Data/hora: 13/06/2024 01:36:07

Biblioteca(s): | Embrapa Arroz e Feijão.
Data corrente: | 01/07/2021
Data da última atualização: | 01/07/2021
Autoria: | SOUZA, D. D. de.
Afiliação: | DANIELA DOMINGOS DE SOUZA.
Título: | Caracterização molecular de dois isolados de Rice stripe necrosis virus.
Ano de publicação: | 2021
Fonte/Imprenta: | 2021.
Páginas: | 51 p.
Idioma: | Português
Notas: | Dissertação (Mestrado em Agronomia) - Escola de Agronomia, Universidade Federal de Goiás, Goiânia. Orientador: Érico de Campos Dianese; Coorientadora: Raquel Neves de Mello, CNPAF.
Conteúdo: | Rice stripe necrosis virus (RSNV) é um benyvirus transmitido pelo plasmodioforomiceto Polymyxa graminis Ledingham e que causa a doença conhecida como encarquilhamento do arroz. O genoma do RSNV é composto por dois segmentos de RNA de fita simples, poliadenilados e de sentido positivo que são encapsidados individualmente em partículas em formato de bastonete. A reemergência do vírus na África e na América do Sul e sua recente disseminação para além da região Sul do Brasil indicam a necessidade de entender sua variabilidade genética a fim de gerar informações que auxiliem na diagnose e controle da virose. Assim, os objetivos deste trabalho foram caracterizar molecularmente dois isolados de RSNV obtidos de arroz no estado de Goiás e analisar a variabilidade genética deste vírus. Para tanto, amostras de duas plantas sintomáticas, coletadas em experimentos da Embrapa Arroz e Feijão em Goianira e Santo Antônio de Goiás, GO, foram submetidas a extração de RNA total, enriquecimento de dsRNA e sequenciamento de alto desempenho (HTS), resultando em 27 e 66 milhões de leituras de cada amostra. Após montagem com o programa Tadpole, dez contigs foram obtidos, correspondendo a dois genomas virais, cada um composto por dois segmentos de RNA (RNA1 e RNA2). A organização genômica e tamanho do genoma dos isolados estudados foram similares àqueles de outros seis isolados de RSNV previamente caracterizados. As sequências de aminoácidos das proteínas do capsídeo dos dois isolados apresentaram identidade superior a 95% com outras sequências de RSNV e a identidade geral das sequências de nucleotídeos dos RNA1 e RNA2 foi igual ou superior a 95%. Análises executadas com o programa RDP4 não detectaram eventos de recombinação nos isolados estudados. Árvores filogenéticas baseadas nas sequências completas dos RNA1 e RNA2 e da região codificadora do motivo helicase revelaram estreita relação filogenética entre os isolados de RSNV caracterizados neste trabalho e aqueles previamente caracterizados e indicaram um padrão de agrupamento de acordo com a origem geográfica dos isolados. Estes resultados colaboram para ampliar o entendimento da diversidade molecular de isolados de RSNV e, assim, contribuir para o seu controle.
Palavras-Chave: | Rice stripe necrosis virus.
Thesagro: | Arroz; Doença de Planta; Marcador Molecular; Oryza Sativa; Polymyxa Graminis; RNA.
Thesaurus Nal: | Benyvirus; Rice.
Categoria do assunto: | X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia
Registro original: | Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF)
Exemplares: | CNPAF - (36077-1) - UPA - TS - DD - 2021 -  - 2021 - DIS