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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Florestas. Para informações adicionais entre em contato com cnpf.biblioteca@embrapa.br. |
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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
17/11/2011 |
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Data da última atualização: |
11/10/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Nota Técnica/Nota Científica |
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Autoria: |
SILVA, F. F.; VARONA, L.; RESENDE, M. D. V. de; BUENO FILHO, J. S. S.; ROSA, G. J. M.; VIANA, J. M. S. |
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Afiliação: |
Fabyano Fonseca Silva, UFV; Luis Varona, Universidad de Zaragoza; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; Júlio Sílvio S. Bueno Filho, UFLA; Guilherme J. M. Rosa, University of Wisconsin; José Marcelo Soriano Viana, UFV. |
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Título: |
A note on accuracy of Bayesian LASSO regression in GWS. |
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Ano de publicação: |
2011 |
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Fonte/Imprenta: |
Livestock Science, v. 142, p. 310-314, 2011. |
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DOI: |
10.1016/j.livsci.2011.09.010 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Short communication. |
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Conteúdo: |
Several genome wide selection (GWS) statistical methods have been proposed in the last years, and among these stands out the Bayesian LASSO (BL), which is a penalized regression method based on the regularization parameter (?) estimates. In general, the posterior mean values for ? are those that minimize the residual sum of squares (RSS) while controlling the L1 norm (absolute values) of the regression coefficients. However, another option is to use fixed values of ?, which is independent of this minimization process. Nevertheless, the most important aim of GWS is to make predictions about genomic breeding values (GBV=u) for individuals that have not been measured directly for the trait, and for this reason the parameter to maximize should be the accuracy (ru; ?u ). Thus, a question can arise as to whether such estimated ? values that minimize RSS are the same as that which maximize ru; ?u . In order to answer this question, this paper aims to provide methodological and computational resources in order to evaluate the influence of BL regularization parameter estimates on the correlation between true and estimated GBV (accuracy) depending on genetic structure of the target trait (few or many QTLs and low or medium heritability). In general, it is possible to report, on average, that GBV prediction is robust in relation to the ? estimation, since the different values for ? lead to similar accuracy values. Moreover, the fixed ? values grid request high computational costs, implying that the random ? method is more attractive, since it is much faster to use just one Gibbs sampler run, while the grid must to use one run for each fixed ? value. MenosSeveral genome wide selection (GWS) statistical methods have been proposed in the last years, and among these stands out the Bayesian LASSO (BL), which is a penalized regression method based on the regularization parameter (?) estimates. In general, the posterior mean values for ? are those that minimize the residual sum of squares (RSS) while controlling the L1 norm (absolute values) of the regression coefficients. However, another option is to use fixed values of ?, which is independent of this minimization process. Nevertheless, the most important aim of GWS is to make predictions about genomic breeding values (GBV=u) for individuals that have not been measured directly for the trait, and for this reason the parameter to maximize should be the accuracy (ru; ?u ). Thus, a question can arise as to whether such estimated ? values that minimize RSS are the same as that which maximize ru; ?u . In order to answer this question, this paper aims to provide methodological and computational resources in order to evaluate the influence of BL regularization parameter estimates on the correlation between true and estimated GBV (accuracy) depending on genetic structure of the target trait (few or many QTLs and low or medium heritability). In general, it is possible to report, on average, that GBV prediction is robust in relation to the ? estimation, since the different values for ? lead to similar accuracy values. Moreover, the fixed ? values grid request high computational costs, impl... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Genome wide selection; Penalized regression; SNP markers. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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500 $aShort communication.
520 $aSeveral genome wide selection (GWS) statistical methods have been proposed in the last years, and among these stands out the Bayesian LASSO (BL), which is a penalized regression method based on the regularization parameter (?) estimates. In general, the posterior mean values for ? are those that minimize the residual sum of squares (RSS) while controlling the L1 norm (absolute values) of the regression coefficients. However, another option is to use fixed values of ?, which is independent of this minimization process. Nevertheless, the most important aim of GWS is to make predictions about genomic breeding values (GBV=u) for individuals that have not been measured directly for the trait, and for this reason the parameter to maximize should be the accuracy (ru; ?u ). Thus, a question can arise as to whether such estimated ? values that minimize RSS are the same as that which maximize ru; ?u . In order to answer this question, this paper aims to provide methodological and computational resources in order to evaluate the influence of BL regularization parameter estimates on the correlation between true and estimated GBV (accuracy) depending on genetic structure of the target trait (few or many QTLs and low or medium heritability). In general, it is possible to report, on average, that GBV prediction is robust in relation to the ? estimation, since the different values for ? lead to similar accuracy values. Moreover, the fixed ? values grid request high computational costs, implying that the random ? method is more attractive, since it is much faster to use just one Gibbs sampler run, while the grid must to use one run for each fixed ? value.
653 $aGenome wide selection
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700 1 $aVIANA, J. M. S.
773 $tLivestock Science$gv. 142, p. 310-314, 2011.
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
19/12/2019 |
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Data da última atualização: |
19/12/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Documentos |
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Autoria: |
SCHUHLI, G. S. e; PENTEADO JUNIOR, J. F.; WENDLING, I. |
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Afiliação: |
GUILHERME SCHNELL E SCHUHLI, CNPF; JOEL FERREIRA PENTEADO JUNIOR, ANALISTA APOSENTADO DA EMBRAPA FLORESTAS; IVAR WENDLING, CNPF. |
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Título: |
Descritores mínimos em cultivares de espécies florestais: uma contribuição para erva-mate. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
Colombo: Embrapa Florestas, 2019. |
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Páginas: |
25 p. |
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Série: |
(Embrapa Florestas. Documentos, 333). |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
A biodiversidade brasileira é impressionante e, por isto mesmo, conhecida no mundo todo. Este patrimônio é precioso por diversas razões, uma delas porque constitui um ponto de partida para o desenvolvimento de novos produtos e tecnologias que oferecem vantagem estratégica ao mercado. Esforços recentes apontam para o cuidado com estes recursos biológicos, seja na conservação ou na exploração biotecnológica. Isto é perceptível, por exemplo, no texto do novo marco legal da biodiversidade, Lei nº 13.123/20151 , que procura estabelecer critérios para conservação e uso sustentável desta biodiversidade. A Embrapa se destaca em seu longo histórico de desenvolvimento de produtos e tecnologias agropecuárias baseadas na pesquisa e desenvolvimento sobre a base dos recursos naturais brasileiros. Nisto se sobressaem exemplos como a pesquisa com a erva-mate, Ilex paraguariensis St. Hil. A Embrapa Florestas reconheceu a importância da pesquisa desta espécie, estabelecendo materiais genéticos que são referências para a indústria. Dos programas de pesquisa com erva-mate foi reunido um valioso banco de germoplasma que representa a variabilidade genética encontrada nas diferentes populações e desenvolvidas variedades que oferecem maior rendimento em produtividade de folhas e diferencial em concentrações de compostos químicos como a cafeína. O Serviço Nacional de Proteção de Cultivares (SNPC), órgão ligado ao Departamento de Propriedade Intelectual e Tecnologia da Agropecuária (DEPTA) e pertencente ao Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento, contribuiu com sua longa experiência ao desenvolvimento de descritores florestais para fomentar, juntamente com a Embrapa e representantes do setor produtivo, uma discussão quanto às necessidades de registro e proteção de cultivares da espécie. Neste documento formalizou-se, em um trabalho de cinco anos, a colaboração da Embrapa Florestas, SNPC, Empresa de Pesquisa Agropecuária e Extensão Rural de Santa Catarina (Epagri) e Universidade Federal de Santa Maria (UFSM), na formulação do recém-publicado ato n° 7, de 9 de maio de 20192 . Neste ato o SNPC define os descritores mínimos para fins de proteção de cultivares de erva-mate o que permite reconhecer os esforços de inovação em pesquisa de materiais. Espera-se que o presente documento ofereça uma maior compreensão dos descritores em um texto de suporte ao ato do SNPC. Desta forma, a Embrapa e parceiros respondem um pouco mais à demanda do setor produtivo e mais uma vez oferece valorização à biodiversidade brasileira. MenosA biodiversidade brasileira é impressionante e, por isto mesmo, conhecida no mundo todo. Este patrimônio é precioso por diversas razões, uma delas porque constitui um ponto de partida para o desenvolvimento de novos produtos e tecnologias que oferecem vantagem estratégica ao mercado. Esforços recentes apontam para o cuidado com estes recursos biológicos, seja na conservação ou na exploração biotecnológica. Isto é perceptível, por exemplo, no texto do novo marco legal da biodiversidade, Lei nº 13.123/20151 , que procura estabelecer critérios para conservação e uso sustentável desta biodiversidade. A Embrapa se destaca em seu longo histórico de desenvolvimento de produtos e tecnologias agropecuárias baseadas na pesquisa e desenvolvimento sobre a base dos recursos naturais brasileiros. Nisto se sobressaem exemplos como a pesquisa com a erva-mate, Ilex paraguariensis St. Hil. A Embrapa Florestas reconheceu a importância da pesquisa desta espécie, estabelecendo materiais genéticos que são referências para a indústria. Dos programas de pesquisa com erva-mate foi reunido um valioso banco de germoplasma que representa a variabilidade genética encontrada nas diferentes populações e desenvolvidas variedades que oferecem maior rendimento em produtividade de folhas e diferencial em concentrações de compostos químicos como a cafeína. O Serviço Nacional de Proteção de Cultivares (SNPC), órgão ligado ao Departamento de Propriedade Intelectual e Tecnologia da Agropecuária (DEPTA) e pertence... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Erva mate. |
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Thesagro: |
Ilex Paraguariensis; Melhoramento; Melhoramento Genético Vegetal; Melhoramento Vegetal; Proteção Florestal. |
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Categoria do assunto: |
K Ciência Florestal e Produtos de Origem Vegetal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/207552/1/Doc-333-1025-final.pdf
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Marc: |
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260 $aColombo: Embrapa Florestas$c2019
300 $a25 p.
490 $a(Embrapa Florestas. Documentos, 333).
520 $aA biodiversidade brasileira é impressionante e, por isto mesmo, conhecida no mundo todo. Este patrimônio é precioso por diversas razões, uma delas porque constitui um ponto de partida para o desenvolvimento de novos produtos e tecnologias que oferecem vantagem estratégica ao mercado. Esforços recentes apontam para o cuidado com estes recursos biológicos, seja na conservação ou na exploração biotecnológica. Isto é perceptível, por exemplo, no texto do novo marco legal da biodiversidade, Lei nº 13.123/20151 , que procura estabelecer critérios para conservação e uso sustentável desta biodiversidade. A Embrapa se destaca em seu longo histórico de desenvolvimento de produtos e tecnologias agropecuárias baseadas na pesquisa e desenvolvimento sobre a base dos recursos naturais brasileiros. Nisto se sobressaem exemplos como a pesquisa com a erva-mate, Ilex paraguariensis St. Hil. A Embrapa Florestas reconheceu a importância da pesquisa desta espécie, estabelecendo materiais genéticos que são referências para a indústria. Dos programas de pesquisa com erva-mate foi reunido um valioso banco de germoplasma que representa a variabilidade genética encontrada nas diferentes populações e desenvolvidas variedades que oferecem maior rendimento em produtividade de folhas e diferencial em concentrações de compostos químicos como a cafeína. O Serviço Nacional de Proteção de Cultivares (SNPC), órgão ligado ao Departamento de Propriedade Intelectual e Tecnologia da Agropecuária (DEPTA) e pertencente ao Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento, contribuiu com sua longa experiência ao desenvolvimento de descritores florestais para fomentar, juntamente com a Embrapa e representantes do setor produtivo, uma discussão quanto às necessidades de registro e proteção de cultivares da espécie. Neste documento formalizou-se, em um trabalho de cinco anos, a colaboração da Embrapa Florestas, SNPC, Empresa de Pesquisa Agropecuária e Extensão Rural de Santa Catarina (Epagri) e Universidade Federal de Santa Maria (UFSM), na formulação do recém-publicado ato n° 7, de 9 de maio de 20192 . Neste ato o SNPC define os descritores mínimos para fins de proteção de cultivares de erva-mate o que permite reconhecer os esforços de inovação em pesquisa de materiais. Espera-se que o presente documento ofereça uma maior compreensão dos descritores em um texto de suporte ao ato do SNPC. Desta forma, a Embrapa e parceiros respondem um pouco mais à demanda do setor produtivo e mais uma vez oferece valorização à biodiversidade brasileira.
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650 $aMelhoramento
650 $aMelhoramento Genético Vegetal
650 $aMelhoramento Vegetal
650 $aProteção Florestal
653 $aErva mate
700 1 $aPENTEADO JUNIOR, J. F.
700 1 $aWENDLING, I.
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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