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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
31/08/2015 |
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Data da última atualização: |
16/03/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
PAULA, D. P.; LINARD, B.; ANDOW, D. A.; SUJII, E. R.; PIRES, C. S. S.; VOGLER, A. P. |
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Afiliação: |
DEBORA PIRES PAULA, CENARGEN; BENJAMIN LINARD, Department of Life Sciences, Natural History Museum, Cromwell Rd, London; DAVID A. ANDOW, Department of Entomology, University of Minnesota; EDISON RYOITI SUJII, CENARGEN; CARMEN SILVIA SOARES PIRES, CENARGEN; ALFRIED P. VOGLER, Department of Life Sciences, Natural History Museum, Cromwell Rd, London. |
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Título: |
Detection and decay rates of prey and prey symbionts in the gut of a predator through metagenomics. |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
Molecular Ecology Resources, v. 15, n. 4, p. 880-892, 2015. |
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DOI: |
10.1111/1755-0998.12364 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
DNA methods are useful to identify ingested prey items from the gut of predators, but reliable detection is hampered by low amounts of degraded DNA. PCR-based methods can retrieve minute amounts of starting material but suffer from amplification biases and cross-reactions with the predator and related species genomes. Here, we use PCR-free direct shotgun sequencing of total DNA isolated from the gut of the harlequin ladybird Harmonia axyridis at five time points after feeding on a single pea aphid Acyrthosiphon pisum. Sequence reads were matched to three reference databases: Insecta mitogenomes of 587 species, including H. axyridis sequenced here; A. pisum nuclear genome scaffolds; and scaffolds and complete genomes of 13 potential bacterial symbionts. Immediately after feeding, multicopy mtDNA of A. pisum was detected in tens of reads, while hundreds of matches to nuclear scaffolds were detected. Aphid nuclear DNA and mtDNA decayed at similar rates (0.281 and 0.11 h1 respectively), and the detectability periods were 32.7 and 23.1 h. Metagenomic sequencing also revealed thousands of reads of the obligate Buchnera aphidicola and facultative Regiella insecticola aphid symbionts, which showed exponential decay rates significantly faster than aphid DNA (0.694 and 0.80 h 1, respectively). However, the facultative aphid symbionts Hamiltonella defensa, Arsenophonus spp. and Serratia symbiotica showed an unexpected temporary increase in population size by 1?2 orders of magnitude in the predator guts before declining. Metagenomics is a powerful tool that can reveal complex relationships and the dynamics of interactions among predators, prey and their symbionts. MenosDNA methods are useful to identify ingested prey items from the gut of predators, but reliable detection is hampered by low amounts of degraded DNA. PCR-based methods can retrieve minute amounts of starting material but suffer from amplification biases and cross-reactions with the predator and related species genomes. Here, we use PCR-free direct shotgun sequencing of total DNA isolated from the gut of the harlequin ladybird Harmonia axyridis at five time points after feeding on a single pea aphid Acyrthosiphon pisum. Sequence reads were matched to three reference databases: Insecta mitogenomes of 587 species, including H. axyridis sequenced here; A. pisum nuclear genome scaffolds; and scaffolds and complete genomes of 13 potential bacterial symbionts. Immediately after feeding, multicopy mtDNA of A. pisum was detected in tens of reads, while hundreds of matches to nuclear scaffolds were detected. Aphid nuclear DNA and mtDNA decayed at similar rates (0.281 and 0.11 h1 respectively), and the detectability periods were 32.7 and 23.1 h. Metagenomic sequencing also revealed thousands of reads of the obligate Buchnera aphidicola and facultative Regiella insecticola aphid symbionts, which showed exponential decay rates significantly faster than aphid DNA (0.694 and 0.80 h 1, respectively). However, the facultative aphid symbionts Hamiltonella defensa, Arsenophonus spp. and Serratia symbiotica showed an unexpected temporary increase in population size by 1?2 orders of magnitude in ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Analyte detectability half-life; Coccinellid. |
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Thesagro: |
Pulgão. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/135237/1/Paula-et-al-2015-Molecular-Ecology-Resources.pdf
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Marc: |
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700 1 $aVOGLER, A. P.
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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| Registros recuperados : 442 | |
| 122. |  | NGUYEN, V. T.; ANDOW, D. A.; FITT, G. P.; SUJII, E. R.; FONTES, E.; JUST, D. R.; LÊ, Q. Q. Challenges and opportunities with GM crops in Vietnam: the case of BT cotton. In: ANDOW, D. A.; HILBECK, A.; TUAT, N. V. (Ed.) Environmental risk assessment of genetically modified organisms: challenges and opportunities with BT cotton in Vietnam. Wallingford, UK: CABI Publishing, 2008. v. 4 360 p. (Environmental risk assessment of genetically modified organisms series, v. 4). p. 1-23.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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| 123. | | FONTES, E. M. G.; PIRES, C. S. S.; FERREIRA, S. O.; SUJII, E. R.; LIMA, L. H. C. Estrategia de vida da cigarrinha-das-pastagens, Deois flavopicta: implicacoes para seu controle biologico com fungos entomopatogenicos. In: SIMPOSIO DE CONTROLE BIOLOGICO, 2., 1990, Brasilia. Resumos. Brasilia: EMBRAPA-CENARGEN, 1990. p.107. (EMBRAPA-CENARGEN. Documentos, 13). p.107 (EMBRAPA-CENARGEN. Documentos, 13) Resumo| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 124. | | SICSÚ, P. R.; OLIVEIRA, B. L. R.; VIEIRA, A. A.; MUNIZ, C. A.; MACEDO, R. H. F.; SUJII, E. R. Estruturação da comunidade e distribuição dos indivíduos de joaninhas (Coleoptera: Coccinellidae) predadoras de pulgões (Hemiptera: Aphidoidea) em agroecossistemas no Distrito Federal. In: SIMPÓSIO DE CONTROLE BIOLÓGICO, 13., 2013, Bonito, MS. Faça bonito: use controle biológico: anais. Brasília, DF: Embrapa, 2013.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 125. | | MILANE, P.; HARTERREITEN SOUZA, E.; MENCARINI, L. G.; LAUMANN, R. A.; CARNEIRO, R.; SUJII, E. R.; PIRES, C. S. S. Estruturação da comunidade de insetos em áreas de produção de hortaliças em diferentes fases de transição agroecológica na região do Distrito Federal. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROECOLOGIA, 6.; CONGRESSO LATINO-AMERICANO DE AGROECOLOGIA, 2., 2009, Curitiba. Anais: agricultura familiar e camponesa: experiências passadas e presentes construindo um futuro sustentável Curitiba: ABA: SOCLA, 2009. p. 1963-1967. 1 CD-ROM. Apresentado também no ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 14., 2009, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2009. Resumo 068, p. 109.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 126. | | SUJII, E. R.; PIRES, C. S. S.; HARTERREITEN-SOUZA, E. S.; SICSÚ, P. R.; TOGNI, P. H. B. Estruturação das comunidades de inimigos naturais: o papel das interações tritróficas em sistemas diversificados. In: SIMPÓSIO DE CONTROLE BIOLÓGICO, 13., 2013, Bonito, MS. Faça bonito: use controle biológico: anais. Brasília, DF: Embrapa, 2013.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 127. | | PIRES, C.; PEREIRA, F. F. O.; SILVEIRA, F. A.; BARROSO, P. A. V.; SUJII, E. R.; LAUMANN, R.; FONTES, E. Fauna de abelhas em espécies cultivadas e não cultivadas de algodão (Gossypium spp.) no Centro-Oeste e Nordeste do Brasil. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ALGODÃO, 5., 2005, Salvador. Algodão: uma fibra natural: resumos. Salvador: ABAPA, 2005. p. 41. Painel 64.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 128. | | PIRES, C.; PEREIRA, F. F. O.; SILVEIRA, F. A.; BARROSO, P. A. V.; SUJII, E. R.; LAUMANN, R.; FONTES, E. Fauna de abelhas em espécies cultivadas e não cultivadas de algodão (Gossypium spp.) no Centro-Oeste e Nordeste do Brasil. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ALGODÃO, 5., 2005, Salvador. Algodão: uma fibra natural: resumos. Salvador: ABAPA, 2005. Não paginado.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 129. | | PORTILHO, T.; SCHMIDT, F. G. V.; FARIA, M.; FONTES, E. M. G.; PIRES, C. S. S.; SUJII, E. R. Fauna comparada de artrópodos predadores sobre solo em uma lavoura de algodão de Distrito Federal. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 8., 2003, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2003. p. 112.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
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| 130. | | TIMBÓ, R. V.; QUEIROZ, P. R. M.; SUJII, E. R.; BRÍGIDO, M. de M.; VOGLER, A. P.; PAULA, D. P. Estudo das teias tróficas do predador Hippodamia convergens (Coleoptera: Coccinellidae) pela análise metagenômica do DNA mitocondrial presente no conteúdo gastrointestinal. In: SIMPÓSIO DE CONTROLE BIOLÓGICO, 13., 2013, Bonito, MS. Faça bonito: use controle biológico: anais. Brasília, DF: Embrapa, 2013.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 131. | | MORAIS, H. C.; SUJII, E. R.; ALMEIDA NETO, M.; CARVALHO, P. S. de; HAY, J. D.; DINIZ, I. R. Host plant specialization and species turnover of caterpillars among hosts in the Brazilian Cerrado. Biotropica, v. 43, n. 4, p. 467-472, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 132. | | SANTOS, P. H. R.; OLIVEIRA, V. L.; BORGES, M.; MORAES, M. C. B.; SUJII. E. R.; LAUMANN, R. Identificação dos voláteis de Lagenaria vulgaris (SER.) (Cucurbitaceae) e seu potencialpara o manejo de Diabrotica speciosa (Germar, 1824) (Coleóptera: Chrysomelidae). In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 9., 2004, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2004. p. 139.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 134. | | GRAVINA, C. S.; MEDEIROS, M. A.; TOGNI, P. H. B.; KELLY, R; LANGER, L.; LIZ, R. S.; SUJII, E. R. Flutuação populacional da traça-do-tomateiro de acordo com irrigação e os sistemas de cultivo. CONGRESSO BRASILEIRO DE TOMATE INDUSTRIAL, 3.; SEMINÁRIO NACIONAL DE TOMATE DE MESA, 1., 2009, Goiânia. Tendências mundiais do processamento de tomate: anais... Brasília, DF: Embrapa Hortaliças: Associação Brasileira de Horticultura; Goiânia; FAEG: UFG: Secretaria de Agricultura, Pecuária e Abastecimento: Win Central de Eventos, 2009. CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 135. | | MEDEIROS, M. A. de; RIBEIRO, M. A.; MORAIS, H. C.; CASTELO BRANCO, M.; SUJII, E. R.; SALGADO LABORIAU, M. L. Identification of plant families associated with the predators Chrysoperla externa (Hagen) (Neutoptera: Chrysopidae) and Hippodamia convergens Guérin-Menéville (Coleoptera: Coccinelidae) using pollen grain as a natural marker. Brazilian Journal of Biology, v. 70, n. 2, p. 293-300, 2010.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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| 136. | | RESENDE FILHO, M. A.; ANDOW, D. A.; CARNEIRO, R. G.; LORENA, D. R.; SUJII, E. R.; ALVES, R. T. Economic and productivity incentives to produce organically in Brazil: Evidence from strawberry production in the Federal District. Renewable Agriculture and Food Systems, v. 34, n. 2, p. 155-168, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 137. | | ANDOW, D. A.; RESENDE FILHO, M. A.; CARNEIRO, R. G.; LORENA, D. R.; SUJII, E. R.; ALVES, R. T. Heterogeneity in intention to adopt organic strawberry production practices among producers in the Federal District, Brazil. Ecological Economics, October, v. 140, p. 177-189 , 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 138. | | ELIAS, M. A. S.; SILVA NETO, C. M.; BERGAMINI, L. L.; FRANCESCHINELLI, E. V.; SUJII, E. R. Conservação in situ de abelhas polinizadoras nativas em cultivos de tomate: contexto da paisagem. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 4., 2016, Curitiba. Recursos genéticos no Brasil: a base para o desenvolvimento sustentável: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 140. | | PAGANELLA, M. B.; BELLINATI, A. R.; SOUZA, L. M.; THOMÉ, C. H. X.; PIRES, C. S. S.; SUJII, E. R. Desenvolvimento das colônias de Cycloneda sanguinea e Aphis gossypii para realização de bioensaios e estudos de possíveis efeitos adversos aos organismos não-alvo. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 15., 2010, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2010. Resumo 066. p. 105| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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