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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
07/12/2007 |
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Data da última atualização: |
11/05/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
OLIVEIRA, S. R. de M.; ALMEIDA, G. V.; SOUZA, K. R. R.; RODRIGUES, D. N.; KUSER-FALCÃO, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. |
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Afiliação: |
STANLEY ROBSON DE MEDEIROS OLIVEIRA, CNPTIA; PAULA REGINA KUSER FALCAO, CNPTIA; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; EDGARD HENRIQUE DOS SANTOS, CNPTIA; FABIO DANILO VIEIRA, CNPTIA; JOSE GILBERTO JARDINE, CNPTIA; GORAN NESHICH, CNPTIA. |
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Título: |
Sting_RDB: a relational database of structural parameters for protein analysis with support for data warehousing and data mining. |
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Ano de publicação: |
2007 |
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Fonte/Imprenta: |
Genetics and Molecular Research, v. 6, n. 4, p. 911-922, 2007. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract. An effective strategy for managing protein databases is to provide mechanisms to transform raw data into consistent, accurate and reliable information. Such mechanisms will greatly reduce operational inefficiencies and improve one's ability to better handle scientific objectives and interpret the research results. To achieve this challenging goal for the STING project, we introduce Sting_RDB, a relational database of structural parameters for protein analysis with support for data warehousing and data mining. In this article, we highlight the main features of Sting_RDB and show how a user can explore it for efficient and biologically relevant queries. Considering its importance for molecular biologists, effort has been made to advance Sting_RDB toward data quality assessment. To the best of our knowledge, Sting_RDB is one of the most comprehensive data repositories for protein analysis, now also capable of providing its users with a data quality indicator. This paper differs from our previous study in many aspects. First, we introduce Sting_RDB, a relational database with mechanisms for efficient and relevant queries using SQL. Sting_rdb evolved from the earlier, text (flat file)-based database, in which data consistency and integrity was not guaranteed. Second, we provide support for data warehousing and mining. Third, the data quality indicator was introduced. Finally and probably most importantly, complex queries that could not be posed on a text-based database, are now easily implemented. MenosAbstract. An effective strategy for managing protein databases is to provide mechanisms to transform raw data into consistent, accurate and reliable information. Such mechanisms will greatly reduce operational inefficiencies and improve one's ability to better handle scientific objectives and interpret the research results. To achieve this challenging goal for the STING project, we introduce Sting_RDB, a relational database of structural parameters for protein analysis with support for data warehousing and data mining. In this article, we highlight the main features of Sting_RDB and show how a user can explore it for efficient and biologically relevant queries. Considering its importance for molecular biologists, effort has been made to advance Sting_RDB toward data quality assessment. To the best of our knowledge, Sting_RDB is one of the most comprehensive data repositories for protein analysis, now also capable of providing its users with a data quality indicator. This paper differs from our previous study in many aspects. First, we introduce Sting_RDB, a relational database with mechanisms for efficient and relevant queries using SQL. Sting_rdb evolved from the earlier, text (flat file)-based database, in which data consistency and integrity was not guaranteed. Second, we provide support for data warehousing and mining. Third, the data quality indicator was introduced. Finally and probably most importantly, complex queries that could not be posed on a text-based database,... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Análise de estrutura de proteínas; Base de dados Sting; Bioinformática; Data mining; Data warehousing; Mineração de dados. |
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Thesagro: |
Proteína. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Databases; Proteins. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/159698/1/AP-Sting-GMR-2007.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 17 | |
| 1. |  | RIBEIRO, C. S. da C.; CARVALHO, S. I. C. de; SOUZA, K. R. R.; REIFSCHNEIDER, F. J. B. BRS Juriti: the first Brazilian habanero-type hot pepper cultivar. Horticultura Brasileira, Brasília, DF, v. 33, n. 4, p. 527-529, out./dez. 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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| 2. | | RIBEIRO, C. S. da C.; SOUZA, K. R. R.; CARVALHO, S. I. C. de; REIFSCHNEIDER, F. J. B. BRS Juriti: the first Habanero pepper cultivar developed in Brazil. In: EUCARPIA CAPSICUM AND EGGPLANT WORKING GROUP MEETING, 16., Kecskemét, 2016. Proceedings of XVI EUCARPIA capsicum and eggplant working meeting in memoriam Dr. Alain Palloix. Budapest: Diamond Congress Ltd., 2016. p. 369-372. Editado por Katalin Ertsey-Peregi, Zsuzsanna Füstös, Gábor Palotás e Gábor Csilléry.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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| 3. | | POZZOBON, M. T.; SOUZA, K. R. R. de; CARVALHO, S. I. C. de; REIFSCHNEIDER, F. J. B. Meiose e viabilidade polínica em linhagens avançadas de pimenta. Horticultura Brasileira, Brasília, DF, v. 29, n. 2, p. 212-216, abr./jun. 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 4. | | LIMA, M. F.; SOUZA, K. R. R.; INOUE NAGATA, A. K.; ULHOA, A. B.; FERRAZ, R.; REIFSCHNEIDER, F. J. B. Detection, occurrence and natural incidence of pepper mild mottle virus (PMMoV) in hot peppers in Brazil. In: INTERNATIONAL HORTICULTURAL CONGRESS, 28., 2010, Lisboa. Science and horticulture for people: abstracts. Lisbon: ISHS, 2010. v. 1, p. 269. Resumo T15.214.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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| 5. | | LIMA, M. F.; ULHOA, A. B.; INOUE-NAGATA, A. K.; FERRAZ, R.; SOUZA, K. R. R.; REIFSCHNEIDER, F. J. B. Virus incidence in domesticated and semi-domesticated field-grown hot peppers (Capsicum). In: INTERNATIONAL HORTICULTURAL CONGRESS, 28., 2010, Lisboa. Science and horticulture for people: abstracts. Lisbon: ISHS, 2010. v. 1, p.273. Resumo T15.230.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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| 6. | | WEBER, L. C.; SOUZA, K. R. R. de; SILVA, K. M. P.; LOPES, A. C. A.; JUSTINO, E. V.; CARVALHO, A. D. F. de. Germinação de progênies de sementes de cenoura em diferentes temperaturas. Horticultura Brasileira, Brasília, DF, v. 28, n. 2, p. S2558-S2561, jul. 2010. CD-ROM. Suplemento. Trabalho apresentado no Congresso Brasileiro de Olericultura, 50., 2010, Guarapari. Cinquenta anos contribuindo para a saúde da população brasileira. Trabalho A2905-T4449.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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| 7. | | LIMA, M. F.; INOUE-NAGATA, A. K.; REIFSCHNEIDER, F. J. B.; SOUZA, K. R. R.; ULHOA, A. B.; FERRAZ, R. M. Detection, occurrence and natural incidence of pepper mild mottle virus (PMMON) in hot peppers in Brazil. Acta Horticulture, v. 917, p. 269-273, 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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| 8. | | SOUZA, K. R. R. de; WEBER, L. C.; FERRAZ, R. M.; CARVALHO, S. I. C. de; REIFSCHNEIDER, F. J. B.; MELO, W. F. de. Programa de melhoramento de pimenta na Embrapa: inexistência de dormência em sementes de pimenta Cumari verdadeira. Horticultura Brasileira, Brasília, DF, v. 28, n. 2, p. S4343-S4346, jul. 2010. CD-ROM. Suplemento. Trabalho apresentado no Congresso Brasileiro de Olericultura, 50., 2010, Guarapari. Cinquenta anos contribuindo para a saúde da população brasileira. Trabalho A2920-T4467.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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| 9. | | ULHOA, A. B.; REIFSCHNEIDER, F. J. B.; CARVALHO, S. I. C. de; BIANCHETTI, L. de B.; LIMA, M. F.; SOUZA, K. R. R. de. Programa de melhoramento de Capsicum na EMBRAPA: caracterização morfologica e agronômica de pimentas do grupo habanero. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS; WORKSHOP EM BIOPROSPECÇÃO E CONSERVAÇÃO DE PLANTAS NATIVAS DO SEMI-ÁRIDO, 3.; WORKSHOP INTERNACIONAL SOBRE BIOENERGIA E MEIO AMBIENTE, 2010, Salvador. Bancos de germoplasma: descobrir a riqueza, garantir o futuro: anais. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2010. CD-ROM| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 10. | | ULHOA, A. B.; REIFSCHNEIDER, F. J. B.; CARVALHO, S. I. C. de; BIANCHETTI, L. de B.; LIMA, M. F.; SOUZA, K. R. R. de. Programa de melhoramento de Capsicum na EMBRAPA: caracterização morfológica e agronômica preliminar de pimentas do grupo malagueta (Capsicum frutescens L.). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS; WORKSHOP EM BIOPROSPECÇÃO E CONSERVAÇÃO DE PLANTAS NATIVAS DO SEMI-ÁRIDO, 3.; WORKSHOP INTERNACIONAL SOBRE BIOENERGIA E MEIO AMBIENTE, 2010, Salvador. Bancos de germoplasma: descobrir a riqueza, garantir o futuro: anais. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2010. CD-ROM| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 11. | | ULHOA, A. B.; REIFSCHNEIDER, F. J. B.; CARVALHO, S. I. C. de; BIANCHETTI, L. de B.; LIMA; LIMA, M. F.; AMARO, G. B.; SOUZA, K. R. R. de. Programa de melhoramento de Capsicum na Embrapa: caracterização preliminar morfológica e agronômica de pimenta no grupo malagueta. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 5., 2009, Guarapari. O melhoramento e os novos cenários da agricultura: anais. Vitória: Incaper, 2009.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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| 12. | | WEBER, L. C.; LOPES, A. C. A.; SOUZA, K. R. R. de; ANDRADE, P. P.; GOMES, A. S.; WEBER, R. R.; NASCIMENTO, W. M. Produção e qualidade de sementes híbridas de berinjela em função do número de frutos por planta. Horticultura Brasileira, Brasília, DF, v. 28, n. 2, p. S4315-S4318, jul. 2010. CD-ROM. Suplemento. Trabalho apresentado no Congresso Brasileiro de Olericultura, 50., 2010, Guarapari. Cinquenta anos contribuindo para a saúde da população brasileira. Trabalho A2905-T4454.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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| 13. | | NASS, L. L.; SOUZA, K. R. R. de; CARNEIRO, C. S.; SOARES, R. S.; RIBEIRO, C. S. da C.; REIFSCHNEIDER, F. J. B. Synthesis of a base population of Habanero chile pepper and initial assessment of derived F3 lines (Capsicum chinense). In: EUCARPIA CAPSICUM AND EGGPLANT WORKING GROUP MEETING, 16., Kecskemét, 2016. Proceedings of XVI EUCARPIA capsicum and eggplant working meeting in memoriam Dr. Alain Palloix. Budapest: Diamond Congress Ltd., 2016. p. 319-324. Editado por P1-10.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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| 14. | | OLIVEIRA, S. R. de M.; ALMEIDA, G. V.; SOUZA, K. R. R.; RODRIGUES, D. N.; NESHICH, G.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G. An integrated database of structural parameters for protein analysis. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster B-44. Na publicação: Stanley R. M. Oliveira, Paula R. Kuser-Falcão, Edgard H. Santos.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 15. | | OLIVEIRA, S. R. de M.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; NESHICH, G.; RODRIGUES, D. N.; SOUZA, K. R. R.; MORITA, D. U.; ALMEIDA, G. V.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G. STING database quality assessment. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster B-33. Na publicação: Stanley R. M. Oliveira, Edgard H. Santos.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 16. | | OLIVEIRA, S. R. de M.; ALMEIDA, G. V.; SOUZA, K. R. R.; RODRIGUES, D. N.; KUSER-FALCÃO, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Sting_RDB: a relational database of structural parameters for protein analysis with support for data warehousing and data mining. Genetics and Molecular Research, v. 6, n. 4, p. 911-922, 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 17. | | NESHICH, G.; MAZONI, I.; OLIVEIRA, S. R. M.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R.; BORRO, L. C.; MORITA, D. U.; SOUZA, K. R. R.; ALMEIDA, G. V.; RODRIGUES, D. N.; JARDINE, J. G.; TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; CRUZ, S. A. B.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H.; MELO, R. C.; SANTORO, M. M. The Star STING server: a multiplatform environment for protein structure analysis. Genetics and Molecular Research, v. 5, n. 4, p. 717-722, 2006.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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