| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Pesca e Aquicultura. |
|
Data corrente: |
01/03/2023 |
|
Data da última atualização: |
01/03/2023 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
FREIRE, R. P.; HERNANDEZ-GONZALEZ, J. E.; LIMA, E. R.; SUZUKI, M. F.; OLIVEIRA, J. E. de; TORATI, L. S.; BARTOLINI, P.; SOARES, C. R. J. |
|
Afiliação: |
RENAN PASSOS FREIRE, IPEN-CNEN; JORGE ENRIQUE HERNANDEZ-GONZALEZ, UNESP-São Paulo, SP; ELIANA ROSA LIMA, IPEN-CNEN; MIRIAM FUSSAE SUZUKI, IPEN-CNEN; JOÃO EZEQUIEL DE OLIVEIRA, IPEN-CNEN; LUCAS SIMON TORATI, CNPASA; PAOLO BARTOLINI, IPEN-CNEN; CARLOS ROBERTO JORGE SOARES, IPEN-CNEN. |
|
Título: |
Molecular cloning and AlphaFold modeling of Thyrotropin (ag-TSH) from the amazonian fish pirarucu (Arapaima gigas). |
|
Ano de publicação: |
2023 |
|
Fonte/Imprenta: |
Bioinformatics and Biology Insights, v. 17, p. 1-13, 2023. |
|
ISSN: |
1177-9322 |
|
DOI: |
https://doi.org/10.1177/11779322231154148 |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Conteúdo: |
Arapaima gigas, known as Pirarucu in Brazil, is one of the largest freshwater fish in the world. Some individuals could reach 3m in length and weight up to 200kg. Due to extinction risks and its economic value, the species has been a focus for preservation and reproduction studies. Thyrotropin (TSH) is a glycoprotein hormone formed by 2 subunits a and b whose main activity is related to the synthesis of thyroid hormones (THs)?T3 and T4. In this work, we present a combination of bioinformatics tools to identify Arapaima gigas bTSH (ag-bTSH), modeling its molecular structure and express the recombinant heterodimer form in mammalian cells. Using the combination of computational biology, based on genome-related information, in silico molecular cloning and modeling led to confirm results of the ag-bTSH sequence by reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) and transient expression in human embryonic kidney (HEK293F) cells. Molecular cloning of ag-bTSH retrieved 146 amino acids with a signal peptide of 21 amino acid residues and 6 disulfide bonds. The sequence has a similarity to 39 fish species, ranging between 43.1% and 81.6%, whose domains are extremely conserved, such as cystine knot motif and N-glycosylation site. The Arapaima gigas thyrotropin (ag-TSH) model, solved by AlphaFold, was used in molecular dynamics simulations with Scleropages formosus receptor, providing similar values of free energy AGbind and AGPMF in comparison with Homo sapiens model. The recombinant expression in HEK293F cells reached a yield of 25mg/L, characterized via chromatographic and physical-chemical techniques. This work shows that other Arapaima gigas proteins could be studied in a similar way, using the combination of these techniques, recovering more information from its genome and improving the reproduction and preservation of this prehistoric fish. MenosArapaima gigas, known as Pirarucu in Brazil, is one of the largest freshwater fish in the world. Some individuals could reach 3m in length and weight up to 200kg. Due to extinction risks and its economic value, the species has been a focus for preservation and reproduction studies. Thyrotropin (TSH) is a glycoprotein hormone formed by 2 subunits a and b whose main activity is related to the synthesis of thyroid hormones (THs)?T3 and T4. In this work, we present a combination of bioinformatics tools to identify Arapaima gigas bTSH (ag-bTSH), modeling its molecular structure and express the recombinant heterodimer form in mammalian cells. Using the combination of computational biology, based on genome-related information, in silico molecular cloning and modeling led to confirm results of the ag-bTSH sequence by reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) and transient expression in human embryonic kidney (HEK293F) cells. Molecular cloning of ag-bTSH retrieved 146 amino acids with a signal peptide of 21 amino acid residues and 6 disulfide bonds. The sequence has a similarity to 39 fish species, ranging between 43.1% and 81.6%, whose domains are extremely conserved, such as cystine knot motif and N-glycosylation site. The Arapaima gigas thyrotropin (ag-TSH) model, solved by AlphaFold, was used in molecular dynamics simulations with Scleropages formosus receptor, providing similar values of free energy AGbind and AGPMF in comparison with Homo sapiens model. The recom... Mostrar Tudo |
|
Thesagro: |
Peixe; Pirarucu. |
|
Thesaurus Nal: |
Arapaima gigas; Fish; Molecular cloning; Prediction; Thyrotropin. |
|
Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1152025/1/bbi-2023.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 02800naa a2200313 a 4500
001 2152025
005 2023-03-01
008 2023 bl uuuu u00u1 u #d
022 $a1177-9322
024 7 $ahttps://doi.org/10.1177/11779322231154148$2DOI
100 1 $aFREIRE, R. P.
245 $aMolecular cloning and AlphaFold modeling of Thyrotropin (ag-TSH) from the amazonian fish pirarucu (Arapaima gigas).$h[electronic resource]
260 $c2023
520 $aArapaima gigas, known as Pirarucu in Brazil, is one of the largest freshwater fish in the world. Some individuals could reach 3m in length and weight up to 200kg. Due to extinction risks and its economic value, the species has been a focus for preservation and reproduction studies. Thyrotropin (TSH) is a glycoprotein hormone formed by 2 subunits a and b whose main activity is related to the synthesis of thyroid hormones (THs)?T3 and T4. In this work, we present a combination of bioinformatics tools to identify Arapaima gigas bTSH (ag-bTSH), modeling its molecular structure and express the recombinant heterodimer form in mammalian cells. Using the combination of computational biology, based on genome-related information, in silico molecular cloning and modeling led to confirm results of the ag-bTSH sequence by reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) and transient expression in human embryonic kidney (HEK293F) cells. Molecular cloning of ag-bTSH retrieved 146 amino acids with a signal peptide of 21 amino acid residues and 6 disulfide bonds. The sequence has a similarity to 39 fish species, ranging between 43.1% and 81.6%, whose domains are extremely conserved, such as cystine knot motif and N-glycosylation site. The Arapaima gigas thyrotropin (ag-TSH) model, solved by AlphaFold, was used in molecular dynamics simulations with Scleropages formosus receptor, providing similar values of free energy AGbind and AGPMF in comparison with Homo sapiens model. The recombinant expression in HEK293F cells reached a yield of 25mg/L, characterized via chromatographic and physical-chemical techniques. This work shows that other Arapaima gigas proteins could be studied in a similar way, using the combination of these techniques, recovering more information from its genome and improving the reproduction and preservation of this prehistoric fish.
650 $aArapaima gigas
650 $aFish
650 $aMolecular cloning
650 $aPrediction
650 $aThyrotropin
650 $aPeixe
650 $aPirarucu
700 1 $aHERNANDEZ-GONZALEZ, J. E.
700 1 $aLIMA, E. R.
700 1 $aSUZUKI, M. F.
700 1 $aOLIVEIRA, J. E. de
700 1 $aTORATI, L. S.
700 1 $aBARTOLINI, P.
700 1 $aSOARES, C. R. J.
773 $tBioinformatics and Biology Insights$gv. 17, p. 1-13, 2023.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Pesca e Aquicultura (CNPASA) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 26 | |
| 4. |  | SOARES, C. R. F. S.; CANTON, L.; VOGES, J. G.; AMBROSINI, V. G.; MELO, G. W. B. de; BRUNETTO, G. Colonização micorrízica e crescimento da videira (Vitis vinifera, Porta-Enxerto P1103) em solo com alto teor de cobre. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 34., 2013, Costão do Santinho, SC. Ciência do solo: para quê e para quem? Anais... Costão do Santinho: SBCS, 2013. 4 p. Resumo expandido.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
|    |
| 5. | | GOMIDE, P. H. O.; SANTOS, J. G. D. dos; SIGUEIRA, J. O.; SOARES, C. R. F. S. Diversidade e função de fungos micorrízicos arbusculares em sucessão de espécies hospedeiras. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 44, n. 11, p. 1483-1490, nov. 2009 Título em inglês: Diversity and function of arbuscular mycorrhizal fungi in host species succession.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
| |
| 6. | | BORGES-ANDRADE, J. E.; LIMA, S. M. V.; SOARES, C. R. V.; PAULA, S. M. A. de. Treinamento de gerentes de pesquisa: necessidades e impacto. Cadernos de Difusão de Tecnologia, Brasília, DF, v.6, n.1, p.117-139, jan./abr.1989.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - B |
| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
| |
| 7. | | SOARES, C. R. F. S.; GRAZZIOTTI, P. H.; SIQUEIRA, J. O.; CARVALHO, J. G. de; MOREIRA, F. M. S. Toxidez de zinco no crescimento e nutricao de Eucalyptus maculata e Eucalyptus urophylla em solucao nutritiva. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 36, n. 2, p. 3339-348, fev. 2001 Título em inglês: Zinc toxicity on growth and nutrition of Eucalyptus maculata and Eucalyptus urophylla in nutrient solution.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
| |
| 8. | | BAZZO, J. C.; FREITAS, D. A. F.; SILVA, M. L. N.; SOARES, C. R. F. S.; CARDOSO, E. L.; GONTIJO, G. F. Alterações dos atributos químicos causado pelo pastejo em Neossolo Quatzarênico no Pantanal da Nhecolândia, MS. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 29.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 13.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 11.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 8., 2010, Guarapari. Fontes de nutrientes e produção agrícola: modelando o futuro: anais. Viçosa: SBCS, 2010. 1 CD-ROM. Não Paginado.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
| |
| 9. | | BAZZO, J. C.; SILVA, M. L. N.; FREITAS, D. A. F; SOARES, C. R. F. S.; GOMIDE, P. H. O.; SANTOS, S. A.; CARDOSO, E. L. Biomassa e atividade microbiana do solo em diferentes fitofisionomias do Pantanal da Nhecolândia - MS, Brasil. Corumbá: Embrapa Pantanal, 2018. 16 p. (Embrapa Pantanal. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 139).| Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento |
| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
| |
| 10. | | BRUNETTO, G.; AMBROSINI, V. G.; ROSA, D. J.; BORGHEZAN, M.; PESCADOR, R.; MELO, G. W. B. de; SOARES, C. R. F. S. S.; COMIN, J. J. Calcário como amenizante da toxidez de cobre em aveia preta (Avena strigosa) cultivada em solo de vinhedo: estado nutricional e parâmetros fisiológicos. In:CONGRESSO LATINO-AMERICANO DE VITICULTURA E ENOLOGIA, 15., 2015, Bento Gonçalves, RS. p. 070. XV Congresso Latino-Americano de Viticultura e Enologia E XIII Congresso Brasileiro de Viticultura e Enologia. Bento Gonçalves-RS, 3 a 7 de Novembro de 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
| |
| 11. | | GOMIDE, P. H. O.; SILVA, M. L. N.; SOARES, C. R. F. S.; CARDOSO, E. L.; CARVALHO, F. de; LEAL, P. L.; MARQUES, R. M.; STÜRMER, S. L. Fungos micorrízicos arbusculares em fitofisionomias do Pantanal da Nhecolândia, Mato Grosso do Sul. Revista Brasileira de Ciência do Solo, v. 38, n. 4, p. 1114-1127, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
| |
| 12. | | FERREIRA, P. A. A.; SILVA, E. P. da; ARMAS, R. D. de; LAZZARETTI, B. P.; MELO, G. W. B. de; ZALAMENA, J.; SOARES, C. R. F. S. Estratégias de amenização da fitotoxidez de metais pesados em solos de vinhedos. In: MELO, G. W. B. de; ZALAMENA, J.; BRUNETTO, G.; CERETTA, C. A. Calagem, adubação e contaminação em solos cultivados com videiras. Bento Gonçalves, RS: Embrapa uva e Vinho, p. 111-139, 2016. (Embrapa uva e Vinho. Documentos, 100).| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
| |
| 13. | | FERREIRA, P. A. A.; BOMFETI, C. A.; SILVA JÚNIOR, R. da; SOARES, B. L.; SOARES, C. R. F. S.; MOREIRA, F. M. de S. Eficiência simbiótica de estirpes de Cupriavidus necator tolerantes a zinco, cádmio, cobre e chumbo. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 47, n. 1, p. 85-95, jan. 2012. Título em inglês: Symbiotic efficiency of Cupriavidus necator strains tolerant to zinc, cadmium, copper and lead.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
| |
| 14. | | COUTO, R. da R.; COMIN, J. J.; SOARES, C. R. F. S.; BELLI FILHO, P.; BENEDET, L.; MORAES, M. P. de; BRUNETTO, G.; BEBER, C. L. Microbiological and chemical attributes of a hapludalf soil with swine manure fertilization. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 48, n. 7, p. 774-782, jul. 2013. Título em português: Atributos microbiológicos e químicos de um Argissolo adubado com esterco de suínos.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
| |
| 15. | | FREIRE, R. P.; HERNANDEZ-GONZALEZ, J. E.; LIMA, E. R.; SUZUKI, M. F.; OLIVEIRA, J. E. de; TORATI, L. S.; BARTOLINI, P.; SOARES, C. R. J. Molecular cloning and AlphaFold modeling of Thyrotropin (ag-TSH) from the amazonian fish pirarucu (Arapaima gigas). Bioinformatics and Biology Insights, v. 17, p. 1-13, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
| |
| 16. | | TONELLO, V. M.; PAULA, A. M.; BORGES, L. M. K.; MONTEIRO, J. R. B.; CUTRIN, A. O.; SOARES, C. R. A.; PINTO, L. P.; VASCONCELOS, T. N. N.; SERGIO, E. C.; DANTAS, M. Aspectos ecologicos de epifitas vasculares em floresta aberta e capoeira do norte de Mato Grosso. In: CONGRESSO DE ECOLOGIA DO BRASIL, 3., 1996, Brasilia. Manejo de ecossistemas e mudancas globais: resumos. Brasilia: Universidade de Brasilia, 1996. p.134.| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
| |
| 17. | | MELO, G. W. B. de; ZALAMENA, J.; ALBARELLO, J. B.; RODIGHERO, K.; CERETTA, C. A.; SILVA, L. S. da; SOARES, C. R. F. S.; AMBROSINI, V. G.; BRUNETTO, G. Alternativas de práticas agrícolas para o cultivo de videiras em solos com alto teor de cobre. Bento Gonçalves: Embrapa Uva e Vinho, 2015. (Embrapa Uva e Vinho. Comunicado Técnico, 171).| Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
| |
| 18. | | PAULA, A. M.; CUTRIN, A. O.; VASCONCELOS, T. N. N.; SOARES, C. R. A.; SERGIO, E. C.; PINTO, L. P.; MONTEIRO, J. R. B.; BORGES, L. K.; TONELLO, V. M.; DANTAS, M. Biomassa e nutrientes de raizes em floresta aberta e capoeira no norte do Mato Grosso. In: CONGRESSO DE ECOLOGIA DO BRASIL, 3., 1996, Brasilia. Manejo de ecossistemas e mudancas globais: resumos. Brasilia: Universidade de Brasilia, 1996. p.72-73.| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
| |
| 19. | | MELO, G. W. B. de; FURINI, G.; BRUNETTO, G>; COMIN, J. J.; SIMÃO, D. G.; MARQUES, A. C. R.; MARCHEZAN, C.; SILVA, I. C. B.; SOUZA, M.; SOARES, C. R.; ZALAMENA, J. Identification and phytoremediation potential of spontaneous species in vineyard soils contaminated with copper. International Journal of Phytoremediation, v. 24, n. 4, p. 342-349, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
| |
| 20. | | VASCONCELOS, T. N. N.; CUTRIM, A. O.; PAULA, A. M.; MONTEIRO, J. R. B.; PINTO, L. P.; TONELLO, V. M.; BORGES, L. M. K.; SERGIO, E. C.; SOARES, C. R. A.; DANTAS, M. Influencia de praticas agricolas sobre a ecologia de solo sob diferentes coberturas vegetais. In: CONGRESSO DE ECOLOGIA DO BRASIL, 3., 1996, Brasilia. Manejo de ecossistemas e mudancas globais: resumos. Brasilia: Universidade de Brasilia, 1996. p.454.| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
| |
| Registros recuperados : 26 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
