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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
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Data corrente: |
07/04/2004 |
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Data da última atualização: |
27/07/2007 |
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Autoria: |
BINNECK, E.; SILVA, J. F. V.; NEUMAIER, N.; FARIAS, J. R. B.; ARIAS, C. A. A.; ALMEIDA, A. M. R.; MARIN, S. R. R.; WENDLAND, A.; SILVEIRA, C. A. da; MOLINA, J. C.; LEMOS, N. G.; FUGANTI, R.; STOLF, R.; NEPOMUCENO, A. L. |
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Título: |
Bioinformatics tools for sequence analysis and annotation applied to soybean functional genome. |
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Ano de publicação: |
2004 |
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Fonte/Imprenta: |
In: WORLD SOYBEAN RESEARCH CONFERENCE, 7.; INTERNATIONAL SOYBEAN PROCESSING AND UTILIZATION CONFERENCE, 4.; CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 3., 2004, Foz do Iguassu. Abstracts of contributed papers and posters. Londrina: Embrapa Soybean, 2004. |
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Páginas: |
p. 248-249. |
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Série: |
(Embrapa Soja. Documentos, 228). |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Editado por Flávio Moscardi, Clara Beatriz Hoffmann-Campo, Odilon Ferreira Saraiva, Paulo Roberto Galerani, Francisco Carlos Krzyzanowski, Mercedes Concordia Carrão-Panizzi. |
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Conteúdo: |
Worldwide functional genomics studies are making an important role on biotechnology for the identification of genes that can be use in the improvement of specific biological processes in plants. Large-scale gene discovery projects like that depend on high accuracy of the data. The data should not only be trustworthy but should be correctly annotated for various features it contains. In this work we report a bioinformatics system designed to process and annotate the expressed sequence tags (ESTs) obtained by the project Functional Genome of Soybean Roots at Embrapa Soybean (http://www.cnpso.embrapa.br/bioinformatica). The system is made of Perl and PHP scripts, which performs the automated sequence analysis and support the annotation process based on a MySQL database. Various Perl scripts was written to assist the sequence analysis process that includes basecalling, clustering and assembling the reads, filtering of contaminating, repetitive and low quality sequences, identification of sequence features, BLASTing and reports generation. BLAST (Altschul et al., 1997, Nucleic Acids Res. 25:3389-3402) outputs are processed and disposed on a way that is easily accessed by the personal that performs the massive handle of the data for annotation. Also, PHP scripts was written to make a friendly annotation interface through dynamical Web pages that perform the database operations needed for the complete annotation of the genes, whish comprise data retrieval aided by query searches linked to key words, data insertion, update, and generation of intuitive reports describing the results. These tools are helping to direct our work on identification, cloning and characterization of genes and regulatory sequences potentially useful in the improvement of soybean through genetic engineering. As results nearly 8,000 ESTs was obtained form cDNA clones derived from soybean roots in drought stress and nematode infection conditions. Consensus sequences are being functionally annotated and used to construct cDNA microarrays that will be useful for analyze gene expression under a broad variety of conditions. Initially we are studying drought stress and nematode infection conditions. Analysis of interactions of soybean roots with this defiance conditions will be used do identify new possible sources of resistance and tolerance. Candidate genes will be deeply studied and can be used on the production of transgenic plants. This work was supported by grants from CNPq, PRODETAB, Jircas and Embrapa. MenosWorldwide functional genomics studies are making an important role on biotechnology for the identification of genes that can be use in the improvement of specific biological processes in plants. Large-scale gene discovery projects like that depend on high accuracy of the data. The data should not only be trustworthy but should be correctly annotated for various features it contains. In this work we report a bioinformatics system designed to process and annotate the expressed sequence tags (ESTs) obtained by the project Functional Genome of Soybean Roots at Embrapa Soybean (http://www.cnpso.embrapa.br/bioinformatica). The system is made of Perl and PHP scripts, which performs the automated sequence analysis and support the annotation process based on a MySQL database. Various Perl scripts was written to assist the sequence analysis process that includes basecalling, clustering and assembling the reads, filtering of contaminating, repetitive and low quality sequences, identification of sequence features, BLASTing and reports generation. BLAST (Altschul et al., 1997, Nucleic Acids Res. 25:3389-3402) outputs are processed and disposed on a way that is easily accessed by the personal that performs the massive handle of the data for annotation. Also, PHP scripts was written to make a friendly annotation interface through dynamical Web pages that perform the database operations needed for the complete annotation of the genes, whish comprise data retrieval aided by query searches li... Mostrar Tudo |
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500 $aEditado por Flávio Moscardi, Clara Beatriz Hoffmann-Campo, Odilon Ferreira Saraiva, Paulo Roberto Galerani, Francisco Carlos Krzyzanowski, Mercedes Concordia Carrão-Panizzi.
520 $aWorldwide functional genomics studies are making an important role on biotechnology for the identification of genes that can be use in the improvement of specific biological processes in plants. Large-scale gene discovery projects like that depend on high accuracy of the data. The data should not only be trustworthy but should be correctly annotated for various features it contains. In this work we report a bioinformatics system designed to process and annotate the expressed sequence tags (ESTs) obtained by the project Functional Genome of Soybean Roots at Embrapa Soybean (http://www.cnpso.embrapa.br/bioinformatica). The system is made of Perl and PHP scripts, which performs the automated sequence analysis and support the annotation process based on a MySQL database. Various Perl scripts was written to assist the sequence analysis process that includes basecalling, clustering and assembling the reads, filtering of contaminating, repetitive and low quality sequences, identification of sequence features, BLASTing and reports generation. BLAST (Altschul et al., 1997, Nucleic Acids Res. 25:3389-3402) outputs are processed and disposed on a way that is easily accessed by the personal that performs the massive handle of the data for annotation. Also, PHP scripts was written to make a friendly annotation interface through dynamical Web pages that perform the database operations needed for the complete annotation of the genes, whish comprise data retrieval aided by query searches linked to key words, data insertion, update, and generation of intuitive reports describing the results. These tools are helping to direct our work on identification, cloning and characterization of genes and regulatory sequences potentially useful in the improvement of soybean through genetic engineering. As results nearly 8,000 ESTs was obtained form cDNA clones derived from soybean roots in drought stress and nematode infection conditions. Consensus sequences are being functionally annotated and used to construct cDNA microarrays that will be useful for analyze gene expression under a broad variety of conditions. Initially we are studying drought stress and nematode infection conditions. Analysis of interactions of soybean roots with this defiance conditions will be used do identify new possible sources of resistance and tolerance. Candidate genes will be deeply studied and can be used on the production of transgenic plants. This work was supported by grants from CNPq, PRODETAB, Jircas and Embrapa.
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Embrapa Soja (CNPSO) |
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| 421. |  | ASSUNÇÃO, M. S.; NUNES JÚNIOR, J.; SILVA, J. F. V.; FARIA, L. C.; MONTEIRO, P. M. F. O.; KIIHL, R. A. S.; ALMEIDA, L. A.; SOUZA, P. I. M.; GUERZONI, R. A.; SEII, A. H.; SOUSA, R. P.; SILVA, L. O.; NEIVA, L. C. S.; VIEIRA, N. E.; GUIMARÃES, L. B.; YORINORI, J. T.; ARANTES, N. E. Cultivar de soja BRSGO Chapadões: comportamento, descrição e indicação de cultivo para os estados de Goiás, Distrito Federal. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 24., 2002, São Pedro, SP. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2002. p. 75. (Embrapa Soja. Documentos, 185)| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados; Embrapa Soja. |
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| 422. | | ASSUNÇÃO, M. S.; NUNES JÚNIOR, J.; SILVA, J. F. V.; FARIA, L. C.; MONTEIRO, P. M. F. O.; KIIHL, R. A. S.; ALMEIDA, L. A.; SOUZA, P. I. M.; GUERZONI, R. A.; SEII, A. H.; SOUSA, R. P.; SILVA, L. O.; NEIVA, L. C. S.; VIEIRA, N. E.; GUIMARÃES, L. B.; YORINORI, J. T.; ARANTES, N. E. Cultivar de soja BRSGO Ipameri: comportamento, descrição e indicação de cultivo para os Estados de Goiás e Distrito Federal. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 24., 2002, São Pedro, SP. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2002. p. 76. (Embrapa Soja. Documentos, 185).| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados; Embrapa Soja. |
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| 423. | | MONTEIRO, P. M. F. O.; NUNES JÚNIOR, J. FARIA, L. C.; ROLIM, R. B.; NEIVA, L. C. S.; GUERZONI, R. A.; VIEIRA, N. E.; SILVA, L. O.; ASSUNÇÃO, M. S.; SOUZA, P. I. M.; SILVA, J. F. V.; YORINORI, J. T.; SOUSA, R. P.; SEII, A. H.; GUIMARÃES, L. B.; ARANTES, N. E. Cultivar de soja BRSGO Mineiros: comportamento, descrição e indicação de cultivo para os Estados de Goiás e Distrito Federal. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 24., 2002, São Pedro, SP. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2002. p. 712-73. (Embrapa Soja. Documentos, 185).| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados; Embrapa Soja. |
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| 424. | | ASSUNÇÃO, M. S.; ROCHA, M. R.; SEII, A. H.; NUNES JÚNIOR, J.; MONTEIRO, P. M. F. O.; SOUZA, P. I. M.; SILVA, J. F. V.; DIAS, W. P.; MOREIRA, C. T.; ABUD, S.; KANNO, G. K.; SATO, P. D.; RAMOS, A. A. Ocorrëncia de nematóide de cisto da soja, Heterodera glycines, em duas localidades do Estado de Goíás. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 27., 2005. Cornélio Procópio. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2005. p. 321. (Embrapa Soja. Documentos, 257). Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Janete Lasso Ortiz, Simone Ery Grosskopf.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 425. | | GALBIERI, R.; SILVA, J. F. V.; ASMUS, G. L.; RIBEIRO, N. R.; VAZ, C. M. P.; TORRES, E. D.; SALLES, Á. L. O.; FARIAS NETO, A. L. de; FALEIRO, V. de O.; LAMAS, F. M.; CHITARRA, L. G.; RODRIGUES, S. M. M.; MATOS, E. da S.; SPERA, S. T.; MAGALHAES, C. A. de S.; MORAES, M. C. M. M. de; ZOLIN, C. A. Nematóides nos Sistemas de Produção de Algodão em Mato Grosso In: CONGRESSO BRASILEIRO DO ALGODÃO, 9., 2013, [Brasília]. [Algodão: gestão e otimização de resultados: a cadeia produtiva unida por uma só meta]: Livro de Resumos... Cuiabá, MT: AMPA, 2013. Não Paginado, Palestra, Mesa Redonda 4: Manejo Integrado dos Nematoides. 1 Pendrive.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrossilvipastoril. |
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| 426. | | SOUZA, P. I. M.; MOREIRA, C. T.; FARIAS NETO, A. L.; ABUD, S.; AMÁBILE, R. F. ASSUNÇÃO, M. S.; MONTEIRO, P. M. F. O.; NUNES JUNIOR, J.; GUERZONI, R. A.; KIIHL, R. A. de S.; ALMEIDA, L. A. de; SILVA, J F. V.; YORINORI, J. T.; ARANTES, N. E. Performance and description of BRSGO Amaralina soybean cultivar in Goias and Distrito Federal. In: WORLD SOYBEAN RESEARCH CONFERENCE, 7.; INTERNATIONAL SOYBEAN PROCESSING AND UTILIZATION CONFERENCE, 4.; CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 3., 2004, Foz do Iguassu. Abstracts of contributed papers and posters. Londrina: Embrapa Soybean, 2004. p. 174. (Embrapa Soja. Documentos, 228). Editado por Flávio Moscardi, Clara Beatriz Hoffmann-Campo, Odilon Ferreira Saraiva, Paulo Roberto Galerani, Francisco Carlos Krzyzanowski, Mercedes Concordia Carrão-Panizzi.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 427. | | FARIAS NETO, A. L.; SOUZA, P. I. M.; MOREIRA, C. T.; ABUD, S.; KIIHL, R. A. de S.; ALMEIDA, L. A. de; SILVA, J. F. V.; YORINORI, J. T.; ASSUNÇÃO, M. S.; MONTEIRO, P. M. F. O.; NUNES JÚNIOR, J.; GUERZONI, R. A.; ARANTES, N. E. Performance and description of BRSGO Indiara soybean cultivar in Goias and Distrito Federal. In: WORLD SOYBEAN RESEARCH CONFERENCE, 7.; INTERNATIONAL SOYBEAN PROCESSING AND UTILIZATION CONFERENCE, 4.; CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 3., 2004, Foz do Iguassu. Abstracts of contributed papers and posters. Londrina: Embrapa Soybean, 2004. p. 234. (Embrapa Soja. Documentos, 228). Editado por Flávio Moscardi, Clara Beatriz Hoffmann-Campo, Odilon Ferreira Saraiva, Paulo Roberto Galerani, Francisco Carlos Krzyzanowski, Mercedes Concordia Carrão-Panizzi.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 430. | | BINNECK, E.; MORALES, A. M. R.; ALMEIDA, A. M. R.; ARIAS, C. A. A.; SILVEIRA, C. A.; SILVA, J. F. V.; FARIAS, J. R. B.; MOLINA, J. C.; PEDROSO, J. C.; BRETON, M. C.; LEMOS, N. G.; NEUMAIER, N.; MARTINS, P. K.; FUGANTI, R.; STOLF, R.; MARIN, S. R. R.; NEPOMUCENO, A. L. A visual system for DNA sequencing quality control. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFOMATICS AND COMPUTATION BIOLOGY, 1., 2003, Ribeirão Preto. Resumos... [S.l.]: CBAB - Centro Brasileiro-Argentino de Biotecnologia, 2003. p. 47.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 431. | | BINNECK, E.; SILVA, J. F. V.; NEUMAIER, N.; FARIAS, J. R. B.; ARIAS, C. A. A.; ALMEIDA, A. M. R.; MARIN, S. R. R.; WENDLAND, A.; SILVEIRA, C. A. da; MOLINA, J. C.; LEMOS, N. G.; FUGANTI, R.; STOLF, R.; NEPOMUCENO, A. L. VSQual: a visual system to assist the DNA sequencing quality control. In: WORLD SOYBEAN RESEARCH CONFERENCE, 7.; INTERNATIONAL SOYBEAN PROCESSING AND UTILIZATION CONFERENCE, 4.; CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 3., 2004, Foz do Iguassu. Abstracts of contributed papers and posters. Londrina: Embrapa Soybean, 2004. p. 249-250. (Embrapa Soja. Documentos, 228). Editado por Flávio Moscardi, Clara Beatriz Hoffmann-Campo, Odilon Ferreira Saraiva, Paulo Roberto Galerani, Francisco Carlos Krzyzanowski, Mercedes Concordia Carrão-Panizzi.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 433. | | LIMA, D. de; SANTOS, A. M. B. dos; PASINI, A.; BODNAR, A.; GARCIA, A.; OLIVEIRA, A. B. de; CORRÊA-FERREIRA, B. S.; GOMES, C. R.; SEIXAS, C. D. S.; TORRES, E.; PELLIZZARO, E. C.; OLIVEIRA, F. A. de; OLIVEIRA, F. F. de, ADEGAS, F. S.; BROWN, G. G.; SILVA, J. F. V.; FRANCHINI, J. C.; LANDGRAF, L.; OLIVEIRA, L. J.; DOMIT, L. A.; MIRANDA, L. C.; SILVA FILHO, P. M.; OLIVEIRA, M. A. de; HARGER, N.; GALERANI, P. R.; SOARES, R. NM.; ZITO, R. K.; SOUZA, R. L. de. Produção integrada de soja. In: BRASIL. Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento. Produção integrada no Brasil: agropecuária sustentável alimentos seguros. Brasília, DF, 2009. p. 813-848.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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