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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Arroz e Feijão. |
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Data corrente: |
12/12/2011 |
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Data da última atualização: |
24/01/2013 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SOUZA, T. L. P. O.; BARROS, E. G. de; BELLATO, C. M.; HWANG, E.-Y.; CREGAN, P. B.; PASTOR-CORRALES, M. A. |
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Afiliação: |
THIAGO LIVIO PESSOA OLIV DE SOUZA, CNPAF; EVERALDO G. DE BARROS, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; CLAUDIA M. BELLATO, USDA; EUN-YOUNG HWANG, USDA; PERRY B. CREGAN, USDA; MARCIAL A. PASTOR-CORRALES, USDA. |
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Título: |
Single nucleotide polymorphism discovery in common bean. |
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Ano de publicação: |
2012 |
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Fonte/Imprenta: |
Molecular Breeding, Dordrecht, v. 30, p. 419-428, 2012. |
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DOI: |
DOI 10.1007/s11032-011-9632-4 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Single nucleotide polymorphisms (SNPs) were discovered in common bean (Phaseolus vulgaris L.) via resequencing of sequence-tagged sites (STSs) developed by PCR primers previously designed to soybean shotgun and bacterial artificial chromosome (BAC) end sequences, and by primers designed to common bean genes and microsatellite flanking regions. DNA fragments harboring SNPs were identified in single amplicons from six contrasting P. vulgaris genotypes of the Andean (Jalo EEP 558, G 19833, and AND 277) and Mesoamerican (BAT 93, DOR 364, and Ruda´) gene pools. These genotypes are the parents of three common bean recombinant inbred line mapping populations. From an initial set of 1,880 PCR primer pairs tested, 265 robust STSs were obtained, which could be sequenced in each one of the six common bean genotypes. In the resulting 131,120 bp of aligned sequence, a total of 677 SNPs were identified, including 555 single-base changes (295 transitions and 260 transversions) and 122 small nucleotide insertions/deletions (indels). The frequency of SNPs was 5.16 SNPs/kb and the mean nucleotide diversity, expressed as Halushka?s theta, was 0.00226. This work represents one of the first efforts aimed at detecting SNPs in P. vulgaris. The SNPs identified should be an important resource for common bean geneticists and breeders for quantitative trait locus discovery,marker-assisted selection, and map-based cloning. These SNPS will be also useful for diversity analysis and microsynteny studies among legume species. MenosSingle nucleotide polymorphisms (SNPs) were discovered in common bean (Phaseolus vulgaris L.) via resequencing of sequence-tagged sites (STSs) developed by PCR primers previously designed to soybean shotgun and bacterial artificial chromosome (BAC) end sequences, and by primers designed to common bean genes and microsatellite flanking regions. DNA fragments harboring SNPs were identified in single amplicons from six contrasting P. vulgaris genotypes of the Andean (Jalo EEP 558, G 19833, and AND 277) and Mesoamerican (BAT 93, DOR 364, and Ruda´) gene pools. These genotypes are the parents of three common bean recombinant inbred line mapping populations. From an initial set of 1,880 PCR primer pairs tested, 265 robust STSs were obtained, which could be sequenced in each one of the six common bean genotypes. In the resulting 131,120 bp of aligned sequence, a total of 677 SNPs were identified, including 555 single-base changes (295 transitions and 260 transversions) and 122 small nucleotide insertions/deletions (indels). The frequency of SNPs was 5.16 SNPs/kb and the mean nucleotide diversity, expressed as Halushka?s theta, was 0.00226. This work represents one of the first efforts aimed at detecting SNPs in P. vulgaris. The SNPs identified should be an important resource for common bean geneticists and breeders for quantitative trait locus discovery,marker-assisted selection, and map-based cloning. These SNPS will be also useful for diversity analysis and microsynteny studies a... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
DNA; Feijão; Phaseolus vulgaris; Polimorfismo genético. |
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Thesaurus Nal: |
Genome; Polymerase chain reaction; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
F Plantas e Produtos de Origem Vegetal |
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Marc: |
LEADER 02303naa a2200277 a 4500
001 1909254
005 2013-01-24
008 2012 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $aDOI 10.1007/s11032-011-9632-4$2DOI
100 1 $aSOUZA, T. L. P. O.
245 $aSingle nucleotide polymorphism discovery in common bean.
260 $c2012
520 $aSingle nucleotide polymorphisms (SNPs) were discovered in common bean (Phaseolus vulgaris L.) via resequencing of sequence-tagged sites (STSs) developed by PCR primers previously designed to soybean shotgun and bacterial artificial chromosome (BAC) end sequences, and by primers designed to common bean genes and microsatellite flanking regions. DNA fragments harboring SNPs were identified in single amplicons from six contrasting P. vulgaris genotypes of the Andean (Jalo EEP 558, G 19833, and AND 277) and Mesoamerican (BAT 93, DOR 364, and Ruda´) gene pools. These genotypes are the parents of three common bean recombinant inbred line mapping populations. From an initial set of 1,880 PCR primer pairs tested, 265 robust STSs were obtained, which could be sequenced in each one of the six common bean genotypes. In the resulting 131,120 bp of aligned sequence, a total of 677 SNPs were identified, including 555 single-base changes (295 transitions and 260 transversions) and 122 small nucleotide insertions/deletions (indels). The frequency of SNPs was 5.16 SNPs/kb and the mean nucleotide diversity, expressed as Halushka?s theta, was 0.00226. This work represents one of the first efforts aimed at detecting SNPs in P. vulgaris. The SNPs identified should be an important resource for common bean geneticists and breeders for quantitative trait locus discovery,marker-assisted selection, and map-based cloning. These SNPS will be also useful for diversity analysis and microsynteny studies among legume species.
650 $aGenome
650 $aPolymerase chain reaction
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650 $aFeijão
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700 1 $aBELLATO, C. M.
700 1 $aHWANG, E.-Y.
700 1 $aCREGAN, P. B.
700 1 $aPASTOR-CORRALES, M. A.
773 $tMolecular Breeding, Dordrecht$gv. 30, p. 419-428, 2012.
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Registro original: |
Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF) |
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| Registros recuperados : 335 | |
| 41. |  | SILVA, R. S.; FARIA, J. C.; PEREIRA, H. S.; MELO, L. C.; SOUZA, T. L. P. O. Resistência da cultivar de feijoeiro-comum BRS Sublime ao Cowpea mild mottle virus. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FITOPATOLOGIA, 51., 2019, Recife. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Fitopatologia, 2019. p. 720.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 43. | | WANDERLEY, F. M.; BUENO, L. G.; PEREIRA, H. S.; MELO, L. C.; WENDLAND, A.; SOUZA, T. L. P. O. de; FARIA, L. C. de. Avaliação de genótipos de feijão comum quanto à capacidade de cocção. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 6., 2012, Santo Antônio de Goiás. Resumos apresentados. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2012. p. 22. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 275).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 44. | | SILVA, F. de C.; MELO, L. C.; FARIA, L. C. de; SOUZA, T. L. P. O. de; ALMEIDA, V. M. de; PEREIRA, H. S.; MELO, P. G. S. Avaliação de linhagens de feijoeiro carioca na Região Central do Brasil para caracteres agronômicos. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 9., 2015, Santo Antônio de Goiás. Coletânea dos resumos apresentados. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2015. p. 106. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 309).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 45. | | SILVA, F. de C.; MELO, L. C.; FARIA, L. C. de; SOUZA, T. L. P. O. de; ALMEIDA, V. M. de; PEREIRA, H. S.; MELO, P. G. S. Avaliação de linhagens de feijoeiro-comum carioca na Região Central do Brasil para caracteres agronômicos. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 8., 2015, Goiânia. O melhoramento de plantas, o futuro da agricultura e a soberania nacional: anais. Goiânia: UFG: SBMP, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 46. | | FERREIRA, V. de S.; MELO, L. C.; PEREIRA, H. S.; FARIA, L. C. de; WENDLAND, A.; SOUZA, T. L. P. O. de. Avaliação de linhagens de feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris L.) quanto à reação à ferrugem em ensaios de campo. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 7., 2013, Uberlândia. Variedade melhorada: a força da nossa agricultura: anais. Viçosa, MG: SBMP, 2013. p. 1631-1634.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 47. | | AIALA, J. G. E. A. R.; NOGUEIRA, L.; BERNARDES, G. A. P.; MELVILLE, C. C.; OLIVEIRA, N. T.; SOUZA, T. L. P. O. Attractiveness and injury of Phaseolus vulgaris L. genotypes by Anticarsia gemmatalis Hübner (Lepidoptera: Erebidae). Annual Report of the Bean Improvement Cooperative, Prosser, v. 61, p. 183-184, Apr. 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
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| 48. | | FRITSCHE-NETO, R.; SOUZA, T. L. P. O. de; PEREIRA, H. S.; FARIA, L. C. de; MELO, L. C.; NOVAES, E.; BRUM, I. J. B.; JANNINK, J-L. Association mapping in common bean revealed regions associated with Anthracnose and Angular Leaf Spot resistance. Scientia Agricola, v. 76, n. 4, p. 321-327, July/Aug. 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 49. | | FERREIRA, V. de S.; MELO, L. C.; PEREIRA, H. S.; FARIA, L. C. de; WENDLAND, A.; SOUZA, T. L. P. O. de. Avaliação de linhagens de feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris L.) quanto à reação a ferrugem em ensaios de campo. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 7., 2013, Santo Antônio de Goiás. Coletânea dos resumos apresentados. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2013. p. 42. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 292). Pôster - graduação.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 50. | | RODDRIGUES, M. S.; WENDLAND, A.; PEREIRA, H. S.; MELO, L. C.; FARIA, L. C. de; SOUZA, T. L. P. O. de. Avaliação de linhagens fontes de resistência à antracnose do feijoeiro comum quanto à reação a diferentes patótipos de Colletotrichum lindemuthianum. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 7., 2013, Uberlândia. Variedade melhorada: a força da nossa agricultura: anais. Viçosa, MG: SBMP, 2013. p. 1687-1690.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 51. | | RODRIGUES, M. S.; SOUZA, T. L. P. O. de; PEREIRA, H. S.; MELO, L. C.; FARIA, L. C. de; WENDLAND, A. Avaliação de linhagens fontes de resistência à antracnose do feijoeiro comum quanto à reação a diferentes patótipos de Colletotrichum lindemuthianum. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 7., 2013, Santo Antônio de Goiás. Coletânea dos resumos apresentados. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2013. p. 47. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 292). Pôster - graduação.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 52. | | WATANABE, I. A. M.; SILVA, F. de C.; PEREIRA, H. S.; MELO, L. C.; FARIA, L. C. de; SOUZA, T. L. P. O. de; WENDLAND, A. Avaliação da qualidade comercial dos grãos de linhagens de feijoeiro-comum carioca com ciclo precoce. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 8., 2014, Santo Antônio de Goiás. Coletânea dos resumos apresentados. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2014. p. 41. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 306).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 53. | | LIMA, L. F.; FARIA, L. C. de; MELO, L. C.; PEREIRA, H. S.; SOUZA, T. L. P. O. de; MAGALDI, M. C. de S.; SOUZA, N. P. de. Avaliação da qualidade comercial dos grãos de linhagens de feijoeiro-comum carioca. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 8., 2014, Santo Antônio de Goiás. Coletânea dos resumos apresentados. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2014. p. 40. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 306).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 54. | | FERREIRA, L. U.; RIBEIRO, V. A.; MELO, P. G. S.; LOBO JUNIOR, M.; COSTA, J. G. C.; PEREIRA, H. S.; MELO, L. C.; SOUZA, T. L. P. O. Comparison of inoculation methods for selecting common bean genotypes with physiological resistance to white mold. Tropical Plant Pathology, v. 44, n. 1, p. 65-72, Feb. 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 55. | | SALES, J. O. P.; RODRIGUES, J. S.; PEREIRA, H. S.; MELO, L. C.; VIEIRA, R. F.; SOUZA, T. L. P. O. Caracterização de linhagens elite de feijão carioca de ciclo normal quanto à reação ao mofo-branco. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 9., 2017, Foz do Iguaçu. Melhoramento de plantas: projetando o futuro. Foz do Iguaçu: SBMP, 2017. p. 204.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 56. | | SALES, J. O. P.; RODRIGUES, J. S.; PEREIRA, H. S.; MELO, L. C.; LOBO JUNIOR, M.; VIEIRA, R. F.; SOUZA, T. L. P. O. de. Caracterização de linhagens elite de feijão carioca quanto à reação ao mofo-branco em campo e em ambiente controlado. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 11., 2017, Santo Antônio de Goiás. Coletânea dos resumos apresentados. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2017. p. 58. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 316).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 57. | | XAVIER, E. E. B.; SANTOS, J. M. C. dos; PEREIRA, H. S.; MELO, L. C.; WENDLAND, A.; LOBO JUNIOR, M.; SOUZA, T. L. P. O. de. Caracterização de linhagens elite de feijão carioca quanto à reação ao mofo-branco em casa de vegetação. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 10., 2016, Santo Antônio de Goiás. Coletânea dos resumos apresentados. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2016. p. 23. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 311).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 58. | | VIEIRA, A. F.; SANGLARD, D. A.; RODRIGUES, L. A.; WENDLAND, A.; PEREIRA, H. S.; FARIA, L. C.; MELO, L. C.; SOUZA, T. L. P. O. Caracterização molecular de genótipos de feijoeiro-comum quanto à resistência à antracnose. In: CONGRESSO NACIONAL DE PESQUISA DE FEIJÃO, 11., 2014, Londrina. Tecnologias para a sustentabilidade da cultura do feijão: anais. Londrina: IAPAR, 2014. CONAFE| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 59. | | AZEVEDO, B. R. de; SOUZA, I. P. de; COELHO, A. S.; SOUZA, T. L. P. O. de; BRONDANI, C.; VALDISSER, P. A. M. R.; VIANELLO, R. P. Caracterização dos atributos estrutural e funcional de marcadores SNPs identificados no genoma de feijão. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 15., 2021, Santo Antônio de Goiás. Resumos... Brasília, DF: Embrapa; Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2021. p. 27. Evento online.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 60. | | SOUZA, T. L. P. O.; FALEIRO, F. G.; DESSAUNE, S. N.; PAULA JUNIOR, T. J. de; MOREIRA, M. A.; BARROS, E. G. de. Breeding for common bean (Phaseolus vulgaris L.) rust resistance in Brazil. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 38, n. 5, p. 361-374, set./out. 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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