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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café; Embrapa Rondônia; Embrapa Semiárido. |
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Data corrente: |
20/02/2014 |
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Data da última atualização: |
29/09/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FERRÃO, L. F. V.; CAIXETA, E. T.; CRUZ, C. D.; SOUZA, F. de F.; FERRAO, M. A. G.; ZAMBOLIM, Z.; SAKIYAMA, N. S. |
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Afiliação: |
L. F. V. Ferrão, Universidade Federal de Viçosa; EVELINE TEIXEIRA CAIXETA MOURA, CNPCa; C. D. Cruz, Universidade Federal de Viçosa; FLAVIO DE FRANCA SOUZA, CPATSA; MARIA AMELIA GAVA FERRAO, SAPC; L. Zambolim, Universidade Federal de Viçosa; N. S. Sakiyama, Universidade Federal de Viçosa. |
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Título: |
The effects of encoding data in diversity studies and the applicability of the weighting index approach for data analysis from different molecular markers. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
Plant Systematics and Evolution, v. 300, n. 7, p. 1649-1661, 2014. |
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DOI: |
10.1007/s00606-014-09903 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The use of molecular markers to study genetic diversity represents a breakthrough in this area, because of the increase in polymorphism levels and phenotypic neutrality. Codominant markers, such as microsatellites (SSR), are sensitive enough to distinguish the heterozygotes in genetic studies. Despite this advantage, there are some studies that ignore this feature and work with encoded data because of the simplicity of the evaluation, existence of polyploids and need for the combined analysis of different types of molecular markers. Thus, our study aims to investigate the consequences of these encodings on simulated and real data. In addition, we suggest an alternative analysis for genetic evaluations using different molecular markers. For the simulated data, we proposed the following two scenarios: the first uses SNP markers, and the second SSR markers. For real data, we used the SSR genotyping data from Coffea canephora accessions maintained in the Embrapa Germplasm Collection. The genetic diversity was studied using cluster analysis, the dissimilarity index, and the Bayesian approach implemented in the STRUCTURE software. For the simulated data, we observed a loss of genetic information to the encoded data in both scenarios. The same result was observed in the coffee studies. This loss of information was discussed in the context of a plantbreeding program, and the consequences were weighted to germplasm evaluations and the selection of parents for hybridization. In the studies that involved different types of markers, an alternative to the combined analysis is discussed, where the informativeness, coverage and quality of markers are weighted in the genetic diversity studies. MenosThe use of molecular markers to study genetic diversity represents a breakthrough in this area, because of the increase in polymorphism levels and phenotypic neutrality. Codominant markers, such as microsatellites (SSR), are sensitive enough to distinguish the heterozygotes in genetic studies. Despite this advantage, there are some studies that ignore this feature and work with encoded data because of the simplicity of the evaluation, existence of polyploids and need for the combined analysis of different types of molecular markers. Thus, our study aims to investigate the consequences of these encodings on simulated and real data. In addition, we suggest an alternative analysis for genetic evaluations using different molecular markers. For the simulated data, we proposed the following two scenarios: the first uses SNP markers, and the second SSR markers. For real data, we used the SSR genotyping data from Coffea canephora accessions maintained in the Embrapa Germplasm Collection. The genetic diversity was studied using cluster analysis, the dissimilarity index, and the Bayesian approach implemented in the STRUCTURE software. For the simulated data, we observed a loss of genetic information to the encoded data in both scenarios. The same result was observed in the coffee studies. This loss of information was discussed in the context of a plantbreeding program, and the consequences were weighted to germplasm evaluations and the selection of parents for hybridization. In the st... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Café canéfora; Café conilon; Codominant markers; Coffee; Diversidade genética; Dominant markers Germplasm; Marcadores dominantes; SSR STRUCTURE. |
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Thesagro: |
Café; Coffea Canephora; Marcador molecular. |
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Categoria do assunto: |
F Plantas e Produtos de Origem Vegetal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/216289/1/Ferrao-et-al.-2014-1.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/121101/1/Flavio.cpatsa.2014.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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| Registros recuperados : 272 | |
| 161. |  | NEVES, L. R. de S.; SOUZA, F. de F.; SOUZA, E. B. A. de; SILVA, A. C. G. da; DIAS, R. de C. S.; QUEIRÓZ, M. A. de. Avaliação de caracteres quantitativos e qualitativos em progênies F5 de melancia de frutos pequenos e polpa vermelha. Horticultura Brasileira, Brasília, DF, v. 23, n. 2, ago. 2005. 1 CD-ROM. Suplemento. Edição dos resumos expandidos do 45. Congresso Brasileiro de Olericultura; 15. Congresso Brasileiro de Floricultura e Planta Ornamentais; 2. Congresso Brasileiro de Cultura de Tecidos de Plantas, Fortaleza, ago. 2005. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 162. | | SOUZA, F. de F.; PINTO, J. M.; LIMA, L. A.; CARVALHO, C. H. S. de; PEREIRA, A. A.; OLIVEIRA, A. C. B. de. Avaliação do desenvolvimento inicial de progênies de café arábica no Semiárido brasileiro. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 8., 2013, Salvador. Sustentabilidade e inclusão Social. Brasília, DF: Embrapa Café, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café; Embrapa Semiárido. |
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| 163. | | SOUZA, F. de F.; BRITO, E. T. S.; SANTOS, D. E. P. S.; NASCIMENTO, T. L. do; NASCIMENTO, D. M. do. Caracterização preliminar de acessos de aceroleira da Embrapa Semiárido. In. CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 3., 2014, Santos. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 164. | | SOUZA, E. B. A. de; SOUZA, F. de F.; SILVA, A. C. G.; NEVES, L. R. de S.; FARIA, L. C. de F.; DEL PELOSO, M. J. Avaliação de genótipos de feijoeiro comum do grupo mulatinho, em Rondônia, no biênio 2003-2004. In: CONGRESSO NACIONAL DE PESQUISA DE FEIJÃO, 8., 2005, Goiânia. Anais... Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2005. v. 1. p. 310-312. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 182).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 171. | | FERREIRA, I. C.; SILVA, V. P. da; VILVERT, J. C.; SOUZA, F. de F.; FREITAS, S. T. de; LIMA, M. dos S. Brazilian varieties of acerola (Malpighia emarginata DC.) produced under tropical semi- arid conditions: Bioactive phenolic compounds, sugars, organic acids, and antioxidant capacity. Journal of Food Biochemistry, v. 45, n. 8, aug. 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 173. | | SOUZA, F. de F.; FREITAS, S. T. de; CASTRO, J. M. da C. e; DEON, M. D. I.; NASCIMENTO, T. L. do; SILVA, R. de S. Caracterização de acessos de aceroleira (Malpighia emarginata Sessé & Moc. ex DC.) do Banco Ativo de Germoplasma da Embrapa Semiárido. RG News, v. 9, n. 1, p. 174, 2023. Edição Especial do 6º Simpósio Rede de Recursos Genéticos Vegetais do Nordeste, Recife, Nov. 2023.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 174. | | ANDRADE NETO, E. R. de; BONFIM, W. M. D.; SOUSA, R. F. de; SOUZA, F. de F.; LIMA, M. A. C. de. Características físicas e composição química de frutos de acessos de aceroleira em condições semiáridas. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA SEMIÁRIDO, 12., 2017, Petrolina. Anais... Petrolina: Embrapa Semiárido, 2017. p. 49-55. (Embrapa Semiárido. Documentos, 279).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 175. | | FERRÃO, L. F. V.; CAIXETA, E. T.; SOUZA, F. de F.; ZAMBOLIM, E. M.; CRUZ, C. D.; ZABOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. Comparative study of different molecular markers for classifying and establishing genetic relationshps in Coffea Canephora. Plant Systematics and Evolution, Springer Verlag, New York, v. 299, p. 225-238, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café; Embrapa Rondônia; Embrapa Semiárido. |
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| 176. | | SOUZA, F. de F.; FREITAS, S. T.; BRITO, E. T. S.; SANTOS, D. E. P. S.; NASCIMENTO, T. L.; SOUSA, I. I. Correlações entre caracteres físico-químicos avaliados em acerolas de diferentes estádios de maturação. In: ENCONTRO DE GENÉTICA DO NORDESTE, 20.; SIMPÓSIO DE GENÉTICA HUMANA E MÉDICA DO NORDESTE, 2., 2014, Campina Grande. Ensino de genética e biologia molecular. Campina Grande: UFPB: Sociedade Brasileira de Genética, 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 177. | | SILVA, A. C. G.; SOUZA, F. de F.; SOUZA, E. B. A. de; NEVES, L. R. de S.; FARIA, L. C. de; DEL PELOSO, M. J. Correlações entre caracteres morfo-agronômicos em feijão-comum. In: CONGRESSO NACIONAL DE PESQUISA DE FEIJÃO, 8., 2005, Goiânia. Anais... Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2005. v. 1. p. 397-400. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 182).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
| |
| 178. | | SANTOS, D. E. P. S.; SOUZA, F. de F.; DIAS, R. de C. S.; BRITO, E. T. S.; NASCIMENTO, T. L.; SOUSA, I. I. Correlações entre caracteres morfo-agronômicos de melancia. In: ENCONTRO DE GENÉTICA DO NORDESTE, 20.; SIMPÓSIO DE GENÉTICA HUMANA E MÉDICA DO NORDESTE, 2., 2014, Campina Grande. Ensino de genética e biologia molecular. Campina Grande: UFPB: Sociedade Brasileira de Genética, 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 179. | | SILVA, R. de S.; FREITAS, S. T. de; SOUZA, F. de F.; VILVERT, J. C.; COELHO JÚNIOR, W. P.; COELHO, W. C. P. Correlações entre descritores de fruto de aceroleira em diferentes estádios de maturação. RG News, v. 9, n. 1, p. 177, 2023. Edição Especial do 6º Simpósio Rede de Recursos Genéticos Vegetais do Nordeste, Recife, Nov. 2023.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 180. | | TEIXEIRA, A. L.; SOUZA, F. de F.; PEREIRA, A. A.; OLIVEIRA, A. C. B. de; ROCHA, R. B.; SILVA, C. A. Avaliação de progênies de café arábica sob condições de temperaturas elevadas. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 7., 2013, Uberlândia. Variedade melhorada: a força da nossa agricultura: anais. Viçosa, MG: SBMP, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Rondônia; Embrapa Semiárido. |
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