derived ESTs. Five of them, two terpene synthases and three O-methyltransferases, are absent in the other citrus tissues with concomitant 2x2 statistics, supporting the hypothesis that they are putative flavedo-specific expressed sequences. The pattern of these differentially expressed sequences during fruit development suggests that most of them are developmentally regulated. Some expressed gene products, including a putative germin-like protein highly expressed in flavedo, are shown to be promising candidates for further characterization. In addition to promoter seeking, this kind of analysis can lead to gene discovery, tissue-specific and tissue-enriched expression pattern predictions (as shown herein) and can also be adopted as an in silico first, and probably reliable approach, for detecting expression profiles from EST sequencing efforts before experimental validation is available or for heuristically guiding that validation. |
|
Palavras-Chave: |
EST; Fruit; Orange; Tissue-specific. |
|
Thesaurus Nal: |
gene expression. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
Marc: |
LEADER 01912naa a2200241 a 4500
001 1654655
005 2023-07-24
008 2007 bl uuuu u00u1 u #d
022 $a1415-4757
100 1 $aBERGER, I. J.
245 $aIn silico prediction of gene expression patterns in Citrus flavedo.$h[electronic resource]
260 $c2007
520 $aOut of the 18,942 flavedo expressed sequences (clusters plus singletons) in Citrus sinensis from the Citrus EST Project (CitEST), 25 were statistically supported to be differentially expressed in this tissue after a double in silico hybridization strategy against leaf-, flower-, and bark-derived ESTs. Five of them, two terpene synthases and three O-methyltransferases, are absent in the other citrus tissues with concomitant 2x2 statistics, supporting the hypothesis that they are putative flavedo-specific expressed sequences. The pattern of these differentially expressed sequences during fruit development suggests that most of them are developmentally regulated. Some expressed gene products, including a putative germin-like protein highly expressed in flavedo, are shown to be promising candidates for further characterization. In addition to promoter seeking, this kind of analysis can lead to gene discovery, tissue-specific and tissue-enriched expression pattern predictions (as shown herein) and can also be adopted as an in silico first, and probably reliable approach, for detecting expression profiles from EST sequencing efforts before experimental validation is available or for heuristically guiding that validation.
650 $agene expression
653 $aEST
653 $aFruit
653 $aOrange
653 $aTissue-specific
700 1 $aFREITAS-ÁSTUA, J.
700 1 $aREIS, M. S.
700 1 $aTARGON, M. L. P. N.
700 1 $aMACHADO, M. A.
773 $tGenetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto$gv. 30, n. 3, p. 752-760, 2007.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Mandioca e Fruticultura (CNPMF) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 26 | |
| 1. |  | EIRAS, M.; TARGON, M. L. P. N.; FAJARDO, T. V. M.; FLORES, R.; KITAJIMA, E. W. Citrus exocortis viroid and Hop stunt viroid doubly infecting grapevines in Brazil. Fitopatologia Brasileira, Brasília, v. 31, n. 5, p. 440-446, 2006.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
|    |
| 3. | | EIRAS, M.; SILVA, S. R.; STUCHI, E. S.; TARGON, M. L. P. N.; CARVALHO, S. A. Viroides em citros. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 34, n. 5, p. 275-296, set./oct. 2009. Revisão| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
| |
| 5. | | CRISTOFANI, M.; SOUZA, A. A.; KISHI, L.; TAKITA, M. A.; TARGON, M. L. P. N.; MACHADO, M. A. Genes diferencialmente expressos em híbridos de Citrus sunki vs Poncirus trifoliata resistentes ao Citrus tristeza virus detectados por hibridização subtrativa. Fitopatologia Brasileira, Brasília, DF, v. 29, p. S223, ago. 2004. Edição dos Resumos do XXXVII Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Gramado, RS, ago. 2004.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 6. | | BERGER, I. J.; FREITAS-ÁSTUA, J.; REIS, M. S.; TARGON, M. L. P. N.; MACHADO, M. A. In silico prediction of gene expression patterns in Citrus flavedo. Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 30, n. 3, p. 752-760, 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
|  |
| 7. | | SILVA, S. R.; MARTINS, A. B. G.; STUCHI, E. S.; CARVALHO, S. A.; TARGON, M. L. P. N.; FRANCO, D. Sanitary characterization of "quebra-galho" tahiti acid lime and selection of candidate mother trees. In: CONFERENCE OF THE INTERNATIONAL ORGANIZATION OF CITRUS VIROLOGISTS, 17., 2007, Adana. Program [and] abstracts... Adana: IOCV, 2007. p. 182.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
| |
| 8. | | COLETTA-FILHO, H. D.; CARLOS, E. F.; TAKITA, M. A.; TARGON, M. L. P. N.; ALVES, K. C. S.; AMARAL, A. M. do; MACHADO, M. A. Effective detection and genome sequencing approaches of candidatus Liberibacter sp. causing Huanglongbing (HLB) in São Paulo, Brazil. In: INTERNATIONAL CITRUS CANKER AND HUANGLONGBING RESEARCH WORKSHOP, 2., 2005, Orlando. Proceedings... Orlando: Florida Citrus Mutual, 2005. p. 79| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 9. | | COLETTA-FILHO, H. D.; TARGON, M. L. P. N.; TAKITA, M. A.; DE NEGRI, J. D.; POMPEU JUNIOR, J.; MACHADO, M. A.; AMARAL, A. M.; MULLER, G. W. First report of the causal agent of Huanglongbing ("Candidatus Liberibacter asiaticus") in Brazil. Plant Disease, v. 88, n. 12, p. 1382, 2004.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 10. | | FREITAS-ÁSTUA, J.; BASTIANEL, M.; LOCALI-FABRIS, E. C.; NOVELLI, V. M.; SILVA-PINHATI, A. C.; BASÍLIO-PALMIERI, A. C.; TARGON, M. L. P. N.; MACHADO, M. A. Differentially expressed stress-related genes in the compatible citrus-Citrus leprosis virus interaction. Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 30, n. 3, p. 980-990, 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
| |
| 11. | | MACHADO, M. A.; ASTUA-MONGE, G.; TARGON, M. L. P. N.; TAKITA, M. A.; FREITAS-ASTUA, J.; SOUZA, A. A.; COLETA FILHO, H. D.; AMARAL, A. M. do; CRISTOFANI, M.; BASTIANEL, M. Citrus genomics in Brazil (CitEST): experiences and future perspectives. In: PLANT & ANIMAL GENOME, 13., 2005, San Diego, USA. Abstracts... San Diego: Scherago International, 2005. p. 18| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 12. | | MACHADO, M. A.; ASTUA-MONGE, G.; TARGON, M. L. P. N.; TAKITA, M. A.; FREITAS-ASTUA, J.; SOUZA, A. A.; COLETTA FILHO, H. D.; AMARAL, A. M. do; CRISTOFANI, M.; BASTIANEL, M.; PALMIERI, D. A.; BASILIO, A. C. Citrus genomics in Brazil (CitEST): experiences and future perspectives. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE BIOQUÍMICA E BIOLOGIA MOLECULAR, 34., 2005, Águas de Lindóia. Programa e índices... Águas de Lindóia: SBBq, 2005.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 13. | | CAMPOS, M. A.; TARGON, M. L. P. N.; SOUZA, A. A.; MONGE, G. A.; TEIXEIRA, J. E. C.; TAKITA, M. A.; KISHI, L.; PAIVA, L. V.; MACHADO, M. A. Elicitin-like genes from Phytophthora parasitica regulated during the interaction with Cirtros sinensis 'Pêra IAC'. Fitopatologia Brasileira, Brasília, DF, v. 29, p. S276, ago. 2004. Edição dos Resumos do XXXVII Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Gramado, RS, ago. 2004.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 14. | | SOUZA, A. A. de; TARGON, M. L. P. N.; KISHI, L. T.; ROSA, D. D.; CAMPOS, M. A.; ASTUA MONGE, G.; CRISTOFANI, M.; TAKITA, M. A.; MACHADO, M. A. Genes de Phytophthora parasitica relacionados à degradação da parede celular vegetal isolados por biblioteca de cDNA. Fitopatologia Brasileira, Brasília, DF, v. 29, p. S200, ago. 2004. Edição dos Resumos do XXXVII Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Gramado, RS, ago. 2004.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 15. | | BOSCARIOL-CAMARGO, R. L.; SILVA-PINHATI, A. C.; SOUZA, A. A.; AMARAL, A. M. do; CARLOS, E. F.; FREITAS-ASTÚA, J.; TAKITA, M. A.; TARGON, M. L. P. N.; REIS, S. M.; MACHADO, M. A. Gene expression of Rangpur Lime (Citrus limonia Osbeck) under water stress. In: THE INTERNATIONAL CONFERENCE ON THE STATUS OF PLANT & ANIMAL GENOME RESEARCH, 16., 2008, San Diego. Final abstracts guide. San Diego: Illumina, 2008. P24| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
| |
| 16. | | BOASCARIOL-CAMARGO, R. L.; BERGER, I. J.; SOUZA, A. A.; AMARAL, A. M. do; CARLOS, E. F.; FREITAS-ÁSTUA, J.; TAKITA, M. A.; TARGON, M. L. P. N.; MEDINA, C. L.; REIS, M. S.; MACHADO, M. A. In silico analysis of ESTs from roots of Rangpur lime (Citrus limonia Osbeck) under water stress. Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 30, n. 3, p. 906-916, 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
| |
| 17. | | CAMARGO, R. L. B.; BERGER, I. J.; SOUZA, A. A.; AMARAL, A. M. do; CARLOS, E. F.; ASTÚA, J. F.; TAKITA, M. A.; TARGON, M. L. P. N.; MEDEDINA, C. L.; REIS, M. S.; MACHADO, M. A. In silico analysis of ESTs from roots of Rangpur lime (Citrus limonia Osbeck) under water stress. Genetics and Molecular Biology, v. 30, n. 3, suppl., p. 906-916, 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 18. | | QUECINI, V.; TORRES, G. A. M.; ROSA JUNIOR, V. E. de; GIMENES, M. A.; MACHADO, J. B. de M.; FIGUEIRA, A. V. de; BENEDITO, V.; TARGON, M. L. P. N.; CRISTAFANI YALY, M. In silico analysis of phytohormone metabolism and communication pathways in citrus transcriptome. Genetics and Molecular Biology, v. 30, n. 3, suppl., p. 713-733, 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 19. | | SOUZA, A. A. de; TAKITA, M. A.; COLETTA FILHO, H. D.; TARGON, M. L. P. N.; CARLOS, E. F.; FABRIS, E. C. L.; AMARAL, A. M.; ASTÚA, J. F.; PINHATI, A. C. O.; CAMARGO, R. L. B.; BERGER, I. J.; RODRIGUES, C. M.; REIS, M. S.; MACHADO, M. A. Analysis of expressed sequence tags from Citrus sinensis L. Osbeck infected with Xylella fastidiosa. Genetics and Molecular Biology, v. 30, n. 3, suppl., p. 957-964, 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 20. | | SOUZA, A. A. de; TAKITA, M. A.; COLETTA-FILHO, H. D.; TARGON, M. L. P. N.; CARLOS, E. F.; LOCALI-FABRIS, E. C.; AMARAL, A. M.; FREITAS-ÁSTUA, J.; SILVA-PINHATI, A. C. O.; BOSCARIOL-CAMARGO, R. L.; BERGER, I. J.; RODRIGUES, C. M.; REIS, M. S.; MACHADO, M. A. Analysis of expressed sequence tags from Citrus sinensis L. Osbeck infected with Xylella fastidiosa. Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 30, n. 3, p. 957-964, 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
| |
| Registros recuperados : 26 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
