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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
09/01/2023 |
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Data da última atualização: |
09/01/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
BOLÍVAR-GONZÁLEZ, L.; MOLINA-BRAVO, R.; SOLANO-SÁNCHEZ, W.; ARAYA-VALVERDE, E.; IVAMOTO-SUZUKI, S. T.; PEREIRA, L. F. P.; GATICA-ARIAS, A. |
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Afiliação: |
ALEJANDRO BOLÍVAR-GONZÁLEZ, UNIVERSIDAD DE COSTA RICA; RAMÓN MOLINA-BRAVO, UNIVERSIDAD NACIONAL; WILLIAM SOLANO-SÁNCHEZ, CENTRO AGRONÓMICO TROPICAL DE INVESTIGACIÓN Y ENSEÑANZA; EMANUEL ARAYA-VALVERDE, CENTRO NACIONAL DE INNOVACIONES BIOTECNOLÓGICAS; SUZANA T. IVAMOTO-SUZUKI, INSTITUTO DE DESENVOLVIMENTO RURAL DO PARANÁ; LUIZ FILIPE PROTASIO PEREIRA, CNPCa; ANDRÉS GATICA-ARIAS, UNIVERSIDAD DE COSTA RICA. |
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Título: |
SNP markers found in non-coding regions can distinguish among low-variant genotypes of arabica and other coffee species. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
Genetic Resources and Crop Evolution, Dec. 2022. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s10722-022-01498-0 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Development of efficient and scalable methods for molecular identification of Coffea spp. are necessary to accelerate studies related to the characterization of germplasm for both conservation or breeding purposes, and the validation of coffee germplasm. The low genetic diversity of coffee hinders the establishment of protocols that facilitate the molecular characterization of a given genotype. In this study, nucleotide variability was analyzed at 22 loci in the genome of 19 coffee accessions using de novo primer sets and high-resolution melting (HRM). Single nucleotide polymorphisms (SNPs) variants were studied in coding regions of genes implicated in sucrose accumulation in the seed, Sucrose synthase 2 (SUS2), Ent-kaurene oxidase 1 (CaKO1), and Caffeoyl-coenzyme A 3-O-methyltransferase (CcOAOMT). The non-coding Internal transcribed spacer 2 (ITS2) region was also studied. Variability was shown at 103 positions both at the interspecies level (15 loci) and among varieties of Coffea arabica L. (4 loci). The HMR technique for identification of variants in genes CaKO1, SUS2, CcoAOMT, as well as in the ITS2 region proved to be a robust technique for germplasm characterization. More important this technique can be used for fingerprinting and traceability of coffee grain exports which is an increasing market-consumer demand. |
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Thesagro: |
Coffea Arábica. |
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Thesaurus Nal: |
Genotype; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1150820/1/SNP-markers-found-innon.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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| Registros recuperados : 20 | |
| 6. |  | SUZUKI, S.; HARADA, A.; SILVEIRA, J. M.; MENOSSO, O. G.; TERASAWA, F.; BOYE, R.; HIGASHI, W. H. Avaliacao final de linhagens em semeadura de novembro. In: OCEPAR. Programa de Pesquisa (Cascavel, PR). Resultados de pesquisa verao 1987/88. Cascavel, 1989. p.62-70. (OCEPAR. Resultados de Pesquisa, 3).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 7. | | SUZUKI, S.; SILVEIRA, J. M.; HARADA, A.; KIIHL, R. A. S.; AGUIAR, C. G. de; TERAZAWA, F.; HIGASHI, W. H. Avaliacao intermediaria em semeadura de novembro. In: OCEPAR. Programa de Pesquisa (Cascavel, PR). Resultados de pesquisa verao 1987/88. Cascavel, 1989. p.50-54. (OCEPAR. Resultados de Pesquisa, 3).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 9. | | ALMEIDA, L. A.; KIIHL, R. A. S.; KASTER, M.; YORINORI, J. T.; HARADA, A.; SUZUKI, S.; TERASAWA, F.; BOYE, R.; HIGASHI, W. H. Avaliacao final de linhagens de soja para o Estado do Parana. In: EMBRAPA. Centro Nacional de Pesquisa de Soja (Londrina, PR). Resultados de pesquisa de soja 1989/90. Londrina, 1993. p.213-220. (EMBRAPA-CNPSo. Documentos, 58).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 10. | | KIIHL, R. A. S.; MIRANDA, L. C.; KASTER, M.; YORINORI, J. T.; HARADA, A.; SUZUKI, S.; TERASAWA, F.; FREDERICO, M. A.; HIGASHI, W. I. Avaliacao final de linhagens de soja para o Estado do Parana. In: EMBRAPA. Centro Nacional de Pesquisa de Soja (Londrina, PR). Resultados de pesquisa de soja 1988/89. Londrina, 1989. p.195-199. (EMBRAPA-CNPSo. Documentos, 43).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 11. | | KIIHL, R. A. S.; MIRANDA, L. C.; KASTER, M.; YORINORI, J. T.; HARADA, A.; SUZUKI, S.; TERAZAWA, F.; FREDERICO, M. A.; HIGASHI, W. H. Avaliacao intermediaria de linhagens. In: EMBRAPA. Centro Nacional de Pesquisa de Soja (Londrina, PR). Resultados de pesquisa de soja 1988/89. Londrina, 1989. p.191-194. (EMBRAPA-CNPSo. Documentos, 43).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 12. | | ALMEIDA, L. A.; KIIHL, R. A. S.; KASTER, M.; YORINORI, J. T.; HARADA, A.; SUZUKI, S.; TERAZAWA, F.; BOYE, R.; HIGASHI, W. H. Avaliacao intermediaria de linhagens de soja. In: EMBRAPA. Centro Nacional de Pesquisa de Soja (Londrina, PR). Resultados de pesquisa de soja 1989/90. Londrina, 1993. p.212-214. (EMBRAPA-CNPSo. Documentos, 58).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 13. | | IVAMOTO-SUZUKI, S. T.; CELEDÓN, J. M.; YUEN, M. M. S.; KITZBERGER, C. S. G.; DOMINGUES, D. S.; BOHLMANN, J.; PEREIRA, L. F. P. Functional characterization of ent-copalyl diphosphate synthase and kaurene synthase genes from coffea arábica L. Journal of Agricultural and Food Chemistry, v. 71, n. 42, p. 15863-15873, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 15. | | OLIVEIRA, F. F. de; TOMAZ, J. P.; SILVA, B. S. R. da; SANTOS, T. B. dos; IVAMOTO-SUZUKI, S. T.; SCHOLZE, M. B. dos S.; PEREIRA, L. F. P. Coffea arabica L. genes from isoprenoid metabolic pathways are more expressed in full sun cultivation systems than in agroforestry systems. Plant Gene, 26, 100287, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 16. | | BABA, V. Y.; BRAGHINI, M. T.; SANTOS, T. B. dos; CARVALHO, K. de; SOARES, J. D. M.; IVAMOTO-SUZUKI, S. T.; MALUF, M. P.; PADILHA, L.; PACCOLA-MEIRELLES, L. D.; PEREIRA, L. F. P.; DOMINGUES, D. S. Transcriptional patterns of Coffea arabica L. nitrate reductase, glutamine and asparagine synthetase genes are modulated under nitrogen suppression and coffee leaf rust. PeerJ, v. 8, e8320, 2020. eCollection 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 17. | | BERTAGNOLLI, P. F.; STRIEDER, M. L.; VERNETTI JUNIOR, F. de J.; SANTOS, F. M. dos; COSTA, L.; STECKLING, C.; ROVERSI, T.; GOELZER, L. D.; WASMUTH, D. E.; SOMMER, V.; GIASSON, N. F.; BROLLO, J.; BATTISTELLI, G. M.; BAGATINI, N. P.; MATEI, G.; KUREK, A.; HARTWIG, I.; SUZUKI, S. Desempenho de Cultivares de Soja Transgênica (Intacta e Rr1) na Macrorregião Sojícola 1, Avaliadas na Safra 2013/14 ela Rede Soja Sul de Pesquisa. In: REUNIÃO DE PESQUISA DA SOJA DA REGIÃO SUL, 40., Pelotas, 2014. Atas e Resumos. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2014. 473 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 18. | | BERTAGNOLLI, P. F.; STRIEDER, M. L.; VERNETTI JUNIOR, F. de J.; SANTOS, F. M. dos; COSTA, L.; STECKLING, C.; ROVERSI, T.; GOELZER, L. F. D.; WASMUTH, D. E.; SOMMER, V.; GIASSON, N. F.; BROLLO, J.; BATTISTELLI, G. M.; BAGATINI, N. P.; MATEI, G.; KUREK, A.; HARTWIG, I.; SUZUKI, S. Desempenho de cultivares de soja transgênica (intacta e rr1) na macrorregião sojícola 1, avaliadas na safra 2013/14 ela rede soja sul de pesquisa. In: REUNIÃO DE PESQUISA DA SOJA DA REGIÃO SUL, 40., 2014, Pelotas. Atas e resumos... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2014. p. 107-114.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 19. | | MENOSSO, O. G.; GARCIA, A.; VOLL, E.; KRZYZANOWSKI, F. C.; ANTONIO, H.; TOLEDO, J. F. F. de; YORINORI, J. T.; MIRANDA, L. C.; KASTER, M.; KIIHL, R. A. S.; MARTINS, E. G.; CARRARO, I. M.; HARADA, A.; SILVEIRA, J. M.; SUZUKI, S.; TERASAWA, F.; BERGER, G. V.; ALBERINI, J. L.; MATSUO, L. R.; SILVA FILHO, P. M. da; BOYE, R.; AGUIAR, C. G. de; FONSECA JUNIOR, N. S.; POLA, J. N.; POPIJA, M.; HIGASHI, W. H.; NAKASHIMA, R.; OGASAWARA, O. Avaliação final de linhagens de soja no Estado do Paraná ano agrícola 1987/88. Londrina, 1988. 158 p. Compilado por Orival G. Menosso. A obra no todo não possui a página 83.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 20. | | SALOJÄRVI.; RAMBANI, A.; YU, Z.; GUYOT, R.; STRICKLER, S.; LEPELLEY, M.; WANG, C.; RAJARAMAN, S.; RASTAS, P.; ZHENG, C.; MUÑOZ, D. S.; MEIDANIS, J.; PASCHOAL, A. R.; BAWIN, Y.; KRABBENHOFT, T. J.; WANG, Z. Q.; FLECK, S. J.; AUSSEL, R.; BELLANGER, L.; CHARPAGNE, A.; FOURNIER, C.; KASSAM, M.; LEFEBVRE, G.; MÉTAIRON, S.; MOINE, D.; RIGOREAU, M.; STOLTE, J.; HAMON, P.; COUTURON, E.; TRANCHANT-DUBREUIL, C.; MUKHERJEE, M.; LAN, T.; ENGELHARDT, J.; STADLER, P.; LEMOS, S. M. C. de; SUZUKI, S. I.; SUMIRAT, U.; WAI, C. M.; DAUCHOT, N.; OROZCO-ARIAS, S.; GARAVITO, A.; KIWUKA, C.; MUSOLI, P.; NALUKENGE, A.; GUICHOUX, E.; REINOUT, H.; SMIT, M.; CARRETERO-PAULET, L.; GUERREIRO FILHO, O.; BRAGHINI, M. T.; PADILHA, L.; SERA, G. H.; RUTTINK, T.; HENRY, R.; MARRACCINI, P.; PEER, Y. V. de; ANDRADE, A. C.; DOMINGUES, D.; GIULIANO, G.; MUELLER, L.; PEREIRA, L. F. P.; PLAISANCE, S.; PONCET, V.; ROMBAUTS, S.; SANKOFF, D.; ALBERT, V. A.; CROUZILLAT, D.; KOCHKO, A. de; DESCOMBES, P. The genome and population genomics of allopolyploid Coffea arabica reveal the diversification history of modern coffee cultivars. Nature Genetics, v. 56, n. 4, p. 721-731, 2024.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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