|
|
Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Corte. |
Data corrente: |
02/01/2014 |
Data da última atualização: |
22/01/2020 |
Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
Autoria: |
CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; SILVA, F. R. da; GIACHETTO, P. F.; KUSER-FALCÃO, P. R.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R. |
Afiliação: |
LEANDRO CARRIJO CINTRA, CNPTIA; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; FRANCISCO PEREIRA LOBO, CNPTIA; FELIPE RODRIGUES DA SILVA, CNPTIA; POLIANA FERNANDA GIACHETTO, CNPTIA; PAULA REGINA KUSER FALCAO, CNPTIA; LUIZ OTAVIO CAMPOS DA SILVA, CNPGC; ANDREA ALVES DO EGITO, CNPGC; FABIANE SIQUEIRA, CNPGC; NAIARA MILAGRES AUGUSTO DA SILVA, CENARGEN; SAMUEL REZENDE PAIVA, Cenargen; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, CENARGEN. |
Título: |
Sequencing and de novo genome assembly of a nelore (Bos indicus) bull. |
Ano de publicação: |
2013 |
Fonte/Imprenta: |
In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 21., 2013, San Diego. [Abstracts...]. [S.l.: s.n.], 2013. |
Páginas: |
Não paginado. |
Idioma: |
Inglês Português |
Notas: |
Pôster 0522. |
Conteúdo: |
Bos indicus cattle breeds have been extensively used for dairy and beef production in tropical climates and present several natural adaptations to biotic and abiotic stresses found in these regions of the world. As breeder associations stride towards incorporating genomic tools into ongoing genetic evaluations and breeding programs to improve productivity and beef and milk quality traits, a (B. indicus) genome assembly represents an essential tool which will be vital to help identify and understand the underlying genetic variations that distinguish taurine and indicine cattle, which have diverged >250,000 years ago. DNA obtained from semen from a Nelore bull born in 1987, with an estimated cumulative inbreeding coefficient of 29.4%, and that can be traced to animals imported from India, was used to produce 100bp paired-end sequences from short (300 and 700bp) and long insert (3, 5 and 10 kbp) libraries, with an Illumina HiSeq platform. A total of 120Gbp were sequenced, corresponding to 45x raw coverage of the genome. The SOAP de novo assembler was used to build contigs and scaffolding. Several parameters sets were evaluated to obtain the best assembly based on the number of scaffolds, number of bases in scaffolds, N50, and total gap length. The best assembly obtained so far contains 2.7Gbp, 15,103 scaffolds with N50 of 649Kbp, and 756Mbp of gaps. Current results are being used to target additional sequencing of specific libraries to improve scaffold assembly. In addition, different sequencing technologies are also under evaluation for generating additional data to improve sequence assembly quality before comparisons with the reference (B. taurus) sequence are performed. MenosBos indicus cattle breeds have been extensively used for dairy and beef production in tropical climates and present several natural adaptations to biotic and abiotic stresses found in these regions of the world. As breeder associations stride towards incorporating genomic tools into ongoing genetic evaluations and breeding programs to improve productivity and beef and milk quality traits, a (B. indicus) genome assembly represents an essential tool which will be vital to help identify and understand the underlying genetic variations that distinguish taurine and indicine cattle, which have diverged >250,000 years ago. DNA obtained from semen from a Nelore bull born in 1987, with an estimated cumulative inbreeding coefficient of 29.4%, and that can be traced to animals imported from India, was used to produce 100bp paired-end sequences from short (300 and 700bp) and long insert (3, 5 and 10 kbp) libraries, with an Illumina HiSeq platform. A total of 120Gbp were sequenced, corresponding to 45x raw coverage of the genome. The SOAP de novo assembler was used to build contigs and scaffolding. Several parameters sets were evaluated to obtain the best assembly based on the number of scaffolds, number of bases in scaffolds, N50, and total gap length. The best assembly obtained so far contains 2.7Gbp, 15,103 scaffolds with N50 of 649Kbp, and 756Mbp of gaps. Current results are being used to target additional sequencing of specific libraries to improve scaffold assembly. In addition, di... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Bioinformática; Sequenciamento de genoma. |
Thesagro: |
Bos indicus. |
Thesaurus Nal: |
bioinformatics; genome assembly; Nellore. |
Categoria do assunto: |
-- X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/94595/1/P0522.odt
|
Marc: |
LEADER 02729nam a2200349 a 4500 001 1974758 005 2020-01-22 008 2013 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aCINTRA, L. C. 245 $aSequencing and de novo genome assembly of a nelore (Bos indicus) bull.$h[electronic resource] 260 $aIn: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 21., 2013, San Diego. [Abstracts...]. [S.l.: s.n.]$c2013 300 $aNão paginado. 500 $aPôster 0522. 520 $aBos indicus cattle breeds have been extensively used for dairy and beef production in tropical climates and present several natural adaptations to biotic and abiotic stresses found in these regions of the world. As breeder associations stride towards incorporating genomic tools into ongoing genetic evaluations and breeding programs to improve productivity and beef and milk quality traits, a (B. indicus) genome assembly represents an essential tool which will be vital to help identify and understand the underlying genetic variations that distinguish taurine and indicine cattle, which have diverged >250,000 years ago. DNA obtained from semen from a Nelore bull born in 1987, with an estimated cumulative inbreeding coefficient of 29.4%, and that can be traced to animals imported from India, was used to produce 100bp paired-end sequences from short (300 and 700bp) and long insert (3, 5 and 10 kbp) libraries, with an Illumina HiSeq platform. A total of 120Gbp were sequenced, corresponding to 45x raw coverage of the genome. The SOAP de novo assembler was used to build contigs and scaffolding. Several parameters sets were evaluated to obtain the best assembly based on the number of scaffolds, number of bases in scaffolds, N50, and total gap length. The best assembly obtained so far contains 2.7Gbp, 15,103 scaffolds with N50 of 649Kbp, and 756Mbp of gaps. Current results are being used to target additional sequencing of specific libraries to improve scaffold assembly. In addition, different sequencing technologies are also under evaluation for generating additional data to improve sequence assembly quality before comparisons with the reference (B. taurus) sequence are performed. 650 $abioinformatics 650 $agenome assembly 650 $aNellore 650 $aBos indicus 653 $aBioinformática 653 $aSequenciamento de genoma 700 1 $aZERLOTINI, A. 700 1 $aLOBO, F. P. 700 1 $aSILVA, F. R. da 700 1 $aGIACHETTO, P. F. 700 1 $aKUSER-FALCÃO, P. R. 700 1 $aSILVA, L. O. C. da 700 1 $aEGITO, A. A. do 700 1 $aSIQUEIRA, F. 700 1 $aSILVA, N. M. A. da 700 1 $aPAIVA, S. R. 700 1 $aYAMAGISHI, M. E. B. 700 1 $aCAETANO, A. R.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Semiárido. |
Data corrente: |
17/11/2016 |
Data da última atualização: |
25/01/2017 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
Autoria: |
FARIAS, J. W. de S.; RODRIGUES, C. dos A.; BARBOSA, E. G. M.; BEZERRA, D. A.; LEAO, P. C. de S.; RITSCHEL, P. S.; BARBOSA, M. A. G. |
Afiliação: |
JOSÉ WILLIANO DE SOUZA FARIAS, Estagiário da Embrapa Semiárido; CRISTIANE DOS ANJOS RODRIGUES, Estagiária da Embrapa Semiárido; ELAINE GRASIELE MELO BARBOSA, Bolsista Facepe; DAYANNE AMORIM BEZERRA, Bolsista CNPq; PATRICIA COELHO DE SOUZA LEAO, CPATSA; PATRICIA SILVA RITSCHEL, CNPUV; MARIA ANGELICA GUIMARAES BARBOSA, CPATSA. |
Título: |
Avaliação da resistência genética de híbridos de videira ao cancro bacteriano no Vale do São Francisco. |
Ano de publicação: |
2016 |
Fonte/Imprenta: |
In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA SEMIÁRIDO, 11., 2016, Petrolina. Anais... Petrolina: Embrapa Semiárido, 2016. |
Páginas: |
p. 311-315. |
Série: |
(Embrapa Semiárido. Documentos, 271). |
ISSN: |
1808-9992 |
Idioma: |
Português |
Conteúdo: |
O cancro bacteriano, causado pela bactéria Xanthomonas campestris pv. viticola (Nayudu) Dye, é bastante agressivo e amplamente disseminado no Submédio do Vale do São Francisco. Por esta razão, o Programa de Melhoramento Genético da videira, da Embrapa, vem tentando desenvolver uma cultivar com características agronômicas desejáveis e resistência ao cancro bacteriano da videira. Assim, o objetivo deste trabalho foi avaliar a resistência de acessos de uva desenvolvidos pela Embrapa Semiárido, nas condições climáticas do Vale do São Francisco. Foram testados 26 híbridos, em casa de vegetação, inoculados artificialmente com X. campestris pv. viticola e avaliados por meio de escala diagramática. Os híbridos CPATSA 15-06, 15,06T, 21-42, 05-01, 21-32 e 14-05G apresentam potencial para continuar no programa de melhoramento da videira. |
Palavras-Chave: |
Acesso; Disease; Vale do São Francisco. |
Thesagro: |
Bactéria; Cancro Bacteriano; Doença; Resistência; Uva; Vitis Vinifera; Xanthomonas Campestris. |
Thesaurus NAL: |
Grapes. |
Categoria do assunto: |
H Saúde e Patologia |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/150165/1/311.pdf
|
Marc: |
LEADER 01928nam a2200349 a 4500 001 2056522 005 2017-01-25 008 2016 bl uuuu u00u1 u #d 022 $a1808-9992 100 1 $aFARIAS, J. W. de S. 245 $aAvaliação da resistência genética de híbridos de videira ao cancro bacteriano no Vale do São Francisco. 260 $aIn: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA SEMIÁRIDO, 11., 2016, Petrolina. Anais... Petrolina: Embrapa Semiárido$c2016 300 $ap. 311-315. 490 $a(Embrapa Semiárido. Documentos, 271). 520 $aO cancro bacteriano, causado pela bactéria Xanthomonas campestris pv. viticola (Nayudu) Dye, é bastante agressivo e amplamente disseminado no Submédio do Vale do São Francisco. Por esta razão, o Programa de Melhoramento Genético da videira, da Embrapa, vem tentando desenvolver uma cultivar com características agronômicas desejáveis e resistência ao cancro bacteriano da videira. Assim, o objetivo deste trabalho foi avaliar a resistência de acessos de uva desenvolvidos pela Embrapa Semiárido, nas condições climáticas do Vale do São Francisco. Foram testados 26 híbridos, em casa de vegetação, inoculados artificialmente com X. campestris pv. viticola e avaliados por meio de escala diagramática. Os híbridos CPATSA 15-06, 15,06T, 21-42, 05-01, 21-32 e 14-05G apresentam potencial para continuar no programa de melhoramento da videira. 650 $aGrapes 650 $aBactéria 650 $aCancro Bacteriano 650 $aDoença 650 $aResistência 650 $aUva 650 $aVitis Vinifera 650 $aXanthomonas Campestris 653 $aAcesso 653 $aDisease 653 $aVale do São Francisco 700 1 $aRODRIGUES, C. dos A. 700 1 $aBARBOSA, E. G. M. 700 1 $aBEZERRA, D. A. 700 1 $aLEAO, P. C. de S. 700 1 $aRITSCHEL, P. S. 700 1 $aBARBOSA, M. A. G.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
Registro original: |
Embrapa Semiárido (CPATSA) |
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
Fechar
|
Expressão de busca inválida. Verifique!!! |
|
|