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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
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Data corrente: |
08/03/2005 |
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Data da última atualização: |
11/07/2017 |
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Autoria: |
BINNECK, E.; SILVA, J. F. V.; NEUMAIER, N.; FARIAS, J. R. B.; NEPOMUCENO, A. L. |
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Afiliação: |
ELISEU BINNECK, CNPSO; JOAO FLAVIO VELOSO SILVA, GPR; NORMAN NEUMAIER, CNPSO; JOSE RENATO BOUCAS FARIAS, CNPSO; ALEXANDRE LIMA NEPOMUCENO, CNPSO. |
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Título: |
VSQual: a visual system to assist DNA sequencing quality control. |
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Ano de publicação: |
2004 |
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Fonte/Imprenta: |
Genetics and Molecular Research, Ribeirão Preto, v. 3, n. 4, p. 474-482, 2004. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
A lack of plant software tools that support small- to medium-scale DNA sequencing efforts is a major hindrance for recording and using laboratory workflow information to monitor the overall quality of data production. Here we describe VSQual, a set of Perl programs intended to provide simple and powerful tools to check several quality features of the sequencing data generated by automated DNA sequencing machines. The core program of VSQual is a flexible Perl-based pipeline, designed to be accessible and useful for both programmers and non-programmers. This pipeline directs the processing steps and can be easily customized for laboratory needs. Basically, the raw DNA sequencing trace files are processed by Phred and Cross_match, then the outputs are parsed, reformatted into Web-based graphical reports, and added to a Web site structure. The result is a set of real time sequencing reports easily accessible and understood by common laboratory people. These reports facilitate the monitoring of DNA sequencing as well as the management of laboratory workflow, significantly reducing operational costs and ensuring high quality and scientifically reliable results. |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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520 $aA lack of plant software tools that support small- to medium-scale DNA sequencing efforts is a major hindrance for recording and using laboratory workflow information to monitor the overall quality of data production. Here we describe VSQual, a set of Perl programs intended to provide simple and powerful tools to check several quality features of the sequencing data generated by automated DNA sequencing machines. The core program of VSQual is a flexible Perl-based pipeline, designed to be accessible and useful for both programmers and non-programmers. This pipeline directs the processing steps and can be easily customized for laboratory needs. Basically, the raw DNA sequencing trace files are processed by Phred and Cross_match, then the outputs are parsed, reformatted into Web-based graphical reports, and added to a Web site structure. The result is a set of real time sequencing reports easily accessible and understood by common laboratory people. These reports facilitate the monitoring of DNA sequencing as well as the management of laboratory workflow, significantly reducing operational costs and ensuring high quality and scientifically reliable results.
653 $aBioinformática
700 1 $aSILVA, J. F. V.
700 1 $aNEUMAIER, N.
700 1 $aFARIAS, J. R. B.
700 1 $aNEPOMUCENO, A. L.
773 $tGenetics and Molecular Research, Ribeirão Preto$gv. 3, n. 4, p. 474-482, 2004.
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Registro original: |
Embrapa Soja (CNPSO) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Registros recuperados : 433 | |
| 201. |  | HIROMOTO, D. M.; TAKEDA, C.; KIIHL, R. A. S.; ALMEIDA, L. A.; SILVA, J. F. V.; YORINORI, J. T. Cultivar de soja BRSMT Pintado. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 1999, Londrina. Anais... Londrina: Embrapa Soja, 1999. p.476. (Embrapa Soja. Documentos, 124).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 203. | | HOOGERHEIDE, E. S. S.; PEDRI, E. C. M. de; REIS, J. C. dos; SILVA, J. F. V. Identificação etnobotanica de mandiocas conservadas por agricultores da baixada cuabana, Mato Grosso. In: ENCONTRO DE CIÊNCIA E TECNOLOGIAS AGROSSUSTENTÁVEIS; JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA AGROSSILVIPASTORIL, 6., 2017, Sinop, MT. Resumos... Sinop, MT: Embrapa Agrossilpastoril, 2017. p. 185-187.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrossilvipastoril. |
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| 204. | | SILVA, J. F. V.; ASMUS, G. L.; DIAS, W. P.; BAIGORRI, H.; SERRANO, R.; FERRAZ, L. C. B. Levantamento de racas do nematoide de cisto da soja na Argentina. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 1999, Londrina. Anais... Londrina: Embrapa Soja, 1999. p.448. (Embrapa Soja. Documentos, 124).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 205. | | SILVA, J. F. V.; KOBAYASHI, A.; HOFFMANN-CAMPO, C. B.; DIAS, W. P.; VERONEZZI, G.; LIMA, C. G. Isolamento e identificação de compostos fenólicos envolvidos na resistência de genótipos de soja ao nematóide Meloidogyne javanica. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 5.; MERCOSOJA 2009, Goiânia. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2009. p. 172, trab. 306. Editado por Adilson de Oliveira Júnior, Odilon Ferreira Saraiva, Clara Beatriz Hoffmann Campo, César de Castro| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 206. | | SILVA, J. F. V.; KOBAYASHI, A.; HOFFMANN-CAMPO, C. B.; DIAS, W. P.; VERONEZZI, G.; LIMA, C. G. Isolamento e identificação de compostos fenólicos envolvidos na resistência de genótipos de soja ao nematóide Meloidogyne javanica. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 5.; MERCOSOJA 2009, Goiânia. Anais... Londrina: Embrapa Soja, 2009. Seção trabalhos, t. 306. 1 CD-ROM. Editado por Adilson de Oliveira Júnior, Odilon Ferreira Saraiva, Clara Beatriz Hoffmann Campo, César de Castro.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 207. | | RIBEIRO, E. R.; SANTIAGO, D. C.; HOMECHIN, M.; SILVA, J. F. V.; GOMES, B. C.; SANTORO, P. H. Isolados de Paecilomyces liIacinus potenciais para controle de Meloidogyne paranaensis em tomateiro. In: MOSTRA ACADÊMICA DE TRABALHOS EM AGRONOMIA, 8., 2004, Londrina. Caderno de resumos. Londrina: UEL, 2004. p. 44.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 208. | | SANTIAGO, D. C.; HOMECHIN, M.; SILVA, J. F. V.; RIBEIRO, E. R.; GOMES, B. C.; SANTORO, P. H. Isolados de Paecilomyces lilacinus potenciais para controle de Meloidogyne paranaensis em tomateiro. Fitopatologia Brasileira, Brasília, v. 29, p. S203-S204, ago. 2004. Suplemento. Resumo apresentado no XXXVII Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Gramado, RS, agosto, 2004.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 209. | | GARCIA, A.; SILVA, J. F. V.; FRANCHINI, J. C.; DIAS, W. P.; LONIEN, G.; CAYRES, W. P.; PEREIRA, J. E. Efeito da calagem sobre a população de Heterodera glycines e o rendimento da soja. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 25., 2003, Uberaba. Resumos... Londrina: Embrapa Soja: EPAMIG: Fundação Triângulo, 2003. p. 213-214. (Embrapa Soja. Documentos, 209). Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Regina Maria Villas Boas de Campos Leite.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 210. | | DIAS, W. P.; SILVA, J. F. V.; ALMEIDA, A. M. R.; HIROMOTO, D. M.; PEREIRA, J. E.; ZITO, R. K. Ecologia e controle do nematóide de cisto da soja (04.0.98.333-01). In: HOFFMANN-CAMPO, C.B.; SARAIVA, O.F. (Org.). Resultados de pesquisa da Embrapa Soja - 2000: doenças e nematóides. Londrina: Embrapa Soja, 2001. p. 8-11. (Embrapa Soja. Documentos, 160).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 211. | | CARNEIRO, G. E. de S.; SILVA, J. F. V.; LONIEN, G.; ARIAS, C. A. A.; DIAS, W. P.; GARCIA, A. Desenvolvimento de linhagens de soja com resistência a Meloidogyne javanica. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA NA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 26., 2004, Ribeirão Preto. Resumos... Londrina: Embrapa Soja: Fundação Meridional, 2004. p. 46-47. (Embrapa Soja. Documentos, 234). Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Janete Lasso Ortiz, Regina Maria Villas Boas de Campos Leite.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
| |
| 212. | | FUGANTI, R.; SILVA, J. F. V.; ARIAS, C. A. A.; MARIN, S. R. R.; BINNECK, E.; NEPOMUCENO, A. L. Desenvolvimento de marcadores moleculares de microssatélite para seleção de genótipos de soja resistentes a Meloidogyne javanica. In: CONGRESSO NACIONAL DE GENÉTICA, 48., 2002, Águas de Lindóia. A genética na inclusão social: resumos. Águas de Lindóia: SBG, 2002. 1 CD-ROM. Resumo Área MG pdf.025.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 214. | | SILVA, J. F. V.; GARCIA, A.; DIAS, W. P.; ASMUS, G. L.; CARNEIRO, G. E. de S. Manejo integrado de nematóides na cultura da soja. Fitopatologia Brasileira, Brasília, v. 28, p. 30-33, ago. 2003. Suplemento. Edição do XXXVI Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Uberlândia, MG, ago. 2003.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 215. | | DEBIASI, H.; MORAES, M. T.; FRANCHINI, J. C.; DIAS, W. P.; SILVA, J. F. V.; RIBAS, L. N. Manejo do solo para controle cultural do nematoide das lesões radiculares na entressafra da soja. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 33., 2011, Uberlândia. Solos nos biomas brasileiros: sustentabilidade e mudanças climáticas: anais. Uberlândia: SBCS: UFU: ICIAG, 2011. 4 p. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 216. | | DEBIASI, H.; FRANCHINI, J. C.; DIAS, W. P.; MENDES, F. L.; RAMOS JUNIOR, E. U.; SILVA, J. F. V. Manejo do solo durante a entressafra para redução da população e danos do nematoide das lesões radiculares em soja. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 34., 2013, Florianópolis. Ciência do solo: para quê e para quem? Anais... Florianópolis: SBCS, 2013. 4 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 217. | | HIROMOTO, D. M.; KIIHL, R. A. S; ALMEIDA, L. A.; SILVA, J. F. V.; HIGASHI, W. H.; TAKEDA, C. Melhoramento de soja visando resistencia ao nematoide de cisto, Heterodera glycines, desenvolvido no Mato Grosso. In: REUNIAO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIAO CENTRAL DO BRASIL, 17., 1995, Goiania. Ata e resumos. Goiania: EMGOPA, 1995. p.164. (EMGOPA. Documentos, 28).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 218. | | SILVA, M. F.; SCHUSTER, I.; SILVA, J. F. V.; BARROS, E. G.; FERREIRA, A.; MOREIRA, M. A. Mapeamento de QTLs para resistência ao nematóide de cisto da soja às raças 3, 9 e 14. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 51., 2005, Águas de Lindóia. Resumos... Águas de Lindóia: SBG, 2005. 1 CD-ROM. Seção: Genética e Melhoramento - Resumos: Pdf.626.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 219. | | DIAS, W. P.; SILVA, J. F. V.; CARNEIRO, G. E. de S.; GARCIA, A.; ARIAS, C. A. A. Nematoide de cisto da soja: biologia e manejo pelo uso da resistência genética. Nematologia Brasileira, Piracicaba, v. 33, n. 1, p. 1-16, 2009.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 220. | | SILVA, J. F. V.; GARCIA, A.; DIAS, W. P.; PEREIRA, J. E.; YORINORI, J. T.; HENNING, A. A.; HIROMOTO, D. Nematóide de cisto da soja (Heterodera glycines Ichinohe) (04.0.94.325-07). In: EMBRAPA. Centro Nacional de Pesquisa de Soja (Londrina, PR). Resultados de pesquisa da Embrapa Soja 1997. Londrina, 1998. p. 115-119. (Embrapa-CNPSo. Documentos, 118).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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