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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Corte. |
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Data corrente: |
02/01/2014 |
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Data da última atualização: |
22/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; SILVA, F. R. da; GIACHETTO, P. F.; KUSER-FALCÃO, P. R.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R. |
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Afiliação: |
LEANDRO CARRIJO CINTRA, CNPTIA; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; FRANCISCO PEREIRA LOBO, CNPTIA; FELIPE RODRIGUES DA SILVA, CNPTIA; POLIANA FERNANDA GIACHETTO, CNPTIA; PAULA REGINA KUSER FALCAO, CNPTIA; LUIZ OTAVIO CAMPOS DA SILVA, CNPGC; ANDREA ALVES DO EGITO, CNPGC; FABIANE SIQUEIRA, CNPGC; NAIARA MILAGRES AUGUSTO DA SILVA, CENARGEN; SAMUEL REZENDE PAIVA, Cenargen; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, CENARGEN. |
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Título: |
Sequencing and de novo genome assembly of a nelore (Bos indicus) bull. |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 21., 2013, San Diego. [Abstracts...]. [S.l.: s.n.], 2013. |
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Páginas: |
Não paginado. |
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Idioma: |
Inglês
Português |
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Notas: |
Pôster 0522. |
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Conteúdo: |
Bos indicus cattle breeds have been extensively used for dairy and beef production in tropical climates and present several natural adaptations to biotic and abiotic stresses found in these regions of the world. As breeder associations stride towards incorporating genomic tools into ongoing genetic evaluations and breeding programs to improve productivity and beef and milk quality traits, a (B. indicus) genome assembly represents an essential tool which will be vital to help identify and understand the underlying genetic variations that distinguish taurine and indicine cattle, which have diverged >250,000 years ago. DNA obtained from semen from a Nelore bull born in 1987, with an estimated cumulative inbreeding coefficient of 29.4%, and that can be traced to animals imported from India, was used to produce 100bp paired-end sequences from short (300 and 700bp) and long insert (3, 5 and 10 kbp) libraries, with an Illumina HiSeq platform. A total of 120Gbp were sequenced, corresponding to 45x raw coverage of the genome. The SOAP de novo assembler was used to build contigs and scaffolding. Several parameters sets were evaluated to obtain the best assembly based on the number of scaffolds, number of bases in scaffolds, N50, and total gap length. The best assembly obtained so far contains 2.7Gbp, 15,103 scaffolds with N50 of 649Kbp, and 756Mbp of gaps. Current results are being used to target additional sequencing of specific libraries to improve scaffold assembly. In addition, different sequencing technologies are also under evaluation for generating additional data to improve sequence assembly quality before comparisons with the reference (B. taurus) sequence are performed. MenosBos indicus cattle breeds have been extensively used for dairy and beef production in tropical climates and present several natural adaptations to biotic and abiotic stresses found in these regions of the world. As breeder associations stride towards incorporating genomic tools into ongoing genetic evaluations and breeding programs to improve productivity and beef and milk quality traits, a (B. indicus) genome assembly represents an essential tool which will be vital to help identify and understand the underlying genetic variations that distinguish taurine and indicine cattle, which have diverged >250,000 years ago. DNA obtained from semen from a Nelore bull born in 1987, with an estimated cumulative inbreeding coefficient of 29.4%, and that can be traced to animals imported from India, was used to produce 100bp paired-end sequences from short (300 and 700bp) and long insert (3, 5 and 10 kbp) libraries, with an Illumina HiSeq platform. A total of 120Gbp were sequenced, corresponding to 45x raw coverage of the genome. The SOAP de novo assembler was used to build contigs and scaffolding. Several parameters sets were evaluated to obtain the best assembly based on the number of scaffolds, number of bases in scaffolds, N50, and total gap length. The best assembly obtained so far contains 2.7Gbp, 15,103 scaffolds with N50 of 649Kbp, and 756Mbp of gaps. Current results are being used to target additional sequencing of specific libraries to improve scaffold assembly. In addition, di... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Sequenciamento de genoma. |
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Thesagro: |
Bos indicus. |
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Thesaurus Nal: |
bioinformatics; genome assembly; Nellore. |
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Categoria do assunto: |
--
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/94595/1/P0522.odt
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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Registro |
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URL |
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| Registros recuperados : 91 | |
| 22. |  | VOLL, E.; GARCIA, A.; GAZZIERO, D. L. P.; ADEGAS, F. S. Alelopatia do ácido aconítico em soja. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 44, n. 6, p. 645-648, jun. 2009.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 24. | | BRIGHENTI, A. M.; BORTOLUZI, E. S.; VOLL, E.; GAZZIERO, D. L. P.; ADEGAS, F. S. Acúmulo de matéria seca e marcha de absorção de macronutrientes em Cardiospermum halicacabum. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 24., 2002, São Pedro, SP. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2002. p. 181-182. (Embrapa Soja. Documentos, 185).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 28. | | BRIGHENTI, C. M.; CASTRO, C. de; GAZZIERO, D. L. P.; ADEGAS, F. S.; VOLL, E. Cadastramento fitossociológico de plantas daninhas na cultura de girassol. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, v. 38, n. 5, p. 651-657, maio 2003.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 29. | | BRIGHENTI, A. M.; CASTRO, C. de; GAZZIERO, D. L. P.; ADEGAS, F. S.; VOLL, E. Cadastramento fitossociológico de plantas daninhas na cultura de girassol. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 38, n. 5, p. 651-657, maio 2003 Notas Científicas.
Título em inglês: Phytosociological census of weeds in the sunflower crop.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 30. | | BRIGHENTI, A. M.; CASTRO, C. de; VOLL, E.; GAZZIERO, D. L. P.; ADEGAS, F. S. Cadastramento fitossociológico de plantas daninhas na cultura do girassol. In: SIMPÓSIO NACIONAL DE GIRASSOL, 3.; REUNIÃO NACIONAL DE GIRASSOL,15., 2003, Ribeirão Preto. [Anais]. [S.l.]: CATI, 2003. 1 CD-ROM. Seção Trabalhos.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 31. | | SILVA, A. F. da; KARAM, D.; GAZZIERO, D. L. P.; ADEGAS, F. S.; VARGAS, L. Como driblar a resistência a herbicidas. A Granja, Porto Alegre, v. 73, n. 826, p. 54-56, out. 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo; Embrapa Soja. |
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| 32. | | VOLL, E.; GARCIA, A.; GAZZIERO, D. L. P.; ADEGAS, F. S. Efeitos alelopáticos do ácido aconítico em cultivares de soja. In: ENCONTRO BRASILEIRO DE ECOLOGIA QUÍMICA, 5., 2007, Londrina. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2007. p. 82 Organizado por Clara Beatriz Hoffmann-Campo, Odilon Ferreira Saraiva, Lenita Jacob Oliveira, Odilon Ferreira Saraiva, Simone Ery Grosskopf.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 36. | | GAZZIERO, D. L. P.; ADEGAS, F. S.; VOLL, E.; FORNAROLLI, D. A.; CHAVES, D. P. Controle químico de Conyza spp.: II população com presença de plantas com mais de 15 cm de altura. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 5.; MERCOSOJA 2009, Goiânia. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2009. p. 67, trab. 105. Editado por Adilson de Oliveira Júnior, Odilon Ferreira Saraiva, Clara Beatriz Hoffmann Campo, César de Castro.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 37. | | BRIGHENTI, A. M.; BORTOLUZI, E. S.; VOLL, E.; GAZZIERO, D. L. P.; ADEGAS, F. S. Controle de plantas jovens de Cardiospermum halicacabum. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 24., 2002, São Pedro, SP. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2002. p. 182-183. (Embrapa Soja. Documentos, 185).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 38. | | GAZZIERO, D. L. P.; ADEGAS, F. S.; VOLL, E.; VARGAS, L.; MARCHI, G.; FORNAROLI, D. Controle de buva com aplicações de herbicidas na pós-colheita do milho safrinha e na pré-semeadura da soja. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 31., 2010, Brasília, DF. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2010. p. 436-437. Editores técnicos: Adilson de Oliveira Junior, Odilon Ferreira Saraiva, Regina Maria Villas Bôas de Campo Leite, César de Castro, Jussara Flores de Oliveira Arbues, Wellington Cavalcanti.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados; Embrapa Soja; Embrapa Trigo. |
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| 39. | | GAZZIERO, D. L. P.; ADEGAS, F. S.; VOLL, E.; VARGAS, L.; FONAROLI, D.; MARCHI, G. Controle de buva em áreas de milho safrinha com e sem o uso de herbicida 2,4-D. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 31., 2010, Brasília, DF. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2010. p. 439-441. Resumo 148. Editores técnicos: Adilson de Oliveira Junior, Odilon Ferreira Saraiva, Regina Maria Villas Bôas de Campo Leite, César de Castro, Jussara Flores de Oliveira Arbues, Wellington Cavalcanti.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 40. | | GAZZIERO, D. L. P.; ADEGAS, F. S.; VOLL, E.; VARGAS, L.; FORNAROLI, D.; MARCHI, G. Controle de buva em áreas de milho safrinha com e sem o uso do herbicida 2,4-D. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 31., 2010, Brasília, DF. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2010. Editores técnicos: Adilson de Oliveira Junior, Odilon Ferreira Saraiva, Regina Maria Villas Bôas de Campo Leite, César de Castro, Jussara Flores de Oliveira Arbues, Wellington Cavalcanti. p. 439-441.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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