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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
Data corrente: |
09/10/2020 |
Data da última atualização: |
09/10/2020 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; ROCHA, M. I. P.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; CARDOSO, T. F.; CESAR, A. S. M.; AFONSO, J.; ANDRADE, B. G. N.; MUDADU, M. de A.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. |
Afiliação: |
MARCELA MARIA DE SOUZA, UFSCar; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; MARINA IBELLI PEREIRA ROCHA, UFSCar; JENNIFER JESSICA BRUSCADIN, UFSCar; WELLISON JARLES DA SILVA DINIZ, UFSCar; TAINÃ FIGUEIREDO CARDOSO; ALINE SILVA MELLO CESAR, ESALQ/USP; JULIANA AFONSO, UFSCar; BRUNO GABRIEL NASCIMENTO ANDRADE, UFSCar; MAURICIO DE ALVARENGA MUDADU, CNPTIA; FABIANA BARICHELLO MOKRY, UFSCar; POLYANA CRISTINE TIZIOTO, NGS Soluções Genômicas, Piracicaba; PRISCILA SILVA NEUBERN DE OLIVEIRA; SIMONE CRISTINA MEO NICIURA, CPPSE; LUIZ LEHMANN COUTINHO, ESALQ/USP; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
Título: |
Allele-specific expression is widespread in Bos indicus muscle and affects meat quality candidate genes. |
Ano de publicação: |
2020 |
Fonte/Imprenta: |
Scientific Reports, v. 10, n. 1, p. 1-11, 2020. |
DOI: |
https://doi.org/10.1038/S41598-020-67089-0 |
Idioma: |
Inglês |
Notas: |
Na publicação: Adhemar Zerlotini. Article number: 10204. |
Conteúdo: |
Differences between the expression of the two alleles of a gene are known as allele-specific expression (ASE), a common event in the transcriptome of mammals. Despite ASE being a source of phenotypic variation, its occurrence and effects on genetic prediction of economically relevant traits are still unexplored in bovines. Furthermore, as ASE events are likely driven by cis-regulatory mutations, scanning them throughout the bovine genome represents a significant step to elucidate the mechanisms underlying gene expression regulation. To address this question in a Bos indicus population, we built the ASE profile of the skeletal muscle tissue of 190 Nelore steers, using RNA sequencing data and SNPs genotypes from the Illumina BovineHD BeadChip (770 K bp). After quality control, 820 SNPs showed at least one sample with ASE. These SNPs were widespread among all autosomal chromosomes, being 32.01% found in 3'UTR and 31.41% in coding regions. We observed a considerable variation of ASE profile among individuals, which highlighted the need for biological replicates in ASE studies. Functional analysis revealed that ASE genes play critical biological functions in the development and maintenance of muscle tissue. Additionally, some of these genes were previously reported as associated with beef production and quality traits in livestock, thus indicating a possible source of bias on genomic predictions for these traits. |
Palavras-Chave: |
Allele-specific expression; Allelic expression; Expressão gênica; Regulação da expressão gênica. |
Thesagro: |
Bos Indicus. |
Thesaurus Nal: |
Gene expression regulation. |
Categoria do assunto: |
-- G Melhoramento Genético |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/216548/1/AP-Allele-specific-2020.pdf
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Marc: |
LEADER 02698naa a2200397 a 4500 001 2125395 005 2020-10-09 008 2020 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $ahttps://doi.org/10.1038/S41598-020-67089-0$2DOI 100 1 $aSOUZA, M. M. de 245 $aAllele-specific expression is widespread in Bos indicus muscle and affects meat quality candidate genes.$h[electronic resource] 260 $c2020 500 $aNa publicação: Adhemar Zerlotini. Article number: 10204. 520 $aDifferences between the expression of the two alleles of a gene are known as allele-specific expression (ASE), a common event in the transcriptome of mammals. Despite ASE being a source of phenotypic variation, its occurrence and effects on genetic prediction of economically relevant traits are still unexplored in bovines. Furthermore, as ASE events are likely driven by cis-regulatory mutations, scanning them throughout the bovine genome represents a significant step to elucidate the mechanisms underlying gene expression regulation. To address this question in a Bos indicus population, we built the ASE profile of the skeletal muscle tissue of 190 Nelore steers, using RNA sequencing data and SNPs genotypes from the Illumina BovineHD BeadChip (770 K bp). After quality control, 820 SNPs showed at least one sample with ASE. These SNPs were widespread among all autosomal chromosomes, being 32.01% found in 3'UTR and 31.41% in coding regions. We observed a considerable variation of ASE profile among individuals, which highlighted the need for biological replicates in ASE studies. Functional analysis revealed that ASE genes play critical biological functions in the development and maintenance of muscle tissue. Additionally, some of these genes were previously reported as associated with beef production and quality traits in livestock, thus indicating a possible source of bias on genomic predictions for these traits. 650 $aGene expression regulation 650 $aBos Indicus 653 $aAllele-specific expression 653 $aAllelic expression 653 $aExpressão gênica 653 $aRegulação da expressão gênica 700 1 $aZERLOTINI NETO, A. 700 1 $aROCHA, M. I. P. 700 1 $aBRUSCADIN, J. J. 700 1 $aDINIZ, W. J. da S. 700 1 $aCARDOSO, T. F. 700 1 $aCESAR, A. S. M. 700 1 $aAFONSO, J. 700 1 $aANDRADE, B. G. N. 700 1 $aMUDADU, M. de A. 700 1 $aMOKRY, F. B. 700 1 $aTIZIOTO, P. C. 700 1 $aOLIVEIRA, P. S. N. de 700 1 $aNICIURA, S. C. M. 700 1 $aCOUTINHO, L. L. 700 1 $aREGITANO, L. C. de A. 773 $tScientific Reports$gv. 10, n. 1, p. 1-11, 2020.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Registros recuperados : 37 | |
9. | | SILVA, M. J.; CENA, C. R.; SANCHES, A. O.; MATTOSO, L. H. C.; MALMONGE, J. A. DBSA to improve the compatibility, solubility, and infusibility of cellulose nanowhiskers modified by polyaniline in reinforcing a natural rubber-based nanocomposite. Polymer Bulletin, v. 76, n. 7, 2019. 3517-3533 Published online 15/10/2018.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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10. | | SANTOS, C. L. R. dos; CAZETTA, J. O.; SARAN, L. M.; SANCHES, A. Otimização da análise da atividade da redutase do nitrato e sua caracterização em folhas de cana-de-açúcar. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 49, n. 5, p. 384-394, maio. 2014. Título em inglês: Optimization of nitrate reductase activity analysis and its characterization in sugarcane leaves.Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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13. | | SUAREZ, Y. R.; PEREIRA, R. A. C.; SANCHES, A. da L.; GAERTNER, E. Levantamento preliminar das macrofitas aquaticas do Canal do Tamengo, Corumba - MS. In: SEMINARIO DE ESTUDOS BIOLOGICOS, 20., 1995; ENCONTRO DE BOTANICOS DO CENTRO OESTE, 3., 1995, Cuiaba. Programa e resumos... Cuiaba: UFMT / SBB, 1995. p.43Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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14. | | SANCHES, A. L. da; PEREIRA, R. A. C.; SUAREZ, Y. R.; GAERTNER, E. Levantamento floristico das macrofitas aquaticas no Canal do Tamengo, Corumba-MS. In: CONGRESSO NACIONAL DE BOTANICA, 47., 1996, Nova Friburgo, RJ. Resumos... Rio de Janeiro: Universidade Federal do Rio de Janeiro / Sociedade Botanica do Brasil, 1996. p.193.Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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17. | | SILVA, A. J. da; SANCHES, A.; ANDRADE, A. C. B.; OLIVEIRA, G. H. F. de; DI MAURO, A. O. Bayesian approach, traditional method, and mixed models for multienvironment trials of soybean. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 53, n. 10, p. 1093-1100, Oct. 2018. Título em português: Abordagem bayesiana, método tradicional e modelos mistos para experimentos multiambientes na cultura da soja.Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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18. | | BASSANEZI, R. B.; MONTESINO, L. H.; SANCHES, A. L.; SPÓSITO, M. B.; STUCHI, E. S.; BARBOSA, J. C. Effect of citrus sudden death on yield and quality of sweet orange cultivars in Brazil. Plant Disease, St. Paul, v. 91, n. 11, 1407-1412, nov. 2007.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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20. | | SILVA, M. J.; SANCHES, A. O.; MEDEIROS, E. S.; MATTOSO, L. H. C.; MCMAHAN, C.; MALMONGE, J. A. Nanocomposites of natural rubber and polyaniline-modified cellulose nanofibrils. Journal of Thermal Analysis and Calorimetry, Dordrecht , v. 117, n. 1, p. 387-392, 2014.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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Registros recuperados : 37 | |
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