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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
17/12/2014 |
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Data da última atualização: |
05/02/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
MOKRY, F. B.; BUZANSKAS, M. E.; MUDADU, M. de A.; GROSSI, D. do A.; HIGA, R. H.; VENTURA, R. V.; LIMA, A. O. de; SARGOLZAEI, M.; MEIRELLES, S. L. C.; SCHENKEL, F. S.; SILVA, M. V. G. B.; NICIURA, S. C. M.; ALENCAR, M. M. de; MINARI, D. P.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL. |
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Título: |
Linkage disequilibrium and haplotype block structure in a composite beef cattle breed. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, London v. 15, S6, p. 1-9, 2014. |
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DOI: |
10.1186/1471-2164-15-S7-S6 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Suppl 7. |
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Conteúdo: |
Abstract. Background: The development of linkage disequilibrium (LD) maps and the characterization of haplotype block structure at the population level are useful parameters for guiding genome wide association (GWA) studies, and for understanding the nature of non-linear association between phenotypes and genes. The elucidation of haplotype block structure can reduce the information of several single nucleotide polymorphisms (SNP) into the information of a haplotype block, reducing the number of SNPs in a coherent way for consideration in GWA and genomic selection studies. Results: The maximum average LD, measured by r2 varied between 0.33 to 0.40 at a distance of < 2.5 kb, and the minimum average values of r2 varied between 0.05 to 0.07 at distances ranging from 400 to 500 kb, clearly showing that the average r2 reduced with the increase in SNP pair distances. The persistence of LD phase showed higher values at shorter genomic distances, decreasing with the increase in physical distance, varying from 0.96 at a distance of < 2.5 kb to 0.66 at a distance from 400 to 500 kb. A total of 78% of all SNPs were clustered into haplotype blocks, covering 1,57 Mb of the total autosomal genome size. Conclusions: This study presented the first high density linkage disequilibrium map and haplotype block structure for a composite beef cattle population, and indicates that the high density SNP panel over 700 k can be used for genomic selection implementation and GWA studies for Canchim beef cattle. MenosAbstract. Background: The development of linkage disequilibrium (LD) maps and the characterization of haplotype block structure at the population level are useful parameters for guiding genome wide association (GWA) studies, and for understanding the nature of non-linear association between phenotypes and genes. The elucidation of haplotype block structure can reduce the information of several single nucleotide polymorphisms (SNP) into the information of a haplotype block, reducing the number of SNPs in a coherent way for consideration in GWA and genomic selection studies. Results: The maximum average LD, measured by r2 varied between 0.33 to 0.40 at a distance of < 2.5 kb, and the minimum average values of r2 varied between 0.05 to 0.07 at distances ranging from 400 to 500 kb, clearly showing that the average r2 reduced with the increase in SNP pair distances. The persistence of LD phase showed higher values at shorter genomic distances, decreasing with the increase in physical distance, varying from 0.96 at a distance of < 2.5 kb to 0.66 at a distance from 400 to 500 kb. A total of 78% of all SNPs were clustered into haplotype blocks, covering 1,57 Mb of the total autosomal genome size. Conclusions: This study presented the first high density linkage disequilibrium map and haplotype block structure for a composite beef cattle population, and indicates that the high density SNP panel over 700 k can be used for genomic selection implementation and GWA studies for Canchim bee... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Composite; Desequilíbrio de ligação; Genome wide association studies; Halplotype block; Linjage disequilibirium; Polimorfismo de nucleotídeo único. |
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Thesagro: |
Gado de corte. |
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Thesaurus Nal: |
Beef cattle; Linkage disequilibrium; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/119863/1/MOKRY.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/114007/1/PROCI-2104.00140.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/114252/1/1471-2164-15-S7-S6.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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| Registros recuperados : 535 | |
| 421. |  | BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. do A.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; CHUD, T. C. S.; STAFUZZA, N. B.; ROLA, L. D.; MEIRELLES, S. L. C.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; HIGA, R. H.; SILVA, M. V. G. B.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P. Candidate genes for male and female reproductive traits in Canchim beef cattle. Journal of Animal Science and Biotechnology, v. 8, p. 1-10, 2017. Artigo 67. Na publicação: Marcos Vinícius Gualberto Barbosa da Silva.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 422. | | SANTOS, C. G. dos; SOUSA, M. F.; VIEIRA, J. I. G.; MORAIS, L. R. de; FERNANDES, A. A. S.; LITTIERE, T. de O.; OTTO, P. I.; MACHADO, M. A.; SILVA, M. V. G. B.; BONAFÉ, C. M.; MAGALHÃES, A. F. B.; VERARDO, L. L. Candidate genes for tick resistance in cattle: a systematic review combining post-GWAS analyses with sequencing data. Journal of Applied Animal Research, v. 50, n. 1, p. 460-470, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 423. | | MALUF, V. H. H. K.; LIMA, T. R. de; CAMPOS, R. A.; SOARES, I. K. de A.; PEREIRA, H. P.; DOMINGUES, R.; REIS, D. R. de L.; MARTINS, M. F.; PANETTO, J. C. do C.; SILVA, M. V. G. B.; MACHADO, M. A. Desenvolvimento de teste de genotipagem em bovinos para o SNP A1/A2 do gene da beta caseína, usando a técnica de tetra-primer ARMS-PCR. In: PASSOS, L. P. (ed.). Coletânea de Iniciação Científica da Embrapa Gado de Leite-PIBIC CNPq 2020-2021. Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2021. (Embrapa Gado de Leite. Documentos, 262).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 424. | | PAIVA, S. R.; SILVA, M. V. G. B.; ANDRADE. L. G.; GUEDES, E.; MCMANUS, C.; YAMAGISHI, M. E. B.; CARNEIRO, P. L.; AZEVEDO, H. C.; FACO, O.; SOUZA, C. J. H. de; LOBO, R. N. B.; ARAUJO, A. M. de; MARTINS, V. M. V.; CAETANO, A. R. Development of a low density SNP panel for parentage and traceability testing in brazilian sheep breeds for optimization of breeding and conservation programs. In: Conference International Plant & Animal Genomes, 19., 2011, San Diego.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 425. | | STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; BUZANSKAS, M. E.; CHUD, T. C.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R. S.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. Genetiv variants with potencial loss of function in Gyr, Girolando, and Guzerat cattle breeds by resequencing. Journal of Animal Science, v. 95, n. suppl. 4, p. 81, 2017. Abstract of Breeding and Genetics Symposium, Baltimore, 2017.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 426. | | VERARDO, L. L.; SILVA, F. F. e; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; REIS, D. R. de L.; OTTO, P. I.; REGITANO, L. C. de A.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; ALBUQUERQUE, M. do S. M.; ZANELLA, R.; SILVA, M. V. G. B. Genome-wide analyses reveal the genetic architecture and candidate genes of indicine, taurine, synthetic crossbreds, and locally adapted cattle in Brazil. Frontiers in Genetics, v. 12, article 702822, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 427. | | BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. A.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; SARGOLZAEI, M.; MEIRELLES, S. L. C. O; MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; SILVA, M. V. G. B.; NICIURA, S. C. M.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P. Genome-wide association for growth traits in Canchim beef cattle. Plos One, v. 9, n. 4, e94802 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 428. | | OTTO, P. I.; GUIMARÃES, S. E. F.; VERARDO, L. L.; AZEVEDO, A. L. S.; VANDENPLAS, J.; SEVILLANO, C. A.; MARQUES, D. B. D.; PIRES, M. de F. A.; FREITAS, C. de; VERNEQUE, R. da S.; MARTINS, M. F.; PANETTO, J. C. do C.; CARVALHO, W. A.; GOBO, D. O. R.; SILVA, M. V. G. B.; MACHADO, M. A. Genome-wide association studies for heat stress response in Bos taurus × Bos indicus crossbred cattle. Journal of Dairy Science, v. 102, n. 9, p. 8148-8158, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 430. | | MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; LIMA, A. O. de; MEIRELLES, S. L. C.; SILVA, M. V. G. B. da; CARDOSO, F. F.; OLIVEIRA, M. M. de; URBINATI, I.; NICIURA, S. C. M.; TULLIO, R. R.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A. Genome-wide association study for backfat thickness in Canchim beef cattle using Random Forest approach. BMC Genetics, London v. 14, n. 47, 2013. 11 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 431. | | UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S. do; CARVALHEIRO, R.; NEVES, H. H. R.; MATOS, M. C.; ZAVAREZ, L. B.; O'BRIEN, A. M. P.; SÖLKNER, J.; McEWAN, J. C.; COLE, J. B.; TASSEL, C. P. V.; SCHENKEL, F. S.; SILVA, M. V. G. B.; PORTO NETO, L. R.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F. Genome-wide association study for birth weight in Nellore cattle points to previously described orthologous genes affecting human and bovine height. BMC Genetics, London, v. 14, article 52, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 432. | | OTTO, P. I.; GUIMARAES, S. E. F.; VERARDO, L. L.; AZEVEDO, A. L. S.; SEVILLANO, C. A.; PRATA, M. C. de A.; FURLONG, J.; FREITAS, C. de; VERNEQUE, R. da S.; MARTINS, M. F.; PANETTO, J. C. do C.; CARVALHO, W. A.; GARCIA, A. O.; DAIBERT, R. M. de P.; SILVA, M. V. G. B.; MACHADO, M. A. Genome wide association study for gastrointestinal nematodes resistance in Bos taurus x Bos indicus crossbred cattle. Livestock Science, v. 245, 104403, 2021. Short communication.| Tipo: Nota Técnica/Nota Científica |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 433. | | GUEDES, E.; AZEVEDO, A. L. S.; GASPARINI, K.; REIS, D. R. de L.; PRATA, M. C. de A.; FURLONG, J.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; ANDRADE, L. G.; MARTINS, M. F.; ARBEX, W. A.; SILVA, M. V. G. B.; MACHADO, M. A. Genome wide association study to identify loci for resistance to gastrointestinal nematodes in cattle. In: SÃO PAULO ADVANCED SCHOOL OF SCIENCE, 1., 2011, São Carlos, SP. Advances in the knowledge of parasite resistance of ruminant hosts and parasites: proceedings... São Carlos, SP: Embrapa Southeastern Region Animal Husbandry, 2011.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 434. | | UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S.; NEVES, H. H. R.; CARVALHEIRO, R.; MATOS, M. C.; ZAVAREZ, L. B.; ITO, P. K. R. K.; O'BRIEN, A. M. P.; SOLKNER, J.; PORTO-NETO, L. R.; SCHENKEL, F. S.; McEWAN, J.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; VAN TASSELL, C. P.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F. Genome-wide mapping of loci explaining variance in scrotal circumference in Nellore Cattle. Plos One v. 9, n. 2, p. 1-9, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 435. | | MACHADO, M. A.; AZEVEDO, A. L. S.; TEODORO, R. L.; PIRES, M. de F. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; FREITAS, C. de; PRATA, M. C. de A.; FURLONG, J.; SILVA, M. V. G. B.; GUIMARÃES, S. E. F.; REGITANO, L. C. de A.; COUTINHO, L. L.; GASPARIN, G.; VERNEQUE, R. da S. Genome wide scan for quantitative trait loci affecting tick resistance in cattle (Bos taurus x Bos indicus). BMC Genomics, v. 11, article 280, 2010.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 436. | | GOUVEIA, J. J. de S.; PAIVA, S. R.; MCMANUS, C. M.; CAETANO, A. R.; KIJAS, J. W.; FACO, O.; AZEVEDO, H. C.; ARAUJO, A. M. de; SOUZA, C. J. H. de; YAMAGISHI, M. E. B.; CARNEIRO, P. L. S.; LOBO, R. N. B.; OLIVEIRA, S. M. P. de; SILVA, M. V. G. B. Genome-wide search for signatures of selection in three major Brazilian locally adapted sheep breeds. Livestock Science, n. 197, p. 36-45, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Caprinos e Ovinos; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Meio-Norte; Embrapa Pecuária Sul; Embrapa Pesca e Aquicultura; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Tabuleiros Costeiros; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 437. | | CAMPOS, B. M.; CARMO, A. S. do; EGITO, A. A. do; MARIANTE, A. da S.; ALBUQUERQUE, M. S. M. do; GOUVEIA, J. J. S. de; MALHADO, C. H. M.; VERARDO, L. L.; SILVA, M. V. G. B. da; CARNEIRO, P. L. S. Genetic diversity, population structure, and correlations between locally adapted zebu and taurine breeds in Brazil using SNP markers. Tropical Animal Health and Production, v. 49, n. 8, p 1677-1684, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 438. | | STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; BUZANSKAS, M. E.; CHUD, T. C.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R. S.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. Genetic variants with potencial loss of function in Gyr, Girolando, and Guzerat cattle breeds by resequencing. Journal of Animal Science, v. 95, n. 4, p. 81, 2017. Edição dos abstracts do of Breeding and Genetics Symposium, Baltimore, 2017.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 439. | | STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; BUZANSKAS, M. E.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. Genetic variants with potential loss of function in Gyr, Girolando, and Guzerat cattle breeds by resequencing. Journal of Animal Science, v. 95, p. 81, 2017. Suplemento 4, Resumo 165. Edição de Abstracts do ASAS-CSAS Annual Meeting and Trade Show, Baltimore, 2017. Na publicação: A. Zerlotini, M. V. G. B. da Silva.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 440. | | SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; CEMBRANELLI, M. DE A. R.; PAIVA, L. DE C.; PANETTO, J. C. do C.; ALVES, B. R. C.; CAMPOS, M. M.; CARVALHO, B. C. de; MACHADO, M. A.; REIS, D. R. de L. Girolando breed genetic improvement program - Sire summary - Progeny test results - June 2016. Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2016 49 p. (Embrapa Gado de Leite. Documentos, 190)| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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