| |
|
|
 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Semiárido. Para informações adicionais entre em contato com cpatsa.biblioteca@embrapa.br. |
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Semiárido; Embrapa Soja. |
|
Data corrente: |
13/09/2023 |
|
Data da última atualização: |
17/01/2024 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
FERREIRA-NETO. J. R. C.; SILVA, M. D. da; BINNECK, E.; MELO, N. F. de; SILVA, R. G. da; MELO, A. L. T. M. de; PANDOLFI, V.; BUSTAMANTE, F. de O.; VIDAL, A. C. B.; BENKO-ISEPPON, A. M. |
|
Afiliação: |
JOSÉ RIBAMAR COSTA FERREIRA-NETO, UFPE; MANASSÉS DANIEL DA SILVA, UFPE; ELISEU BINNECK, CNPSO; NATONIEL FRANKLIN DE MELO, CPATSA; RAHISA HELENA DA SILVA; ANA LUIZA TRAJANO MANGUEIRA DE MELO, UFPE; VALESCA PANDOLFI, UFPE; FERNANDA DE OLIVEIRA BUSTAMANTE, UFPE; ANA CHRISTINA BRASILEIRO-VIDAL, UFPE; ANA MARIA BENKO-ISEPPON, UFPE. |
|
Título: |
Bridging the gap: combining genomics and transcriptomics approaches to understand Stylosanthes scabra, an orphan legume from the Brazilian Caatinga. |
|
Ano de publicação: |
2023 |
|
Fonte/Imprenta: |
Plants, v. 12, 3246, 2023. |
|
Páginas: |
23 p. |
|
DOI: |
10.3390/plants12183246 |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Conteúdo: |
Stylosanthes scabra is a scientifically orphaned legume found in the Brazilian Caatinga biome (a semi-arid environment). This work utilized omics approaches to investigate some ecophysiological aspects of stress tolerance/resistance in S. scabra, study its genomic landscape, and predict potential metabolic pathways. Considering its high-confidence conceptual proteome, 1694 (~2.6%) proteins were associated with resistance proteins, some of which were found in soybean QTL regions that confer resistance to Asian soybean rust. S. scabra was also found to be a potential source of terpenes, as biosynthetic gene clusters associated with terpene biosynthesis were identified in its genome. The analysis revealed that mobile elements comprised approximately 59% of the sequenced genome. In the remaining 41% of the sections, some of the 22,681 protein-coding gene families were categorized into two informational groups: those that were specific to S. scabra and those that expanded significantly compared to their immediate ancestor. Biological process enrichment analyses indicated that hese gene families play fundamental roles in the adaptation of S. scabra to extreme environments. Additionally, phylogenomic analysis indicated a close evolutionary relationship between the genera Stylosanthes and Arachis. Finally, this study found a high number (57) of aquaporin-encoding loci in the S. scabra genome. RNA-Seq and qPCR data suggested that the PIP subfamily may play a key role in the species? adaptation to water deficit conditions. Overall, these results provide valuable insights into S. scabra biology and a wealth of gene/transcript information for future legume omics studies. MenosStylosanthes scabra is a scientifically orphaned legume found in the Brazilian Caatinga biome (a semi-arid environment). This work utilized omics approaches to investigate some ecophysiological aspects of stress tolerance/resistance in S. scabra, study its genomic landscape, and predict potential metabolic pathways. Considering its high-confidence conceptual proteome, 1694 (~2.6%) proteins were associated with resistance proteins, some of which were found in soybean QTL regions that confer resistance to Asian soybean rust. S. scabra was also found to be a potential source of terpenes, as biosynthetic gene clusters associated with terpene biosynthesis were identified in its genome. The analysis revealed that mobile elements comprised approximately 59% of the sequenced genome. In the remaining 41% of the sections, some of the 22,681 protein-coding gene families were categorized into two informational groups: those that were specific to S. scabra and those that expanded significantly compared to their immediate ancestor. Biological process enrichment analyses indicated that hese gene families play fundamental roles in the adaptation of S. scabra to extreme environments. Additionally, phylogenomic analysis indicated a close evolutionary relationship between the genera Stylosanthes and Arachis. Finally, this study found a high number (57) of aquaporin-encoding loci in the S. scabra genome. RNA-Seq and qPCR data suggested that the PIP subfamily may play a key role in the species? ... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
Aquaporinas; Bioma Caatinga; Elementos móveis; Genoma nuclear; PRR-genes; R-genes. |
|
Thesagro: |
Leguminosa; Stylosanthes Scabra. |
|
Thesaurus Nal: |
Aquaporins; Drought; Nuclear genome. |
|
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
|
Marc: |
LEADER 02798naa a2200385 a 4500
001 2156669
005 2024-01-17
008 2023 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $a10.3390/plants12183246$2DOI
100 1 $aFERREIRA-NETO. J. R. C.
245 $aBridging the gap$bcombining genomics and transcriptomics approaches to understand Stylosanthes scabra, an orphan legume from the Brazilian Caatinga.$h[electronic resource]
260 $c2023
300 $a23 p.
520 $aStylosanthes scabra is a scientifically orphaned legume found in the Brazilian Caatinga biome (a semi-arid environment). This work utilized omics approaches to investigate some ecophysiological aspects of stress tolerance/resistance in S. scabra, study its genomic landscape, and predict potential metabolic pathways. Considering its high-confidence conceptual proteome, 1694 (~2.6%) proteins were associated with resistance proteins, some of which were found in soybean QTL regions that confer resistance to Asian soybean rust. S. scabra was also found to be a potential source of terpenes, as biosynthetic gene clusters associated with terpene biosynthesis were identified in its genome. The analysis revealed that mobile elements comprised approximately 59% of the sequenced genome. In the remaining 41% of the sections, some of the 22,681 protein-coding gene families were categorized into two informational groups: those that were specific to S. scabra and those that expanded significantly compared to their immediate ancestor. Biological process enrichment analyses indicated that hese gene families play fundamental roles in the adaptation of S. scabra to extreme environments. Additionally, phylogenomic analysis indicated a close evolutionary relationship between the genera Stylosanthes and Arachis. Finally, this study found a high number (57) of aquaporin-encoding loci in the S. scabra genome. RNA-Seq and qPCR data suggested that the PIP subfamily may play a key role in the species? adaptation to water deficit conditions. Overall, these results provide valuable insights into S. scabra biology and a wealth of gene/transcript information for future legume omics studies.
650 $aAquaporins
650 $aDrought
650 $aNuclear genome
650 $aLeguminosa
650 $aStylosanthes Scabra
653 $aAquaporinas
653 $aBioma Caatinga
653 $aElementos móveis
653 $aGenoma nuclear
653 $aPRR-genes
653 $aR-genes
700 1 $aSILVA, M. D. da
700 1 $aBINNECK, E.
700 1 $aMELO, N. F. de
700 1 $aSILVA, R. G. da
700 1 $aMELO, A. L. T. M. de
700 1 $aPANDOLFI, V.
700 1 $aBUSTAMANTE, F. de O.
700 1 $aVIDAL, A. C. B.
700 1 $aBENKO-ISEPPON, A. M.
773 $tPlants$gv. 12, 3246, 2023.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Soja (CNPSO) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 40 | |
| 1. |  | MACHADO, R. L.; COSTA, J. R.; CARVALHO, D. F. de. Freqüência, probabilidade de ocorrência e análise multivariada da erosividade das chuvas para os diferentes padrões de precipitação no estado do Rio de Janeiro e erodibilidade de um argissolo vermelho-amarelo em Seropédica, RJ. In: FÓRUM DE PÓS-GRADUAÇÃO DA UNIVERSIDADE FEDERAL RURAL DO RIO DE JANEIRO, 2., 2007, Seropédica, RJ. Anais... Seropédica: Editora da UFRRJ, 2007. 1 p. 1 CD-ROM. Parcerias: UFRRJ.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
|   |
| 2. | | PANACHUKI, E.; ALVES SOBRINHO, T.; VITORINO, A. C. T.; CARVALHO, D. F. de; URCHEI, M. A. Avaliação da infiltração de água no solo, em sistema de integração agricultura-pecuária, com uso de infiltrômetro de aspersão portátil. Acta Scientiarum, Agronomy, v. 28, n. 1, p. 1-54, jan./march, 2006.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste. |
|  |
| 3. | | MACHADO, R. L.; PINTO, M. F.; GOMES, D. P.; COSTA, J. R.; CARVALHO, D. F. de. Análise multivariada dos atributos físicos das chuvas erosivas e índices de erosividade em Ribeirão das Lajes, RJ. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE MANEJO E CONSERVAÇÃO DO SOLO E DA ÁGUA, 17., 2008, Rio de Janeiro. Manejo e conservação do solo e da água no contexto das mudanças ambientais. Rio de Janeiro: SBCS: Embrapa Solos: Embrapa Agrobiologia, 2008. 3 p. 1 CD-ROM. (Embrapa Solos. Documentos, 101). Parceria: UFRRJ.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
| |
| 4. | | PINTO, M. F.; GOMES, D. P.; MACHADO, R. L.; COSTA, J. R.; CARVALHO, D. F. de. Lâmina precipitada e duração das chuvas em função dos diferentes padrões de precipitação na região de Ribeirão das Lajes, RJ. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFRRJ, 17., 2007, Seropédica, RJ. Anais... Seropédica: Editora da UFRRJ, 2007. 2 p. 1 CD-ROM. Parcerias: UFRRJ.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
| |
| 6. | | PINTO, M. F.; GOMES, D. P.; MACHADO, R. L.; COSTA, J. R.; CARVALHO, D. F. de. Correlação dos atributos das chuvas erosivas em Ribeirão das Lajes-RJ, utilizando análise multivariada. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFRRJ, 17., 2007, Seropédica, RJ. Anais... Seropédica: Editora da UFRRJ, 2007. 2 p. 1 CD-ROM. Parcerias: UFRRJ.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
| |
| 7. | | MORAES, A. G. de L.; CARVALHO, D. F. de; ANTUNES, M. A. H.; CEDDIA, M. B. Relationship between remote sensing data and field-observed interril erosion. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 53, n. 3, p.332-342, mar. 2018. Título em português: Relação entre dados de sensoriamento remoto e perdas de solo em entressulcos observadas em campo.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
| |
| 8. | | CARVALHO, D. F. de; ROCHA, H. S. da; BONOMO, R.; SOUZA, A. P. de. Estimativa da evapotranspiração de referência a partir de dados meteorológicos limitados. PESQUISA AGROPECUÁRIA BRASILEIRA, Brasília, DF, v. 50, n. 1, p.1-11, jan., 2015. Título em inglês: Estimating reference evapotranspiration with limited meteorological data.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
| |
| 11. | | PANACHUKI, E.; ALVES SOBRINHO, T.; VITORINO, A. C. T.; CARVALHO, D. F. de; URCHEI, M. A. Parâmetros físicos do solo e erosão hídrica sob chuva simulada, em área de integração agricultura-pecuária. Revista Brasileira de Engenharia Agrícola e Ambiental, v. 10, n. 2, p. 261-268, abril./ jun. 2006.| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste. |
| |
| 14. | | PINTO, M. F.; SOUZA, W. de J.; OLIVEIRA, J. R. de; GUERRA, J. G. M.; CARVALHO, D. F. de. Influência da cobertura do solo na erosão hídrica de um argissolo vermelho-amarelo, sob diferentes padrões de chuva simulada. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE MANEJO E CONSERVAÇÃO DO SOLO E DA ÁGUA, 17., 2008, Rio de Janeiro. Manejo e conservação do solo e da água no contexto das mudanças ambientais. Rio de Janeiro: SBCS: Embrapa Solos: Embrapa Agrobiologia, 2008. 4 p. 1 CD-ROM. (Embrapa Solos. Documentos, 101). Parceria: UFRRJ; ESALQ-USP.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
| |
| 15. | | PANACHUKI, E.; SOBRINHO, T. A.; VITORINO, A. C. T.; CARVALHO, D. F. de; URCHEI, M. A.; YAMAMOTO, N. T. Influência de diferentes intensidades de precipitação na taxa de infiltração estável de água no solo. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 31., 2007, Gramado. Conquistas e desafios da ciência do solo brasileira. Gramado: SBCS: UFRGS Solos, 2007. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste. |
| |
| 17. | | CARVALHO, D. F. de; DURIGON, V. L.; ANTUNES, M. A. H.; ALMEIDA, W. S. de; OLIVEIRA, P. T. S. Predicting soil erosion using Rusle and NDVI time series from TM Landsat 5. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 49, n. 3, p. 215-224, mar. 2014. Título em português: Predição da erosão do solo com uso da Rusle e séries temporais de NDVI do Landsat 5 TM.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
| |
| 18. | | OLIVEIRA, J. R. de; PINTO, M. F.; SOUZA, W. de J.; GUERRA, J. G. M.; CARVALHO, D. F. de. Erosão hídrica em um argissolo vermelho-amarelo, sob diferentes padrões de chuva simulada. Revista Brasileira de Engenharia Agrícola e Ambiental, v.14, n.2, p.140?147, jan., 2010.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
| |
| 19. | | ALMEIDA, W. S. de; CARVALHO, D. F. de; PANACHUKI, E.; VALIM, W. C.; RODRIGUES, S. A.; VARELLA, A. A. Erosão hídrica em diferentes sistemas de cultivo e níveis de cobertura do solo. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 51, n. 9, p. 1110-1119, set. 2016. Título em inglês: Hydraulic erosion in different tillage systems and soil cover.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
| |
| Registros recuperados : 40 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
