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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
18/11/2020 |
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Data da última atualização: |
18/11/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
PADILHA, L.; CAIXETA, E. T.; SILVA, F. R. da. |
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Afiliação: |
LILIAN PADILHA, CNPCa; EVELINE TEIXEIRA CAIXETA MOURA, CNPCa; FELIPE RODRIGUES DA SILVA, CNPTIA. |
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Título: |
Comparing methods of RNAseq analysis for species without a reference genome. |
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Ano de publicação: |
2012 |
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Fonte/Imprenta: |
In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTACIONAL BIOLOGY, 8., 2012, Campinas, São Paulo. Resumos... Campinas, SP, 2012. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
X-MEETING. |
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Conteúdo: |
New sequencing technologies brought deep probing of transcriptomes (so-called RNAseq) to the reach of individual researches. Analysis of RNAseq sequences, however, depend on the alignment of reads to a reference genome. Some approaches have been proposed to allow de novo assembly of the transcripts, therefore allowing RNAseq to be used on organisms lacking a reference genome. The efficiency of those approaches, however, were tested only with diploid species. Here we propose a methodology to evaluate the results of de novo assembly of allotetraploid Coffea arabica RNAseq reads obtained from libraries of coffee leaves infected by Hemileia vastatrix. Trinity was able to assemble longer transcripts when compared to ABySS, SOAPdenovo and Oases. Moreover, the transcripts assembled by Trinity where more similar to the ones obtained using Cufflinks after aligning the RNAseq to 10 Coffea sp. publically available BAC sequences. Comparison of the most abundant transcripts with several Coffea sp. single copy described genes, though, shows that all assemblers failed to perfectly reconstruct the transcripts. |
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Thesagro: |
Coffea Arábica; Genoma. |
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Thesaurus Nal: |
Transcriptome. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/217932/1/2012-Resumo-Xmeeting.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
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Registro |
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URL |
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| Registros recuperados : 13 | |
| 2. |  | GOUVEA, S. P. Monitoramento tecnológico em automação para o agronegócio. In: SIMPÓSIO NACIONAL DE INSTRUMENTAÇÃO AGROPECUÁRIA, 2014, São Carlos, SP Anais do SIAGRO: ciência, inovação e mercado 2014. São Carlos, SP: Embrapa Instrumentação, 2014. p. 675-678. Editores: Carlos Manoel Pedro Vaz, Débora Marcondes Bastos Pereira Milori, Silvio Crestana.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 3. | | GOUVÊA, S. P. Monitoramento tecnológico mundial em patentes relativas à nanotecnologia e sensores. In: WORKSHOP DA REDE DE NANOTECNOLOGIA APLICADA AO AGRONEGÓCIO, 6., 2012, Fortaleza. Anais... São Carlos: Embrapa Instrumentação; Fortaleza: Embrapa Agroindústria Tropical, 2012. p. 525-527. Editores: Maria Alice Martins, MOrsyleide de Freitas Rosa, Men de Sá Moreira de Souza Filho, Nicodemos Moreira dos Santos Junior, Odílio Benedito Garrido de Assis, Caue Ribeiro, Luiz Henrique Capparelli Mattoso.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 4. | | GOUVEA, S. P. Monitoramento tecnológico mundial em resíduos agrícolas, agroindustriais e urbanos com uso de base de patentes e software bibliométrico. In: MILORI, D. M. B. P.; MARCONCINI, J. M.; MARTIN NETO, L.; BERTUCCI NETO, V.; SILVA, W. T. L. da (Ed.). Caracterização, Aproveitamento e Geração de Novos Produtos de Resíduos Agrícolas, Agroindustriais e Urbanos. São Carlos: Embrapa Instrumentação, 2010. p. 131-135.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| Registros recuperados : 13 | |
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