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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
18/12/2018 |
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Data da última atualização: |
24/01/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
OTTO, P. I.; GUIMARÃES, S. E. F.; VERARDO, L. L.; AZEVEDO, A. L. S.; VANDENPLAS, J.; SOARES, A. C. C.; SEVILLANO, C. A.; VERONEZE R; PIRES, M. de F. A.; FREITAS, C. de; PRATA, M. C. de A.; FURLONG, J.; VERNEQUE, R. da S.; MARTINS, M. F.; PANETTO, J. C. do C.; CARVALHO, W. A.; GOBO, D. O. R.; SILVA, M. V. G. B.; MACHADO, M. A. |
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Afiliação: |
PAMELA I. OTTO, UFV; SIMONE ELIZA FACIONI GUIMARAES, UFV; LUCAS L. VERARDO, UFV; ANA LUISA SOUSA AZEVEDO, CNPGL; J. VANDENPLAS, Wageningen University; ALINE C. C. SOARES, UFV; CLAUDIA A. SEVILLANO, Wageningen University; Topigs Norsvin Research Center, Beuningen; RENATA VERONEZE, UFV; MARIA DE FATIMA AVILA PIRES, CNPGL; CELIO DE FREITAS, CNPGL; MARCIA CRISTINA DE AZEVEDO PRATA, CNPGL; JOHN FURLONG, CNPGL; RUI DA SILVA VERNEQUE, CNPGL; MARTA FONSECA MARTINS, CNPGL; JOAO CLAUDIO DO CARMO PANETTO, CNPGL; WANESSA ARAUJO CARVALHO, CNPGL; DIEGO O. R. GOBO, UFV; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL. |
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Título: |
Genome-wide association studies for tick resistance in Bos taurus × Bos indicus crossbred cattle: A deeper look into this intricate mechanism. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
Journal of Dairy Science, v. 101, n. 12, p. 11020-11032, 2018. |
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DOI: |
10.3168/jds.2017-14223 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
ABSTRACT Rhipicephalus (Boophilus) microplus is the main cattle ectoparasite in tropical areas. Gir × Holstein crossbred cows are well adapted to different production systems in Brazil. In this context, we performed genome-wide association study (GWAS) and post-GWAS analyses for R. microplus resistance in an experimental Gir × Holstein F2 population. Single nucleotide polymorphisms (SNP) identified in GWAS were used to build gene networks and to investigate the breed of origin for its alleles. Tick artificial infestations were performed during the dry and rainy seasons. Illumina BovineSNP50 BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA) and single-step BLUP procedure was used for GWAS. Post-GWAS analyses were performed by gene ontology terms enrichment and gene transcription factors networks, generated from enriched transcription factors, identified from the promoter sequences of selected gene sets. The genetic origin of marker alleles in the F2 population was assigned using the breed of origin of alleles approach. Heritability estimates for tick counts were 0.40 ± 0.11 in the rainy season and 0.54 ± 0.11 in the dry season. The top ten 0.5-Mbp windows with the highest percentage of genetic variance explained by SNP markers were found in chromosomes 10 and 23 for both the dry and rainy seasons. Gene network analyses allowed the identification of genes involved with biological processes relevant to immune system functions (TREM1, TREM2, and CD83). Gene-transcription factors network allowed the identification of genes involved with immune functions (MYO5A, TREML1, and PRSS16). In resistant animals, the average proportion of animals showing significant SNPs with paternal and maternal alleles originated from Gir breed was 44.8% whereas the proportion of animals with both paternal and maternal alleles originated from Holstein breed was 11.3%. Susceptible animals showing both paternal and maternal alleles originated from Holstein breed represented 44.6% on average, whereas both paternal and maternal alleles originated from Gir breed animals represented 9.3%. This study allowed us to identify candidate genes for tick resistance in Gir × Holstein crossbreds in both rainy and dry seasons. According to the origin of alleles analysis, we found that most animals classified as resistant showed 2 alleles from Gir breed, while the susceptible ones showed alleles from Holstein. Based on these results, the identified genes may be thoroughly investigated in additional experiments aiming to validate their effects on tick resistance phenotype in cattle. MenosABSTRACT Rhipicephalus (Boophilus) microplus is the main cattle ectoparasite in tropical areas. Gir × Holstein crossbred cows are well adapted to different production systems in Brazil. In this context, we performed genome-wide association study (GWAS) and post-GWAS analyses for R. microplus resistance in an experimental Gir × Holstein F2 population. Single nucleotide polymorphisms (SNP) identified in GWAS were used to build gene networks and to investigate the breed of origin for its alleles. Tick artificial infestations were performed during the dry and rainy seasons. Illumina BovineSNP50 BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA) and single-step BLUP procedure was used for GWAS. Post-GWAS analyses were performed by gene ontology terms enrichment and gene transcription factors networks, generated from enriched transcription factors, identified from the promoter sequences of selected gene sets. The genetic origin of marker alleles in the F2 population was assigned using the breed of origin of alleles approach. Heritability estimates for tick counts were 0.40 ± 0.11 in the rainy season and 0.54 ± 0.11 in the dry season. The top ten 0.5-Mbp windows with the highest percentage of genetic variance explained by SNP markers were found in chromosomes 10 and 23 for both the dry and rainy seasons. Gene network analyses allowed the identification of genes involved with biological processes relevant to immune system functions (TREM1, TREM2, and CD83). Gene-transcription factors network a... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Breed of origin; Gene network; Gir × Holstein crossbred. |
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Thesaurus Nal: |
Genetic variance. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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Marc: |
LEADER 03793naa a2200397 a 4500
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520 $aABSTRACT Rhipicephalus (Boophilus) microplus is the main cattle ectoparasite in tropical areas. Gir × Holstein crossbred cows are well adapted to different production systems in Brazil. In this context, we performed genome-wide association study (GWAS) and post-GWAS analyses for R. microplus resistance in an experimental Gir × Holstein F2 population. Single nucleotide polymorphisms (SNP) identified in GWAS were used to build gene networks and to investigate the breed of origin for its alleles. Tick artificial infestations were performed during the dry and rainy seasons. Illumina BovineSNP50 BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA) and single-step BLUP procedure was used for GWAS. Post-GWAS analyses were performed by gene ontology terms enrichment and gene transcription factors networks, generated from enriched transcription factors, identified from the promoter sequences of selected gene sets. The genetic origin of marker alleles in the F2 population was assigned using the breed of origin of alleles approach. Heritability estimates for tick counts were 0.40 ± 0.11 in the rainy season and 0.54 ± 0.11 in the dry season. The top ten 0.5-Mbp windows with the highest percentage of genetic variance explained by SNP markers were found in chromosomes 10 and 23 for both the dry and rainy seasons. Gene network analyses allowed the identification of genes involved with biological processes relevant to immune system functions (TREM1, TREM2, and CD83). Gene-transcription factors network allowed the identification of genes involved with immune functions (MYO5A, TREML1, and PRSS16). In resistant animals, the average proportion of animals showing significant SNPs with paternal and maternal alleles originated from Gir breed was 44.8% whereas the proportion of animals with both paternal and maternal alleles originated from Holstein breed was 11.3%. Susceptible animals showing both paternal and maternal alleles originated from Holstein breed represented 44.6% on average, whereas both paternal and maternal alleles originated from Gir breed animals represented 9.3%. This study allowed us to identify candidate genes for tick resistance in Gir × Holstein crossbreds in both rainy and dry seasons. According to the origin of alleles analysis, we found that most animals classified as resistant showed 2 alleles from Gir breed, while the susceptible ones showed alleles from Holstein. Based on these results, the identified genes may be thoroughly investigated in additional experiments aiming to validate their effects on tick resistance phenotype in cattle.
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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| Registros recuperados : 535 | |
| 521. |  | ROSSE, I. C.; ASSIS, J. G.; OLIVEIRA, F. S.; LEITE, L. R.; ARAUJO, F.; ZERLOTINI NETO, A.; VOLPINI, A.; DOMINITINI, A. J.; LOPES, B. C.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; MARTINS, M. F.; COIMBRA, R. S.; SILVA, M. V. G. B.; OLIVEIRA, G.; CARVALHO, M. R. S. Whole genome sequencing of Guzera cattle reveals genetic variants in candidate genes for production, disease resistance, and heat tolerance. Mammalian Genome, v. 28, n. 1-2, p. 66-80, 2017. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Rui S. Verneque.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Leite. |
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| 522. | | ARAUJO, F.; DRUMOND, B.; ZERLOTINI, A.; ROSE, I. C.; LOPES, B. C.; GUEDES, E.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; GUIMARAES, M. F. M.; COIMBRA, R. S.; CARVALHO, M. R. S.; SILVA, M. V. G. B.; OLIVEIRA, G. C. Zebu genome sequencing and analysis using second generation sequencers. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 523. | | ZERLOTINI, A.; ARAÚJO, F.; DRUMOND, B.; ROSSE, I.; CUADROS-ORELLANA, S.; LOPEZ, B.; GUEDES, E.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; MARTINS, M. F.; COIMBRA, R.; CARVALHO, M. R.; SILVA, M. V. G. B.; OLIVEIRA, G. Zebu genome sequencing and analysis using second generation technology. In: Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 19., 2011, Vienna. Proceedings...| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 524. | | SÖLKNER, J.; PEREZ O'BRIEN, A. M.; HÖLLER, D.; BOISON, S. A.; MILANESI, M.; BOMBA, L.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARVALHEIRO, R.; NEVES, H. H. R.; SILVA, M. V. G. B.; VAN TASSEL, C. P.; SOSTENGARD, T. S.; MÉSZÁROS, G.; AJMONE-MARSAN, P.; GARCIA, J. F. Zebuines kerngenom und taurine Mitochondrien: admixtur von Nelore, der größten brasilianischen rinderrasse. Nova Acta Leopoldina, NF 119, n. 404, p. 69-75, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 525. | | OTTO, P. I.; GUIMARÃES, S. E. F.; VERARDO, L. L.; AZEVEDO, A. L. S.; VANDENPLAS, J.; SOARES, A. C. C.; SEVILLANO, C. A.; VERONEZE R; PIRES, M. de F. A.; FREITAS, C. de; PRATA, M. C. de A.; FURLONG, J.; VERNEQUE, R. da S.; MARTINS, M. F.; PANETTO, J. C. do C.; CARVALHO, W. A.; GOBO, D. O. R.; SILVA, M. V. G. B.; MACHADO, M. A. Genome-wide association studies for tick resistance in Bos taurus × Bos indicus crossbred cattle: A deeper look into this intricate mechanism. Journal of Dairy Science, v. 101, n. 12, p. 11020-11032, 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 526. | | FERNANDES, A. R.; MACHADO, C. H. C.; OLIVEIRA, G. R. A. e; LOPES, K. F.; OLIVEIRA, J. C. de; SILVA, A. M. dos S.; TEIXEIRA, R. B.; BARBIERI, R. S.; SILVA, L. C. M.; MORAES, C. R.; XAVIER, M. da C.; PANETTO, J. C. do C.; SILVA, M. V. G. B.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. da S.; MARTINS, M. F.; BORGES, C. A. V.; REIS, D. R. de L.; DOMINGUES, R. Programa Nacional de Melhoramento do Gir Leiteiro - 13ª prova de pré-seleção de touros: touros pré-selecionados por meio de avaliação genômica - maio 2022. Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2022. 25 p. (Embrapa Gado de Leite. Documentos, 264).| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sul. |
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| 530. | | PANETTO, J. C. do C.; VERNEQUE, R. da S.; SILVA, M. V. G. B.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; BRUNELI, F. A. T.; PEIXOTO, M. G. C. D.; SANTOS, G. G. dos; ARBEX, W. A.; REIS, D. R. de L.; GERALDO, C. C.; MACHADO, C. H. C.; VENTURA, H. T.; PEREIRA, M. A.; VERCESI FILHO, A. E.; MACIEL, R. da S.; FERNANDES, A. R. (ed.). Programa Nacional de Melhoramento do Gir Leiteiro: sumário brasileiro de touros: resultado do teste de progênie 8a prova de pré-seleção de touros - maio 2017. Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2017. 96 p. (Embrapa Gado de Leite. Documentos, 202)| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 531. | | MCCLURE, M. C.; SONSTEGARD, T. S.; WIGGANS, G.; EENENNAAM, A. L. V.; WEBER, K. L.; PENEDO, C. T.; BERRY, D. P.; FLYNN, J.; GARCIA, J. F.; CARMO, A. S.; REGITANO, L. C. A.; SOUZA, M. A.; SILVA, M. V. G. B.; COFFEY, M.; MOORE, K.; BOSCHER, M. Y.; GENESTOUT, L.; MAZZA, R.; TAYLOR, J. F.; SCHNABEL, R. D.; MACHADO, M. A.; SIMPSON, B.; MCEWAN, J. C.; CROMIE, A.; COUTINHO, L. L.; KUEHN, L. A.; KEELE, J. W.; PIPER, E. K.; COOK, J.; MARQUES, E.; TASSELL, C. P. V. Imputation of microsatellite alleles from dense SNP genotypes for parentage verification across multiple bos taurus and bos indicus breeds. In: ANNUAL INTERNATIONAL PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 21., 2013, San Diego. Abstracts... San Diego: [s.n.], 2013.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 532. | | McCLURE, M. C.; SONSTEGARD, T. S.; WIGGANS, G. R.; EENENNAAM, A. L. V.; WEBER, K. L.; PENEDO, C. T.; BERRY, D. P.; FLYNN, J.; GARCIA, J. F.; CARMO, A. S.; REGITANO, L. C. de A.; ALBUQUERQUE, M.; SILVA, M. V. G. B.; MACHADO, M. A.; COFFEY, M.; MOORE, K.; BOSCHER, M. Y.; GENESTOUT, L.; MAZZA, R.; TAYLOR, J. F.; SCHNABEL, R. D.; SIMPSON, B.; MARQUES, E.; McEWAN, J. C.; CROMIE, A.; COUTINHO, L. L.; KUEHN, L. A.; KEELE, J. W.; PIPER, E. K.; COOK, J.; WILLIAMS, R.; TASSELL, C. P. V. Imputation of microsatellite alleles from dense SNP genotypes for parentage verification across multiple Bos taurus and Bos indicus breeds. Frontiers in Genetics, v. 4, n. 176, 2013. 11 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 533. | | AUAD, A. M.; BRIGHENTI, A. M.; CARNEIRO, A. V.; RIBEIRO, A. C. de C. L.; CARVALHO, A. da C.; FREITAS, A. F. de; CARVALHO, B. C. de; ALENCAR, C. A. B. de; GOMIDE, C. A. de M.; MARTINS, C. E.; CASTRO, C. R. T. de; PACIULLO, D. S. C.; NASCIMENTO JUNIOR, E. R. do; SOUZA SOBRINHO, F. de; DERESZ, F.; LOPES, F. C. F.; SOUZA, G. N. de; WERNERSBACH FILHO, H. L.; OLIVEIRA, J. S. e; CARNEIRO, J. da C.; VIANA, J. H. M.; MENDONCA, L. C.; STOCK, L. A.; CAMARGO, L. S. de A.; MULLER, M. D.; OTENIO, M. H.; PEREIRA, M. C.; MACHADO, M. A.; GAMA, M. A. S. da; JUNQUEIRA, M. M.; SILVA, M. V. G. B.; PIRES, M. de F. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; MARTINS, M. F.; TORRES, R. de A.; TEIXEIRA, S. R.; OLIVEIRA, V. M. de; ROCHA, W. S. D. da. MANUAL de bovinocultura de leche. Brasília: LK Editora; Belo Horizonte: SENAR-AR/MG; Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2010. 607 p. il.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 534. | | AUAD, A. M.; BRIGHENTI, A. M.; CARNEIRO, A. V.; RIBEIRO, A. C. de C. L.; CARVALHO, A. da C.; FREITAS, A. F. de; CARVALHO, B. C. de; ALENCAR, C. A. B. de; GOMIDE, C. A. de M.; MARTINS, C. E.; CASTRO, C. R. T. de; PACIULLO, D. S. C.; NASCIMENTO JUNIOR, E. R. do; SOUZA SOBRINHO, F. de; DERESZ, F.; LOPES, F. C. F.; SOUZA, G. N. de; WERNERSBACH FILHO, H. L.; OLIVEIRA, J. S. e; CARNEIRO, J. da C.; VIANA, J. H. M.; FURLONG, J.; MENDONCA, L. C.; STOCK, L. A.; CAMARGO, L. S. de A.; MULLER, M. D.; OTENIO, M. H.; PEREIRA, M. C.; MACHADO, M. A.; GAMA, M. A. S. da; JUNQUEIRA, M. M.; SILVA, M. V. G. B.; PIRES, M. de F. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; GUIMARAES, M. F. M.; TORRES, R. de A.; TEIXEIRA, S. R.; OLIVEIRA, V. M. de; ROCHA, W. S. D. da. MANUAL de bovinocultura de leite. Brasília: LK Editora; Belo Horizonte: SENAR-AR/MG; Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2010. 607 p. il.| Tipo: Autoria/Organização/Edição de Livros |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 535. | | GIBBS, R. A.; TAYLOR, J. F.; VAN TASSELL, C. P.; BARENDSE, W.; EVERSOLE, K. A.; GILL, C. A.; GREEN, R. D.; HAMERNIK, D. L.; KAPPES, S. M.; LIEN, S.; MATUKUMALLI, L. K.; MCEWAN, J. C.; NAZARETH, L. V.; SCHNABEL, R. D.; WEINSTOCK, G. M.; WHEELER, D. A.; AJMONE-MARSAN, P.; BOETTCHER, P. J.; CAETANO, A. R.; GARCIA, J. F.; HANOTTE, O.; MARIANI, P.; SKOW, L. C.; SONSTEGARD, T. S.; WILLIAMS, J. L.; DIALLO, B.; HAILEMARIAM, L.; MARTINEZ, M. L.; MORRIS, C. A.; SILVA, L. O. C. da; SPELMAN, R. J.; MULATU, W.; ZHAO, K.; ABBEY, C. A.; AGABA, M.; ARAUJO, F. R.; BUNCH, R. J.; BURTON, J.; GORNI, C.; OLIVIER, H.; HARRISON, B. E.; LUFF, B.; MACHADO, M. A.; MWAKAYA, J.; PLASTOW, G.; SIM, W.; SMITH, T.; THOMAZ, M. B.; VALENTINI, A.; WILLIAMS, P.; WOMACK, J.; WOOLLIAMS, J. A.; LIU, Y.; QIN, X.; WORLEY, K. C.; GAO, C.; JIANG, H.; MOORE, S. S.; REN, Y.; SONG, X.-Z.; BUSTAMANTE, C. D.; HERNANDEZ, R. D.; MUZNY, D. M.; PATIL, S.; SAN LUCAS, A.; FU, Q.; KENT, M. P.; VEGA, R.; MATUKUMALLI, A.; MCWILLIAM, S.; SCLEP, G.; BRYC, K.; CHOI, J.; GAO, H.; GREFENSTETTE, J. J.; MURDOCH, B.; STELLA, A.; VILLA-ANGULO, R.; WRIGHT, M.; AERTS, J.; JANN, O.; NEGRINI, R.; GODDARD, M. E.; HAYES, B. J.; BRADLEY, D. G.; SILVA, M. V. G. B.; LAU, L. P. L.; LIU, G. E.; LYNN, D. J.; PANZITTA, F.; DODDS, K. G. Genome-wide survey of SNP variation uncovers the genetic structure of cattle breeds. Science, v. 324, n. 5926, p. 528-532, 2009.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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