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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agroenergia. |
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Data corrente: |
19/10/2023 |
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Data da última atualização: |
26/02/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
OLIVEIRA, J. C. de; SILVA, A. L. D. da; SILVA, L. M. da; FORMIGHIERI, E. F.; PETERS, L. P.; ASSIS, G. M. L. de; SILVA, C. C. da; SOUZA, A. P. DE; CAMPOS, T. de. |
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Afiliação: |
JÔNATAS CHAGAS DE OLIVEIRA, UNIVERSIDADE FEDERAL DO ACRE; ANDRÉ LUCAS DOMINGOS DA SILVA, UNIVERSIDADE FEDERAL DO ACRE; LUCIELIO MANOEL DA SILVA, CPATC; EDUARDO FERNANDES FORMIGHIERI, CNPAE; LEILA PRISCILA PETERS, UNIVERSIDADE FEDERAL DO ACRE; GISELLE MARIANO LESSA DE ASSIS, CPAF-AC; CARLA CRISTINA DA SILVA, UNIVERSIDADE DE CAMPINAS; ANETE PEREIRA DE SOUZA, UNIVERSITY OF CAMPINAS; TATIANA DE CAMPOS, CPAF-AC. |
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Título: |
Novel microsatellite markers derived from Arachis pintoi transcriptome sequencing for cross-species transferability and varietal identification. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
Plant Molecular Biology Reporter, v. 41, n. 4, 2023. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s11105-023-01402-9 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Forage peanut (Arachis pintoi) is an important leguminous forage that has gained popularity due to increased livestock productivity. Furthermore, the species helps with soil fertility and the restoration of degraded areas. However, A. pintoi has a limited number of molecular markers. The objective of this study was to create and characterize gene-derived microsatellite markers as well as to test their transferability to the peanut (Arachis hypogaea) and other six wild Arachis species. A total of 4461 putative simple sequence repeats (SSR) were identified, and PCR primer pairs were designed for 999 SSR regions after filtering out primers with the same annealing site and searching for sequences related to open reading frames (ORFs). The dinucleotide motif was the most common (628; 62.86%). For validation, 186 primer pairs were chosen at random, of which 63 (33.87%) were polymorphic, with an average of 7.37 alleles per locus. Polymorphic information content (PIC = 0.70) and discriminatory power (D = 0.80) were both high on average. The functional annotation discovered 120 sequences that were assigned to 87 gene ontology functional groups divided into three main categories: molecular function (27 sub-categories), cellular components (21 sub-categories), and biological process (39 sub-categories). Thirty-three SSRs were tested for transferability to peanut and six other wild Arachis species, resulting in variable cross-species amplification (63.64 to 100%). Here, we present the first gene-derived SSR for A. pintoi. These new informative microsatellites may be linked to agronomically important genes to be used in genetic studies. MenosForage peanut (Arachis pintoi) is an important leguminous forage that has gained popularity due to increased livestock productivity. Furthermore, the species helps with soil fertility and the restoration of degraded areas. However, A. pintoi has a limited number of molecular markers. The objective of this study was to create and characterize gene-derived microsatellite markers as well as to test their transferability to the peanut (Arachis hypogaea) and other six wild Arachis species. A total of 4461 putative simple sequence repeats (SSR) were identified, and PCR primer pairs were designed for 999 SSR regions after filtering out primers with the same annealing site and searching for sequences related to open reading frames (ORFs). The dinucleotide motif was the most common (628; 62.86%). For validation, 186 primer pairs were chosen at random, of which 63 (33.87%) were polymorphic, with an average of 7.37 alleles per locus. Polymorphic information content (PIC = 0.70) and discriminatory power (D = 0.80) were both high on average. The functional annotation discovered 120 sequences that were assigned to 87 gene ontology functional groups divided into three main categories: molecular function (27 sub-categories), cellular components (21 sub-categories), and biological process (39 sub-categories). Thirty-three SSRs were tested for transferability to peanut and six other wild Arachis species, resulting in variable cross-species amplification (63.64 to 100%). Here, we present the f... Mostrar Tudo |
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Thesaurus Nal: |
Arachis; Forage; Peanuts. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agroenergia (CNPAE) |
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| Registros recuperados : 148 | |
| 141. |  | TORRES, L. M. F. C.; BRAGA, N. A.; GOMES, I. P.; ALMEIDA, M. T.; SANTOS, T. L.; MESQUITA, J. P. de; SILVA, L. M. da; MARTINS, H. R.; KATO, K. C.; SANTOS, W. T. P. dos; RESENDE, J. M.; PEREIRA, M. C.; BEMQUERER, M. P.; RODRIGUES, M. A.; VERLY, R. M. Nanobiostructure of fibrous-like alumina functionalized with analog of the BP100 peptide: synthesis, characterization and biological applications. Colloids and Surfaces B: Biointerfaces, v. 163, p. 275-283, 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 142. | | DIAS, J. R. M.; TAVELLA, L. B.; WADT, P. G. S.; LEMOS, C. de O.; PÉREZ, D. V.; SILVA, L. M. da; DELARMELINDA, E. A.; MIRANDA, I. A. A. M. de; SOLINO, J. da S.; MIOTTI, A. A.; LEITE, H. M. Uso de normas DRIS (log-transformadas) para cultura do cupuaçu. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 32., 2009, Fortaleza. O solo e a produção de bioenergia: perspectivas e desafios. Viçosa, MG: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2009. 5 p. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Acre. |
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| 143. | | DIAS, J. R. M.; TAVELLA, L. B.; WADT, P. G. S.; LEMOS, C. de O.; PEREZ, D. V.; SILVA, L. M. da; SOLINO, J. da S.; MIOTTI, A. A.; DELARMELINDA, E. A.; LEITE, H. M.; MIRANDA, I. A. A. M. de. Uso de normas DRIS (log-transformadas) para a cultura do cupuaçu. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 32., 2009, Fortaleza. O solo e a produção de bioenergia: perspectivas e desafios. [Viçosa, MG]: SBCS; Fortaleza: UFC, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
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| 144. | | TORRES, L. M. F. C.; ALMEIDA, M. T.; SANTOS, T. L.; MARINHO, L. E. S.; MESQUITA, J. P. de; SILVA, L. M. da; SANTOS, W. T. P. dos; MARTINS, H. R.; KATO, K. C.; ALVES, E. S. F.; LIAO, L. M.; MAGALHÃES, M. T. Q. de; MENDONÇA, F. G. de; PEREIRA, F. V.; RESENDE, J. M.; BEMQUERER, M. P.; RODRIGUES, M. A.; VERLY, R. M. Antimicrobial alumina nanobiostructures of disulfide- and triazole-linked peptides: Synthesis, characterization, membrane interactions and biological activity. Colloids and Surfaces B: Biointerfaces, v. 177, p. 94-104, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 145. | | DEMATTÊ, J. A. M.; GIASSON, E.; COUTO, E. G.; SAMUEL-ROSA, A.; CASTRO, S. S. de; DALMOLIN, R. S. D.; BRILHA, J.; BOTELHO, R. G. M.; AZEVEDO, A. C.; CERRI, C. E. P.; ANJOS, L. H. C. dos; BOECHAT, C. L.; AMARAL, E. F. do; SILVA JÚNIOR, J. F. da; NEVES JUNIOR, A. F.; POPPIEL, R. R.; HORST, T. Z.; SILVA, L. M. da; MENDONÇA-SANTOS, M. de L.; PEREIRA, M. G. The Brazilian soil priorities Geoderma Regional, v. 29, e00503, Jun. 2022. Na publicação: Maria de Lourdes Mendonça-Santos.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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| 146. | | DEMATTÊ, J. A. M.; GIASSON, E.; COUTO, E. G.; SAMUEL-ROSA, A.; CASTRO, S. S. de; DALMOLIN, R. S. D.; BRILHA, J.; BOTELHO, R. G. M.; AZEVEDO, A. C.; CERRI, C. E. P.; ANJOS, L. H. C. dos; MENDONÇA-SANTOS, M. de L.; BOECHAT, C. L.; AMARAL, E. F. do; SILVA JÚNIOR, J. F. da; NEVES JUNIOR, A. F.; POPPIEL, R. R.; HORST, T. Z.; SILVA, L. M. da; PEREIRA, M. G. The Brazilian soil priorities. Geoderma Regional, v. 29, e00503, Jun. 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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| 147. | | MARTORANO, L. G.; GUEDES, M. C.; LISBOA, L. S.; MORAES, J. R. da S. C. de; NASCIMENTO, N. C. C. do; SALOMÃO, R. de P.; MARTORANO, P. G.; APARECIDO, L. E. de O.; TOURNE, D. C. M.; DIAS, C. T. dos S.; LIRA-GUEDES, A. C.; REALE, F. C. G.; OLIVEIRA JUNIOR, R. C. de; SILVA, L. M. da; PEREIRA, M. G.; WADT, L. H. de O.; SILVA, K. E. da. Condições topoclimáticas e serviços ecossistêmicos prestados pelas castanheiras no Bioma Amazônia. In: WADT, L. H. de O.; MAROCCOLO, J. F.; GUEDES, M. C.; SILVA, K. E. da (ed.). Castanha-da-amazônia: estudos sobre a espécie e sua cadeia de valor. Brasília, DF: Embrapa, 2023. v. 1. cap. 12, p. 315-352. ODS 2, ODS 3, ODS 8, ODS 11, ODS 12, ODS 13, ODS 17.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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