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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Clima Temperado; Embrapa Meio-Norte; Embrapa Rondônia; Embrapa Roraima. |
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Data corrente: |
28/06/2021 |
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Data da última atualização: |
29/11/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
BRESEGHELLO, F.; MELLO, R. N. de; PINHEIRO, P. V.; SOARES, D. M.; LOPES JUNIOR, S.; RANGEL, P. H. N.; GUIMARÃES, E. P.; CASTRO, A. P. de; COLOMBARI FILHO, J. M.; MAGALHÃES JUNIOR, A. M. de; FAGUNDES, P. R. R.; NEVES, P. de C. F.; FURTINI, I. V.; UTUMI, M. M.; PEREIRA, J. A.; CORDEIRO, A. C. C.; SILVEIRA FILHO, A.; ABREU, G. B.; MOURA NETO, F. P.; PIETRAGALLA, J.; VARGAS HERNÁNDEZ, M.; CROSSA, J. |
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Afiliação: |
FLAVIO BRESEGHELLO, CNPAF; RAQUEL NEVES DE MELLO, CNPAF; PATRICIA VALLE PINHEIRO, CNPAF; DINO MAGALHAES SOARES, CNPAF; SERGIO LOPES JUNIOR, CNPAF; PAULO HIDEO NAKANO RANGEL, CNPAF; ELCIO PERPETUO GUIMARAES, CNPAF; ADRIANO PEREIRA DE CASTRO, CNPAF; JOSE MANOEL COLOMBARI FILHO, CNPAF; ARIANO MARTINS DE MAGALHAES JUNIOR, CPACT; PAULO RICARDO REIS FAGUNDES, CPACT; PERICLES DE CARVALHO FERREIRA NEVES, CNPAF; ISABELA VOLPI FURTINI, CNPAF; MARLEY MARICO UTUMI, CPAF-RO; JOSE ALMEIDA PEREIRA, CPAMN; ANTONIO CARLOS CENTENO CORDEIRO, CPAF-RR; AUSTRELINO SILVEIRA FILHO, CPATU; GUILHERME BARBOSA ABREU, CPACP; FRANCISCO PEREIRA MOURA NETO, CNPAF; JULIAN PIETRAGALLA, INTEGRATED BREEDING PLATFORM, Texcoco, Mexico; MATEO VARGAS HERNÁNDEZ, CIMMYT, Texcoco-Mexico; JOSE CROSSA, CIMMYT, Texcoco-Mexico. |
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Título: |
Building the Embrapa rice breeding dataset for efficient data reuse. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Crop Science, v. 61, n. 5, p. 3445-3457, Sept./Oct. 2021. |
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ISSN: |
0011-183X |
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DOI: |
https://doi.org/10.1002/csc2.20550 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Embrapa has led breeding programs for irrigated and upland rice (Oryza sativa L.) since 1977, generating a large amount of pedigree and phenotypic data. However, there were no systematic standards for data recording nor long-term data preservation and reuse strategies. With the new aim of making data reuse practical, we recovered all data available and structured it into the Embrapa Rice Breeding Dataset (ERBD). In its current version, the ERBD includes 20,504 crosses involving 9,974 parents, the pedigrees of most of the 4,532 inbred lines that took part in advanced field trials, and phenotypic data from 2,711 field trials (1,118 irrigated, 1,593 upland trials), representing 226,458 field plots. Those trials were conducted over 38 years (1982-2019), in 247 locations, in latitudes ranging from 3°N to 33°S. Phenotypic traits included grain yield, days to flowering, plant height, canopy lodging, and five important fungal diseases: leaf blast, panicle blast, brown spot, leaf scald, and grain discoloration. The total number of data points surpasses 1.27 million. Descriptive statistics were computed over the dataset, split by cropping systems (irrigated or upland). The mean heritability of grain yield was high for both systems, at around .7, whereas the mean coefficient of variation was 13.9% for irrigated trials and 18.7% for upland trials. The ERBD offers the possibility of conducting studies on different aspects of rice breeding and genetics, including genetic gain, G×E analysis, genome-wide association studies and genomic prediction. MenosEmbrapa has led breeding programs for irrigated and upland rice (Oryza sativa L.) since 1977, generating a large amount of pedigree and phenotypic data. However, there were no systematic standards for data recording nor long-term data preservation and reuse strategies. With the new aim of making data reuse practical, we recovered all data available and structured it into the Embrapa Rice Breeding Dataset (ERBD). In its current version, the ERBD includes 20,504 crosses involving 9,974 parents, the pedigrees of most of the 4,532 inbred lines that took part in advanced field trials, and phenotypic data from 2,711 field trials (1,118 irrigated, 1,593 upland trials), representing 226,458 field plots. Those trials were conducted over 38 years (1982-2019), in 247 locations, in latitudes ranging from 3°N to 33°S. Phenotypic traits included grain yield, days to flowering, plant height, canopy lodging, and five important fungal diseases: leaf blast, panicle blast, brown spot, leaf scald, and grain discoloration. The total number of data points surpasses 1.27 million. Descriptive statistics were computed over the dataset, split by cropping systems (irrigated or upland). The mean heritability of grain yield was high for both systems, at around .7, whereas the mean coefficient of variation was 13.9% for irrigated trials and 18.7% for upland trials. The ERBD offers the possibility of conducting studies on different aspects of rice breeding and genetics, including genetic gain, G×E analysi... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Banco de dados. |
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Thesagro: |
Arroz; Fenótipo; Melhoramento Genético Vegetal; Oryza Sativa. |
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Thesaurus Nal: |
Databases; Genetics; Plant breeding; Rice. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/224093/1/cropscience-2021.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF) |
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| Registros recuperados : 130 | |
| 1. |  | SILVEIRA FILHO, A. Agricultura familiar. In: LISBOA, P. L. B. (Org.). Natureza, homem e manejo de recursos naturais na região de Caxiuanã, Melgaço, Pará. Belém, PA: MPEG, 2002. p. 199-202. il.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
|    |
| 2. | | SILVEIRA FILHO, A. Cultivos anuais. In: NASCIMENTO JUNIOR, J. de D. B.; SILVEIRA FILHO, A. (Org.). A operação Diagnóstico e Desenho na Transamazônica na década de 1990: uma estratégia para a estabilização da agricultura migratória e do manejo sustentável dos recursos naturais. Brasília, DF: Embrapa, 2020. Cap. 20, p. 257-261.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
|  |
| 5. | | CRAVO, M. da S.; SILVEIRA FILHO, A. Algodão. In: CRAVO, M. da S.; VIÉGAS, I. de J. M.; BRASIL, E. C. (Ed.). Recomendações de adubação e calagem para o Estado do Pará. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2007. pt. 2, cap. 1.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
| 6. | | CRAVO, M. da S.; SILVEIRA FILHO, A. Algodão. In: BRASIL, E. C.; CRAVO, M. da S.; VIEGAS, I. de J. M. (Ed.). Recomendações de calagem e adubação para o estado do Pará. 2. ed. rev. e atual. Brasília, DF: Embrapa, 2020. Pt. 2, cap. 1, p. 231-233.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 11. | | PORTES, T. de A.; KLUTHCOUSKI, J.; SILVEIRA FILHO, A. Crescimento de Brachiaria brizantha e arroz em cultivo consorciado e em cultivo isolado. Revista Brasileira de Fisiologia Vegetal, São Carlos, v. 5, n. 1, p. 94, jan./jun. 1993. ref. 209. Edição dos Resumos do IV Congresso Brasileiro de Fisiologia Vegetal, Fortaleza, jul. 1993.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
| |
| 15. | | CRAVO, M. S.; SMYTH, T. J.; SILVEIRA FILHO, A. Resposta do arroz à adubação nitrogenada em latossolo amarelo sob pastagem degradada de Paragominas - Pará. In: CONGRESSO BRASILEIRO DA CADEIA PRODUTIVA DE ARROZ, 2.; REUNIÃO NACIONAL DE PESQUISA DE ARROZ, 8., 2006, Brasília, DF. Resumos, conferências. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2009. p. 243-246. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 240).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
| 16. | | CRAVO, M. da S.; SMYTH, T. J.; SILVEIRA FILHO, A. Resposta de milho e soja à adubação fosfatada em latossolo amarelo muito argiloso de Paragominas - Pará. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 27.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 11.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 9.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 6., 2006, Bonito, MS. A busca das raízes: anais. Dourados: Embrapa Agropecuária Oeste, 2006. 1 CD-ROM. (Embrapa Agropecuária Oeste. Documentos, 82). FERTBIO 2006.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 20. | | CRAVO, M. da S.; SILVEIRA FILHO, A.; RODRIGUES, J. E. L. F.; VELOSO, C. A. C. Arroz de sequeiro. In: CRAVO, M. da S.; VIÉGAS, I. de J. M.; BRASIL, E. C. (Ed.). Recomendações de adubação e calagem para o Estado do Pará. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2007. pt. 2, cap. 2.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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