|
|
Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
Data corrente: |
21/01/2022 |
Data da última atualização: |
21/01/2022 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
COSTA, J. A. da; AZEVEDO, C. F.; NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, A. C. C. |
Afiliação: |
JAQUICELE APARECIDA DA COSTA, UFV; CAMILA FERREIRA AZEVEDO, UFV; MOYSÉS NASCIMENTO, UFV; FABYANO FONSECA E SILVA, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPCa; ANA CAROLINA CAMPANA NASCIMENTO, UFV. |
Título: |
A comparison of regression methods based on dimensional reduction for genomic prediction. |
Ano de publicação: |
2021 |
Fonte/Imprenta: |
Genetics and Molecular Research, v. 20, n. 2, p. 1-15, 2021. |
DOI: |
https://doi.org/10.4238/gmr18877 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
multicollinearity and high dimensionality problems, making it impossible to obtain stable estimates through the traditional method of estimation based on ordinary least squares. To overcome such challenges, dimensionality reduction methods have been proposed, because of their simple theory and easy application. We compared three dimensionality reduction methods: Principal Components Regression (PCR), Partial Least Squares (PLS), and Independent Components Regression (ICR). An important step for dimensionality reduction and prediction is selecting the number of components, as it affects the linear combinations of the explanatory variables. The linear combinations are inserted into the model to predict the response based on a reduced number of parameters. We examined the criteria for the selection of the number of components. The dimensionality reduction methods were applied to genomic and phenotype data. We evaluated 370 accessions of Asian rice, Oryza sativa, which were genotyped for 36,901 SNPs markers considered to predict the genomic values for the number of panicles per plant trait.This data set presented multicollinearity and high dimensionality. The computational time for each method was also recorded. Among the methods, PCR and ICR gave the highest accuracy values, with ICR standing out for presenting estimates of the least biased genomic values. However, ICR required more computational time than the other methodologies. |
Thesaurus Nal: |
Genomics; Regression analysis. |
Categoria do assunto: |
-- |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/230432/1/A-comparison-of-regression-methods.pdf
|
Marc: |
LEADER 02131naa a2200217 a 4500 001 2139234 005 2022-01-21 008 2021 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $ahttps://doi.org/10.4238/gmr18877$2DOI 100 1 $aCOSTA, J. A. da 245 $aA comparison of regression methods based on dimensional reduction for genomic prediction.$h[electronic resource] 260 $c2021 520 $amulticollinearity and high dimensionality problems, making it impossible to obtain stable estimates through the traditional method of estimation based on ordinary least squares. To overcome such challenges, dimensionality reduction methods have been proposed, because of their simple theory and easy application. We compared three dimensionality reduction methods: Principal Components Regression (PCR), Partial Least Squares (PLS), and Independent Components Regression (ICR). An important step for dimensionality reduction and prediction is selecting the number of components, as it affects the linear combinations of the explanatory variables. The linear combinations are inserted into the model to predict the response based on a reduced number of parameters. We examined the criteria for the selection of the number of components. The dimensionality reduction methods were applied to genomic and phenotype data. We evaluated 370 accessions of Asian rice, Oryza sativa, which were genotyped for 36,901 SNPs markers considered to predict the genomic values for the number of panicles per plant trait.This data set presented multicollinearity and high dimensionality. The computational time for each method was also recorded. Among the methods, PCR and ICR gave the highest accuracy values, with ICR standing out for presenting estimates of the least biased genomic values. However, ICR required more computational time than the other methodologies. 650 $aGenomics 650 $aRegression analysis 700 1 $aAZEVEDO, C. F. 700 1 $aNASCIMENTO, M. 700 1 $aSILVA, F. F. e 700 1 $aRESENDE, M. D. V. de 700 1 $aNASCIMENTO, A. C. C. 773 $tGenetics and Molecular Research$gv. 20, n. 2, p. 1-15, 2021.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
Registros recuperados : 117 | |
61. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | VIANA, J. M. S.; DELIMA, R. O.; FARIA, V. R.; MUNDIM, G. B.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e. Relevance of pedigree, historical data, dominance, and data unbalance for selection efficiency. Agronomy Journal, v. 104, n. 3, p. 722-728, 2012.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
| ![Visualizar detalhes do registro](/consulta/web/img/visualizar.png) ![Acesso restrito ao objeto digital](/consulta/web/img/lock.png) ![Imprime registro no formato completo](/consulta/web/img/print.png) |
62. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | PINHEIRO, V. R.; SILVA, F. F. e; GUIMARÃES, S. E. F.; RESENDE, M. D. V. de; LOPES, P. S.; CRUZ, C. D.; AZEVEDO, C. F. Mapeamento de QTL para características de crescimento de suínos por meio de modelos de regressão aleatória. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 48, n. 2, p. 190-196, fev. 2013.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Florestas; Embrapa Unidades Centrais. |
| ![Visualizar detalhes do registro](/consulta/web/img/visualizar.png) ![Acesso ao objeto digital](/consulta/web/img/pdf.png) ![Imprime registro no formato completo](/consulta/web/img/print.png) |
63. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | GUIMARÃES, J. F. R.; ALMEIDA FILHO, J. E.; RESENDE JÚNIOR, M. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; MUÑOZ, P.; KIRST, M. Predictive ability behavior across sites after discard of SNPS with unstable effects. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 8., 2015, Goiânia. O melhoramento de plantas, o futuro da agricultura e a soberania nacional: anais. Goiânia: SBMP: UFG, 2015. Resumo.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
| ![Visualizar detalhes do registro](/consulta/web/img/visualizar.png) ![Acesso ao objeto digital](/consulta/web/img/pdf.png) ![Imprime registro no formato completo](/consulta/web/img/print.png) |
64. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | AZEVEDO, C. F.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; PETERNELLI, L. A.; GUIMARÃES, S. E. F.; LOPES, P. S. Quadrados mínimos parciais uni e multivariado aplicados na seleção genômica para características de carcaça em suínos. Ciência Rural, Santa Maria, RS, v. 43, n. 9, p. 1642-1649, set. 2013.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
| ![Visualizar detalhes do registro](/consulta/web/img/visualizar.png) ![Acesso ao objeto digital](/consulta/web/img/pdf.png) ![Imprime registro no formato completo](/consulta/web/img/print.png) |
65. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; VIANA, J. M. S.; VALENTE, M. S. F.; RESENDE JUNIOR, M. F. R.; MUÑOZ, P. Ridge, Lasso and Bayesian additive dominance genomic models. BMC Genetics, v. 16, art. 105, Aug. 2015. 13 p.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
| ![Visualizar detalhes do registro](/consulta/web/img/visualizar.png) ![Acesso ao objeto digital](/consulta/web/img/pdf.png) ![Imprime registro no formato completo](/consulta/web/img/print.png) |
66. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | SILVA, D. A. da; SILVA, F. F. e; VENTURA, H. T.; JUNQUEIRA, V. S.; SILVA, A. A. da; MOTA, R. R.; LOPES, P. S. Contemporary groups in the genetic evaluation of Nellore cattle using Bayesian inference. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 52, n. 8, p. 643-651, fev. 2017. Título em português: Grupos de contemporâneos na avaliação genética de gado Nelore por inferência bayesiana.Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
| ![Visualizar detalhes do registro](/consulta/web/img/visualizar.png) ![Acesso ao objeto digital](/consulta/web/img/pdf.png) ![Imprime registro no formato completo](/consulta/web/img/print.png) |
67. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | ALMEIDA FILHO, J. E. de; GUIMARÃES, J. F. R.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; MUÑOZ, P.; KIRST, M.; RESENDE JUNIOR, M. F. R. The contribution of dominance to phenotype prediction in a pine breeding and simulated population. Heredity, v. 117, p. 33-41, July 2016.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
| ![Visualizar detalhes do registro](/consulta/web/img/visualizar.png) ![Acesso ao objeto digital](/consulta/web/img/pdf.png) ![Imprime registro no formato completo](/consulta/web/img/print.png) |
68. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | CORREIRA NETO, J.; MUNIZ, E. N.; SA, C. O. de; AZEVEDO, H. C.; RANGEL, J. H. de A.; SILVA, F. F. e; GUIMARAES, S. E. F. Desempenho de cordeiros Santa Inês, oriundos de parto simples e duplos, submetidos a comedouro seletivo na fase de pré-desmame. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 26., 2016, Santa Maria. Cinquenta anos de zootecnia no Brasil: anais. Santa Maria: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2016. Zootec.Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
| ![Visualizar detalhes do registro](/consulta/web/img/visualizar.png) ![Acesso ao objeto digital](/consulta/web/img/pdf.png) ![Imprime registro no formato completo](/consulta/web/img/print.png) |
69. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | MELO, A. L. P.; TORRES, R. A.; SILVA, F. F. e; RIBEIRO JUNIOR, J. I.; RODRIGUES, M. T.; MENEZES, G. R. de O. Efeito da autocorrelação residual na avaliação genética de cabras para a produção de leite e para o formato da curva de lactação. Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia, v. 63, n. 3, p. 609-615, 2011.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
| ![Visualizar detalhes do registro](/consulta/web/img/visualizar.png) ![Acesso ao objeto digital](/consulta/web/img/pdf.png) ![Imprime registro no formato completo](/consulta/web/img/print.png) |
70. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | ARBEX, W. A.; SILVA, F. F. e; SILVA, M. V. G. B.; BORGES, C. C. H.; OLIVEIRA, F. C. de; VARONA, L.; VERNEQUE, R. da S. Decision Support in Attribute Selection with Machine Learning Approach. In: CONFERENCIA IBÉRICA DE SISTEMAS Y TECNOLOGÍAS DE INFORMACION, 9., 2014, Barcelona. Actas... Barcelona: Aisti; Salle, 2014. CISTI 2014Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
| ![Visualizar detalhes do registro](/consulta/web/img/visualizar.png) ![Acesso ao objeto digital](/consulta/web/img/pdf.png) ![Imprime registro no formato completo](/consulta/web/img/print.png) |
71. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | CARNEIRO, A. P. S.; MUNIZ, J. A.; CARNEIRO, P. L. S.; MALHADO, C. H. M.; MARTINS FILHO, R.; SILVA, F. F. e. Identidade de modelos não lineares para comparar curvas de crescimento de bovinos da raça Tabapuã. Pesquisa agropecuária brasileira, Brasília, DF, v. 49, n. 1, p. 57-62, jan. 2014. Título em inglês: Identity of nonlinear models to compare growth curves of the cattle breed Tabapuã.Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
| ![Visualizar detalhes do registro](/consulta/web/img/visualizar.png) ![Acesso ao objeto digital](/consulta/web/img/pdf.png) ![Imprime registro no formato completo](/consulta/web/img/print.png) |
72. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | JUNQUEIRA, V. S.; LOPES, P. S.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; LOURENÇO, D. A. L.; YOKOO, M. J. I.; CARDOSO, F. F. Impact of embryo transfer phenotypic records on large-scale beef cattle genetic evaluations. Revista Brasileira de Zootecnia, Viçosa, MG, v. 47, e20170033, 2018. 4 p.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Florestas; Embrapa Pecuária Sul. |
| ![Visualizar detalhes do registro](/consulta/web/img/visualizar.png) ![Acesso restrito ao objeto digital](/consulta/web/img/lock.png) ![Imprime registro no formato completo](/consulta/web/img/print.png) |
73. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | LIMA L. P.; AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; SUELA, M. M.; NASCIMENTO, M.; VIANA, J. M. S. New insights into genomic selection through population-based non-parametric prediction methods. Scientia Agricicola, v. 76, n. 4, p. 290-298, July/Aug. 2019.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
| ![Visualizar detalhes do registro](/consulta/web/img/visualizar.png) ![Acesso ao objeto digital](/consulta/web/img/pdf.png) ![Imprime registro no formato completo](/consulta/web/img/print.png) |
74. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | AZEVEDO, C. F.; ABAD, J. I. M.; MISSIAGGIA, A. A.; AGUIAR, A. M.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e.; PEREIRA, C. S. Parametrizações em marcadores dominantes DarTs para características de crescimento de eucalipto. Revista Matemática e Estatística em foco, v. 1, n. 2, 2013. Edição especial dos anais do Encontro Mineiro de Estatística, 12., 2013, Uberlândia. Resumo.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
| ![Visualizar detalhes do registro](/consulta/web/img/visualizar.png) ![Acesso ao objeto digital](/consulta/web/img/pdf.png) ![Imprime registro no formato completo](/consulta/web/img/print.png) |
75. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | BARROSO, L. M. A.; NASCIMENTO, M.; NASCIMENTO, A. C. C.; SILVA, F. F. e; CRUZ, C. D.; BHERING, L. L.; FERREIRA, R. de P. Metodologia para análise de adaptabilidade e estabilidade por meio de regressão quantílica. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 50, n. 4, p. 267-290-297, abr. 2015. Título em inglês: Methodology for analysis of adaptability and stability using quantile regression.Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
| ![Visualizar detalhes do registro](/consulta/web/img/visualizar.png) ![Acesso ao objeto digital](/consulta/web/img/pdf.png) ![Imprime registro no formato completo](/consulta/web/img/print.png) |
77. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | MARIGUELE, K. H.; RESENDE, M. D. V. de; VIANA, J. M. S.; SILVA, F. F. e; SILVA, P. S. L. de; KNOP, F. de C. Métodos de análise de dados longitudinais para o melhoramento genético da pinha. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, v. 46, n. 12, p. 1657-1664, dez. 2011.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Florestas; Embrapa Unidades Centrais. |
| ![Visualizar detalhes do registro](/consulta/web/img/visualizar.png) ![Acesso ao objeto digital](/consulta/web/img/pdf.png) ![Imprime registro no formato completo](/consulta/web/img/print.png) |
78. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | OLIVEIRA, F. C. de; ALMEIDA, F. N.; SILVA, F. F. e; SILVA, M. V. G. B.; BORGES, C. C. H.; ARBEX, W. A. Metodologia para seleção de marcadores com máquina de vetores de suporte com regressão. In: ARBEX, A.; MARTINS, N. F.; MARTINS, M. F. Talking about computing and genomics - TACG vol.1: Modelos e métodos computacionais em Bioinformática. Brasília, DF: Embrapa, 2014. p. 101-126Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
| ![Visualizar detalhes do registro](/consulta/web/img/visualizar.png) ![Imprime registro no formato completo](/consulta/web/img/print.png) |
79. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | LOBO, A. M. B. O.; GUIMARÃES, S. E. F.; LOBO, R. N. B.; PAIVA, S. R.; CARDOSO, F. F.; SILVA, F. F. e. Perfil de expressão gênica global no músculo esquelético de ovinos por meio de microarrays. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 48., 2011, Belém. O desenvolvimento da produção animal e a responsabilidade frente a novos desafios: anais. Belém: SBZ, 2011. 3 f. 1 CD-ROM.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| ![Visualizar detalhes do registro](/consulta/web/img/visualizar.png) ![Acesso ao objeto digital](/consulta/web/img/pdf.png) ![Imprime registro no formato completo](/consulta/web/img/print.png) |
80. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | LOBO, A. M. B. O.; GUIMARÃES, S. E. F.; LOBO, R. N. B.; PAIVA, S. R.; CARDOSO, F. F.; SILVA, F. F. e. Perfil de expressão gênica global no músculo esquelético de ovinos por meio de microarrays. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 48., 2011, Belém, PA. O desenvolvimento da produção animal e a responsabilidade frente a novos desafios: anais. Belém, PA: SBZ, 2011. 1 CD-ROM.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
| ![Visualizar detalhes do registro](/consulta/web/img/visualizar.png) ![Acesso ao objeto digital](/consulta/web/img/pdf.png) ![Imprime registro no formato completo](/consulta/web/img/print.png) |
Registros recuperados : 117 | |
|
Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|