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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Meio Ambiente. |
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Data corrente: |
19/02/2016 |
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Data da última atualização: |
19/02/2016 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
SILVA, L. J.; DUARTE, A. W. F.; ROSA, L. H.; OLIVEIRA, V. M.; MELO, I. S. de. |
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Afiliação: |
L. J. SILVA, ESALQ/USP; A. W. F. DUARTE, USP; L. H. ROSA, UFMG; V. M. OLIVEIRA, CPQBA/Unicamp. |
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Título: |
Fosmid library: methodological challenges. |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA, 28., Florianópolis. Anais... Florianópolis: Sociedade Brasileira de Microbiologia, 2015. Ref. 0676-1. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract: Since 1983, Brazil conducts researchs in the Antartic continent through the Brazilian Antartic Program. For many years, studies were focused only to the understanding of the environmental impacts of climate change resulting from human action and the system of micro.- and macrorganisms. The interest of the bioprospecting molecules for use in agriculture or health began only in the last decade in the same continent. Since about half of the known bioactive compounds are originating from bacteria and fungi, and a tiny portion of the microbiota is cultivable in the Laboratory. Recent advances mainly to independent cultivation techniques allow a greater understanding of microbial biodiversity as well as access to functionality of their metabolic pathways. In this context the heterologous expression from metagenomic clones from total environmental DNA (eDNA) it stands out as a promising tool to access the microbial functional part. The objective of this study was to evaluate the efficiency of the cloning procedure (metagenomic library of clones in fosmid vector - pCC2FOS) according to different methodologies of obtaining eDNA, selection of the gene inserts and conditions for the reaction for ligation to vector. The samples were collected at Admiralty Bay - Antarctic Peninsula, during last summer (Nov/Feb 2014-2015.) by the MycoAntar Project. The samples were submitted to extraction of eDNA high molecular weight such as to mechanical and chemical cell lysis procedures. A portion of the product extraction was partitioned by pulsed field gel electrophoresis from which they were recovered fragments containing approximately 40Kb and the other portion went directly to the subsequent procedure. The ligation reaction was made in two different temperatures 16-25°C. The result of the chemical cell lysis reaction was more efficient at obtaining size fragments of interest for the cloning procedure despite the quantitative reduction compared to extraction by mechanical lysis. The recovery procedure of the inserts gel using gelase enzyme resulted in drastic losses at the final concentration of eDNA. In relation to the difference in incubation temperature the binding reaction some differences can be observed. Thus 15,000 clones were obtained and are currently preserved at -80°C for next experiments as well as be submitted to the enzymatic screening functional biological activities of biotechnological interest. MenosAbstract: Since 1983, Brazil conducts researchs in the Antartic continent through the Brazilian Antartic Program. For many years, studies were focused only to the understanding of the environmental impacts of climate change resulting from human action and the system of micro.- and macrorganisms. The interest of the bioprospecting molecules for use in agriculture or health began only in the last decade in the same continent. Since about half of the known bioactive compounds are originating from bacteria and fungi, and a tiny portion of the microbiota is cultivable in the Laboratory. Recent advances mainly to independent cultivation techniques allow a greater understanding of microbial biodiversity as well as access to functionality of their metabolic pathways. In this context the heterologous expression from metagenomic clones from total environmental DNA (eDNA) it stands out as a promising tool to access the microbial functional part. The objective of this study was to evaluate the efficiency of the cloning procedure (metagenomic library of clones in fosmid vector - pCC2FOS) according to different methodologies of obtaining eDNA, selection of the gene inserts and conditions for the reaction for ligation to vector. The samples were collected at Admiralty Bay - Antarctic Peninsula, during last summer (Nov/Feb 2014-2015.) by the MycoAntar Project. The samples were submitted to extraction of eDNA high molecular weight such as to mechanical and chemical cell lysis procedures. A p... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Antarctic peninsula; Metagenomic library; Unculturable microrganisms. |
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Categoria do assunto: |
V Taxonomia de Organismos |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/139515/1/2015RA-008.pdf
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Marc: |
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520 $aAbstract: Since 1983, Brazil conducts researchs in the Antartic continent through the Brazilian Antartic Program. For many years, studies were focused only to the understanding of the environmental impacts of climate change resulting from human action and the system of micro.- and macrorganisms. The interest of the bioprospecting molecules for use in agriculture or health began only in the last decade in the same continent. Since about half of the known bioactive compounds are originating from bacteria and fungi, and a tiny portion of the microbiota is cultivable in the Laboratory. Recent advances mainly to independent cultivation techniques allow a greater understanding of microbial biodiversity as well as access to functionality of their metabolic pathways. In this context the heterologous expression from metagenomic clones from total environmental DNA (eDNA) it stands out as a promising tool to access the microbial functional part. The objective of this study was to evaluate the efficiency of the cloning procedure (metagenomic library of clones in fosmid vector - pCC2FOS) according to different methodologies of obtaining eDNA, selection of the gene inserts and conditions for the reaction for ligation to vector. The samples were collected at Admiralty Bay - Antarctic Peninsula, during last summer (Nov/Feb 2014-2015.) by the MycoAntar Project. The samples were submitted to extraction of eDNA high molecular weight such as to mechanical and chemical cell lysis procedures. A portion of the product extraction was partitioned by pulsed field gel electrophoresis from which they were recovered fragments containing approximately 40Kb and the other portion went directly to the subsequent procedure. The ligation reaction was made in two different temperatures 16-25°C. The result of the chemical cell lysis reaction was more efficient at obtaining size fragments of interest for the cloning procedure despite the quantitative reduction compared to extraction by mechanical lysis. The recovery procedure of the inserts gel using gelase enzyme resulted in drastic losses at the final concentration of eDNA. In relation to the difference in incubation temperature the binding reaction some differences can be observed. Thus 15,000 clones were obtained and are currently preserved at -80°C for next experiments as well as be submitted to the enzymatic screening functional biological activities of biotechnological interest.
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700 1 $aROSA, L. H.
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Registro original: |
Embrapa Meio Ambiente (CNPMA) |
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| 21. |  | SILVA, L. J. da; DICK, D. P.; NECKEL, D.; NÓBREGA, G. N.; RODRIGUES, R. de A. R.; BARBOSA, R. I.; CORDEIRO, R. C. Effects of fire on soil organic matter in northern Amazonian forest fragments. Acta Amazonica, v. 52, n. 1, p. 13-22, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
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| 22. | | MELO, I. S. de; SANTOS, S. N.; ROSA, L. H.; PARMA, M. M.; SILVA, L. J.; QUEIROZ, S. C. do N. de; PELLIZARI, V. H. Isolation and biological activities of an endophytic Mortierella alpina strain from the Antarctic moss Schistidium antarctici. Extremophiles, Tokyo, v. 18, n. 1, p. 15-23, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 23. | | SILVA, L. J. da C.; OLIVEIRA, T. dos R.; SOUZA, E. M. de; LIMA, T. C.; SALLES, H. O.; ANDRADE, L. B. da S. Estabilidade térmica de celulases em extratos aquosos de sementes de Libidibia ferrea (Mart.) L.P. Queiroz. In: SIMPÓSIO LATINO-AMERICANO DE BIOTECNOLOGIA DO NORDESTE, 1., 2013, Parnaíba. [Resumos...]. Parnaíba: UFPI; BIOTEC; CONICET, 2013. Poster P28.| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 24. | | POZZA JUNIOR, M. C.; MACEDO, K.; PENA, A. F. T.; SILVA, L. J. DA; MELO, I. S. de; BERLINCK, R. G. DE S.; LIRA, S. P. DE. Novel peptides from Antarctic seaweed endophyte Pseudomonas sp. MONO11. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA, 32., 2023, Foz do Iguaçu. Resumos... São Paulo: Sociedade Brasileira de Microbiologia, 2023. Resumo: 1133-1. 1 p.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 25. | | SOUZA, D. T.; SILVA, F. S. P. da; SILVA, L. J. da; CREVELIN, E. J.; MORAES, L. A. B.; ZUCCHI, T. D.; MELO, I. S. de. Saccharopolyspora spongiae sp nov., a novel actinomycete isolated from the marine sponge Scopalina ruetzleri (Wiedenmayer, 1977). International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, v. 67, n. 6, p. 2019-2015, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 26. | | SILVA, L. J. da; SOUZA, D. T.; GENUÁRIO, D. B.; VARGAS-HOYOS, H. A.; SANTOS, S. N.; ROSA, L. H.; ZUCCHI, T. D.; MELO, I. S. de. Rhodococcus psychrotolerans sp. nov., isolated from rhizosphere of Deschampsia antarctica. Antonie van Leeuwenhoek, v. 111, n. 4, p. 629-636, 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 27. | | OLIVEIRA, J. P. R.; SILVA, L. J. S. da; RIBAS, B. M. P.; AMANCIO, C. O. da G.; MATTOS, C.; RISSO, I. A. M.; AMANCIO, R. Sistematização de experiências: o almoço agroecológico à ótica do Centro Tiê de Agroecologia. In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DÖBEREINER 21., 2021, Seropédica. A transversalidade da ciência, tecnologia e inovações para o planeta: caderno de resumos. Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2021.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 28. | | SILVEIRA, A. de S.; PINHEIRO, A. C. T.; FERREIRA, W. P. M.; SILVA, L. J. da; RUFINO, J. L. dos S.; SAKIYAMA, N. S. Sensory analysis of specialty coffee from different environmental conditions in the region of Matas de Minas, Minas Gerais, Brazil. Revista Ceres, Viçosa, v.63, n.4, p. 436-443. jul/ago. 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 29. | | VARGAS HOYOS, H. A.; SANTOS, S. N.; SILVA, L. J. da; SILVA, F. S. P. da; GENUÁRIO, D. B.; ZUCCHI, T. D.; MELO, I. S. de. Streptomyces rhizosphaericola sp. nov., an actinobacterium isolated from the wheat rhizosphere. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, v. 69, n. 8, p. 2431?2439, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 30. | | SILVA, L. J. da; CREVELIN, E. J.; SOUZA, D. T.; LACERDA JÚNIOR, G. V.; OLIVEIRA, V. M.; RUIZ, A. L. T. G.; ROSA, L. H.; MORAES, L. A. B.; MELO, I. S. de. Actinobacteria from Antarctica as a source for anticancer discovery. Scientific Reports, v. 10, article 13870, 2020. p. 1-15.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 31. | | VALENTE, A. M. M. P.; SILVA, L. J.; VILELA, E. S. D.; FERREIRA JUNIOR, O. L.; GAMBARRA, F.; FERREIRA, A. G.; BOFFO, E. F.; MORAES, L. A. B. de; PELLIZARI, V. H.; MELO, I. S. de. Atividade antibacteriana do ácido fenazina-1-carboxílico por Pseudomonas sp.(Mono49) isolada de Monostroma da Antártica. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA, 26., 2011, Foz do Iguaçu. Anais... Foz do Iguaçu: Sociedade Brasileira de Microbiologia, 2011. Resumo 1883-1.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 32. | | GONDIM, T. C. de O.; DIAS, L. A. dos S.; DIAS, D. C. F. dos S.; LAVIOLA, B. G.; FREITAS, R. G. de; SILVA, L. J. da; MARTINS, A. O. Características agronômicas e produção inicial do pinhão manso proveniente de plantas oriundas de estacas de diferentes tamanhos ou de sementes. In: CONGRESSO DA REDE BRASILEIRA DE TECNOLOGIA DE BIODIESEL, 4.; CONGRESSO BRASILEIRO DE PLANTAS OLEAGINOSAS, ÓLEOS, GORDURAS E BIODIESEL, 7., 2010, Belo Horizonte. Biodiesel: inovação tecnológica e qualidade: anais. Lavras: UFLA, 2010. v. 2. p. 733-734. il.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 33. | | SILVA, L. J. da; SILVA, M. S.; SILVA, L. N. da; RABELLO, A. R.; ALVES, R. S.; ESPÍNDOLA, L. S.; PAULA, J. E. de; VIEIRA, E. A.; LIMA, T. R.; ANJOS, J. de R. N. dos. Fungos patogênicos de soja são sensíveis a extratos orgânicos de planta "fruta-do-conde" nativa do Cerrado do gênero Annona sp. (Família Annonacea). Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2008. 1 folder.| Tipo: Folder/Folheto/Cartilha |
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| 34. | | SILVA, L. J. da; SILVA, M. S.; SILVA, L. N. da; RABELLO, A. R.; ALVES, R. S.; ESPÍNDOLA, L. S.; PAULA, J. E. de; VIEIRA, E. A.; LIMA, T. R.; ANJOS, J. de R. N. dos. Fungos patogênicos de soja são sensíveis a extratos orgânicos de planta "fruta-do-conde" nativa do cerrado do gênero Annona sp. (Família Annonacea). In: SIMPÓSIO NACIONAL CERRADO, 9.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL SAVANAS TROPICAIS, 2., 2008, Brasília, DF. Desafios e estratégias para o equilíbrio entre sociedade, agronegócio e recursos naturais: anais... Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2008. 1 CD-ROM. Organizado por Fábio Gelape Faleiro e Austeclínio Lopes de Farias Neto.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 40. | | SILVA, M. S.; ESPÍNDOLA, L. S.; RABELLO, A. R.; ALVES, R. S.; PAULA, J. E.; ROCHA, T. L.; SANTOS, L. C. B.; SILVA, L. J.; ASSIS, M. F. O.; OLIVEIRA, G. A. P.; NASCIMENTO, T. A.; COSTA, T. K. D.; ESPÍRITO SANTO, F. R. S. Soybean, cotton and wheat pathogenic fungi are susceptible to organic extracts of Cerrado native Sapindaceae, Sapotaceae and Clusiaceae plants. Tropical Plant Pathology, v. 33, p. S107, 2008. Suplemento. Trabalho apresentado no 41º Congresso Brasileiro de Fitopatologia, 2008, Belo Horizonte.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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