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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Corte. |
Data corrente: |
13/03/2013 |
Data da última atualização: |
19/03/2013 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
Autoria: |
SOMAVILLA, A. L.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; REDE BIFEQUALI. |
Afiliação: |
ADRIANA LUIZA SOMAVILLA, Unesp; ROBERTO HIROSHI HIGA, CNPTIA; MAURÍCIO DE ALVARENGA MUDADU, CPPSE; MAURICIO MELLO DE ALENCAR, CPPSE; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; CNPGC. |
Título: |
Caracterização de haplótipos e identificação de assinaturas de seleção em bovinos da raça Nelore. |
Ano de publicação: |
2012 |
Fonte/Imprenta: |
In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 9., 2012, João Pessoa. Anais... João Pessoa: SBMA, 2012. |
Páginas: |
Não paginado. |
Idioma: |
Português |
Notas: |
SBMA 2012. |
Conteúdo: |
A identificação de regiões do genoma que controlam características de interesse econômico e que estejam sob seleção é possível por conta da disponibilidade da genotipagem em plataformas de altas densidades de polimorfismos de único nucleotídeo (SNPs). A busca por assinaturas de seleção avalia, principalmente, altas e não usuais frequências alélicas dos loci adjacentes às mutações favoráveis. Com o objetivo de detectar evidências de assinaturas de seleção recente no genoma de bovinos da raça Nelore, foram genotipados 796 indivíduos com o chip Illumina BovineHD BeadChip, que possui mais de 777 mil SNPs e, posteriormente, inferida a fase de ligação dos SNPs e a reconstrução dos blocos de desequilíbrio de ligação (haplótipos). A detecção de assinaturas de seleção recentes foi realizada por meio da aplicação da metodologia EHH (homozigose do haplótipo estendido). 330.262 SNPs entraram na formação dos 68.054 haplótipos identificados, cobrindo 42% do genoma, sendo que a maior parte deles apresentou até 10 kb de comprimento e foram formados por 3 marcadores. Além disso, foram detectadas regiões de possíveis assinaturas de seleção com diferentes significâncias: 2.103 (P<0,01), 269 (P<0,001) e 31 (P<0,0001).
PESQUISADORES DO CNPGC ENVOLVIDOS NO PROJETO BIFEQUALI: Andréa Alves do Egito;Antônio do Nascimento Rosa;Fabiane Siqueira;Flábio Ribeiro de Araújo;Gelson Luís Dias Feijó;Geraldo Ramos Figueiredo;Gilberto Romeiro de Oliveira Menezes;Luiz Otávio Campos da Silva;Roberto Augusto de Almeida Torres Júnior; Sérgio Raposo de Medeiros. MenosA identificação de regiões do genoma que controlam características de interesse econômico e que estejam sob seleção é possível por conta da disponibilidade da genotipagem em plataformas de altas densidades de polimorfismos de único nucleotídeo (SNPs). A busca por assinaturas de seleção avalia, principalmente, altas e não usuais frequências alélicas dos loci adjacentes às mutações favoráveis. Com o objetivo de detectar evidências de assinaturas de seleção recente no genoma de bovinos da raça Nelore, foram genotipados 796 indivíduos com o chip Illumina BovineHD BeadChip, que possui mais de 777 mil SNPs e, posteriormente, inferida a fase de ligação dos SNPs e a reconstrução dos blocos de desequilíbrio de ligação (haplótipos). A detecção de assinaturas de seleção recentes foi realizada por meio da aplicação da metodologia EHH (homozigose do haplótipo estendido). 330.262 SNPs entraram na formação dos 68.054 haplótipos identificados, cobrindo 42% do genoma, sendo que a maior parte deles apresentou até 10 kb de comprimento e foram formados por 3 marcadores. Além disso, foram detectadas regiões de possíveis assinaturas de seleção com diferentes significâncias: 2.103 (P<0,01), 269 (P<0,001) e 31 (P<0,0001).
PESQUISADORES DO CNPGC ENVOLVIDOS NO PROJETO BIFEQUALI: Andréa Alves do Egito;Antônio do Nascimento Rosa;Fabiane Siqueira;Flábio Ribeiro de Araújo;Gelson Luís Dias Feijó;Geraldo Ramos Figueiredo;Gilberto Romeiro de Oliveira Menezes;Luiz Otávio Campos da Silva;Roberto Augusto de A... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Desequilíbrio de ligação; Genotipagem. |
Thesagro: |
Bos Indicus. |
Thesaurus Nal: |
Genotype; Linkage disequilibrium; Single nucleotide polymorphism; Zebu. |
Categoria do assunto: |
-- |
Marc: |
LEADER 02505naa a2200289 a 4500 001 1952816 005 2013-03-19 008 2012 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aSOMAVILLA, A. L. 245 $aCaracterização de haplótipos e identificação de assinaturas de seleção em bovinos da raça Nelore. 260 $c2012 300 $aNão paginado. 500 $aSBMA 2012. 520 $aA identificação de regiões do genoma que controlam características de interesse econômico e que estejam sob seleção é possível por conta da disponibilidade da genotipagem em plataformas de altas densidades de polimorfismos de único nucleotídeo (SNPs). A busca por assinaturas de seleção avalia, principalmente, altas e não usuais frequências alélicas dos loci adjacentes às mutações favoráveis. Com o objetivo de detectar evidências de assinaturas de seleção recente no genoma de bovinos da raça Nelore, foram genotipados 796 indivíduos com o chip Illumina BovineHD BeadChip, que possui mais de 777 mil SNPs e, posteriormente, inferida a fase de ligação dos SNPs e a reconstrução dos blocos de desequilíbrio de ligação (haplótipos). A detecção de assinaturas de seleção recentes foi realizada por meio da aplicação da metodologia EHH (homozigose do haplótipo estendido). 330.262 SNPs entraram na formação dos 68.054 haplótipos identificados, cobrindo 42% do genoma, sendo que a maior parte deles apresentou até 10 kb de comprimento e foram formados por 3 marcadores. Além disso, foram detectadas regiões de possíveis assinaturas de seleção com diferentes significâncias: 2.103 (P<0,01), 269 (P<0,001) e 31 (P<0,0001). PESQUISADORES DO CNPGC ENVOLVIDOS NO PROJETO BIFEQUALI: Andréa Alves do Egito;Antônio do Nascimento Rosa;Fabiane Siqueira;Flábio Ribeiro de Araújo;Gelson Luís Dias Feijó;Geraldo Ramos Figueiredo;Gilberto Romeiro de Oliveira Menezes;Luiz Otávio Campos da Silva;Roberto Augusto de Almeida Torres Júnior; Sérgio Raposo de Medeiros. 650 $aGenotype 650 $aLinkage disequilibrium 650 $aSingle nucleotide polymorphism 650 $aZebu 650 $aBos Indicus 653 $aDesequilíbrio de ligação 653 $aGenotipagem 700 1 $aHIGA, R. H. 700 1 $aMUDADU, M. de A. 700 1 $aALENCAR, M. M. de 700 1 $aREGITANO, L. C. de A. 700 1 $aREDE BIFEQUALI 773 $tIn: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 9., 2012, João Pessoa. Anais... João Pessoa: SBMA, 2012.
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Registro original: |
Embrapa Gado de Corte (CNPGC) |
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Registros recuperados : 25 | |
7. | | ZWIRTES, A. L.; REINERT, D. J.; GUBIANI, P. I.; DA SILVA, V. R.; MULAZZANI, R. P.; SOMAVILLA, A. Temperature changes in soil covered by black oat straw. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 52, n. 11, p. 1127-1130, nov. 2017. Notas Científicas.
Título em português: Alterações da temperatura em solo coberto de palha de aveia-preta.Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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11. | | SOMAVILLA, A. L.; MOTA, M. D. S.; ROSA, A. do N.; COUTINHO.; ALENCAR, M. M.; TULLIO, R. R.; MUDADU, M. de A.; REGITANO, L. C. de A. Genome-wide association study of weight gain in feedlot Nellore cattle: comparison of single nucleotide polymorphism and haplotype blocks approaches. In: ANNUAL MEETING BRAZILIAN SOCIETY OF ANIMAL SCIENCE, 50., 2013, Campinas. The integration of Knowledge in animal production - abstracts. Campinas: SBZ, 2013 1 CD ROMTipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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12. | | SOUZA, M. M.; MOKRY, F. C.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A.; CESAR, A. S. M.; MORÉ, D.; MOURÃO, G.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; ZERLOTINI, A.; REGITANO, L. C. Allele specific expression analysis in bovine muscle tissue. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF TH AB3C, 11.; BRAZILIAN SYMPOSIUM OF BIOINFORMATICS, 2015, São Paulo. Proceedings... São Paulo: USP-São Paulo, 2015.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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13. | | SOUZA, M. M.; ZERLOTINI, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A. L.; MOKRY, F. B.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. A. Complex pattern of CAST allelic expression in bovine muscle tissue. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 22., 2014, Boston, USA. Program... [Boston]: International Society for Computational Biology, 2014. Não paginado. ISMB 2014. Pôster E13.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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14. | | SOMAVILLA, A. L.; REGITANO, L. C. de A.; ROSA, G. J. M.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; SOUZA, M. M. de; COUTINHO, L. L.; MUNARI, D. P. Genome-enabled prediction of breeding values for feedlot average daily weight gain in nelore cattle. G3: Genes, Genomes, Genetics, v. 7, p. 1-17, 2017.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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15. | | SOMAVILLA, A. L.; MOTA, M. D. S.; ALENCAR, M. M. de; ROSA, A. do N.; COUTINHO, L. L.; TULLIO, R. R.; MUDADU, M. de A.; REGITANO, L. C. de A. Genome-wide association study of weight gain in feedlot Nellore cattle: comparison of single nucleotide polymorphism and haplotype blocks approaches. In: ANNUAL MEETING BRAZILIAN SOCIETY OF ANIMAL SCIENCE, 50., 2013, Campinas. The integration of Knowledge in animal production - Abstracts. Campinas: SBZ, 2013. 1 CD-ROMTipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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16. | | SOMAVILLA, A. L.; HIGA, R. H.; ROSA, A. do N.; SIQUEIRA, F.; SILVA, L. O. C. da; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; MUDADU, M. de A.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A. A genome-wide scan for selection signatures in Nellore cattle. Animal Genetics, v. 45, n. 6, p. 771-781, 2014.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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17. | | SOUZA, M. M.; ZERLOTINI, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A. L.; MOKRY, F. B.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. A. Monoallelic expression of NNAT gene in Nelore steers skeletal muscle. In: WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10.; 2014, Vancouver. Proceedings... Vancouver: American Society of Animal Science, 2014. Não paginado. WCGALP 2014.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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18. | | LIMA, A. O. de; OLIVEIRA, P. S. N. de; TIZIOTO, P. C.; AFONSO, J.; SOMAVILLA, A. L.; DINIZ, W. J. da S.; SILVA, J. V. da; ROCHA, M. I. P.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Association analyses pointed the TIPARP as a potential candidate gene influencing residual feed intake variation in Nelore cattle. INTERNATIONAL MEETING OF ADVANCES IN ANIMAL SCIENCE, 1., 2016, Jaboticabal. Resumos... Jaboticabal: PPGZ Unesp, 2016. ref. 45135.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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19. | | SOUZA, M. M.; MOKRY, F. C.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A.; CESAR, A. S. M.; MORÉ, D.; MOURÃO, G.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; ZERLOTINI NETO, A.; REGITANO, L. C. Allele specific expression analysis in bovine muscle tissue. In: ANNUAL INTERNACIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 23.; EUROPEAN CONFERENCE ON COMPUTATIONAL BIOLOGY, 14., 2015, Dublin. Posters... [S.l.]: International Society for Computacional Biology, [2015]. Não paginado. ISMB/ECCB 2015. Pôster D17.Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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20. | | SOUZA, M. M.; MOKRY, F. C.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A.; CESAR, A. S. M.; MORÉ, D.; MOURÃO, G.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; ZERLOTINI, A.; REGITANO, L. C. Allele specific expression analysis in bovine muscle tissue. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 11.; BRAZILIAN SYMPOSIUM OF BIOINFORMATICS, 2015, São Paulo. Proceedings... [S.l.]: AB3C, 2015. p. 197. X-meeting 2015.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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